genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
694268--694535	49	5.6	49	76	11	229	25	19	30	24	1.98
694268--694529	142	1.9	140	84	7	352	25	19	30	24	1.98
698124--698163	16	2.7	14	82	14	53	27	0	0	72	0.85
699163--699197	7	5.0	7	92	0	61	14	17	28	40	1.88
703040--703108	34	2.0	34	97	0	129	33	13	17	36	1.88
707922--708093	90	1.9	90	95	0	308	26	12	20	40	1.88
715257--715290	17	2.0	17	94	0	59	17	11	14	55	1.68
725216--725291	23	3.2	25	65	27	65	27	19	28	23	1.98
725184--725310	46	2.8	46	92	4	206	27	18	29	24	1.98
725226--725297	22	3.2	22	65	27	60	30	18	27	23	1.97
726401--726425	13	1.9	13	100	0	50	32	20	40	8	1.81
732812--732973	46	3.5	45	78	12	159	28	16	29	25	1.97
735813--736026	47	4.6	46	77	9	177	26	18	30	25	1.98
735813--736026	93	2.3	92	80	8	227	26	18	30	25	1.98
742935--743150	46	4.6	46	73	13	140	27	15	27	29	1.96
742935--743150	93	2.3	93	79	12	203	27	15	27	29	1.96
748188--748935	374	2.0	374	100	0	1496	34	12	20	31	1.90
749734--749892	47	3.4	46	72	9	133	28	20	27	23	1.99
758644--758684	15	2.9	15	79	17	52	31	0	0	68	0.90
760940--760970	15	2.1	15	100	0	62	48	6	0	45	1.28
761542--761580	2	19.5	2	100	0	78	51	48	0	0	1.00
763844--763880	19	1.9	19	94	0	65	27	5	5	62	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763839--763927	3	28.7	3	73	15	65	32	5	3	58	1.38
764107--764163	3	18.7	3	76	16	55	33	1	1	63	1.15
764524--764579	24	2.3	26	82	14	75	41	12	3	42	1.60
764525--764577	23	2.3	22	81	15	63	41	13	1	43	1.54
766147--766199	21	2.6	20	91	5	88	30	5	0	64	1.17
770233--770363	33	4.0	33	83	0	154	16	19	21	43	1.88
771423--771560	40	3.5	40	94	0	249	33	23	15	26	1.95
775078--775110	17	1.9	17	93	0	57	39	27	9	24	1.85
780130--780251	60	2.0	60	91	4	199	31	13	3	52	1.56
781134--781244	54	2.1	54	98	0	213	53	9	4	33	1.53
785538--785639	20	5.1	20	75	4	80	40	20	29	9	1.85
798853--798984	64	2.1	64	85	2	176	33	23	17	25	1.96
798933--799029	50	1.9	50	85	4	133	38	20	16	24	1.93
803375--803423	20	2.4	20	86	10	64	51	16	22	10	1.74
806444--806482	17	2.3	17	86	0	51	46	2	7	43	1.46
809818--810077	48	5.5	48	71	11	144	26	19	29	24	1.98
809956--810077	48	2.5	49	84	4	149	27	18	29	25	1.98
812050--812201	43	3.4	43	84	12	205	32	10	14	42	1.80
812087--812188	50	2.0	50	100	0	204	32	11	15	40	1.84
812090--812235	50	2.8	50	88	6	193	32	10	14	41	1.81
812873--813050	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
812894--813049	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819672--819849	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
819693--819848	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
822411--822644	49	4.7	49	82	3	270	27	26	19	26	1.99
823343--823432	27	3.3	27	85	0	117	27	26	16	28	1.97
828624--828669	25	1.9	25	82	8	60	54	6	2	36	1.39
828710--828772	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
828802--828844	22	2.0	22	85	0	59	58	11	9	20	1.61
831226--831281	17	3.2	17	72	25	53	21	5	5	67	1.31
832001--832031	7	4.3	7	92	8	53	41	0	0	58	0.98
832001--832031	15	2.1	14	94	5	53	41	0	0	58	0.98
832092--832140	21	2.4	21	83	6	66	36	0	2	61	1.08
838829--838891	20	3.1	21	77	8	60	34	19	11	34	1.87
838842--838941	20	5.0	20	70	11	62	42	18	7	33	1.77
839077--839202	23	5.3	25	77	11	81	35	20	19	24	1.95
839096--839210	45	2.5	46	84	8	130	37	20	19	23	1.94
839114--839210	23	4.2	23	79	11	101	38	21	19	20	1.94
840012--840059	21	2.3	20	75	3	51	41	16	6	35	1.74
842396--842664	49	5.6	49	74	9	205	23	26	19	30	1.98
