genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17440575--17440756	37	4.9	37	91	1	285	24	17	30	27	1.97
17441873--17441942	32	2.2	32	92	0	113	31	5	21	41	1.76
17441933--17442188	138	1.9	138	100	0	512	31	6	23	38	1.81
17442188--17442444	40	6.3	40	86	3	370	22	21	29	26	1.99
17442188--17442444	82	3.2	82	90	1	410	22	21	29	26	1.99
17442188--17442446	122	2.1	123	87	4	382	22	21	28	27	1.99
17442608--17442658	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
17446023--17446455	48	9.0	48	94	0	731	35	6	26	30	1.83
17446597--17446778	37	4.9	37	94	1	294	24	17	31	26	1.97
17448891--17449003	43	2.6	42	80	5	120	31	23	15	28	1.96
17451039--17451071	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
17455540--17455604	31	2.1	31	100	0	130	15	12	29	43	1.83
17457358--17457416	26	2.2	27	81	6	75	35	23	11	28	1.91
17460723--17460780	12	4.8	12	89	6	82	31	1	3	63	1.21
17460674--17460780	36	3.0	35	80	13	96	24	6	3	65	1.33
17460723--17460780	19	3.2	18	88	7	82	31	1	3	63	1.21
17463677--17463783	53	2.0	53	94	0	187	22	36	2	38	1.69
17467297--17467367	23	3.0	23	97	2	133	33	12	49	4	1.60
17470101--17470226	55	2.3	55	86	1	173	31	29	17	21	1.96
17471455--17471511	30	1.9	30	88	0	87	28	22	14	35	1.93
17474500--17474675	40	4.4	40	95	0	316	27	26	22	22	1.99
17476047--17476072	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17478040--17478087	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
17478135--17478190	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
17478124--17478190	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
17478239--17478370	25	5.4	24	88	3	158	31	19	21	28	1.97
17478239--17478375	49	2.8	48	82	6	134	30	20	21	27	1.98
17481095--17481179	17	4.7	17	69	18	64	37	2	11	48	1.53
17481073--17481188	56	2.1	56	96	0	214	36	3	13	46	1.61
17481090--17481177	28	3.1	28	62	18	65	37	2	11	48	1.52
17483586--17483727	70	2.0	70	87	0	203	38	11	23	26	1.89
17489501--17489603	37	2.8	37	90	0	170	25	32	19	23	1.98
17489750--17490609	48	17.9	48	98	0	1621	31	27	6	35	1.82
17492679--17492849	93	1.8	93	87	2	254	29	28	21	21	1.98
17500265--17500437	46	3.7	46	78	7	197	30	27	20	21	1.98
17500270--17500438	93	1.8	93	93	0	293	29	28	20	21	1.98
17503909--17503933	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
17504414--17504584	29	5.9	29	73	11	127	38	23	14	24	1.92
17504417--17504611	58	3.4	57	74	12	159	37	23	14	24	1.93
17504542--17504639	26	3.7	26	79	6	90	35	24	18	21	1.95
17511346--17511518	93	1.9	93	92	0	292	27	30	21	20	1.98
17511347--17511514	46	3.6	46	79	4	194	28	29	21	20	1.98
17514355--17514380	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
17516698--17516797	42	2.3	43	79	1	112	30	18	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17516659--17516815	43	3.7	43	69	12	108	28	18	22	31	1.97
17518916--17519032	27	4.3	26	88	7	153	35	23	22	17	1.95
17519234--17519374	27	5.2	27	85	3	176	25	20	17	36	1.95
17527828--17527867	21	1.9	21	94	0	71	27	12	20	40	1.88
17528329--17528533	95	2.2	94	86	6	297	30	28	12	28	1.93
17528701--17528738	19	2.0	19	94	0	67	44	21	13	21	1.85
17534105--17534145	19	2.2	18	95	4	73	17	12	4	65	1.42
17534460--17534505	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
17537695--17537874	38	4.7	38	90	0	288	13	20	32	33	1.92
17539703--17539742	11	3.8	11	78	21	50	22	25	15	37	1.93
17539704--17539742	20	2.0	20	90	10	62	23	25	15	35	1.94
17549806--17549848	22	2.0	22	86	9	61	39	0	6	53	1.28
17553284--17553314	14	2.2	14	94	0	53	19	3	0	77	0.90
17554797--17554838	13	3.2	13	86	0	57	42	33	4	19	1.72
17556559--17556616	20	2.9	20	84	0	80	37	20	22	18	1.94
17561348--17561385	19	2.0	19	85	10	51	23	44	21	10	1.83
17563451--17563475	12	2.1	12	100	0	50	24	0	16	60	1.36
17568372--17568465	28	3.3	27	82	5	98	30	36	11	21	1.89
