genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59939867--59939925	6	9.5	6	89	7	82	77	5	0	16	0.93
59947302--59947336	2	17.5	2	93	0	61	51	0	48	0	1.00
59948397--59948445	20	2.3	22	86	6	66	53	0	4	42	1.20
59949067--59949267	96	2.1	96	88	4	296	49	2	1	45	1.26
59949189--59949229	19	2.2	19	86	0	55	41	2	0	56	1.13
59949291--59949329	13	2.9	13	88	3	51	61	2	0	35	1.10
59954890--59955031	39	3.6	39	86	3	187	42	23	4	29	1.73
59959436--59959669	48	4.9	48	77	3	202	25	25	18	30	1.98
59959436--59959639	96	2.1	96	83	3	259	25	26	19	29	1.98
59959460--59959669	96	2.2	94	80	7	235	25	24	18	31	1.97
59969556--59969653	41	2.4	41	91	0	151	29	27	19	23	1.98
59973276--59973377	50	2.0	50	98	0	195	32	14	27	25	1.95
59987930--59987957	13	2.2	13	100	0	56	21	50	21	7	1.72
59993414--59993449	15	2.4	15	95	0	63	33	33	11	22	1.89
59995475--59995550	23	3.3	23	77	3	73	21	23	19	35	1.96
60001222--60001383	45	3.5	45	72	9	146	35	20	24	20	1.96
60012383--60012579	54	3.6	54	81	7	229	37	17	23	21	1.94
60018193--60018274	29	2.8	29	88	0	110	25	24	12	37	1.90
60032748--60032842	47	2.0	47	97	0	181	32	20	12	34	1.90
60039767--60039827	32	1.9	31	86	3	86	11	19	6	62	1.50
60046253--60046325	37	2.0	37	100	0	146	43	19	2	34	1.65
60047717--60049627	955	2.0	955	100	0	3822	32	19	9	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60049725--60049906	52	3.5	52	76	3	206	34	26	14	24	1.94
60051791--60051832	20	2.1	20	100	0	84	28	4	28	38	1.77
60055339--60055402	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
60055623--60055717	25	3.8	25	92	2	156	22	25	28	24	1.99
60055771--60055833	20	3.2	20	93	0	108	31	20	12	34	1.90
60063201--60063308	37	2.9	37	92	0	171	24	18	32	25	1.97
60073611--60073736	40	3.2	40	80	9	159	23	23	27	26	2.00
60073963--60074004	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
60079180--60079223	23	2.0	23	86	4	63	45	4	13	36	1.64
60080638--60080691	27	2.0	27	88	0	81	27	22	20	29	1.98
60080646--60080741	27	3.6	27	81	0	111	28	21	20	29	1.98
60081927--60082066	69	2.0	69	95	0	253	35	18	6	40	1.76
60083856--60083891	16	2.3	16	90	4	56	16	0	33	50	1.46
60087581--60087642	31	1.9	33	81	15	76	70	1	3	24	1.10
60089037--60089105	23	3.0	23	80	0	93	27	23	21	27	1.99
60097855--60097915	31	2.0	31	96	0	113	24	26	16	32	1.96
60107729--60107991	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
60112581--60113774	596	2.0	596	97	0	2235	29	25	21	23	1.99
60116276--60116618	40	8.6	40	88	3	424	26	27	20	25	1.99
60116550--60116627	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
60121627--60121804	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60121648--60121803	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60122354--60122378	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
60140969--60141023	23	2.5	22	86	11	78	47	29	3	20	1.67
60142893--60142945	27	1.9	28	88	3	81	20	26	18	33	1.96
60142926--60143024	34	2.9	33	83	4	119	25	25	24	25	2.00
60143716--60143753	16	2.4	16	95	0	67	10	18	13	57	1.63
60147014--60147062	18	2.7	18	87	0	62	22	18	14	44	1.85
60149704--60149747	22	2.0	22	86	0	61	54	6	0	38	1.27
60150024--60150090	34	2.0	34	88	5	100	43	23	4	28	1.73
60155505--60155640	26	5.2	26	91	3	211	36	5	22	36	1.78
60157073--60157142	26	2.6	26	84	4	77	35	21	11	31	1.89
60167424--60167468	20	2.2	20	84	0	54	48	13	2	35	1.54
60169140--60169164	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
60169707--60170065	176	2.0	176	89	1	549	25	22	16	34	1.95
60171514--60171568	29	1.9	28	85	10	76	23	18	25	32	1.97
60184909--60184950	21	2.2	18	87	12	57	54	2	21	21	1.56
60187143--60187167	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
60189872--60190024	43	3.6	42	74	12	132	30	26	20	22	1.99
