genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  56  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19632654--19632956	153	2.0	152	96	2	565	30	28	9	31	1.89
19632927--19633851	47	19.7	47	98	0	1778	25	27	12	33	1.92
19639326--19639367	21	2.1	21	86	8	61	16	30	14	38	1.89
19641265--19641305	21	2.0	21	85	0	55	41	9	12	36	1.76
19652263--19652314	3	17.3	3	84	7	70	28	1	3	65	1.21
19655481--19655579	29	3.5	29	84	2	121	27	30	15	27	1.96
19663157--19663262	29	3.7	29	87	1	142	27	32	14	26	1.94
19664725--19664760	16	2.2	17	90	5	56	16	5	25	52	1.65
19673022--19673072	25	2.0	25	96	0	93	39	11	17	31	1.86
19674870--19674906	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19674960--19674990	9	3.4	9	100	0	62	41	22	12	22	1.88
19676364--19676418	23	2.5	21	77	19	58	16	1	29	52	1.54
19681270--19681304	18	1.9	18	94	0	61	20	25	48	5	1.71
19681272--19681311	18	2.2	18	86	0	53	25	27	42	5	1.75
19683769--19683860	28	3.2	28	78	7	105	32	23	16	27	1.96
19683765--19683886	56	2.1	58	79	7	133	31	25	14	27	1.95
19693884--19693943	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
19700538--19700617	30	2.7	30	86	0	115	46	11	22	20	1.82
19719855--19719893	18	2.1	18	85	4	51	56	15	7	20	1.63
19720142--19720182	20	2.0	21	86	13	59	46	17	4	31	1.69
19725001--19725195	41	4.7	39	72	11	138	20	16	26	36	1.94
19724983--19725182	82	2.4	82	80	4	213	20	16	28	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19726102--19726187	15	5.9	14	75	16	77	17	1	50	31	1.54
19726102--19726187	7	11.9	7	77	16	77	17	1	50	31	1.54
19726101--19726187	38	2.4	35	85	11	113	17	1	49	32	1.54
19728049--19728073	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
19728102--19728140	17	2.4	17	87	12	55	51	0	10	38	1.36
19728447--19728504	26	2.2	26	93	0	98	37	15	5	41	1.70
19739109--19739285	42	4.2	42	83	2	205	31	20	18	30	1.96
19739113--19739267	84	1.9	83	90	4	249	30	19	17	32	1.95
19739109--19739285	84	2.1	83	85	5	241	31	20	18	30	1.96
19742415--19742478	26	2.5	26	94	0	110	25	10	9	54	1.65
19755231--19755536	153	2.0	153	98	0	585	35	19	23	20	1.96
19755887--19756071	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
19755868--19756071	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
19762308--19762428	42	2.8	43	79	9	140	24	21	28	25	1.99
19765524--19765631	53	2.0	55	89	5	166	31	19	19	29	1.96
19765659--19765771	43	2.7	43	78	1	138	31	23	17	27	1.97
19775618--19775787	43	4.0	43	74	10	141	32	24	17	26	1.96
19777146--19777186	20	2.0	20	85	9	55	17	7	4	70	1.28
19778643--19778672	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
19780989--19781028	20	2.0	20	90	0	62	80	0	2	17	0.83
19783817--19783891	22	3.3	22	65	17	62	33	13	28	25	1.93
19784663--19784737	22	3.3	22	66	23	64	33	14	28	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19784709--19784784	22	3.3	22	66	28	59	34	13	27	25	1.93
19783773--19784787	47	21.6	47	98	0	1895	32	12	27	26	1.93
19784801--19784891	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
19797621--19797680	30	2.0	30	90	0	93	28	26	6	38	1.81
19804048--19804073	13	2.0	13	100	0	52	61	7	30	0	1.24
19804038--19804116	36	2.2	36	93	0	131	54	13	24	7	1.65
19806161--19806186	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
19809250--19809274	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
19809938--19810207	47	5.6	48	76	12	220	29	18	27	23	1.98
19809978--19810209	50	4.8	49	79	9	244	29	18	28	22	1.98
19809978--19810208	97	2.4	97	83	5	272	29	18	29	22	1.98
19816808--19816832	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
19817507--19817869	46	7.7	49	79	9	321	27	18	30	24	1.98
19817507--19817871	140	2.6	138	83	6	394	27	18	29	24	1.98
