genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81873797--81873850	20	2.7	20	91	0	90	14	29	35	20	1.93
81874662--81874715	24	2.3	23	84	9	65	48	12	5	33	1.65
81874914--81875035	43	2.9	42	80	7	131	27	23	18	30	1.98
81879158--81879191	12	3.0	12	87	12	54	8	8	8	73	1.25
81905062--81905109	24	2.0	24	95	0	87	25	22	8	43	1.81
81916620--81916658	16	2.4	17	95	4	71	48	33	5	12	1.63
81921948--81921979	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
81923505--81923565	28	2.1	29	87	3	88	27	13	29	29	1.94
81924112--81924159	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
81924173--81924265	43	2.2	43	90	3	143	29	6	12	51	1.65
81927933--81927980	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
81927994--81928086	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
81929670--81929726	27	2.1	27	83	6	71	19	19	24	36	1.94
81943744--81944083	176	1.9	176	94	0	599	27	23	14	34	1.94
81950519--81950549	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
81958036--81958122	43	2.0	43	95	2	156	19	11	44	24	1.83
81958396--81958430	16	2.1	17	89	5	54	82	0	17	0	0.66
81960690--81960730	21	1.9	21	85	14	57	39	2	7	51	1.43
81961562--81961962	199	2.0	199	98	0	775	26	19	22	31	1.98
81963591--81963648	28	2.1	28	100	0	116	48	10	17	24	1.78
81964055--81964190	23	5.8	24	73	14	97	23	22	19	35	1.96
81969571--81969649	41	1.9	41	89	0	122	36	17	20	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81969892--81969950	21	2.8	22	76	7	77	22	10	37	30	1.87
81970616--81970692	38	2.0	38	100	0	154	48	36	5	10	1.60
81970713--81970814	40	2.5	40	90	3	152	47	21	7	23	1.77
81972474--81972502	15	1.9	15	100	0	58	41	37	6	13	1.72
81972813--81973141	64	5.1	64	98	0	613	45	17	14	22	1.85
81973345--81973389	6	7.5	6	87	0	54	60	13	8	17	1.58
81973335--81973407	18	4.1	18	78	7	67	56	12	9	21	1.64
81973928--81973996	31	2.2	32	82	10	90	21	10	21	46	1.81
81975013--81975501	242	2.0	243	97	0	917	28	16	19	34	1.94
81983439--81983500	30	2.1	30	93	0	106	35	19	12	32	1.90
81988014--81988128	27	4.3	26	82	5	122	36	20	24	18	1.95
81988014--81988128	54	2.1	54	82	3	142	36	20	24	18	1.95
81989125--81989567	222	2.0	222	99	0	877	29	23	9	37	1.86
81989968--81990077	26	4.2	26	96	0	193	35	23	5	35	1.78
81994059--81994173	27	4.3	26	81	5	122	37	21	22	18	1.94
81994059--81994173	54	2.1	54	82	3	142	37	21	22	18	1.94
81995790--81995899	26	4.2	26	91	6	179	35	22	5	36	1.78
81996695--81996745	26	2.0	26	96	0	93	37	31	15	15	1.89
82000211--82000252	17	2.7	16	78	14	52	9	0	42	47	1.36
82001254--82001359	51	2.0	53	89	5	162	18	14	20	46	1.84
82001650--82001685	15	2.3	16	90	4	56	13	2	0	83	0.76
82008653--82008686	5	6.6	5	86	6	50	82	0	2	14	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82008653--82008686	16	2.1	16	94	0	59	82	0	2	14	0.79
82009156--82009203	23	2.1	23	96	0	87	37	12	0	50	1.41
82010931--82011170	105	2.3	105	85	0	327	20	24	30	24	1.98
82011373--82011491	50	2.4	50	87	4	170	22	21	24	31	1.99
82014139--82014179	18	2.3	18	86	0	55	39	4	2	53	1.35
82014523--82014561	19	2.1	19	100	0	78	30	5	25	38	1.78
82016759--82016907	23	6.3	23	69	12	81	34	19	21	24	1.96
82016852--82016907	26	2.2	26	84	6	71	33	19	21	25	1.97
82016815--82016907	24	3.8	25	72	12	86	34	20	21	23	1.97
82019862--82019926	34	1.9	34	93	0	112	29	12	15	43	1.83
82020039--82020126	45	2.0	45	86	4	124	26	22	12	38	1.90
82029342--82029385	19	2.3	19	92	4	70	52	11	0	36	1.38
82030488--82030526	5	7.8	5	88	0	51	41	25	17	15	1.89
82032006--82032068	31	2.0	31	100	0	126	25	19	15	39	1.91
82032134--82032198	16	4.3	15	74	18	64	18	0	27	53	1.44
82042964--82043286	159	2.0	159	98	0	619	39	22	15	21	1.92
82050704--82050729	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
