genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  219  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72706306--72706442	56	2.4	56	91	0	229	32	24	15	28	1.95
72709947--72709998	27	1.9	27	92	0	86	23	25	13	38	1.91
72710055--72710268	31	6.8	32	80	9	210	28	27	16	28	1.97
72710088--72710268	62	2.9	62	89	1	245	28	27	17	27	1.97
72710062--72710268	93	2.2	94	83	6	258	28	28	15	28	1.97
72710261--72710369	33	3.3	33	82	5	123	25	22	12	39	1.89
72715885--72715985	24	4.2	24	85	0	139	35	3	40	19	1.71
72718783--72718819	18	2.0	18	89	5	56	18	43	0	37	1.51
72722105--72722157	26	2.0	26	96	0	97	15	9	11	64	1.50
72727794--72727991	27	7.3	27	84	2	236	28	23	8	39	1.83
72727808--72727991	54	3.4	54	89	0	269	29	23	7	40	1.81
72727794--72727991	81	2.4	81	87	1	272	28	23	8	39	1.83
72728023--72728163	27	5.2	27	77	8	99	42	20	6	30	1.77
72728076--72728203	27	4.7	27	77	12	120	44	19	4	31	1.71
72728249--72728322	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
72728262--72728326	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
72747966--72748064	6	19.0	5	69	22	55	75	1	4	19	1.01
72747986--72748046	6	9.8	6	80	7	68	78	1	3	16	0.96
72747966--72748046	12	7.1	11	78	10	76	76	1	3	18	1.00
72747986--72748064	26	3.2	25	85	5	97	77	1	3	17	0.99
72751177--72751209	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
72753318--72753362	10	4.4	10	80	2	54	46	20	4	28	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72757013--72757275	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
72757052--72757310	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
72766754--72766910	43	3.7	43	80	12	180	24	19	26	29	1.99
72778619--72778796	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72778620--72778775	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72778616--72778796	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72784972--72785032	31	2.0	31	100	0	122	40	16	9	32	1.81
72789975--72790026	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
72790716--72790767	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
72789524--72791005	741	2.0	741	98	0	2883	36	23	17	22	1.95
72791561--72791613	27	2.0	26	85	3	70	32	24	26	16	1.97
72790616--72793182	846	3.0	846	89	4	3692	31	25	17	26	1.97
72791691--72793437	873	2.0	872	97	0	3316	30	25	17	26	1.97
72794553--72794596	15	2.7	17	83	16	58	50	2	0	47	1.13
72800125--72800212	42	2.1	42	80	6	97	36	22	12	28	1.91
72815673--72816310	319	2.0	319	100	0	1276	38	18	9	33	1.83
72817747--72817866	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
72820810--72821025	119	1.8	120	83	7	287	26	26	21	25	1.99
72820789--72821032	40	6.1	40	82	6	273	25	27	21	25	2.00
72832583--72832777	43	4.7	40	79	10	180	24	20	26	29	1.99
72833062--72833086	8	3.1	8	100	0	50	28	0	12	60	1.32
72837098--72837130	15	2.2	15	94	0	57	12	9	30	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72841278--72841412	68	2.0	68	98	0	261	30	20	25	22	1.99
72850853--72851009	43	3.7	43	75	7	158	26	16	26	31	1.97
72852210--72852247	19	2.0	19	89	0	58	44	7	2	44	1.47
72859505--72859554	26	2.0	26	88	7	77	30	0	6	64	1.18
72864221--72864313	38	2.4	39	76	18	95	43	6	3	47	1.45
72868130--72868168	20	2.1	19	90	9	62	38	20	0	41	1.53
72868063--72868173	57	2.0	53	81	16	127	34	24	0	41	1.55
72868809--72868843	18	1.9	18	88	11	54	0	34	0	65	0.93
72870232--72870271	18	2.3	18	91	4	64	0	35	0	65	0.93
72870503--72870545	16	2.6	17	85	10	63	55	2	0	41	1.12
72874893--72874928	18	2.0	18	88	0	54	33	5	19	41	1.75
72883118--72883205	36	2.4	36	90	3	142	18	23	34	23	1.96
72887815--72888076	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
72895182--72895398	109	2.0	109	97	0	407	29	13	17	38	1.89
