genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87344746--87344806	29	2.1	30	81	9	72	32	21	3	42	1.69
87357000--87357177	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87357021--87357176	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87367675--87368136	231	2.0	231	100	0	924	31	17	16	34	1.92
87376581--87376706	20	6.3	20	71	0	108	37	18	29	15	1.91
87376581--87376705	60	2.1	60	92	0	214	37	18	28	15	1.91
87376642--87376722	40	2.0	40	90	0	126	37	18	28	16	1.92
87378162--87378211	21	2.4	21	96	0	91	36	24	10	30	1.88
87379039--87379277	58	4.1	58	78	4	255	22	25	15	37	1.93
87379039--87379283	29	8.3	29	77	4	222	22	24	15	37	1.93
87380873--87381005	42	3.2	42	91	0	194	19	37	27	15	1.92
87382195--87382294	51	2.0	51	86	7	141	31	30	17	22	1.96
87382456--87382501	22	2.1	22	87	0	65	47	10	4	36	1.58
87385725--87385820	29	3.4	28	80	7	104	27	14	31	27	1.95
87397738--87397894	43	3.7	43	83	6	176	24	17	25	31	1.97
87397740--87397852	44	2.6	42	86	6	147	24	18	25	30	1.98
87402788--87402831	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
87409363--87409585	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
87409363--87409585	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
87409363--87409618	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
87416953--87417037	44	2.0	44	82	15	106	28	29	17	24	1.97
87419938--87420448	253	2.0	253	98	0	995	32	13	20	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87427290--87427363	27	2.8	27	85	2	96	37	22	22	16	1.93
87429866--87430124	45	6.0	43	76	8	204	30	27	18	23	1.98
87429866--87430112	86	2.9	84	86	4	266	29	27	19	24	1.98
87429928--87430112	86	2.2	86	92	0	307	30	27	19	23	1.98
87431222--87431250	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
87432954--87433143	95	2.0	96	93	1	328	35	13	25	25	1.92
87435505--87435686	28	6.5	28	95	1	303	27	12	26	33	1.92
87443446--87443655	41	4.9	43	80	10	232	30	27	18	24	1.98
87443441--87443655	86	2.5	86	90	3	326	29	27	17	24	1.97
87443446--87443664	45	5.0	45	78	11	215	31	26	17	24	1.97
87447454--87447565	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
87447454--87447565	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
87451422--87451567	43	3.4	41	78	9	150	28	26	19	26	1.99
87451411--87451568	86	1.8	86	83	2	210	27	27	18	25	1.98
87451411--87451580	43	4.0	43	75	14	145	29	27	18	25	1.98
87452382--87452411	13	2.3	13	94	0	51	10	16	0	73	1.09
87452705--87452733	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
87453068--87453121	27	2.1	25	83	10	65	29	3	1	64	1.21
87457954--87458173	39	5.6	39	80	0	161	34	30	15	19	1.93
87457955--87458186	78	3.0	78	80	0	239	34	29	14	20	1.93
87458518--87458559	17	2.4	18	84	11	52	47	14	0	38	1.44
87460027--87460165	40	3.5	39	81	3	152	36	19	25	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87462864--87462903	16	2.4	16	91	4	62	77	5	0	17	0.94
87464164--87464270	27	4.0	27	85	6	137	35	21	24	18	1.96
87464164--87464270	54	2.0	53	90	1	169	35	21	24	18	1.96
87464676--87464705	16	1.9	15	93	6	51	3	26	23	46	1.68
87465501--87465553	26	2.0	26	82	7	63	58	0	35	5	1.22
87465692--87465792	24	4.2	24	93	0	166	20	41	3	33	1.71
87468558--87468613	29	1.9	29	88	0	85	19	28	28	23	1.98
87468755--87468787	11	3.0	11	100	0	66	36	27	18	18	1.94
87469646--87469678	15	2.2	15	94	0	57	9	27	12	51	1.69
87469654--87469694	15	2.7	15	88	0	55	4	29	17	48	1.67
87474504--87474665	43	3.8	43	72	10	152	23	17	25	33	1.96
87475390--87475436	22	2.1	22	84	7	60	21	2	27	48	1.61
87478438--87478493	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
87479261--87479353	27	3.4	27	86	0	132	30	21	11	36	1.89
87479363--87479475	27	4.2	27	77	7	106	42	19	18	19	1.90
87479820--87479877	18	3.2	18	77	0	62	24	22	13	39	1.90
87479867--87479949	34	2.5	34	88	2	114	31	24	16	27	1.97
