genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  163  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54730689--54730741	24	2.2	24	80	6	63	41	16	22	18	1.90
54730785--54730852	27	2.6	26	79	9	68	35	19	25	20	1.96
54733113--54733279	43	3.9	42	77	6	149	34	24	14	26	1.94
54733758--54733805	21	2.3	21	75	3	53	35	16	0	47	1.47
54736445--54736615	93	1.8	93	91	0	279	28	28	20	22	1.98
54736438--54736661	46	4.8	46	79	5	254	29	27	20	22	1.99
54738849--54739171	47	6.8	47	93	0	502	32	8	30	29	1.87
54739290--54739368	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
54740582--54740933	40	8.8	40	91	0	542	24	21	28	26	1.99
54744779--54744963	40	4.7	40	81	7	200	24	21	27	26	1.99
54744780--54744963	79	2.3	81	81	7	216	24	21	27	26	1.99
54744832--54744996	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
54745188--54745355	47	3.6	47	90	0	255	33	8	30	27	1.86
54745474--54745552	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
54747299--54747483	40	4.7	40	78	6	180	25	21	27	25	2.00
54747352--54747516	79	2.1	79	79	6	174	26	20	27	26	1.99
54747560--54747659	50	2.0	50	98	0	191	24	17	20	39	1.92
54753729--54755380	834	2.0	834	98	0	3223	31	13	23	31	1.93
54755280--54755480	100	2.0	100	100	0	402	24	12	21	40	1.89
54757928--54758112	40	4.7	40	81	7	200	24	21	27	26	1.99
54757929--54758112	79	2.3	81	81	7	216	24	21	27	26	1.99
54757981--54758145	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54758177--54758245	35	2.0	35	97	0	129	42	21	8	27	1.82
54758372--54758492	47	2.6	47	86	0	170	33	8	31	27	1.86
54758611--54758689	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
54760436--54760620	40	4.7	40	78	6	180	25	21	27	25	2.00
54760489--54760653	79	2.1	79	79	6	174	26	20	27	26	1.99
54777752--54777792	21	2.0	21	85	9	57	36	4	26	31	1.78
54778247--54778280	17	2.0	17	94	0	59	20	17	8	52	1.71
54785742--54785904	42	3.9	41	73	11	127	30	21	17	31	1.96
54792028--54792235	27	7.7	27	84	5	224	37	18	18	25	1.94
54792028--54792254	54	4.2	54	86	3	287	36	17	19	26	1.94
54792028--54792235	81	2.6	81	84	1	265	37	18	18	25	1.94
54796907--54796988	41	2.0	41	95	0	146	29	13	23	34	1.93
54801692--54801835	27	5.3	27	86	0	171	34	14	22	28	1.93
54801692--54801836	54	2.7	54	85	0	191	34	15	22	28	1.94
54802571--54802629	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
54803958--54804045	35	2.5	36	84	1	115	52	10	13	23	1.71
54804368--54804542	27	6.6	27	85	4	205	42	17	14	25	1.87
54814048--54814134	18	4.9	18	82	1	79	48	17	17	17	1.82
54814448--54814658	27	7.9	27	82	5	216	43	18	12	24	1.85
54817099--54818569	735	2.0	735	94	0	2550	40	21	18	19	1.92
54833364--54833425	30	2.1	30	87	0	88	43	3	22	30	1.69
54840605--54840637	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54840923--54841196	46	6.0	46	89	0	352	21	22	14	40	1.90
54841127--54841654	273	1.9	273	96	0	966	28	25	17	28	1.97
54843046--54843136	47	1.9	47	93	0	155	20	27	9	41	1.84
54847000--54847024	13	1.9	13	100	0	50	32	24	32	12	1.91
54852369--54852656	27	10.7	26	77	9	213	40	20	9	29	1.85
54852369--54852656	81	3.6	80	76	6	253	40	20	9	29	1.85
54852344--54852718	27	13.9	27	75	7	170	38	19	10	31	1.85
54854079--54854238	83	1.9	83	90	0	257	36	15	20	28	1.92
54856387--54856549	42	3.9	41	72	10	116	31	25	16	26	1.96
54867998--54868022	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
54870357--54870479	41	3.0	41	91	0	201	26	26	21	26	1.99
54870739--54870791	27	2.0	27	88	7	81	33	13	11	41	1.80
54870749--54871059	27	11.6	27	79	12	195	30	8	19	41	1.82
54870749--54871033	81	3.5	82	77	10	257	30	8	19	41	1.81
54870974--54871059	26	3.3	26	93	4	138	32	10	18	38	1.85
54871040--54871103	26	2.4	26	80	12	85	31	15	18	34	1.93
