genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65902127--65902321	62	3.3	60	74	11	204	36	6	2	54	1.39
65902241--65902505	99	2.7	99	95	0	487	38	7	3	51	1.45
65902615--65902773	9	17.7	9	72	19	109	45	14	2	37	1.58
65902623--65902735	16	7.1	16	78	7	113	45	15	2	37	1.60
65902623--65902773	80	1.9	80	92	0	257	45	14	2	37	1.59
65902906--65902977	9	8.2	9	74	11	69	45	16	0	37	1.48
65902899--65902973	34	2.2	34	85	4	98	48	16	0	36	1.46
65907915--65907943	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
65910159--65910192	18	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
65910896--65910939	21	2.0	22	82	4	54	61	2	6	29	1.34
65912579--65912626	15	3.2	14	83	13	60	77	0	2	20	0.88
65912579--65912633	16	3.3	16	79	20	60	76	0	1	21	0.88
65917410--65917488	3	25.3	3	76	10	61	27	5	3	63	1.33
65917540--65917623	25	3.4	25	79	8	84	30	8	5	54	1.54
65917556--65917642	25	3.9	21	79	13	77	32	9	5	52	1.57
65917580--65917635	22	2.6	22	83	10	71	33	7	5	53	1.51
65921352--65921395	21	2.0	22	82	4	54	61	2	6	29	1.34
65923567--65923681	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
65923567--65923681	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
65925298--65925407	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
65928877--65928924	21	2.3	21	85	0	60	14	25	29	31	1.95
65930091--65930130	19	2.1	19	85	0	53	52	2	0	45	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65933592--65933644	27	2.0	25	89	7	79	22	22	16	33	1.93
65945533--65945559	5	5.4	5	100	0	54	37	62	0	0	0.95
65953588--65953628	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
65957843--65957881	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
65961412--65961441	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
65962182--65962221	17	2.3	18	86	4	55	45	12	7	35	1.70
65962378--65962408	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
65962576--65962607	15	2.1	15	94	0	55	21	12	28	37	1.90
65964501--65964556	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
65964490--65964556	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
65964605--65964687	25	3.4	24	90	6	132	30	19	22	27	1.98
65964605--65964701	48	2.0	49	84	9	128	28	19	22	28	1.98
65967283--65967355	36	2.1	35	97	2	137	26	10	21	41	1.86
65969798--65969839	15	2.7	16	82	14	52	42	0	9	47	1.36
65970390--65970436	18	2.6	18	87	12	69	68	0	31	0	0.90
65970814--65970850	11	3.3	11	88	7	56	56	0	10	32	1.34
65971507--65971557	24	2.1	24	100	0	102	15	13	25	45	1.83
65971539--65971707	53	3.2	53	92	0	266	16	17	22	43	1.88
65971826--65971896	18	3.9	18	74	9	63	30	9	15	43	1.79
65971917--65971985	36	1.9	36	81	0	84	39	7	11	42	1.69
65979662--65979817	80	2.0	80	96	0	285	26	46	5	21	1.72
65980092--65980118	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65986252--65986298	12	3.8	12	86	11	60	40	23	2	34	1.67
65986410--65986455	23	2.0	23	95	0	83	19	21	19	39	1.93
65990733--65990892	77	2.1	78	89	1	241	35	9	18	37	1.83
65991036--65991112	37	2.1	37	97	0	145	23	12	18	45	1.84
65992993--65993039	16	2.9	16	87	6	60	46	0	0	53	1.00
65994183--65994241	3	19.7	3	84	6	75	3	35	1	59	1.24
66000418--66000554	46	2.9	46	76	8	134	22	27	19	30	1.98
66004734--66004764	16	1.9	16	93	0	53	35	25	12	25	1.92
66008362--66008659	99	3.0	99	77	2	260	34	17	19	28	1.94
66010469--66010577	55	2.0	54	98	0	200	19	14	37	27	1.91
66011335--66011375	13	3.1	14	75	10	50	19	12	17	51	1.76
66015171--66015227	25	2.2	26	93	3	98	29	12	26	31	1.92
66015583--66015632	10	5.0	10	85	9	66	24	8	2	66	1.29
66016546--66016578	12	2.8	12	95	0	57	27	9	0	63	1.24
66019339--66019376	18	2.1	18	85	9	51	23	5	0	71	1.07
66021031--66021067	10	3.7	10	88	0	56	24	8	0	67	1.17