87483971--87484068	38	2.6	37	82	4	99	27	5	21	45	1.72
87489437--87489564	26	5.0	26	84	3	156	28	21	21	28	1.99
87489440--87489564	52	2.5	51	88	5	193	28	20	21	28	1.98
87489622--87489688	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
87490396--87490460	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87490514--87490742	27	8.4	27	79	9	198	30	9	20	39	1.84
87490597--87490733	53	2.5	53	79	5	150	29	8	21	39	1.84
87490721--87490931	27	7.8	27	95	0	359	39	9	23	27	1.85
87490720--87490985	81	3.3	81	88	0	352	37	9	22	29	1.87
87490721--87490958	27	8.8	27	92	0	332	37	9	23	28	1.87
87490921--87491026	27	4.0	26	84	8	124	30	10	20	38	1.86
87490656--87491003	54	6.4	54	84	0	311	35	9	22	33	1.86
87490910--87491026	54	2.2	54	83	6	139	30	10	19	39	1.85
87490953--87491035	27	3.0	27	85	5	105	33	9	18	38	1.83
87493644--87493704	29	2.1	29	90	0	95	27	31	16	24	1.96
87493776--87493809	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
87500439--87500487	21	2.3	21	96	0	89	36	18	10	34	1.85
87500425--87500489	11	6.1	11	76	7	62	35	15	13	35	1.87
87500601--87500779	27	6.7	26	87	3	178	26	22	17	33	1.96
87500602--87500796	54	3.6	54	86	0	246	25	21	18	34	1.96
87500627--87500823	27	7.3	27	87	1	243	25	19	19	35	1.96
87500778--87500905	27	4.7	27	81	3	150	28	10	23	38	1.87
87500754--87500912	81	2.0	81	81	5	187	28	11	22	37	1.90
87503125--87503171	17	2.7	18	86	3	69	48	10	21	19	1.78
87503468--87503814	27	12.9	27	87	2	457	38	18	15	26	1.91
87503911--87503944	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
87508513--87508571	23	2.6	23	97	0	109	30	10	16	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87510771--87510804	16	2.0	17	88	11	52	52	5	11	29	1.61
87514089--87514138	24	2.1	24	96	0	91	18	22	26	34	1.96
87525604--87525813	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
87525551--87525813	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
87525552--87525848	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
87537796--87537841	17	2.6	18	82	6	58	63	0	2	34	1.07
87543854--87544074	47	4.7	48	77	15	228	28	17	30	23	1.97
87546782--87546862	16	5.0	16	71	22	71	54	0	1	44	1.08
87549747--87549794	22	2.1	22	88	3	69	4	16	4	75	1.12
87550719--87550775	27	2.1	27	87	6	80	31	5	1	61	1.28
87550807--87550938	25	5.2	26	66	22	75	30	4	3	61	1.34
87559142--87559326	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
87559143--87559326	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
87559195--87559359	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
87566661--87566765	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
87566621--87566784	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
87566621--87566771	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
87571539--87571651	23	5.0	23	75	14	92	24	18	19	37	1.94
87571520--87571651	45	2.8	46	81	12	119	26	18	18	35	1.95
87571803--87571910	20	5.5	19	78	6	92	38	8	16	36	1.79
87578187--87578277	26	3.7	25	76	12	100	24	24	19	31	1.98
87578222--87578326	23	4.6	22	72	11	68	24	20	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87578197--87578301	47	2.2	49	85	10	146	24	23	20	31	1.98
87578483--87578587	40	2.6	39	76	11	106	38	8	18	35	1.81
87578480--87578587	20	5.5	19	78	6	83	37	8	18	35	1.81
87578496--87578595	39	2.5	39	79	7	112	38	8	18	36	1.80
87587207--87587384	27	6.6	27	82	3	115	29	28	15	26	1.96
87587228--87587383	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87587207--87587383	54	3.3	54	81	6	205	29	28	15	26	1.96
87589704--87589748	21	2.1	21	95	0	81	64	4	6	24	1.37
87589926--87590131	102	2.0	102	100	0	412	46	10	20	22	1.81
87593337--87593816	27	17.6	27	97	1	474	30	29	14	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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