genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6387381--6387495	27	4.3	27	83	5	126	20	22	20	35	1.96
6396659--6396719	10	5.9	10	75	5	59	34	11	19	34	1.88
6396767--6396838	25	3.0	24	80	13	76	30	22	22	25	1.99
6397330--6397375	22	2.0	23	83	4	58	32	10	2	54	1.47
6404644--6404710	10	6.6	10	81	6	73	37	11	19	31	1.88
6404644--6404710	21	3.3	21	85	4	84	37	11	19	31	1.88
6404644--6404710	16	4.4	15	77	7	64	37	11	19	31	1.88
6405284--6405329	22	2.0	23	83	4	58	34	13	0	52	1.40
6409815--6409989	39	4.5	39	91	0	296	21	24	29	24	1.99
6409960--6410008	24	2.0	24	96	0	89	22	22	26	28	1.99
6409921--6410110	63	3.0	63	96	0	344	22	24	27	24	2.00
6410023--6410071	24	2.0	24	96	0	89	22	22	26	28	1.99
6409843--6410138	102	2.9	102	73	9	314	21	24	29	25	1.99
6410047--6410138	39	2.4	39	90	0	139	20	25	29	25	1.99
6417891--6417946	27	2.1	27	86	6	78	60	3	0	35	1.14
6417968--6418014	18	2.7	17	80	9	51	36	6	0	57	1.24
6418310--6418403	10	9.3	10	71	16	52	32	5	0	61	1.18
6418306--6418378	30	2.4	30	76	13	78	35	2	0	61	1.10
6418560--6418622	9	6.9	9	75	10	56	33	4	1	60	1.27
6418560--6418616	17	3.1	18	78	9	62	33	5	1	59	1.30
6420619--6420701	43	1.9	43	80	4	96	30	19	21	28	1.98
6424141--6424248	38	2.8	38	94	0	180	21	22	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6424246--6424413	43	3.9	43	92	0	264	11	24	33	29	1.91
6427318--6427451	43	3.1	43	91	0	223	11	25	32	30	1.92
6427781--6427888	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
6446205--6446294	27	3.3	27	84	3	110	42	21	17	18	1.90
6446356--6446405	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
6464979--6465085	36	3.0	36	95	0	196	31	0	45	21	1.58
6479537--6479768	56	4.1	56	97	0	428	22	21	9	46	1.80
6480228--6480269	21	2.0	21	90	0	66	26	11	16	45	1.82
6487535--6488072	269	2.0	269	100	0	1076	27	29	14	28	1.95
6492337--6492564	48	4.9	48	75	7	225	28	25	20	26	1.99
6493445--6493491	23	2.0	23	91	0	76	34	25	14	25	1.94
6502691--6502768	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
6502721--6510356	174	43.9	174	99	0	15092	29	14	24	31	1.95
6513336--6513373	18	2.2	17	86	9	51	52	7	13	26	1.67
6518649--6519055	203	2.0	203	99	0	805	34	18	7	39	1.78
6532196--6532513	48	6.6	48	90	0	483	25	18	30	25	1.98
6535646--6535771	47	2.7	47	86	0	162	22	14	30	33	1.93
6537087--6537121	13	2.7	13	100	0	70	17	22	42	17	1.88
6538216--6538395	43	4.2	41	76	11	141	30	22	20	27	1.98
6538208--6538421	86	2.5	86	75	8	211	30	22	19	26	1.98
6542024--6542057	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
6543166--6543276	57	2.0	56	80	5	125	27	30	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6543496--6543532	16	2.3	16	85	0	56	10	16	18	54	1.71
6548214--6548261	18	2.4	20	83	13	55	14	39	25	20	1.91
6550898--6550961	28	2.2	28	81	8	76	32	29	12	25	1.92
6551031--6551068	19	2.1	19	90	5	60	15	39	18	26	1.91
6554260--6554315	15	3.7	15	81	9	78	58	10	17	12	1.61
6557804--6557940	66	2.1	66	95	4	258	27	26	8	37	1.85
6561088--6561217	50	2.6	49	90	1	188	30	26	16	25	1.97
6561088--6561271	101	1.8	99	82	2	233	30	26	17	26	1.97
6562260--6562330	13	5.5	13	84	0	79	39	25	8	26	1.84
6562260--6562330	26	2.7	26	80	0	88	39	25	8	26	1.84
6570174--6570357	67	2.8	64	79	8	212	29	16	30	23	1.96
6570767--6570914	64	2.2	68	78	10	160	31	16	29	22	1.96
6570791--6570974	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
6569811--6571044	617	2.0	617	98	0	2387	32	11	24	30	1.91
6582765--6583068	47	6.4	47	91	1	428	27	29	8	34	1.86
6587963--6588044	38	2.1	39	86	6	114	32	17	23	26	1.96
6591711--6591766	27	2.1	27	83	6	69	37	23	16	23	1.93
