genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  262  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88208811--88208958	57	2.6	58	78	3	165	29	16	23	30	1.96
88211303--88211359	29	2.0	29	96	0	105	15	31	8	43	1.78
88213701--88213739	19	2.0	21	85	10	55	33	28	12	25	1.93
88223648--88223819	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
88223595--88223817	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
88223675--88223852	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
88225926--88226038	28	4.0	28	87	6	167	30	23	22	23	1.99
88225885--88226041	56	2.7	59	81	12	180	29	22	22	24	1.99
88225926--88226038	56	2.0	56	93	3	192	30	23	22	23	1.99
88226136--88226218	26	3.2	26	79	5	96	32	25	24	18	1.97
88226454--88226726	81	3.4	81	90	3	410	19	17	19	42	1.89
88226453--88226726	27	10.2	27	85	1	354	19	17	20	42	1.89
88226893--88226934	20	2.2	20	86	4	59	23	42	21	11	1.86
88232459--88232488	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
88238078--88238147	36	1.9	36	86	11	99	40	4	0	55	1.19
88243821--88243920	48	2.1	48	96	0	182	33	25	14	28	1.94
88245205--88245548	51	6.8	50	81	5	356	29	26	15	28	1.96
88245206--88245548	102	3.4	102	88	2	460	29	26	16	28	1.97
88245209--88245555	153	2.3	149	80	5	394	29	26	15	28	1.96
88252499--88252548	25	2.0	25	100	0	100	28	28	4	40	1.74
88256358--88256446	15	6.0	15	76	8	76	58	14	15	11	1.63
88256368--88256446	30	2.6	31	78	11	92	56	13	16	12	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88260654--88260680	11	2.5	11	100	0	54	66	7	0	25	1.17
88263579--88263603	12	2.1	12	100	0	50	36	0	16	48	1.46
88263879--88264049	43	4.0	43	71	11	138	22	16	27	33	1.95
88272788--88272864	26	3.0	26	84	0	100	37	23	20	18	1.94
88273624--88273658	17	2.1	17	100	0	70	57	22	5	14	1.59
88277907--88278104	100	2.0	100	98	0	387	32	9	30	27	1.88
88279298--88279474	27	6.5	27	83	3	203	27	15	27	29	1.96
88279299--88279454	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88279295--88279474	82	2.2	81	83	3	227	27	15	27	30	1.96
88280378--88280514	68	2.0	68	94	0	238	30	16	19	32	1.94
88284853--88284971	30	4.0	30	94	0	202	22	6	47	23	1.75
88284917--88284970	18	3.3	18	66	28	57	20	7	50	22	1.73
88285727--88285790	29	2.2	29	91	2	103	21	20	39	18	1.93
88285670--88285761	42	2.2	42	82	1	114	19	25	32	22	1.97
88289566--88289609	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
88289633--88289669	16	2.3	17	86	13	60	62	0	0	37	0.96
88289563--88289741	72	2.4	75	79	11	172	50	2	0	46	1.17
88289702--88289753	15	3.2	15	73	19	50	55	1	0	42	1.10
88289696--88289750	17	3.2	17	71	19	51	54	1	0	43	1.10
88292839--88292895	28	2.0	28	83	6	71	57	1	0	40	1.09
88293658--88293717	22	2.8	22	85	5	70	50	0	0	50	1.00
88300410--88300447	19	2.0	19	100	0	76	47	0	15	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88302495--88302666	93	1.8	93	92	2	292	28	28	20	22	1.99
88302488--88302668	46	3.9	46	74	11	181	28	28	20	22	1.98
88308017--88308194	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
88308038--88308193	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
88316116--88316197	39	2.1	39	95	0	146	21	32	25	19	1.97
88322258--88322294	2	18.5	2	88	0	56	43	0	2	54	1.14
88323310--88323527	39	5.5	39	84	3	251	18	22	27	30	1.98
88327796--88327834	18	2.2	19	86	9	55	20	46	23	10	1.81
88328298--88328358	30	2.0	30	96	0	113	45	26	11	16	1.81
88330293--88330366	33	2.2	33	85	0	112	40	33	12	13	1.82
88335397--88335583	39	4.7	40	78	10	206	25	27	20	26	1.99
88335397--88335582	40	4.7	38	77	11	180	25	27	20	25	1.99
88335397--88335577	79	2.3	79	82	7	208	25	28	20	25	1.99
88346796--88346883	46	1.9	46	90	0	140	30	28	14	26	1.95
88348857--88349178	160	2.0	161	96	1	601	33	18	21	26	1.96
88349629--88349702	32	2.3	31	86	6	103	22	20	2	54	1.57