82053541--82053597	25	2.2	25	81	9	62	40	5	5	49	1.48
82055352--82055480	40	3.2	41	80	7	131	26	14	29	29	1.95
82062210--82062504	148	2.0	148	98	0	572	29	23	12	35	1.91
82067529--82067661	40	3.3	40	84	9	173	25	16	28	29	1.97
82067528--82067710	81	2.2	83	81	7	214	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82067551--82067703	41	3.7	42	80	6	120	27	16	24	31	1.96
82070656--82070822	43	3.9	43	80	3	194	32	25	14	26	1.95
82071232--82071311	40	2.0	40	92	2	135	28	17	7	46	1.75
82073204--82073251	25	1.9	25	82	0	60	10	16	0	72	1.10
82074615--82074657	21	2.0	22	90	4	70	25	16	34	23	1.95
82079419--82079661	101	2.4	100	81	2	263	25	17	25	31	1.97
82079520--82079661	50	2.9	50	88	1	196	24	16	28	30	1.96
82086538--82086697	80	2.0	80	97	0	302	33	17	22	26	1.96
82091848--82091885	18	2.1	18	85	9	51	21	31	15	31	1.94
82094581--82094794	49	4.5	49	72	10	158	25	28	20	26	1.99
82094722--82094893	46	3.7	46	75	15	149	23	28	18	29	1.98
82096804--82096910	43	2.5	43	86	4	146	19	30	31	17	1.95
82097745--82097839	32	2.9	32	92	1	154	29	5	25	40	1.77
82101648--82101714	29	2.3	30	84	2	82	28	20	0	50	1.48
82104238--82104488	53	4.8	53	77	9	223	35	18	24	21	1.96
82104680--82104710	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
82111824--82112081	55	4.9	54	79	7	253	35	18	25	20	1.95
82111832--82112032	108	1.8	110	89	4	318	33	18	26	21	1.96
82112271--82112301	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
82116936--82116995	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
82116945--82116978	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
82118333--82118384	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82120661--82120729	36	1.9	36	97	2	131	50	4	14	30	1.62
82123265--82123311	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
82138046--82138084	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
82141070--82141152	27	3.1	27	84	6	89	38	20	13	27	1.90
82141107--82141222	27	4.3	27	80	0	115	42	18	18	19	1.90
82141614--82141714	34	3.0	34	91	0	148	28	18	24	27	1.98
82141603--82141692	34	2.4	39	73	21	100	28	20	22	28	1.98
82142151--82142303	76	2.0	76	97	0	288	28	21	13	35	1.92
82148374--82148416	21	2.0	21	100	0	86	27	25	13	32	1.94
82148684--82148741	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
82148684--82148744	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
82150367--82150463	30	3.2	31	75	5	101	28	27	14	28	1.95
82150975--82151027	24	2.2	24	82	0	70	37	0	41	20	1.53
82152435--82152534	28	3.6	28	75	6	96	19	23	22	36	1.95
82152435--82152547	27	4.1	27	79	6	104	18	22	22	37	1.94
82158482--82158770	145	2.0	145	99	0	569	26	18	23	30	1.98
82164287--82164341	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
82171367--82171397	11	2.8	11	95	0	53	61	25	0	12	1.32
82171621--82171667	21	2.1	21	84	11	58	53	2	8	36	1.44
82177173--82177211	18	2.1	19	85	4	53	53	5	2	38	1.37
82179555--82179591	5	7.2	5	87	6	56	16	2	0	81	0.81
82184010--82184063	5	10.4	5	90	6	81	18	1	0	79	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82184849--82184899	25	2.0	25	100	0	102	41	0	27	31	1.56
82186574--82186735	26	6.2	26	97	0	297	32	1	25	40	1.64
82188356--82188495	27	5.2	27	86	2	165	18	23	22	35	1.95
82188356--82188495	54	2.6	55	87	2	185	18	23	22	35	1.95
82188557--82188596	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
82201680--82202004	173	1.9	173	88	0	497	32	9	21	37	1.85
82207701--82207815	60	2.0	55	85	11	153	37	20	9	33	1.85
82215735--82215809	12	6.8	11	70	22	52	52	2	0	45	1.15
82215747--82215809	12	5.4	12	73	21	55	49	3	0	47	1.17
82216133--82216221	27	3.2	27	72	20	85	37	16	7	38	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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