genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60808311--60808343	17	1.9	17	88	11	50	36	9	6	48	1.60
60809840--60809962	47	2.6	47	83	2	140	31	9	32	26	1.89
60810085--60810163	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
60816281--60816324	18	2.4	18	92	7	72	59	6	13	20	1.57
60819120--60819174	20	2.8	20	83	10	60	52	9	1	36	1.44
60821565--60821608	22	2.0	22	81	0	52	59	6	0	34	1.24
60825236--60825270	18	1.9	18	94	0	61	31	11	20	37	1.88
60833425--60833518	48	2.0	48	85	8	129	18	12	28	40	1.87
60833928--60834113	96	1.9	96	87	2	275	30	25	16	28	1.96
60834859--60834895	7	5.4	7	96	3	67	75	0	0	24	0.80
60839121--60839154	17	2.0	17	100	0	68	41	17	23	17	1.90
60840093--60840133	22	1.9	21	90	5	64	63	0	9	26	1.25
60840145--60840178	18	1.9	18	94	5	61	58	2	11	26	1.47
60840892--60840951	10	6.0	10	88	11	88	70	1	8	20	1.22
60842635--60842686	22	2.4	22	80	6	61	25	9	28	36	1.87
60847601--60847914	46	6.8	46	89	5	472	28	28	20	21	1.98
60851676--60851735	31	1.9	31	93	0	102	25	21	16	36	1.94
60851944--60852067	23	5.3	23	92	2	194	30	19	19	30	1.96
60852116--60852182	20	3.3	20	85	0	98	34	19	13	32	1.91
60852750--60852830	37	2.1	39	90	4	130	20	33	16	29	1.94
60859831--60859890	31	1.9	31	89	0	93	26	21	15	36	1.93
60860080--60860152	25	3.0	24	84	9	94	28	21	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60860202--60860268	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
60861143--60861195	27	2.0	27	92	0	88	39	28	16	15	1.89
60870804--60870911	37	2.9	37	92	0	180	25	32	18	23	1.97
60871052--60871197	48	3.0	48	88	0	229	30	26	6	36	1.82
60875860--60875884	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
60878322--60878376	23	2.4	23	87	0	83	21	18	18	41	1.90
60886142--60886193	22	2.4	22	90	0	86	25	13	28	32	1.93
60888543--60888582	15	2.6	15	88	4	53	60	0	2	37	1.11
60888710--60888768	30	2.0	30	86	6	84	47	11	8	32	1.70
60897426--60897496	36	2.0	36	97	0	133	26	16	22	33	1.96
60904494--60904666	46	3.8	45	77	13	190	22	20	26	30	1.99
60904491--60904661	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	29	1.99
60909746--60909806	30	2.0	30	96	0	113	32	3	18	45	1.65
60920185--60920447	45	5.8	45	75	8	185	19	20	16	43	1.88
60920235--60920447	90	2.4	88	83	7	243	18	20	16	44	1.87
60926503--60926544	12	3.5	12	86	0	66	33	40	14	11	1.82
60926654--60926691	18	2.1	18	90	0	58	44	34	15	5	1.69
60927616--60927766	42	3.6	41	82	6	153	31	24	18	25	1.97
60931139--60931313	46	3.8	46	76	13	187	29	29	20	21	1.98
60931146--60931317	93	1.8	93	92	0	290	29	29	20	21	1.98
60938723--60938894	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
60938716--60938891	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60945944--60945980	18	2.1	18	89	0	56	40	32	18	8	1.80
60946917--60947057	44	3.3	43	77	8	153	29	21	19	29	1.98
60947753--60947835	41	2.0	41	97	0	157	49	12	13	25	1.76
60962570--60962605	15	2.4	15	95	0	63	19	25	13	41	1.88
60966888--60966924	18	2.1	18	100	0	74	56	5	10	27	1.55
60967978--60968027	21	2.3	22	79	10	57	22	22	26	30	1.99
60980490--60980518	13	2.3	13	94	5	51	24	6	0	68	1.13
60993578--60993707	45	2.9	45	88	2	165	23	21	28	26	1.99
61006041--61006132	28	3.3	28	82	0	121	18	42	19	19	1.90
61007085--61007259	47	3.7	47	76	15	164	25	28	15	30	1.96
61007179--61007305	47	2.7	45	79	11	123	25	28	15	30	1.96
61010511--61010611	50	2.0	50	92	0	166	39	30	9	19	1.85
61012416--61012470	24	2.3	24	84	6	67	47	7	3	41	1.49
61027394--61027446	26	2.0	26	82	7	63	20	3	5	69	1.25
61027919--61027950	16	2.0	16	93	0	55	12	6	40	40	1.68
61028668--61029351	72	9.5	72	95	0	1199	32	17	17	33	1.93
61028668--61030102	216	6.6	217	79	14	1367	34	19	16	30	1.94
