Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  253  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85132379--85132453
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0
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2.3
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85142356--85142407
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1
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1.02
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4.9
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249
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2.4
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285
26
17
30
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85144278--85144546
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2.8
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7
258
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18
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48
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203
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25
1.97
85150900--85151085
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1.9
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239
27
16
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1.97
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2.1
29
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0
3
41
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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29
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0
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2.4
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1.80
85218277--85218420
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19
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107
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100
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1.11
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10.0
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0
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10
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63
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30
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4.5
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1.9
17
100
0
66
36
6
33
24
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
(0-2)
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23
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3.3
50
80
5
188
30
17
25
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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13
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1.69
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1.58
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35
1.94
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2.1
18
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0
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0
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0
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220
21
29
20
28
1.98
85345612--85345648
19
1.9
19
89
10
58
21
0
0
78
0.75
85345606--85345656
5
10.0
5
76
19
52
21
0
0
78
0.75
85345606--85345655
11
4.8
11
81
18
63
20
0
0
80
0.72
85346570--85346799
118
1.9
118
86
1
327
24
17
28
29
1.97
85346925--85346967
17
2.5
17
84
0
59
83
2
9
4
0.87
85355291--85355504
37
5.8
37
97
0
392
39
13
20
27
1.89
85355466--85355589
46
2.8
46
91
3
200
33
16
22
28
1.95
85357071--85357100
5
5.8
5
96
4
51
23
0
0
76
0.78
85357150--85357181
10
3.3
10
95
4
57
31
6
0
62
1.20
85369399--85369735
50
6.8
50
75
7
319
27
19
25
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85369392--85369581
101
1.9
101
83
4
249
26
19
25
28
1.99
85369549--85369729
98
1.8
99
91
1
301
27
21
24
25
1.99
85369933--85369962
16
1.9
15
93
6
51
43
0
23
33
1.54
85371985--85372117
57
2.3
57
82
0
167
42
15
13
28
1.84
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22
2.0
22
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0
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11
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15
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1.81
85376756--85376927
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1.8
93
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0
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27
29
21
20
1.98
85376749--85376924
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3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
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9
4.4
9
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0
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1.76
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2
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1.43
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4.5
10
77
12
51
4
10
27
58
1.49
85378799--85378895
33
2.9
34
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5
8
27
58
1.48
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2.4
59
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10
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53
4
0
40
1.27
85381211--85381288
29
2.7
28
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9
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52
6
0
41
1.27
85381920--85381952
16
1.9
18
88
11
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51
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12
18
1.76
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3.5
43
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25
28
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1.99
85385869--85385894
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8
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0
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0
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153
2.0
153
96
0
571
37
15
13
33
1.87
85392313--85392375
19
3.3
19
73
8
65
63
7
1
26
1.31
85392319--85392488
19
8.9
19
66
21
61
60
4
1
32
1.28
85394056--85394101
21
2.2
21
88
0
65
43
13
8
34
1.74
85394062--85394104
21
2.0
21
95
0
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37
11
9
41
1.74
85395644--85395770
35
3.6
35
84
2
148
34
28
17
19
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85395626--85395757
69
1.9
68
84
7
178
33
26
18
21
1.97
85395691--85395755
17
3.8
17
68
8
51
32
26
21
20
1.97
85395626--85395770
70
2.1
67
83
6
175
33
26
18
20
1.96
85398311--85398335
12
2.1
12
100
0
50
52
16
8
24
1.70
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4.9
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4
20
0
75
0.99
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3
23
0
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1.00
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0
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0
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4.7
40
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241
25
27
22
24
2.00
85422827--85422919
3
31.7
3
69
12
59
65
3
4
26
1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284