842396--842667	94	2.8	97	83	4	284	23	26	19	30	1.98
849023--849089	28	2.4	28	97	0	125	14	35	26	22	1.93
851522--851546	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
859573--859753	49	3.7	49	74	6	163	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859682--859893	46	4.5	46	76	10	155	25	26	19	28	1.99
875324--875364	16	2.5	17	84	11	50	41	24	0	34	1.55
876493--876591	23	4.3	23	87	5	139	32	20	23	24	1.98
876506--876604	23	4.3	23	75	16	62	36	20	22	21	1.95
876784--876839	23	2.5	24	83	11	66	46	14	0	39	1.44
882947--882997	21	2.5	21	84	9	70	23	17	27	31	1.97
884353--884385	16	2.0	17	88	5	50	39	3	0	57	1.14
887551--887601	8	6.4	8	81	0	57	5	19	19	54	1.64
887557--887601	16	2.8	16	86	0	63	4	20	20	55	1.60
888812--888843	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
899436--899475	21	1.9	21	85	10	55	35	5	2	57	1.34
904793--904849	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
904781--904851	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
904786--904840	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
906437--906491	27	2.0	27	100	0	110	32	16	14	36	1.89
907274--907377	48	2.2	48	82	6	122	29	22	30	17	1.96
909900--910012	38	2.9	38	89	2	154	22	24	27	25	2.00
909916--910023	38	2.8	38	91	0	162	20	24	27	27	1.99
910016--910170	43	3.6	43	93	0	265	10	25	32	30	1.90
911766--911827	31	2.0	31	100	0	124	48	12	6	32	1.67
915742--915923	27	6.7	27	84	0	247	40	21	8	28	1.83
915742--915923	54	3.4	54	89	0	283	40	21	8	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915878--916028	27	5.6	27	84	1	169	37	19	17	25	1.93
915913--916028	54	2.1	54	91	0	187	36	20	19	23	1.95
916244--916455	67	3.2	67	96	0	379	19	28	21	30	1.98
916330--916381	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
916397--916448	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
916570--916639	25	2.8	24	83	12	81	18	17	14	50	1.79
916567--916646	31	2.6	31	87	0	106	20	16	13	50	1.78
916634--916676	22	2.0	22	95	0	77	18	11	23	46	1.82
916567--916654	6	14.3	6	73	17	74	19	15	14	50	1.79
918083--918173	14	6.5	14	75	12	62	75	2	9	12	1.12
918205--918262	28	2.1	28	96	0	107	60	3	18	17	1.50
922220--922303	42	2.0	42	84	9	109	36	21	13	28	1.91
923947--923977	15	2.1	15	100	0	62	25	22	6	45	1.76
933194--933251	28	2.1	28	96	0	107	24	12	10	53	1.68
938466--938505	21	2.0	19	85	9	53	70	12	0	17	1.18
939634--939700	20	3.2	20	79	8	64	43	17	25	13	1.86
939715--939773	20	3.0	20	75	9	66	50	20	23	5	1.67
946462--946502	21	2.0	21	100	0	82	36	29	0	34	1.58
951389--951422	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
961185--961511	43	7.6	43	87	3	417	25	15	28	30	1.96
961187--961511	171	1.9	171	86	3	467	25	15	28	30	1.96
972762--972799	20	1.9	20	88	0	58	26	7	21	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
978273--978479	29	7.1	29	85	2	254	36	14	26	23	1.93
982040--982217	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
982061--982216	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
982743--982998	129	2.0	129	99	0	503	36	19	11	32	1.88
984555--984599	23	2.0	23	86	0	63	28	22	6	42	1.79
986056--986081	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
986134--986199	9	7.6	9	78	10	57	48	16	0	34	1.47
990566--990593	7	4.0	7	100	0	56	0	42	0	57	0.99
995465--995721	42	6.0	43	80	4	236	22	15	29	31	1.95
995495--995721	85	2.7	85	80	6	246	23	15	29	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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