60192462--60192576	27	4.3	26	84	7	140	33	23	23	19	1.97
60192678--60192741	26	2.4	26	84	2	74	23	12	26	37	1.90
60218902--60219069	31	5.2	33	86	6	174	26	20	26	27	1.99
60218921--60219069	31	4.8	31	89	2	228	26	19	27	26	1.99
60219632--60219741	31	3.5	31	91	0	166	29	19	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60219774--60219898	47	2.7	47	85	3	162	29	16	25	28	1.96
60220284--60220341	26	2.2	28	81	12	77	37	8	13	39	1.76
60220602--60220652	23	2.2	23	96	0	93	43	5	17	33	1.73
60227438--60227513	27	2.8	27	88	4	100	26	18	19	35	1.95
60227468--60227527	27	2.2	27	87	0	84	33	15	11	40	1.83
60227546--60227899	27	13.3	27	78	9	368	33	8	18	39	1.81
60227546--60227899	53	6.6	54	82	6	375	33	8	18	39	1.81
60227541--60227900	79	4.5	79	79	8	293	32	9	18	40	1.82
60239061--60239217	43	3.7	43	81	4	174	33	25	17	24	1.96
60241897--60241998	28	3.7	28	80	6	109	26	16	30	26	1.97
60246969--60247005	18	2.1	18	89	0	56	37	13	8	40	1.74
60247475--60247521	21	2.2	21	88	0	67	27	23	27	21	1.99
60250142--60250290	55	2.7	54	77	2	154	40	17	20	22	1.92
60263777--60263846	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
60263777--60263874	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
60266060--60266783	361	2.0	361	100	0	1448	38	9	18	32	1.84
60266676--60266879	53	3.8	53	77	3	201	37	18	23	21	1.94
60266673--60266869	108	1.8	109	86	1	288	39	18	22	19	1.93
60269516--60269722	53	3.8	53	79	3	225	37	18	24	20	1.94
60276286--60276470	40	4.7	40	78	6	180	27	21	26	24	1.99
60276340--60276503	79	2.1	79	81	6	190	28	20	26	24	1.99
60278167--60278296	47	2.7	48	78	13	140	21	30	19	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60278317--60278362	24	1.9	24	95	0	83	19	26	26	28	1.99
60283482--60283606	48	2.5	50	86	7	159	24	32	16	26	1.96
60287922--60288009	45	2.0	45	97	0	167	38	14	4	42	1.67
60297203--60297368	40	4.1	41	83	3	178	19	29	16	34	1.94
60297203--60297396	80	2.4	80	76	12	191	20	27	15	36	1.93
60297359--60297445	40	2.2	39	80	10	95	21	22	16	39	1.92
60302580--60302629	23	2.3	21	86	13	66	22	0	22	56	1.43
60302805--60302847	22	2.0	22	95	0	77	37	4	25	32	1.77
60303284--60303438	54	2.9	53	79	7	168	23	29	22	24	1.99
60309065--60309184	33	4.0	29	73	21	86	64	4	4	27	1.31
60310224--60310335	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
60310224--60310335	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
60310441--60310507	28	2.4	28	89	0	107	31	7	26	34	1.84
60310752--60310783	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
60312176--60312547	185	2.0	185	100	0	744	34	16	17	31	1.92
60313671--60313705	17	2.1	17	100	0	70	17	0	5	77	0.96
60314002--60314162	44	3.7	44	76	5	155	26	26	18	29	1.98
60314001--60314214	88	2.4	88	82	6	236	27	26	16	29	1.97
60314167--60314430	133	2.0	131	81	8	304	26	23	18	31	1.97
60319758--60319847	45	2.0	45	97	0	171	24	31	14	30	1.95
60330015--60330079	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
60330011--60330079	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60332208--60332343	50	2.7	50	81	3	168	24	16	28	30	1.96
60335371--60335435	15	4.4	15	74	16	64	7	13	15	63	1.51
60335367--60335435	30	2.3	31	80	14	83	7	13	18	60	1.55
60340020--60340057	19	2.1	18	85	9	51	81	10	2	5	0.94
60340660--60340693	17	2.0	17	94	0	59	23	2	0	73	0.97
60342251--60342285	13	2.7	13	90	0	61	40	5	20	34	1.76
60342479--60342509	5	6.2	5	100	0	62	19	0	38	41	1.51
60344384--60344504	43	2.8	43	81	1	136	27	14	23	33	1.94
60355993--60356168	46	3.8	46	80	10	214	21	19	28	30	1.98
60355990--60356160	93	1.8	93	94	0	306	21	20	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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