17571670--17571731	31	2.1	30	82	17	76	29	17	8	45	1.77
17576312--17576473	81	2.0	81	97	0	306	29	14	22	33	1.94
17577649--17577719	30	2.3	32	80	9	92	23	19	18	38	1.93
17585126--17585189	33	2.0	32	84	3	83	20	21	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17591383--17591417	14	2.5	14	95	0	61	34	11	14	40	1.82
17592089--17592200	55	2.0	55	100	0	224	47	19	10	22	1.80
17592097--17592182	24	3.2	26	69	24	79	50	20	10	18	1.76
17592961--17593019	31	1.9	31	83	16	79	33	15	6	44	1.73
17593083--17593186	51	2.0	52	90	1	165	29	18	19	32	1.95
17593219--17593297	25	3.2	25	75	10	81	29	21	24	25	1.99
17593219--17593324	50	2.1	49	86	5	142	32	20	23	23	1.98
17593263--17593328	24	2.7	25	77	11	73	36	19	25	18	1.94
17595332--17595451	60	2.0	60	87	6	172	37	23	23	15	1.93
17597687--17597760	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
17600112--17600148	18	2.0	19	85	15	51	24	37	21	16	1.93
17603474--17603606	40	3.3	39	90	4	203	27	28	19	24	1.98
17603474--17603657	80	2.3	82	85	5	243	26	28	20	24	1.99
17611576--17611692	40	2.9	40	92	0	189	23	29	22	24	1.99
17613565--17613669	36	2.9	37	84	5	117	17	15	27	40	1.89
17617548--17617606	29	2.0	29	100	0	118	23	10	23	42	1.85
17618013--17618101	42	2.1	42	91	0	142	23	23	31	21	1.98
17618475--17618552	38	2.1	38	100	0	156	37	15	5	42	1.69
17620843--17620935	39	2.3	40	90	1	143	23	21	27	26	1.99
17625431--17625654	47	4.8	47	79	8	190	28	18	30	22	1.98
17627633--17627733	28	3.6	28	74	5	96	30	14	27	26	1.95
17629754--17629802	21	2.3	21	92	0	80	12	34	30	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17629771--17629814	21	2.1	21	86	0	61	13	40	20	25	1.89
17631738--17631805	13	5.2	13	75	7	66	36	8	20	33	1.84
17631966--17632022	19	2.9	19	89	7	80	43	0	0	56	0.99
17633845--17634081	71	3.3	72	90	3	374	54	15	5	23	1.63
17634507--17634554	18	2.7	18	100	0	96	37	12	14	35	1.84
17635478--17635539	22	2.7	23	76	14	65	51	4	6	37	1.49
17637537--17637606	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
17639462--17639517	28	2.0	28	100	0	112	25	17	14	42	1.87
17642648--17642687	19	2.2	18	86	4	53	42	10	2	45	1.51
17645870--17645960	42	2.2	42	83	0	110	49	12	6	31	1.66
17645982--17646021	19	2.2	18	90	4	62	42	12	5	40	1.64
17646667--17646735	3	23.0	3	90	0	84	39	36	24	0	1.56
17646647--17646732	27	3.2	27	93	3	138	40	36	22	1	1.61
17649603--17649647	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
17654203--17654247	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
17655389--17655448	6	10.0	6	96	0	111	48	16	0	35	1.47
17655874--17655922	23	2.1	23	100	0	98	24	12	24	38	1.90
17656163--17656217	29	1.9	28	85	3	74	34	10	14	40	1.81
17661319--17661535	46	4.6	47	80	11	173	29	18	27	24	1.98
17667769--17667840	21	3.5	21	69	17	60	20	26	15	37	1.92
17667751--17667874	41	3.0	41	85	0	167	20	26	17	34	1.95
17668439--17668464	13	2.0	13	100	0	52	0	38	23	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17672467--17672644	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
17672468--17672623	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
17672464--17672644	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
17680656--17680833	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
17680657--17680812	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
17680653--17680833	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
17686813--17686964	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
17686813--17686989	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
17687438--17687463	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
17693264--17693439	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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