6593923--6594061	56	2.5	56	87	1	206	33	23	15	27	1.95
6597582--6597658	29	2.7	29	83	0	82	31	27	14	27	1.95
6600261--6600366	29	3.7	29	85	0	140	28	27	16	28	1.97
6608906--6608968	26	2.3	27	81	8	74	34	26	11	26	1.90
6610766--6610842	36	2.1	36	87	2	109	31	14	32	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6617498--6617687	40	4.8	40	88	1	267	27	27	21	23	1.99
6629366--6629473	28	3.9	28	82	10	123	26	30	14	27	1.95
6629371--6629479	56	1.9	56	88	3	166	25	30	14	29	1.95
6629696--6629737	16	2.6	16	92	0	66	11	19	21	47	1.81
6632592--6632766	96	1.8	96	89	0	278	33	16	16	33	1.91
6634005--6634053	22	2.2	22	86	10	73	67	2	4	26	1.19
6638466--6638581	40	2.9	39	73	8	108	21	19	29	29	1.98
6639267--6639319	19	2.8	19	91	0	88	47	0	13	39	1.43
6644215--6644370	40	3.9	40	93	1	251	26	27	21	23	1.99
6646050--6646094	16	2.7	17	82	3	56	20	2	8	68	1.27
6647540--6647687	75	2.0	75	85	2	199	30	23	16	29	1.96
6649144--6649189	12	3.8	12	82	0	56	15	19	0	65	1.28
6649223--6649262	18	2.3	18	87	8	57	10	25	2	62	1.39
6650709--6650736	14	2.0	14	100	0	56	28	0	7	64	1.20
6651075--6651124	27	1.9	27	84	8	68	58	20	0	22	1.40
6651310--6651430	50	2.4	52	88	2	183	39	14	13	32	1.85
6652486--6652537	25	2.1	25	96	0	95	44	9	23	23	1.82
6655475--6655588	50	2.2	52	86	7	171	38	14	14	32	1.86
6657889--6657999	27	4.1	27	79	10	120	38	22	23	15	1.92
6657889--6657999	54	2.1	54	86	3	152	38	22	23	15	1.92
6660119--6660233	55	2.1	56	83	8	146	34	21	25	18	1.96
6660144--6660233	27	3.2	27	85	7	119	32	23	25	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6660339--6660403	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
6671956--6672056	42	2.4	43	83	1	123	28	17	21	31	1.96
6671913--6672069	43	3.7	43	74	13	135	26	17	24	31	1.97
6675839--6676046	46	4.5	46	76	13	151	25	28	17	28	1.97
6675878--6676047	46	3.7	44	81	13	157	24	28	18	28	1.98
6683436--6683653	46	4.7	44	77	12	181	24	29	19	27	1.98
6683382--6683651	94	2.9	92	77	13	243	24	29	19	27	1.98
6683483--6683655	46	3.7	46	84	9	192	22	29	19	28	1.98
6685028--6685106	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
6685225--6685712	47	10.1	47	90	4	715	28	29	9	32	1.88
6685225--6685712	145	3.4	144	92	2	757	28	29	9	32	1.88
6694449--6694710	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
6700254--6700517	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
6709792--6709922	46	2.8	47	81	10	180	22	19	27	31	1.97
6709837--6709909	20	3.3	20	66	20	56	20	19	31	28	1.97
6713817--6714020	43	4.9	43	82	6	199	24	29	20	25	1.99
6713898--6714061	86	1.9	85	81	8	199	25	29	20	24	1.99
6719764--6719865	40	2.5	40	82	6	109	34	20	11	33	1.89
6727588--6727896	46	6.7	46	89	1	415	20	22	14	41	1.89
6728310--6728348	18	2.2	18	100	0	78	53	5	5	35	1.45
6729740--6729787	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
6734799--6734906	43	2.5	42	80	5	128	29	25	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6736942--6737115	88	2.0	88	95	0	312	33	19	17	29	1.95
6739787--6740180	47	8.4	47	88	0	572	32	8	30	28	1.86
6739842--6739964	22	5.3	22	63	21	63	32	9	30	27	1.89
6743014--6743066	20	2.7	20	88	2	81	11	26	37	24	1.89
6743595--6743627	13	2.4	14	90	5	50	48	21	0	30	1.50
6745072--6745102	16	1.9	16	93	0	53	16	9	0	74	1.07
6745226--6745269	3	15.0	3	81	13	56	63	2	2	31	1.19
6752464--6752513	10	5.2	10	80	7	59	68	2	2	28	1.12
6752462--6752507	19	2.4	19	92	7	76	69	2	0	28	1.00
6752806--6752844	20	2.0	20	90	10	62	25	2	5	66	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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