genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  42  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14817662--14817949	96	3.0	96	91	2	481	27	30	8	34	1.87
14822434--14822458	13	1.9	13	100	0	50	16	32	36	16	1.90
14830231--14830272	19	2.2	19	95	0	75	23	14	9	52	1.71
14836199--14836250	16	3.3	16	76	12	54	15	28	1	53	1.52
14838154--14838187	16	2.0	18	88	11	54	17	2	20	58	1.51
14842157--14842279	47	2.7	46	83	5	149	30	26	14	28	1.95
14842297--14842414	31	3.8	31	90	0	182	24	27	19	27	1.99
14851930--14852013	28	3.2	28	62	25	74	25	16	28	29	1.97
14851882--14852057	50	3.5	49	83	6	201	25	17	26	30	1.97
14851882--14852069	99	1.9	101	85	2	263	25	18	26	29	1.98
14855368--14855440	34	2.1	35	89	2	112	28	13	27	30	1.94
14857901--14857960	6	9.8	6	79	1	66	16	20	16	46	1.84
14857901--14857958	12	4.8	12	86	2	80	17	20	17	44	1.86
14870964--14871031	33	2.1	33	94	0	118	20	20	25	33	1.97
14871807--14872181	126	3.0	126	84	3	490	28	17	16	37	1.92
14872242--14872339	35	2.9	34	82	8	119	45	13	0	40	1.43
14872388--14872470	42	2.0	42	90	4	132	44	27	2	25	1.66
14876047--14876079	16	2.1	16	100	0	66	33	0	18	48	1.48
14880031--14880135	47	2.2	47	81	0	129	20	10	20	49	1.77
14881376--14881553	47	3.8	47	82	5	200	32	26	19	21	1.97
14888702--14888780	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
14892130--14892261	27	4.9	27	86	2	160	40	16	15	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14897464--14897635	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
14897410--14897633	40	5.6	39	81	8	211	25	21	27	25	1.99
14897491--14897658	79	2.1	80	79	4	180	25	21	27	25	1.99
14899103--14899285	40	4.6	40	83	6	228	25	23	26	25	2.00
14899103--14899285	80	2.3	80	86	6	255	25	23	26	25	2.00
14899548--14899591	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
14906031--14906111	41	2.0	40	100	0	153	19	27	27	24	1.98
14908483--14908653	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	22	1.99
14908475--14908650	46	3.8	46	77	12	198	28	27	21	22	1.99
14910526--14910650	65	1.9	65	100	0	250	28	13	36	21	1.92
14912604--14912632	14	2.0	15	93	6	51	20	0	27	51	1.47
14914777--14914840	26	2.4	26	84	2	83	37	25	9	28	1.87
14914871--14914932	26	2.3	27	83	10	83	37	29	8	25	1.85
14914758--14914943	94	2.0	94	96	0	345	36	19	11	32	1.88
14915037--14915152	28	4.2	28	80	2	119	24	19	20	35	1.96
14920134--14920195	26	2.3	27	83	10	83	37	29	8	25	1.85
14922713--14922957	43	5.7	43	85	3	332	25	16	28	29	1.97
14922713--14922957	129	1.9	129	89	1	384	25	16	28	29	1.97
14925959--14925983	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
14930400--14930425	12	2.2	12	100	0	52	15	0	0	84	0.62
14935752--14935883	46	2.8	48	85	5	180	48	12	8	30	1.71
14947389--14947490	52	2.0	52	90	3	161	34	18	12	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14949093--14949133	20	2.0	21	86	13	59	4	21	0	73	1.02
14949121--14949174	6	9.3	6	78	9	51	3	16	1	77	1.00
14959989--14960074	40	2.2	39	85	2	109	25	16	29	29	1.97
14963141--14963408	40	6.7	40	93	0	455	22	27	20	30	1.98
14964044--14964252	105	2.0	105	99	0	409	25	27	10	36	1.89
14974211--14974256	22	2.1	22	95	0	83	43	4	10	41	1.59
14975484--14975527	16	2.7	17	86	10	65	31	2	4	61	1.28
14981373--14981424	19	2.9	18	81	10	63	44	15	17	23	1.86
14985040--14985100	16	3.5	17	72	20	54	47	0	29	22	1.52
14986748--14986943	101	2.0	99	87	2	284	30	27	16	25	1.97
14993391--14993635	49	4.9	49	78	3	247	28	24	19	26	1.99
15006749--15007003	55	4.8	52	80	8	250	36	17	24	21	1.94
15006756--15006956	108	1.8	110	86	4	291	35	17	24	22	1.95
15007195--15007225	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
15015094--15015153	22	2.7	22	78	0	66	16	21	23	38	1.93
15015139--15015217	27	2.9	27	90	0	122	20	20	18	40	1.92
