genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10095651--10095723	35	2.1	35	97	0	137	32	30	10	26	1.90
10102251--10102402	67	2.3	67	79	9	166	32	15	28	23	1.95
10105895--10105937	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
10107171--10107301	50	2.6	51	82	12	173	27	28	16	27	1.97
10110821--10110951	47	2.8	47	88	0	181	33	29	15	22	1.94
10118960--10119007	25	2.0	24	84	12	62	25	22	20	31	1.98
10139132--10139213	40	2.0	40	97	0	155	36	8	17	37	1.80
10139390--10139429	21	1.9	21	100	0	80	50	7	27	15	1.70
10139674--10139714	22	1.9	22	90	5	66	19	24	39	17	1.92
10154434--10154458	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
10155737--10155816	39	2.1	39	100	0	160	15	17	5	62	1.49
10157355--10157524	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
10165234--10165490	79	3.3	78	80	4	248	25	28	20	25	1.99
10165269--10165490	40	5.6	40	85	4	236	26	27	20	24	1.99
10165269--10165490	119	1.9	119	80	7	263	26	27	20	24	1.99
10178026--10178094	32	2.1	33	81	2	77	26	17	27	28	1.97
10188304--10188471	47	3.6	47	93	0	273	33	7	30	27	1.85
10193825--10193960	58	2.4	57	85	6	168	26	30	16	26	1.96
10193825--10193965	29	4.9	29	82	5	144	26	31	15	26	1.96
10195963--10196186	40	5.7	40	86	6	271	25	28	22	24	2.00
10195965--10196186	118	1.9	120	83	7	292	24	27	22	24	2.00
10202249--10202400	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10202249--10202425	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
10204876--10204954	39	2.0	39	100	0	158	43	17	13	25	1.86
10205463--10205516	27	2.0	26	82	3	63	33	7	14	44	1.73
10211901--10212049	76	2.0	76	90	4	239	30	14	8	46	1.73
10219231--10219322	46	2.0	46	97	0	175	28	14	26	31	1.94
10220814--10220892	39	2.0	39	97	0	149	37	13	11	36	1.81
10224101--10224180	41	2.0	41	89	0	124	28	15	22	33	1.94
10228439--10228483	20	2.2	20	88	0	63	51	0	13	35	1.41
10232688--10232738	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
10236263--10236565	127	2.4	126	81	2	358	39	19	16	24	1.92
10238720--10238761	21	2.0	21	81	9	50	7	21	54	16	1.65
10239266--10239505	45	5.4	43	71	14	157	27	22	22	27	1.99
10239303--10239541	45	5.4	45	74	10	195	26	26	19	27	1.99
10239249--10239510	135	1.9	135	91	0	425	27	24	20	27	1.99
10239438--10239541	43	2.4	45	83	3	131	26	29	16	26	1.97
10251436--10251738	127	2.4	128	84	4	409	37	19	17	25	1.93
10252546--10252706	80	2.0	80	98	0	313	47	8	10	33	1.69
10254808--10254979	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
10254801--10254979	46	3.8	48	78	14	212	29	29	20	20	1.98
10259005--10259112	40	2.7	40	92	0	171	32	19	25	22	1.97
10264891--10265309	138	3.0	137	92	0	703	45	6	7	40	1.60
10269788--10269885	40	2.5	40	88	3	135	51	8	22	18	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10280192--10280343	76	2.0	76	98	0	295	48	13	6	32	1.68
10281291--10281456	89	1.9	89	83	0	215	30	19	18	31	1.96
10281297--10281673	44	8.7	44	71	10	202	28	18	17	35	1.94
10281326--10281488	89	1.8	89	82	5	213	26	19	16	37	1.93
10281769--10281878	46	2.4	47	77	10	118	26	14	17	41	1.88
10281857--10282158	44	6.6	44	72	14	166	31	20	17	30	1.96
10282036--10282531	44	10.8	45	70	11	247	31	20	15	32	1.94
10282256--10282439	95	1.9	96	83	3	237	32	20	13	33	1.91
10285571--10285725	33	4.8	33	76	2	143	36	21	10	30	1.87
10285572--10285725	65	2.4	65	91	1	254	37	21	10	31	1.87
10295656--10295826	65	2.6	65	90	0	261	35	23	9	31	1.88
10295656--10295829	33	5.3	33	75	7	158	35	22	10	31	1.88
10301564--10301741	48	3.7	47	79	5	180	29	20	28	21	1.98
10304632--10304738	45	2.4	45	85	3	144	40	19	18	21	1.92
10304620--10304753	45	2.7	50	72	15	127	38	20	20	20	1.93
10307842--10307869	14	2.0	14	100	0	56	14	21	42	21	1.88