72895502--72895939	221	2.0	219	97	0	831	31	13	19	35	1.91
72896167--72896289	40	3.1	40	97	0	228	25	21	27	25	2.00
72896306--72896384	40	2.0	40	82	5	97	22	22	27	26	1.99
72896200--72896372	94	1.8	94	87	2	258	24	23	26	26	2.00
72899092--72899223	66	2.0	66	96	0	246	32	9	15	43	1.78
72899861--72899971	55	2.0	55	96	0	204	31	9	22	36	1.87
72900083--72900276	47	4.1	47	86	4	237	30	9	32	27	1.88
72900083--72900276	96	2.0	94	87	3	273	30	9	32	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72900395--72900473	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
72901804--72901918	28	4.2	28	79	5	121	37	20	22	19	1.94
72901808--72901914	55	1.9	55	85	7	146	36	20	22	20	1.95
72905662--72905730	28	2.5	28	87	0	102	42	23	18	15	1.89
72905833--72905896	26	2.4	27	81	2	76	28	12	25	34	1.92
72918810--72919202	48	8.3	47	70	17	189	27	17	29	25	1.97
72918810--72919026	46	4.7	46	75	8	183	27	17	29	25	1.98
72922471--72922643	38	4.5	38	84	5	197	21	20	26	32	1.97
72922484--72922658	76	2.3	78	85	2	237	20	17	26	35	1.95
72925451--72925623	93	1.9	93	90	2	276	19	19	31	29	1.97
72925455--72925630	46	3.8	47	79	12	184	19	19	30	30	1.96
72926836--72927105	145	1.9	145	100	0	540	33	13	21	31	1.92
72927105--72927336	43	5.4	43	96	1	439	9	25	34	30	1.88
72928048--72928140	40	2.3	41	81	5	109	27	25	15	31	1.95
72929398--72929430	7	4.6	7	96	3	57	60	0	0	39	0.97
72930201--72930783	292	2.0	292	99	0	1157	35	27	18	18	1.94
72930655--72931112	226	2.0	226	99	0	909	31	29	19	19	1.96
72932301--72932426	46	2.7	46	92	2	200	31	26	19	21	1.97
72933717--72933781	33	2.0	32	84	3	85	36	20	23	20	1.95
72940714--72940787	36	2.1	36	100	0	148	13	24	21	40	1.89
72948459--72948620	38	4.2	38	86	3	225	22	20	25	31	1.98
72948467--72948610	78	1.8	78	92	0	243	19	22	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72948625--72948706	43	1.9	43	87	0	119	14	25	31	28	1.95
72949023--72949130	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
72955984--72956160	40	4.4	40	89	2	268	23	22	29	24	1.99
72956387--72956430	22	2.0	22	82	8	54	34	9	13	43	1.76
72964229--72964274	23	2.0	23	95	0	83	21	19	30	28	1.98
72964189--72964314	63	2.0	63	93	0	216	21	21	30	26	1.98
72964565--72964607	22	2.0	22	81	9	52	32	9	13	44	1.76
72965461--72965929	250	1.9	250	96	0	877	33	13	21	31	1.92
72967925--72968044	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
72970240--72970361	47	2.6	47	94	0	208	36	14	23	24	1.93
72970340--72970486	54	2.7	56	87	3	210	36	16	23	23	1.94
72970348--72970534	55	3.5	54	83	5	207	35	17	23	22	1.95
72972293--72972479	50	3.8	49	80	4	187	26	19	26	27	1.99
72979750--72979834	44	1.9	44	83	4	109	38	12	23	24	1.90
72979973--72980141	47	3.6	47	93	0	284	36	13	24	24	1.92
72980128--72980326	108	1.8	109	82	3	258	37	17	22	23	1.94
72980123--72980327	53	3.8	53	81	5	223	37	17	21	23	1.94
72983065--72983228	40	4.1	40	86	3	170	25	29	24	21	1.99
72992688--72992892	27	7.6	27	87	3	259	26	14	27	31	1.95
72992688--72992892	109	1.9	109	85	2	286	26	14	27	31	1.95
72998976--72999003	8	3.5	8	100	0	56	10	0	32	57	1.33
73000598--73000756	39	4.1	39	93	0	255	29	23	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73002647--73002720	34	2.2	33	83	7	87	41	1	14	41	1.54
73006815--73006858	18	2.4	18	88	0	61	47	6	25	20	1.74
73008638--73008681	21	2.1	21	82	0	52	38	2	25	34	1.68
73012401--73012568	39	4.3	39	95	0	300	24	23	29	22	1.99
73014339--73014373	18	2.0	18	88	5	54	28	11	34	25	1.91
73015030--73015105	38	2.0	38	100	0	152	21	15	15	47	1.82
73016640--73016681	19	2.2	19	91	4	66	50	11	9	28	1.70
73017628--73017670	22	2.0	22	81	9	52	32	9	13	44	1.76
73021058--73021182	63	2.0	63	98	0	241	28	14	28	28	1.95
73021473--73022110	319	2.0	319	96	0	1186	26	16	26	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284