15017054--15017263	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
15017001--15017263	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
15017002--15017298	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
15031540--15031577	18	2.1	18	90	0	58	10	26	42	21	1.85
15043969--15044247	48	5.8	48	77	1	299	27	18	27	26	1.98
15043969--15044274	96	3.2	96	87	1	470	28	17	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15048424--15048509	31	2.8	31	89	1	138	24	26	17	31	1.97
15048726--15048795	25	2.8	25	95	0	131	24	22	25	27	2.00
15048843--15048891	11	4.7	11	80	12	59	32	18	12	36	1.88
15054336--15054465	50	2.7	48	81	7	172	31	25	16	26	1.97
15059485--15059511	13	2.1	13	100	0	54	40	22	0	37	1.54
15073069--15073235	46	3.6	46	80	3	165	30	18	27	23	1.98
15074626--15074915	40	7.3	40	94	0	474	26	27	21	24	1.99
15074626--15074968	120	2.9	120	88	2	431	26	27	21	24	1.99
15078202--15078254	25	2.2	24	86	3	70	24	28	15	32	1.95
15078551--15078816	133	2.0	133	96	0	496	28	11	19	40	1.87
15089168--15089391	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
15089168--15089391	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
15097389--15097612	40	5.6	40	81	8	267	26	26	21	25	2.00
15097389--15097612	83	2.8	80	81	8	267	26	26	21	25	2.00
15103721--15103838	48	2.5	48	90	2	175	31	19	26	22	1.98
15103865--15103992	49	2.6	49	83	0	148	31	17	24	26	1.97
15107536--15107661	46	2.7	46	96	0	225	21	21	26	30	1.98
15111971--15112052	28	2.9	28	81	3	94	26	31	14	26	1.95
15112039--15112142	40	2.6	40	84	0	118	34	25	18	21	1.96
15113916--15113974	9	6.4	9	80	3	64	42	1	0	55	1.09
15113963--15113991	14	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
15114410--15114439	14	2.1	14	93	0	51	50	3	13	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15116157--15116234	29	2.7	29	76	13	79	64	2	1	32	1.15
15116162--15116215	23	2.3	24	78	12	60	66	1	1	29	1.12
15118299--15118393	31	3.1	31	84	6	104	48	7	8	35	1.62
15121901--15122356	150	3.0	150	99	0	887	33	11	5	49	1.62
15123597--15123639	12	3.7	11	81	9	50	20	32	0	46	1.51
15128069--15128223	43	3.6	43	95	0	274	13	25	32	29	1.94
15128553--15128660	45	2.5	42	86	8	137	23	24	26	25	2.00
15131566--15131621	26	2.2	24	82	11	85	21	7	7	64	1.43
15131880--15131936	10	5.4	11	74	21	59	63	0	5	31	1.17
15131880--15131936	20	2.7	22	80	20	77	63	0	5	31	1.17
15131880--15131946	30	2.2	32	84	10	95	64	0	5	29	1.17
15131921--15132001	18	4.3	20	72	17	66	64	1	7	27	1.28
15135391--15135456	33	2.0	33	100	0	132	30	6	15	48	1.69
15138765--15138870	53	2.0	53	87	3	151	26	23	13	36	1.92
15139973--15140109	68	2.0	68	91	0	220	37	14	21	27	1.92
15144323--15144405	43	1.9	43	97	0	157	20	15	31	32	1.94
15147524--15147584	27	2.3	27	91	0	95	31	24	29	14	1.95
15156907--15156961	27	2.0	27	82	10	67	47	1	9	41	1.46
15157213--15157246	13	2.4	15	90	9	54	70	5	11	11	1.32
15177219--15177296	29	2.8	28	84	7	104	25	34	17	21	1.96
15178336--15178370	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
15181185--15181300	43	2.7	43	86	5	128	34	29	13	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15190377--15190546	47	3.6	47	100	0	340	24	20	27	28	1.99
15190749--15190809	30	2.0	30	96	0	113	26	14	27	31	1.95
15193055--15193109	28	2.0	28	96	3	103	29	21	23	25	1.99
15197983--15198128	47	3.1	47	96	0	274	25	17	27	29	1.98
15204458--15204547	43	2.1	43	87	4	128	23	20	35	21	1.96
15206504--15206660	43	3.7	42	75	10	158	27	15	24	32	1.96
15207759--15207805	13	3.6	13	100	0	94	6	14	42	36	1.72
15214969--15214996	9	3.1	9	100	0	56	78	0	21	0	0.75
15215993--15216029	19	2.0	19	89	5	58	51	8	5	35	1.55
15217664--15217964	43	7.3	43	81	8	336	27	16	26	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284