genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63337732--63337775	9	4.7	9	84	15	54	68	0	0	31	0.90
63337733--63337824	19	4.8	18	70	15	60	64	0	5	30	1.16
63337734--63337849	49	2.4	49	75	16	116	62	0	6	31	1.19
63338756--63338798	10	4.1	10	77	11	50	34	0	2	62	1.08
63349571--63351038	366	4.0	365	89	2	2212	30	26	16	26	1.97
63351028--63351405	127	3.0	127	95	0	679	37	21	10	30	1.87
63352609--63352645	13	2.6	15	83	8	51	35	0	5	59	1.20
63352774--63352823	22	2.4	20	80	6	55	42	2	18	38	1.61
63362447--63362495	9	5.3	9	82	2	53	71	0	16	12	1.14
63363244--63363284	14	2.7	15	82	17	50	43	0	19	36	1.51
63363554--63363587	17	2.1	16	89	10	52	44	0	20	35	1.52
63366923--63367080	43	3.7	42	79	10	160	31	27	16	24	1.96
63378105--63378155	20	2.6	19	78	12	50	23	0	5	70	1.09
63379892--63379952	31	2.0	31	87	6	88	39	13	1	45	1.53
63379894--63379966	31	2.4	31	79	9	78	36	15	2	45	1.60
63386302--63386363	30	2.1	30	93	0	106	35	14	24	25	1.93
63389075--63389181	58	1.9	58	81	10	136	35	3	1	58	1.26
63389855--63389904	19	2.6	20	75	18	52	66	4	0	30	1.10
63389840--63389902	28	2.1	29	85	8	83	63	4	0	31	1.15
63390528--63390557	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
63395750--63395787	18	2.2	18	85	4	51	65	7	15	10	1.45
63396864--63396907	23	1.9	23	90	0	70	36	15	0	47	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63396954--63397006	4	13.8	4	78	7	56	22	3	1	71	1.12
63396948--63397012	26	2.5	26	82	2	85	21	3	3	72	1.12
63397136--63397452	110	2.9	109	86	3	408	29	17	18	34	1.94
63401545--63401584	9	4.2	10	87	12	66	82	7	0	10	0.84
63401537--63401584	19	2.6	18	90	3	60	83	6	2	8	0.88
63401545--63401584	18	2.2	19	95	4	73	82	7	0	10	0.84
63403671--63403980	46	6.8	46	91	0	471	25	13	28	32	1.94
63404123--63404304	44	4.1	44	67	18	126	31	17	25	25	1.97
63403993--63404430	132	3.3	132	95	0	781	30	18	24	26	1.98
63405073--63405110	18	2.1	18	85	9	51	65	7	15	10	1.45
63406275--63406327	4	13.8	4	78	7	56	22	3	1	71	1.12
63406269--63406333	26	2.5	26	82	2	85	21	3	3	72	1.12
63406457--63406771	110	2.9	109	89	1	447	30	16	19	33	1.94
63407413--63408586	298	3.9	295	80	7	1117	39	9	14	36	1.78
63411727--63411756	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
63413157--63413190	18	1.9	18	88	5	52	35	0	5	58	1.22
63423799--63424824	533	1.9	533	88	4	1568	43	14	6	36	1.70
63428636--63429031	180	2.2	181	86	0	551	32	16	19	31	1.94
63430909--63431314	26	16.1	25	70	16	200	29	6	3	60	1.40
63431125--63431314	50	3.9	48	79	12	176	28	6	3	62	1.35
63431205--63431276	24	3.1	23	69	16	58	29	5	1	63	1.25
63431092--63431328	97	2.4	97	82	11	257	29	5	3	61	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63435784--63435844	28	2.3	27	83	16	74	45	1	0	52	1.10
63437314--63437423	54	2.0	55	94	1	195	58	9	0	32	1.30
63441022--63441061	17	2.5	15	88	8	53	55	0	0	45	0.99
63444490--63444550	28	2.3	27	83	16	74	45	1	0	52	1.10
63447211--63447250	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
63451279--63451538	45	6.0	43	85	5	301	26	15	23	35	1.94
63451289--63451576	45	6.6	42	83	7	231	25	14	24	35	1.93
63451278--63451576	85	3.4	87	85	5	356	26	14	23	35	1.93
63454359--63454430	36	2.0	36	100	0	144	33	25	5	36	1.79
63458763--63458805	22	2.0	22	90	0	68	48	13	9	27	1.73
63461730--63461777	6	8.0	6	100	0	96	33	0	0	66	0.92
63461888--63461966	36	2.1	37	88	4	115	43	0	3	53	1.19
63472919--63472995	38	2.0	38	97	0	145	38	15	5	40	1.70
63476703--63476776	26	2.6	30	79	16	102	41	6	16	35	1.74
63477366--63477411	24	1.9	24	82	8	58	41	2	4	52	1.33
63483705--63483766	32	2.0	31	96	3	115	41	8	12	37	1.73
