Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  248  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83208879--83208918
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2.0
20
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0
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0
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1.54
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1.97
83219473--83219635
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3.6
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83
7
179
25
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15
25
1.96
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1.9
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0
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1.79
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2.0
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0
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25
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83225739--83225922
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22
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2.00
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32
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0
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1984
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104
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0
776
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20
30
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2.1
72
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1
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23
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1.97
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2.0
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1.9
25
86
0
69
33
18
27
20
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83293020--83293102
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8
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16
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20
1.95
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25
2.7
25
78
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32
21
26
20
1.97
83293112--83293162
25
2.1
25
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68
33
19
23
23
1.97
83293296--83293354
25
2.4
24
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2
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35
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1.94
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21
2.7
21
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45
18
0
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100
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1.70
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79
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220
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21
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1.99
83304708--83304930
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209
25
21
27
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1.99
83304788--83304965
79
2.2
80
80
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191
25
21
28
24
1.99
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1.94
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0
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4.7
47
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2.4
94
85
4
288
27
31
8
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1.87
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10.8
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26
21
26
1.99
83338443--83338874
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5.4
80
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0
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25
26
21
26
1.99
83338443--83338874
120
3.6
120
91
0
684
25
26
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1.89
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3.8
37
94
0
244
25
31
19
24
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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122
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1.94
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10.9
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3.8
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0
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0
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0
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0
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2.4
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0
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18
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1.98
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1.98
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1
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2.0
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0
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5.4
27
98
0
274
36
28
7
26
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83475498--83475535
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2.4
16
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65
0
0
34
0.93
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2.0
23
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59
4
0
36
1.17
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3.4
18
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14
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1.18
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20
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9
4
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3
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20
3.5
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25.7
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3
4
61
1.32
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2.0
20
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29
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14
2.5
14
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0
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20
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183
23
34
21
21
1.97
83496319--83496393
34
2.2
34
95
4
134
42
26
9
21
1.83
83498323--83498357
18
1.9
18
88
0
52
14
2
0
82
0.77
83513624--83513658
18
2.0
18
94
5
63
17
31
40
11
1.85
83514075--83514156
41
2.0
41
85
0
110
30
18
19
31
1.96
83517251--83517533
144
2.0
144
84
4
374
27
30
15
26
1.96
83517203--83517523
96
3.3
97
77
7
316
26
29
16
27
1.97
83517203--83517533
48
6.9
48
76
6
287
26
29
16
26
1.97
83522782--83522869
42
2.1
42
97
0
167
10
40
17
31
1.82
83524595--83524874
144
2.0
143
85
2
382
24
29
17
27
1.98
83524545--83524874
48
6.9
48
75
8
282
24
29
18
26
1.98
83529181--83529215
17
2.1
17
88
0
52
34
0
0
65
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83530097--83530139
22
2.0
21
90
4
68
53
0
0
46
1.00
83531559--83531663
36
2.7
38
82
8
124
36
20
17
26
1.94
83532544--83532579
4
9.0
4
100
0
72
0
25
0
75
0.81
83534808--83534857
21
2.5
20
81
9
57
58
6
12
24
1.56
83536298--83536376
35
2.2
35
97
2
149
53
8
2
35
1.46
83537683--83537752
29
2.4
29
100
0
140
22
15
20
41
1.90
83542480--83542547
3
23.3
3
75
14
54
35
4
0
60
1.17
83542651--83542688
3
12.7
3
94
0
67
34
2
0
63
1.09
83548160--83548295
48
2.8
48
88
0
191
30
24
19
25
1.98
83551452--83551593
40
3.6
40
92
2
225
26
27
22
23
2.00
83559495--83559636
40
3.6
40
90
2
216
24
26
23
24
2.00
83568935--83569125
44
4.3
43
73
11
127
33
19
20
26
1.97
83568997--83569115
45
2.7
44
84
1
148
29
21
21
27
1.98
83569042--83569167
44
2.9
44
84
7
141
30
17
23
28
1.97
83569464--83569498
17
2.1
17
94
0
61
45
45
0
8
1.34
83570641--83570680
18
2.2
19
82
13
57
32
7
2
57
1.40
83570648--83570688
12
3.4
12
82
0
55
29
7
2
60
1.36
83578173--83578262
38
2.4
38
78
0
99
40
30
16
13
1.87
83582424--83582508
42
2.0
41
95
2
152
36
16
17
28
1.92
83588834--83588994
45
3.7
42
83
4
128
26
26
19
27
1.99
83588876--83589004
45
2.9
45
87
3
181
26
27
20
24
1.99
83589813--83589955
47
3.0
47
96
0
259
44
14
13
27
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83590995--83591094
50
2.0
50
100
0
200
26
16
14
44
1.85
83610500--83610639
25
5.6
25
82
2
122
30
19
25
25
1.98
83610500--83610638
50
2.8
50
80
5
140
30
19
25
25
1.98
83611420--83611459
20
2.1
19
90
4
62
30
5
2
62
1.29
83616334--83616363
16
1.9
15
93
6
51
36
3
0
60
1.14
83616570--83616628
17
3.6
17
71
17
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1
1
38
1.19
83617568--83617594
14
1.9
14
100
0
54
55
0
0
44
0.99
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1.9
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62
4
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1.39
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23
1.9
23
81
9
54
61
6
6
25
1.46
83624614--83624665
14
3.6
14
77
10
59
53
5
7
32
1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284