genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18346311--18346384	27	2.8	27	82	10	82	39	21	22	16	1.92
18346335--18346392	27	2.1	27	84	6	73	39	27	18	13	1.89
18346549--18346607	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
18346695--18346777	27	3.1	26	84	5	103	38	21	20	19	1.93
18346976--18347171	27	7.3	27	82	0	203	25	20	18	35	1.96
18346976--18347171	54	3.6	54	83	0	230	25	20	18	35	1.96
18347021--18347171	81	1.9	81	90	0	239	24	19	19	37	1.94
18347166--18347291	54	2.4	54	87	2	175	39	11	22	26	1.88
18347176--18347291	27	4.3	27	81	2	135	40	11	23	25	1.87
18347271--18347363	27	3.5	26	77	4	87	30	15	20	34	1.93
18347316--18347384	26	2.6	26	86	2	84	24	10	24	40	1.86
18348246--18348281	14	2.6	14	100	0	72	25	25	13	36	1.93
18349372--18349667	6	48.8	6	73	15	218	47	13	17	21	1.81
18349372--18349628	79	3.2	79	90	6	424	47	13	17	20	1.81
18349372--18349658	85	3.5	84	90	3	433	48	13	17	21	1.81
18349787--18349858	27	2.7	27	79	10	76	38	16	25	19	1.92
18349809--18349866	27	2.1	27	84	6	73	37	25	20	15	1.92
18350023--18350081	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
18350169--18350251	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
18350450--18350638	27	7.0	27	85	0	234	24	21	19	34	1.96
18350650--18350874	27	8.3	27	83	3	256	39	11	23	25	1.88
18350855--18350967	26	4.3	26	78	7	93	28	11	21	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18351889--18352849	520	1.8	518	83	6	1197	39	17	15	27	1.90
18354934--18355111	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18354955--18355110	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18362979--18363155	27	6.5	27	78	6	144	29	28	15	25	1.96
18374977--18375160	50	3.9	48	82	6	230	26	16	30	26	1.97
18380672--18380715	21	2.2	20	83	4	52	68	0	2	29	1.02
18382495--18382560	34	1.9	36	84	9	93	43	9	25	21	1.81
18385217--18385317	30	3.2	30	65	26	73	23	15	17	42	1.88
18385200--18385395	65	3.0	65	98	0	374	25	14	18	41	1.88
18390902--18391194	47	6.1	49	81	10	245	27	13	26	31	1.94
18391102--18391212	42	2.6	42	92	2	179	29	13	27	28	1.94
18390976--18391194	95	2.4	91	79	10	232	28	14	26	30	1.95
18394368--18394484	59	2.0	59	96	0	216	27	50	10	11	1.71
18396395--18396570	46	3.8	46	78	15	182	21	21	28	28	1.98
18396391--18396562	93	1.8	93	92	0	290	20	22	29	27	1.98
18397535--18397798	100	2.6	100	96	1	485	31	21	26	20	1.98
18397747--18397798	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
18398422--18398789	27	13.6	27	85	1	452	25	19	19	35	1.95
18403404--18403599	53	3.6	54	76	4	171	21	25	16	36	1.94
18403568--18403625	27	2.1	27	93	0	98	20	27	18	32	1.97
18408435--18408460	12	2.2	12	100	0	52	7	34	0	57	1.27
18422105--18422172	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18421994--18422321	174	1.9	174	94	0	584	30	24	14	29	1.95
18422274--18422352	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
18429892--18430136	49	4.9	49	82	3	292	29	27	17	25	1.98
18429905--18430136	100	2.3	98	84	2	302	29	27	17	25	1.97
18431540--18431625	34	2.5	34	71	3	93	26	23	23	26	2.00
18433496--18433535	20	2.0	20	85	5	53	30	15	5	50	1.65
18441959--18442247	145	2.0	145	100	0	578	23	25	15	35	1.94
18442186--18442330	49	2.8	52	81	10	165	23	24	15	37	1.93
18451326--18451381	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
18455755--18455785	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
18455752--18455791	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
18455981--18456236	55	4.8	53	81	8	222	22	24	17	35	1.95
18456028--18456228	108	1.8	110	87	4	300	23	24	16	34	1.96
18457006--18457102	49	2.0	49	91	0	158	40	20	15	23	1.91
18473449--18473487	20	1.9	21	84	5	53	41	7	2	48	1.45
18495160--18495189	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