63485380--63485470	45	2.0	45	95	0	164	27	12	25	35	1.91
63499377--63499444	34	2.0	34	85	5	93	30	23	25	20	1.98
63503303--63503341	20	2.0	20	89	0	60	25	7	23	43	1.80
63503314--63503375	9	6.8	9	80	10	63	24	8	27	40	1.83
63503333--63503374	17	2.4	17	84	4	57	23	9	30	35	1.87
63505174--63505212	20	2.0	20	89	0	60	25	7	23	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63505185--63505246	9	6.8	9	80	10	63	24	8	27	40	1.83
63505204--63505245	17	2.4	17	84	4	57	23	9	30	35	1.87
63507160--63507197	13	2.8	14	80	19	53	21	5	7	65	1.38
63507204--63507237	15	2.3	15	94	0	59	17	0	17	64	1.29
63517254--63517377	56	2.2	56	80	2	135	37	9	16	36	1.82
63517564--63517601	17	2.2	17	86	9	51	57	28	5	7	1.49
63519060--63519106	24	2.0	25	84	15	66	55	6	0	38	1.26
63519299--63519336	20	1.9	20	84	10	51	42	28	5	23	1.76
63521632--63521678	17	2.7	17	86	3	58	38	2	4	55	1.31
63523095--63523143	22	2.2	21	82	13	55	42	8	6	42	1.59
63526174--63526221	21	2.2	23	92	7	82	4	2	18	75	1.07
63528565--63528624	31	1.9	31	100	0	120	46	10	10	33	1.71
63531042--63531068	6	4.5	6	100	0	54	48	0	18	33	1.49
63532884--63533106	3	72.7	3	67	11	80	57	2	8	31	1.41
63536455--63536484	15	2.0	15	93	0	51	56	0	13	30	1.37
63537142--63537185	21	2.1	21	87	8	63	75	4	9	11	1.19
63537590--63537623	15	2.4	14	90	5	50	44	8	0	47	1.34
63539936--63540026	44	2.1	44	93	0	155	26	13	9	50	1.72
63540123--63540167	11	4.1	11	79	0	54	15	2	20	62	1.43
63540130--63540173	22	2.0	22	100	0	88	18	0	22	59	1.38
63541278--63541434	41	3.8	41	80	3	190	20	19	26	33	1.96
63542238--63542541	138	2.2	137	84	6	393	26	8	20	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63542306--63542584	69	4.0	69	86	3	355	25	8	20	44	1.81
63542504--63542564	22	2.6	24	74	12	63	27	9	19	42	1.83
63546563--63546606	23	1.9	23	90	9	72	40	22	4	31	1.74
63558415--63558458	16	2.7	15	83	13	52	56	4	4	34	1.40
63560116--63560237	33	3.8	33	89	4	185	36	6	12	44	1.68
63560116--63560237	64	1.9	66	87	3	185	36	6	12	44	1.68
63560149--63560598	205	2.2	205	92	1	744	30	9	15	44	1.78
63560543--63560608	31	2.1	32	88	8	100	37	3	15	43	1.62
63560379--63560748	172	2.2	172	86	3	507	28	11	17	43	1.82
63566211--63566500	153	1.9	154	84	2	361	24	15	24	35	1.94
63573795--63573833	14	2.7	14	88	4	60	43	12	12	30	1.81
63575789--63575924	71	1.9	71	87	3	202	34	9	23	32	1.87
63576193--63576568	109	3.5	109	78	6	383	29	13	17	40	1.87
63577540--63577573	10	3.4	10	95	0	59	35	0	0	64	0.94
63580842--63580965	65	1.9	65	91	3	205	32	16	15	36	1.90
63584263--63584292	15	2.0	15	100	0	60	60	0	0	40	0.97
63585432--63585463	6	5.3	6	96	0	55	50	0	46	3	1.17
63593435--63593591	80	1.9	82	89	2	246	40	10	10	38	1.74
63597926--63597965	19	2.0	21	90	9	66	57	5	0	37	1.21
63599753--63599796	17	2.4	18	82	17	56	34	0	4	61	1.16
63605309--63605367	31	1.9	31	89	0	91	44	10	10	35	1.72
63609207--63609244	16	2.5	15	91	8	67	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63615422--63615451	15	1.9	16	93	6	53	66	10	0	23	1.21
63615916--63615956	18	2.2	19	83	12	50	26	4	4	63	1.35
63618747--63618939	95	2.0	94	89	4	291	22	15	18	43	1.87
63621151--63621202	19	2.7	19	87	0	77	21	7	21	50	1.73
63623166--63623273	56	1.9	55	90	1	171	45	15	6	32	1.72
63623967--63624072	37	2.9	37	90	2	162	25	22	16	35	1.94
63624035--63624199	46	3.2	52	84	11	243	27	23	14	35	1.93
63636355--63636397	4	10.8	4	94	0	77	27	0	23	48	1.51
63636356--63636991	212	3.0	217	89	3	966	36	18	16	28	1.93
63637898--63637928	13	2.5	12	94	5	53	83	0	16	0	0.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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