88349764--88349788	12	2.1	12	100	0	50	44	24	0	32	1.54
88355248--88355345	33	3.0	33	90	0	151	21	9	41	27	1.83
88358565--88358688	44	2.7	44	83	7	142	35	23	14	26	1.93
88358715--88358764	22	2.3	22	89	0	73	32	2	16	50	1.56
88363316--88363360	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
88368507--88368771	130	2.0	130	97	0	503	43	15	15	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88378261--88378304	23	2.0	22	83	16	56	72	4	11	11	1.25
88387132--88387188	28	2.0	28	100	0	114	43	10	10	35	1.74
88390125--88390193	36	1.9	36	90	0	111	37	28	17	15	1.91
88392121--88392180	30	2.0	30	100	0	120	53	13	6	26	1.64
88392999--88393031	14	2.4	14	94	0	57	45	6	18	30	1.73
88394871--88394897	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
88396681--88396882	54	3.7	54	85	1	262	26	17	18	37	1.93
88396662--88396881	81	2.7	81	83	1	262	26	17	18	37	1.93
88396662--88396894	27	8.6	26	84	1	223	26	18	18	36	1.94
88399758--88399962	27	7.6	27	85	1	268	24	20	20	35	1.96
88401321--88401408	46	1.9	46	80	0	104	23	14	17	44	1.86
88408257--88408296	17	2.4	17	91	0	62	17	27	40	15	1.89
88412116--88412285	40	4.3	39	84	8	200	25	21	27	25	2.00
88412143--88412320	79	2.2	80	79	5	184	25	21	27	25	2.00
88418646--88418799	38	4.0	38	88	3	220	22	22	25	29	1.99
88432147--88432268	28	4.4	28	95	1	201	34	29	11	24	1.91
88444041--88444081	18	2.4	17	87	4	55	70	0	26	2	0.99
88448790--88448976	50	3.8	49	80	7	189	26	17	27	28	1.98
88457475--88457536	31	2.0	31	100	0	124	45	12	19	22	1.84
88459600--88459712	43	2.7	42	70	16	99	26	20	25	27	1.99
88463215--88463572	48	7.4	48	89	1	500	37	7	24	30	1.84
88463780--88464013	48	4.9	48	91	2	344	36	6	27	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88463771--88464023	95	2.6	96	87	1	346	35	5	27	30	1.81
88464154--88464256	37	2.8	37	92	0	161	24	19	31	25	1.98
88468637--88468697	31	2.0	31	90	0	95	24	27	16	31	1.96
88468891--88469013	25	5.0	24	92	4	176	27	22	20	29	1.98
88468891--88469013	49	2.5	49	87	7	178	27	22	20	29	1.98
88469064--88469108	20	2.2	20	96	0	81	35	24	11	28	1.90
88469145--88469192	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
88475975--88476053	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
88479939--88480061	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
88479939--88480061	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
88479964--88480074	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
88483271--88483331	31	2.0	31	83	0	77	24	26	14	34	1.94
88483525--88483621	48	2.0	49	84	9	128	28	22	19	28	1.98
88483525--88483621	25	4.0	24	84	9	126	28	22	19	28	1.98
88483670--88483716	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
88484116--88484161	24	1.9	24	86	8	67	73	2	17	6	1.14
88484677--88484795	59	2.0	59	100	0	238	34	11	20	33	1.89
88485459--88485601	39	3.6	39	91	0	214	26	23	25	25	2.00
88493440--88493621	39	4.6	39	92	0	283	25	21	26	25	2.00
88495087--88495134	25	1.9	25	82	0	60	25	12	27	35	1.92
88502312--88502371	24	2.5	24	86	5	77	35	30	15	20	1.93
88508253--88508282	15	2.0	15	100	0	60	13	13	33	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88514299--88514463	83	2.0	83	93	0	285	30	26	19	23	1.98
88515491--88515626	68	2.0	68	98	0	263	22	21	27	29	1.99
88530426--88530603	27	6.6	27	82	3	196	26	15	27	30	1.96
88530423--88530603	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	30	1.96
88537734--88537760	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
88538242--88538419	27	6.6	27	79	3	160	27	16	27	28	1.97
88539458--88539595	71	1.9	71	97	2	260	26	20	31	21	1.98
88546505--88546679	27	6.4	27	83	3	199	27	14	27	30	1.95
88546506--88546661	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88546502--88546679	82	2.2	81	82	3	223	27	15	26	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284