54873390--54873452	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
54885697--54885821	29	4.3	29	91	1	198	30	30	14	24	1.95
54886031--54886065	16	2.2	16	89	0	52	20	17	11	51	1.75
54892466--54892528	27	2.3	27	83	0	81	28	14	15	41	1.87
54894279--54894450	93	1.8	93	88	2	265	29	29	19	22	1.98
54894271--54894441	46	3.7	46	73	12	170	30	28	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54896341--54897472	566	2.0	566	94	1	1991	33	12	18	36	1.88
54898201--54898371	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
54898205--54898422	46	4.7	46	84	9	291	21	22	28	27	1.99
54900474--54900643	46	3.7	46	96	0	295	20	22	28	27	1.99
54905411--54905585	46	3.8	46	74	15	162	29	27	19	23	1.98
54905418--54905590	93	1.9	93	87	2	258	28	27	19	23	1.98
54910712--54910873	47	3.5	45	81	15	165	25	30	15	29	1.96
54917960--54917990	13	2.4	13	100	0	62	9	35	38	16	1.81
54919348--54919532	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
54919329--54919532	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
54927324--54927506	79	2.3	79	80	10	203	25	27	21	24	1.99
54927324--54927508	40	4.7	40	80	7	198	25	27	22	24	2.00
54929055--54929178	46	2.7	46	82	9	146	26	30	14	28	1.95
54932017--54932108	43	2.1	43	82	7	107	29	21	19	29	1.98
54932083--54932134	26	2.0	26	100	0	104	19	23	26	30	1.98
54932040--54932177	69	2.0	69	81	5	163	28	23	19	28	1.98
54938170--54939030	430	2.0	430	89	1	1305	34	11	19	34	1.88
54941611--54941694	42	2.0	43	83	6	109	26	20	21	32	1.98
54942937--54942974	18	2.1	18	90	0	58	44	5	7	42	1.56
54950874--54950995	22	5.3	22	63	27	65	31	12	30	26	1.92
54950942--54951016	23	3.2	23	63	29	59	32	10	29	28	1.90
54951083--54951161	25	3.3	25	67	16	76	34	8	26	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54951095--54951170	25	3.2	24	65	24	61	35	10	26	27	1.89
54951062--54951183	22	5.3	22	66	18	68	33	11	27	27	1.91
54950801--54951186	47	8.2	47	95	0	664	32	11	28	26	1.92
54951200--54951349	46	3.3	46	95	0	264	34	8	32	24	1.86
54952571--54952658	44	2.0	44	97	0	167	37	2	28	31	1.70
54952807--54953242	40	10.9	40	91	0	683	25	21	26	26	1.99
54955840--54956154	47	6.6	47	89	4	468	28	29	8	33	1.86
54955840--54956154	145	2.2	143	93	1	522	28	29	8	33	1.86
54956379--54956521	40	3.6	41	82	9	170	25	28	21	23	1.99
54960289--54960366	40	2.0	40	86	0	111	39	19	24	16	1.91
54960289--54960350	20	3.1	20	72	9	63	40	17	27	14	1.89
54970717--54970768	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
54970815--54970874	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
54972619--54972645	14	1.9	14	100	0	54	51	33	0	14	1.43
54987656--54987690	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
54988752--54988882	29	4.6	28	88	6	167	29	27	15	28	1.96
54990624--54990657	15	2.4	14	90	5	50	35	5	17	41	1.74
54992303--54992360	20	2.9	18	80	14	62	37	8	13	39	1.76
54992319--54992356	19	2.0	19	90	10	60	39	10	7	42	1.69
55000462--55000950	244	2.0	245	97	0	935	35	12	16	35	1.86
55007145--55007183	14	2.6	16	88	8	55	41	2	23	33	1.68
55012503--55012544	21	2.0	21	100	0	84	33	4	19	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55015569--55016089	173	3.0	173	95	0	943	34	16	20	28	1.94
55018788--55018836	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
55019062--55019106	15	2.8	17	80	13	58	28	0	6	64	1.19
55020172--55020215	20	2.2	20	91	0	70	15	0	6	77	0.97
55020170--55020215	10	4.7	10	83	5	58	17	0	6	76	1.00
55020181--55020229	20	2.5	19	81	15	55	18	0	8	73	1.07
55021314--55021357	14	3.1	14	80	3	52	59	6	0	34	1.24
55021350--55021399	25	2.0	26	84	4	66	52	2	2	44	1.24
55021868--55021935	35	2.0	33	82	8	82	38	0	4	57	1.19
55022652--55022719	29	2.3	29	80	7	75	60	2	0	36	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284