10311435--10311482	21	2.3	21	100	0	96	35	4	8	52	1.51
10316069--10316455	130	3.0	130	91	0	621	24	13	21	40	1.89
10327692--10327741	21	2.4	21	96	0	91	42	2	50	6	1.38
10329651--10329691	16	2.5	17	76	15	50	48	4	0	46	1.23
10330141--10330174	17	1.9	18	88	5	52	38	23	8	29	1.85
10345234--10345356	48	2.6	48	89	0	192	25	30	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10351634--10351694	28	2.1	27	85	8	77	37	1	1	59	1.17
10351632--10351695	9	6.9	9	76	18	60	40	1	1	56	1.18
10351624--10351695	19	3.9	18	77	15	67	37	1	2	58	1.21
10353678--10353890	65	3.3	65	83	1	266	22	19	22	36	1.95
10356085--10356121	17	2.2	17	95	0	65	27	5	21	45	1.73
10359778--10360201	210	2.0	210	94	1	744	41	6	17	35	1.75
10361077--10361122	24	2.0	24	91	4	76	13	23	26	36	1.91
10366279--10366337	29	2.0	29	96	0	109	20	13	13	52	1.74
10384504--10384547	19	2.3	19	96	0	79	31	0	27	40	1.56
10384561--10384690	46	2.8	48	82	10	155	28	28	22	20	1.99
10385303--10385380	38	2.1	36	92	4	129	30	17	14	37	1.90
10386481--10386637	43	3.7	42	79	5	163	31	25	19	22	1.98
10391365--10391452	44	2.0	44	95	0	158	34	17	12	36	1.87
10391726--10391773	19	2.7	18	81	9	53	43	0	14	41	1.45
10392866--10393491	312	2.0	311	95	0	1128	33	4	19	42	1.72
10401170--10401754	47	12.3	47	93	2	927	31	8	29	29	1.87
10401924--10402002	37	2.1	37	88	0	113	25	18	31	24	1.98
10409421--10409524	44	2.4	44	85	6	142	35	25	18	21	1.95
10417261--10417326	33	2.0	33	100	0	132	24	9	12	54	1.66
10421457--10421494	20	1.9	20	88	0	58	39	13	2	44	1.57
10431265--10431401	57	2.4	58	80	7	145	30	22	19	27	1.98
10434791--10434911	43	2.9	41	82	11	147	27	11	23	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10434785--10434930	43	3.4	43	78	5	143	29	12	21	36	1.90
10444282--10444382	40	2.5	40	90	0	157	22	20	27	28	1.99
10454949--10455049	40	2.5	40	93	0	166	23	18	26	30	1.98
10454949--10455067	40	3.0	40	87	0	112	25	21	25	28	1.99
10472145--10472335	40	4.8	40	85	4	235	23	25	28	22	1.99
10472142--10472335	80	2.4	79	88	3	282	24	24	28	22	1.99
10482429--10482507	41	1.9	41	92	0	131	35	3	25	35	1.74
10484810--10484894	25	3.4	25	81	0	107	22	16	24	36	1.94
10484773--10484895	50	2.4	50	83	4	140	24	19	21	34	1.96
10486505--10486673	6	27.8	6	71	17	118	48	11	18	21	1.79
10486505--10486645	24	5.8	24	77	11	153	48	12	17	20	1.80
10486516--10486673	31	5.6	31	77	16	132	48	12	18	21	1.80
10486505--10486673	79	2.1	79	90	4	261	48	11	18	21	1.79
10486791--10486856	27	2.5	26	78	4	69	39	22	21	16	1.92
10486810--10486878	27	2.6	27	83	4	77	34	24	23	17	1.96
10487137--10487250	27	4.2	27	91	0	165	25	19	21	33	1.97
10487255--10487351	27	3.6	27	78	13	101	42	9	22	25	1.83
10487259--10487461	54	3.6	54	76	18	169	40	8	23	26	1.84
10487306--10487389	38	2.2	38	81	8	91	41	10	25	22	1.86
10487344--10487461	27	4.4	27	77	14	109	40	9	23	26	1.85
10487281--10487414	65	2.0	66	85	4	182	41	8	24	24	1.83
10487913--10487949	18	2.1	18	100	0	74	16	27	32	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10489435--10489468	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
10489456--10489644	6	31.3	6	70	11	127	49	13	16	20	1.79
10489477--10489641	30	5.7	30	74	12	155	48	13	17	20	1.80
10489934--10490127	27	7.2	27	89	1	282	25	19	20	34	1.96
10489935--10490127	80	2.4	80	89	4	298	25	19	19	34	1.96
10490132--10490354	27	8.3	27	82	7	256	40	8	23	27	1.83
10490132--10490354	81	2.8	80	83	6	288	40	8	23	27	1.83
10490132--10490354	54	4.1	54	86	4	297	40	8	23	27	1.83
10490122--10490383	81	3.2	79	80	8	285	38	8	23	29	1.85
10492369--10492537	6	27.8	6	69	17	109	48	13	17	20	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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