19817545--19817869	96	3.4	96	82	9	307	26	18	30	24	1.98
19821723--19821776	26	2.1	26	96	0	99	44	3	12	38	1.61
19822925--19822957	9	3.5	10	92	8	52	30	0	0	69	0.88
19823292--19823358	29	2.3	30	92	2	109	37	11	17	32	1.87
19827313--19827360	18	2.6	19	87	9	64	64	0	4	31	1.12
19827282--19827347	10	6.8	10	72	14	50	65	3	1	30	1.17
19827473--19827500	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
19835000--19835114	46	2.5	44	84	9	135	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19836128--19836224	41	2.4	41	87	1	133	22	25	37	14	1.92
19836545--19836588	22	2.0	22	95	0	79	20	9	34	36	1.84
19837719--19837753	13	2.6	14	86	4	54	71	0	8	20	1.11
19838603--19838694	44	2.1	44	83	4	114	25	20	21	32	1.98
19839551--19839678	43	3.0	43	85	4	168	27	18	28	25	1.98
19839764--19839836	31	2.3	32	83	9	87	65	15	5	13	1.43
19840511--19840539	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
19853378--19853688	41	7.7	41	82	3	324	25	17	23	34	1.96
19855047--19855191	42	3.4	42	74	10	159	32	25	19	22	1.97
19862526--19862564	18	2.2	18	90	0	60	74	0	5	20	1.01
19863419--19863506	44	2.0	44	84	4	115	19	20	26	34	1.96
19874661--19874701	19	2.2	19	100	0	82	56	12	4	26	1.56
19874997--19875036	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
19876070--19876136	29	2.4	28	89	2	98	40	5	14	38	1.71
19876077--19876136	14	4.2	14	87	4	93	36	6	16	40	1.75
19876596--19876688	22	4.1	22	72	15	91	45	21	6	26	1.76
19876558--19876688	68	1.9	68	96	0	244	44	22	6	25	1.78
19876618--19876730	46	2.5	46	95	0	199	42	23	7	26	1.81
19877682--19877754	32	2.5	30	84	10	89	50	20	4	24	1.65
19879264--19879292	15	1.9	15	100	0	58	41	17	13	27	1.87
19885632--19885683	22	2.4	22	96	0	95	51	3	17	26	1.62
19897300--19897368	13	5.3	12	74	17	59	42	15	1	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19905957--19905990	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
19906769--19906810	4	10.2	4	85	14	59	0	23	0	76	0.79
19906764--19906808	20	2.3	19	88	7	72	0	22	2	75	0.91
19911400--19911433	16	2.1	16	88	0	50	35	20	0	44	1.52
19911459--19911499	20	2.1	19	90	4	64	41	19	0	39	1.52
19911588--19911746	80	2.0	80	97	0	300	46	16	7	29	1.74
19912304--19912337	9	3.9	9	84	7	52	0	20	0	79	0.73
19912304--19912337	13	2.6	13	95	0	59	0	20	0	79	0.73
19912304--19912337	17	2.0	17	94	0	59	0	20	0	79	0.73
19919464--19920219	2	378.0	2	100	0	1512	0	0	50	50	1.00
19924524--19924569	6	7.7	6	92	0	74	17	0	50	32	1.47
19926761--19926795	17	2.1	17	89	10	54	68	0	0	31	0.90
19926728--19926800	23	3.3	23	78	5	78	64	0	0	35	0.94
19929027--19929141	57	2.0	56	90	3	185	21	31	13	32	1.93
19932867--19932908	16	2.7	16	78	17	52	35	0	4	59	1.19
19932938--19932982	23	2.0	23	86	0	63	71	0	0	28	0.87
19932950--19932989	16	2.5	16	100	0	80	75	0	0	25	0.81
19943860--19944068	41	5.1	41	77	2	206	31	29	20	18	1.96
19946207--19946270	31	2.1	31	96	0	119	25	28	12	34	1.92
19951976--19952004	5	5.8	5	100	0	58	20	58	20	0	1.39
19959917--19959953	19	2.0	19	89	5	58	56	5	0	37	1.22
19959961--19959986	7	3.7	7	100	0	52	42	0	11	46	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19960398--19960442	4	11.5	4	78	21	51	0	24	0	75	0.80
19960398--19960442	14	3.1	14	90	9	65	0	24	0	75	0.80
19960483--19960526	21	2.2	20	84	11	56	34	6	0	59	1.24
19965716--19965746	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
19966572--19966676	38	2.6	41	69	11	101	25	19	23	31	1.98
19985036--19985082	17	2.8	16	79	17	51	57	4	2	36	1.30
19987022--19987102	31	2.6	31	92	0	126	23	23	12	40	1.88
20004309--20004602	146	2.0	146	96	0	543	39	25	4	31	1.75
20008150--20008177	14	2.0	14	100	0	56	7	21	7	64	1.43
20008710--20008779	31	2.2	32	92	2	115	30	22	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284