genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22954412--22954529	49	2.4	50	86	9	154	22	28	22	26	1.99
22954556--22954676	46	2.6	48	84	2	147	24	28	19	26	1.99
22959146--22959276	66	2.0	66	98	0	253	25	4	32	37	1.77
22959903--22960040	70	2.0	70	98	0	267	18	13	40	27	1.88
22964628--22964719	48	1.9	47	93	0	148	35	14	26	22	1.92
22970203--22970424	96	2.3	96	86	1	293	27	20	28	24	1.99
22970208--22970424	48	4.5	48	84	1	247	27	20	28	23	1.99
22978545--22978672	46	2.8	46	89	0	184	21	18	28	31	1.97
22990850--22990915	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
22992810--22992862	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
23001065--23001137	29	2.5	28	85	14	96	28	15	28	27	1.96
23001095--23001421	174	1.9	174	96	0	609	29	14	24	31	1.94
23004325--23004523	27	7.3	27	84	2	229	30	23	7	39	1.82
23004328--23004523	81	2.4	81	87	2	259	30	21	7	39	1.82
23004555--23004756	27	7.4	27	75	5	122	39	16	10	33	1.82
23004555--23004756	54	3.7	54	76	5	181	39	16	10	33	1.82
23005605--23005635	16	1.9	16	93	0	53	32	19	12	35	1.90
23005668--23005737	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
23005667--23005750	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
23016932--23017073	67	2.1	67	82	5	167	31	21	26	19	1.98
23017003--23017054	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
23017308--23017339	8	4.0	8	95	0	55	9	37	28	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23023830--23023956	63	2.0	62	92	3	218	26	25	23	23	1.99
23031863--23031995	65	2.0	65	94	0	230	35	27	8	29	1.86
23039761--23039940	90	2.0	90	96	0	333	34	7	16	41	1.77
23040168--23040340	46	3.7	46	77	13	201	21	21	27	28	1.99
23040165--23040335	93	1.8	93	93	0	297	21	22	28	27	1.99
23046271--23046424	43	3.6	42	93	2	256	29	32	25	12	1.92
23046417--23046520	38	2.7	38	84	0	127	30	25	20	23	1.98
23049887--23049920	17	2.0	17	100	0	68	35	17	17	29	1.93
23052250--23052323	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
23056138--23056315	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23056159--23056314	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23064097--23064406	151	2.0	153	93	3	525	36	21	10	32	1.86
23081347--23081661	48	6.5	48	76	4	242	26	24	19	29	1.98
23081395--23081678	96	2.9	95	80	5	329	26	23	19	30	1.98
23086759--23086784	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
23087245--23087414	27	6.3	27	83	6	159	32	13	16	37	1.88
23087288--23087570	27	10.6	27	81	10	314	31	10	19	38	1.86
23087885--23087947	28	2.3	28	86	2	83	28	33	15	22	1.95
23095015--23095070	28	2.0	28	96	0	103	23	14	19	42	1.88
23095448--23095632	40	4.6	39	83	5	203	24	22	28	24	2.00
23095448--23095630	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
23095501--23095664	79	2.1	77	82	7	188	26	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23096723--23097129	204	2.0	204	96	0	742	31	16	21	30	1.95
23105095--23105255	79	2.0	79	95	0	286	36	24	11	28	1.90
23106863--23106888	11	2.4	11	100	0	52	61	15	0	23	1.33
23115345--23115514	40	4.3	40	88	0	207	24	21	28	25	1.99
23115292--23115514	80	2.8	79	82	3	241	24	21	28	25	1.99
23115367--23115549	79	2.3	80	82	1	226	25	21	28	24	1.99
23117422--23117497	27	2.8	27	86	7	93	28	17	17	36	1.92
23117463--23117697	27	8.7	26	79	10	179	32	8	18	40	1.80
23117463--23117697	54	4.3	54	78	7	237	32	8	18	40	1.80
23117463--23117697	81	2.9	80	75	15	257	32	8	18	40	1.80
23117995--23118096	28	3.6	28	82	12	120	24	30	12	32	1.92
23121043--23121426	27	14.2	27	77	9	189	32	8	17	41	1.79
23121056--23121318	81	3.2	79	74	12	228	32	7	17	42	1.77
23121056--23121452	135	2.9	135	88	2	557	31	7	19	41	1.79
23121220--23121452	108	2.2	108	85	3	317	29	6	21	42	1.77
23121087--23121452	27	13.5	26	78	6	230	31	6	18	42	1.77
23121751--23121865	28	4.1	28	85	6	144	26	33	12	27	1.92