61029284--61029529	88	2.8	87	84	4	298	34	19	17	28	1.94
61029751--61030088	77	4.5	75	85	5	427	32	20	15	31	1.94
61029751--61030106	149	2.4	148	83	4	459	34	19	14	30	1.93
61030106--61030279	69	2.5	71	83	5	205	33	22	14	29	1.93
61044029--61044119	45	2.0	45	93	0	155	51	24	3	20	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61047362--61047500	31	4.5	31	88	5	201	29	17	27	25	1.97
61047535--61047641	47	2.3	46	88	3	160	32	14	22	29	1.94
61047617--61047743	42	3.0	42	82	8	145	33	14	23	29	1.94
61049252--61049630	187	2.0	187	85	3	512	29	22	15	32	1.95
61050705--61050980	135	2.0	135	97	0	525	28	23	15	31	1.95
61052078--61052195	40	3.0	40	97	0	218	28	29	19	22	1.98
61059540--61059603	26	2.5	26	81	0	74	20	28	23	28	1.99
61079219--61079281	31	2.0	31	90	0	99	46	7	4	41	1.54
61089273--61089363	40	2.3	39	80	3	101	38	21	29	9	1.86
61089415--61089457	20	2.2	20	91	8	70	39	23	25	11	1.88
61089967--61090026	30	2.0	31	87	9	88	18	45	1	35	1.60
61093924--61094133	56	3.8	56	91	0	321	32	23	16	27	1.96
61101627--61101676	18	2.7	19	75	3	57	40	16	0	44	1.47
61104273--61104307	12	2.9	12	86	0	52	34	5	25	34	1.80
61105256--61105305	24	2.1	24	85	7	66	38	0	4	58	1.17
61108983--61109057	35	2.1	35	92	0	123	18	20	28	33	1.96
61110602--61110691	44	2.0	44	100	0	180	27	6	15	50	1.69
61111737--61111761	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
61115709--61115743	15	2.3	16	90	9	56	37	11	2	48	1.54
61120092--61120145	23	2.3	23	84	6	65	75	5	1	16	1.07
61123549--61123596	24	2.0	24	91	0	78	54	0	2	43	1.12
61127750--61127915	48	3.5	46	77	9	154	33	27	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61138531--61138669	60	2.3	60	86	6	183	27	19	26	26	1.99
61138567--61138672	28	3.7	27	75	21	90	26	17	28	27	1.98
61140617--61140656	19	2.0	20	86	13	57	37	0	0	62	0.95
61140736--61140839	51	2.0	51	84	0	136	42	0	14	42	1.52
61142810--61142849	18	2.2	18	100	0	80	57	27	10	5	1.52
61143923--61143952	14	2.1	15	93	6	53	63	3	6	26	1.35
61144019--61144161	3	47.3	3	69	16	55	62	6	6	24	1.44
61145104--61145135	12	2.7	12	100	0	64	0	25	9	65	1.22
61145534--61145572	3	13.0	3	94	0	69	30	0	2	66	1.05
61146011--61146064	23	2.4	23	87	6	76	50	7	5	37	1.54
61151678--61151707	15	2.0	15	93	0	51	26	23	20	30	1.98
61159426--61159863	218	2.0	218	100	0	876	34	24	10	30	1.90
61164253--61164303	21	2.4	21	100	0	102	52	27	9	9	1.65
61165009--61165054	21	2.2	21	88	3	67	47	19	8	23	1.77
61166894--61166934	20	2.0	20	95	0	73	51	7	0	41	1.30
61171055--61171278	46	4.8	47	76	14	189	23	31	19	25	1.98
61171005--61171274	94	2.9	93	76	10	264	23	30	20	25	1.98
61174041--61174082	18	2.4	18	80	4	50	30	21	9	38	1.85
61178690--61178898	46	4.5	44	77	13	145	23	29	19	27	1.98
61178690--61178901	94	2.3	92	79	11	222	24	29	19	26	1.98
61181583--61181845	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
61181622--61181880	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61189536--61189798	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
61189575--61189833	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
61194934--61195414	131	3.7	130	75	8	397	36	18	18	27	1.94
61195164--61195418	130	1.9	132	86	3	363	34	17	18	29	1.94
61196311--61196350	21	2.0	20	90	5	62	50	0	10	40	1.36
61197546--61197597	26	2.0	26	96	0	95	13	11	28	46	1.78
61198139--61198177	19	2.1	19	85	0	51	15	2	5	76	1.06
61199591--61199623	4	8.2	4	93	0	57	72	3	0	24	0.98
61199714--61199752	3	13.3	3	84	15	55	66	0	0	33	0.92
61200646--61200696	13	4.1	12	78	16	50	5	9	3	80	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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