66023568--66023628	29	2.0	31	87	9	90	19	44	0	36	1.51
66035338--66035993	311	2.1	311	86	3	901	31	8	18	41	1.81
66041302--66041596	99	3.0	99	80	4	299	34	16	20	28	1.95
66043772--66043830	30	2.0	30	82	0	73	37	32	15	15	1.88
66044354--66045227	313	2.8	311	87	2	1197	31	8	18	41	1.80
66046583--66046610	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66046613--66046691	36	2.3	35	91	6	133	34	15	8	41	1.78
66046620--66046682	17	3.6	17	87	8	99	34	12	11	41	1.79
66047055--66047222	45	3.8	45	90	3	259	27	30	13	29	1.94
66047055--66047222	89	1.9	89	91	2	275	27	30	13	29	1.94
66047192--66047378	78	2.4	78	90	0	293	25	24	19	30	1.98
66047540--66047832	78	3.8	78	86	1	408	24	21	19	34	1.96
66047540--66047832	156	1.9	156	89	2	455	24	21	19	34	1.96
66048040--66048140	44	2.3	44	91	3	159	28	26	16	27	1.97
66056139--66056172	17	2.0	17	88	11	52	67	0	0	32	0.91
66056462--66056569	19	5.9	19	89	8	172	36	14	10	38	1.80
66056455--66056569	54	2.1	55	92	6	200	35	15	9	39	1.80
66072997--66073151	41	3.5	41	69	16	103	34	17	21	26	1.95
66072894--66073248	92	3.8	92	90	2	514	32	18	21	26	1.97
66075538--66075845	129	2.4	127	85	2	393	25	17	19	37	1.93
66080441--66080599	27	5.9	27	83	11	193	33	22	25	18	1.96
66080459--66080602	54	2.7	54	95	2	254	34	23	25	17	1.96
66080989--66081018	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
66084796--66084847	27	1.9	27	88	0	77	46	13	7	32	1.72
66087465--66087523	29	2.0	29	87	6	84	32	3	6	57	1.41
66088590--66088898	129	2.4	126	85	3	393	25	16	19	38	1.92
66096655--66096685	9	3.4	9	100	0	62	35	19	12	32	1.90
66097648--66097939	99	2.9	99	75	10	276	37	16	19	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66103855--66103893	19	2.1	19	100	0	78	33	15	20	30	1.94
66110935--66111060	38	3.3	38	85	4	180	21	23	26	28	1.99
66110936--66111049	40	2.9	38	87	5	165	21	24	27	26	2.00
66111053--66111164	43	2.6	43	95	0	197	11	27	32	28	1.92
66116634--66116686	16	2.9	19	72	16	58	35	0	18	45	1.50
66117711--66117778	21	3.2	21	71	8	75	11	19	19	50	1.78
66117695--66117820	42	3.1	41	83	6	150	14	23	18	44	1.86
66117721--66117819	41	2.4	42	87	1	137	14	25	19	41	1.88
66123014--66123453	39	11.4	38	75	6	323	32	17	18	32	1.94
66123014--66123382	77	4.8	76	81	5	390	32	17	18	31	1.94
66123014--66123430	116	3.6	116	76	7	314	32	17	18	32	1.94
66123014--66123428	154	2.7	152	81	5	444	32	17	18	32	1.94
66125964--66126013	24	2.1	24	96	0	91	12	20	20	48	1.80
66126077--66126160	27	3.1	27	77	3	98	27	32	22	17	1.97
66138625--66138694	33	2.1	33	82	10	81	41	0	4	54	1.20
66138652--66138717	33	2.0	33	82	11	82	48	0	3	48	1.17
66139233--66139319	40	2.2	40	85	0	111	33	8	18	40	1.80
66139541--66139637	45	2.2	45	86	0	131	22	16	18	42	1.89
66139667--66139710	18	2.4	18	88	0	61	22	22	27	27	1.99
66139665--66139700	18	2.0	18	100	0	72	22	22	27	27	1.99
66146117--66146182	21	3.3	20	70	18	57	36	4	16	42	1.69
66146106--66146212	40	2.7	39	81	7	108	35	8	17	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66146411--66146445	18	1.9	18	94	0	61	17	20	17	45	1.85
66146427--66146529	45	2.3	45	84	3	136	20	15	20	43	1.87
66149556--66149596	6	6.7	6	83	5	55	75	0	24	0	0.80
66149552--66149588	18	2.1	18	90	10	58	70	0	29	0	0.88
66150022--66150062	21	2.0	20	82	17	50	34	0	9	56	1.32
66152732--66152846	29	4.0	28	77	12	108	29	29	13	27	1.94
66153099--66153148	9	5.6	9	87	0	73	44	20	8	28	1.79
66153168--66153208	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
66154919--66154981	13	4.5	13	81	14	72	12	47	33	6	1.67
66154930--66154986	30	1.9	30	88	0	87	14	43	33	8	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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