23124453--23124571	47	2.6	45	80	7	130	29	23	15	31	1.96
23124607--23125583	31	31.5	31	98	0	1864	28	25	19	26	1.99
23125561--23125837	50	5.5	50	89	1	421	26	21	15	36	1.94
23125588--23125837	100	2.5	100	98	1	484	27	21	15	36	1.93
23128125--23128228	3	34.3	3	75	5	84	58	1	6	32	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23128232--23128366	68	2.0	68	94	2	236	61	5	9	22	1.49
23129693--23129845	44	3.4	45	77	8	136	26	20	21	32	1.98
23130075--23130744	45	14.9	44	69	12	317	29	21	17	31	1.96
23130170--23130473	137	2.2	137	91	0	500	29	20	17	31	1.96
23129953--23130335	182	2.1	182	87	0	534	30	20	17	31	1.96
23129990--23130653	318	2.1	319	87	2	958	29	21	17	31	1.96
23130308--23130694	181	2.1	180	87	2	562	29	22	17	30	1.96
23130311--23130654	92	3.7	92	74	9	315	30	21	17	30	1.96
23130347--23130654	96	3.3	95	74	10	323	31	22	16	29	1.95
23131643--23131698	23	2.5	22	80	5	67	3	17	0	78	0.89
23132376--23132410	3	12.0	3	93	6	63	0	31	0	68	0.90
23137440--23137543	3	34.3	3	75	5	84	58	1	6	32	1.35
23141915--23142037	61	2.0	61	98	0	237	28	30	13	27	1.94
23142463--23142495	17	2.0	17	88	5	50	15	3	30	51	1.58
23153216--23153259	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
23155568--23155615	25	1.9	25	82	0	60	39	20	6	33	1.78
23155662--23155719	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
23155666--23155719	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
23155770--23155842	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
23155769--23155863	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
23156057--23156120	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
23157564--23157726	48	3.4	48	99	0	317	36	26	17	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23158539--23158714	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
23158536--23158707	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
23166098--23166273	46	3.8	46	77	12	198	21	20	28	29	1.98
23166095--23166266	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
23178026--23178188	43	3.8	43	76	9	145	31	25	17	25	1.97
23204983--23205133	40	3.8	40	94	0	266	25	27	23	23	2.00
23206225--23206324	48	2.1	48	98	0	191	45	22	5	28	1.73
23213511--23213633	43	2.9	42	76	7	122	32	26	16	25	1.96
23217572--23217685	26	4.3	26	83	7	113	35	21	23	19	1.95
23217605--23217681	28	2.8	28	86	7	97	33	20	24	20	1.97
23217572--23217685	55	2.1	52	82	7	131	35	21	23	19	1.95
23219772--23219860	27	3.3	26	80	9	106	38	22	20	19	1.94
23219778--23219856	28	2.9	27	81	7	97	37	21	20	20	1.94
23221575--23221661	43	2.0	43	97	0	165	28	39	12	19	1.88
23224311--23224425	27	4.3	27	84	5	144	37	20	20	20	1.95
23229565--23229652	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
23229799--23230423	318	2.0	317	94	0	1090	38	18	7	35	1.78
23236244--23236333	47	1.9	47	93	0	153	34	21	3	41	1.69
23242524--23242599	40	1.9	40	94	0	134	30	18	22	28	1.97
23245913--23245970	29	2.0	29	96	0	107	27	18	3	50	1.63
23251158--23251291	27	5.0	27	89	0	196	24	13	18	43	1.86
23262942--23263008	34	2.0	34	82	5	82	26	23	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23268541--23268756	27	8.0	27	76	6	152	40	18	10	31	1.84
23269016--23269136	40	3.0	41	88	2	190	23	23	28	25	2.00
23269760--23269859	41	2.4	41	91	0	164	30	29	20	21	1.98
23285404--23285448	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
23285564--23285771	55	3.8	53	80	7	231	22	25	17	35	1.95
23285564--23285764	108	1.8	110	89	4	318	22	24	17	34	1.96
23292571--23292660	7	12.0	7	69	25	51	46	1	1	51	1.15
23292560--23292654	39	2.5	40	73	23	96	48	1	1	49	1.15
23292569--23292649	7	11.9	7	72	15	53	46	1	1	50	1.17
23293842--23293895	22	2.5	22	84	9	74	14	25	18	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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