18495856--18495916	27	2.3	27	94	0	113	34	21	22	21	1.97
18502790--18502872	37	2.2	38	82	8	107	21	18	26	33	1.96
18502865--18503075	43	4.9	43	92	0	341	12	24	33	29	1.92
18508646--18508720	23	3.2	23	63	29	59	34	8	29	28	1.85
18508647--18508728	25	3.4	24	63	17	62	35	7	29	28	1.84
18508616--18509009	47	8.4	47	92	0	610	32	9	31	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18508716--18508791	24	3.2	24	66	17	68	31	10	32	25	1.89
18508787--18508861	23	3.2	23	63	29	59	34	8	29	28	1.85
18509128--18509207	37	2.2	37	84	4	99	23	16	31	28	1.96
18523333--18523498	46	3.6	46	75	16	171	29	29	19	21	1.98
18523325--18523511	46	4.1	46	70	15	136	30	29	18	20	1.97
18535894--18536065	37	4.7	36	75	7	148	40	26	13	19	1.88
18539836--18539869	7	4.9	7	100	0	68	44	0	29	26	1.55
18539836--18539877	21	2.0	21	90	9	68	42	0	30	26	1.55
18542026--18542145	61	2.0	61	96	0	222	34	22	13	30	1.92
18542329--18542419	43	2.1	42	80	9	103	23	13	28	35	1.92
18542350--18542451	43	2.4	42	88	4	150	23	15	28	32	1.95
18548340--18548694	9	39.7	9	87	1	410	31	0	23	44	1.56
18550500--18550566	33	2.0	33	100	0	134	44	11	11	31	1.78
18556921--18557283	188	1.9	187	82	6	448	28	17	19	34	1.94
18557759--18557812	21	2.6	21	87	0	81	20	0	25	53	1.45
18562457--18562819	188	1.9	187	82	6	448	28	17	19	34	1.94
18563341--18563382	21	2.0	21	81	9	50	23	2	23	50	1.61
18575302--18575346	19	2.2	21	84	11	58	71	2	22	4	1.15
18577269--18577496	46	5.0	46	86	1	278	39	14	23	22	1.91
18581791--18581926	46	3.0	46	92	2	211	39	13	23	22	1.90
18590773--18590806	12	2.8	12	95	0	59	26	0	47	26	1.53
18596208--18596552	9	38.7	9	88	1	417	30	0	24	45	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18605696--18606734	519	2.0	519	98	0	1988	27	25	11	35	1.91
18609087--18609146	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
18610158--18610216	22	2.6	23	83	8	66	49	6	1	42	1.39
18610206--18610270	20	3.3	19	72	20	62	58	3	0	38	1.14
18610187--18610290	39	2.7	39	96	0	190	53	5	0	39	1.31
18610203--18610290	11	6.8	12	71	21	63	55	4	0	39	1.20
18610165--18610289	19	6.3	19	72	16	103	52	6	0	40	1.33
18610129--18610290	15	11.6	14	68	18	72	52	4	0	41	1.27
18612884--18612997	40	2.9	40	88	2	160	29	26	20	23	1.99
18612904--18613005	39	2.6	39	87	4	134	29	26	20	23	1.99
18616578--18616684	40	2.7	40	92	0	169	21	23	27	28	1.99
18621375--18621630	40	6.4	40	90	0	395	29	28	18	23	1.97
18621375--18621629	80	3.2	80	98	0	483	29	29	18	23	1.98
18635131--18635245	41	2.8	40	79	6	124	20	26	15	37	1.93
18635134--18635262	40	3.2	40	78	5	127	23	27	14	34	1.94
18635978--18636038	30	2.0	30	87	0	86	21	24	31	22	1.98
18643892--18643972	6	13.8	6	88	5	105	77	1	1	19	0.90
18645687--18645862	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
18645684--18645855	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
18646463--18646496	11	3.1	11	95	0	59	23	0	44	32	1.54
18653264--18653439	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
18653261--18653432	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18655599--18655738	29	4.9	29	86	1	158	26	13	32	27	1.94
18660620--18660705	44	2.0	44	85	0	118	34	22	15	27	1.94
18667020--18667047	14	2.0	14	100	0	56	21	0	50	28	1.49
18667845--18667913	34	2.0	34	100	0	138	44	8	2	43	1.50
18668067--18668132	32	2.0	35	82	8	84	43	1	0	54	1.09
18668196--18668252	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
18668714--18668768	14	3.9	14	87	0	74	32	20	10	36	1.87
18670633--18670666	9	3.8	9	96	0	50	17	0	20	61	1.34
18671066--18671234	43	4.0	43	80	4	164	26	14	23	35	1.93
18674000--18674054	23	2.4	23	100	0	110	23	21	16	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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