genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1821326--1821517	57	3.4	57	96	0	339	37	17	10	34	1.85
1824736--1825086	174	2.0	174	100	0	702	43	9	10	37	1.71
1825086--1825732	321	2.0	321	99	0	1285	44	5	7	43	1.54
1827568--1827637	8	8.1	9	79	6	58	37	2	1	58	1.22
1827613--1827670	30	2.0	30	83	10	75	37	1	3	56	1.26
1827566--1827619	8	6.4	8	81	8	63	35	3	0	61	1.14
1830421--1830540	39	3.1	39	97	0	222	20	24	30	25	1.98
1832997--1833025	12	2.4	12	100	0	58	6	27	41	24	1.80
1835505--1835533	10	2.9	10	100	0	58	0	6	0	93	0.36
1835895--1835919	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
1859240--1859319	27	2.9	27	84	1	88	37	18	22	21	1.94
1860790--1860868	39	2.0	39	90	4	124	31	31	8	27	1.87
1868041--1868080	15	2.6	15	84	4	53	77	0	7	15	0.98
1868280--1868412	54	2.4	55	83	1	160	15	24	31	29	1.95
1870898--1871104	40	5.2	40	84	4	260	24	21	26	27	1.99
1875596--1875740	39	3.7	40	82	9	199	22	22	27	27	1.99
1875596--1875741	79	1.8	79	100	0	292	21	22	27	28	1.99
1875808--1875899	40	2.3	40	83	5	116	28	22	25	23	2.00
1880610--1880650	19	2.2	19	86	8	57	12	26	12	48	1.75
1882604--1882638	8	4.4	8	86	13	54	54	22	20	2	1.58
1882862--1882995	29	4.7	29	86	3	139	26	15	31	26	1.96
1882862--1882972	58	1.9	58	86	0	159	26	15	29	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1889646--1889817	93	1.8	93	91	2	283	26	29	22	22	1.99
1889647--1889814	46	3.6	46	75	17	168	26	28	22	22	1.99
1896599--1896645	23	2.0	23	83	0	58	21	27	10	40	1.86
1897997--1898055	24	2.4	24	78	16	59	18	5	3	72	1.17
1901021--1901148	63	2.0	64	89	1	195	42	14	10	32	1.80
1904561--1904738	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
1904582--1904737	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
1914865--1914939	37	2.0	37	97	0	141	21	28	33	17	1.96
1916374--1916558	80	2.3	80	84	4	232	23	19	28	28	1.98
1916374--1916556	40	4.6	39	85	4	206	23	19	28	28	1.98
1916411--1916591	79	2.3	80	81	1	213	24	19	28	27	1.99
1917523--1917722	100	2.0	100	96	0	364	33	16	18	31	1.93
1917947--1918550	301	2.0	301	99	0	1199	33	16	23	27	1.96
1919514--1919572	17	3.5	17	85	0	82	33	5	15	45	1.68
1919689--1919789	43	2.3	43	85	6	125	25	16	21	35	1.95
1928672--1928696	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
1935826--1936021	40	4.9	40	89	0	230	27	29	20	22	1.98
1935803--1936021	80	2.7	80	84	2	260	28	29	20	21	1.98
1935937--1936003	23	3.2	23	64	24	65	28	28	19	23	1.98
1947948--1948042	26	3.6	26	73	10	86	40	22	11	26	1.88
1948028--1948095	27	2.5	27	87	0	100	36	17	19	26	1.94
1948779--1948839	27	2.3	26	83	5	77	21	19	19	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1948959--1948993	6	5.8	6	89	0	52	22	17	14	45	1.84
1950278--1950392	57	2.0	57	86	0	158	26	18	22	32	1.97
1953623--1953666	19	2.3	20	84	7	56	27	22	11	38	1.88
1957959--1958728	88	8.8	88	96	0	1355	29	22	22	25	1.99
1958975--1959215	44	5.5	42	69	11	119	30	20	21	27	1.98
1960734--1961036	40	7.6	40	89	2	387	24	20	28	27	1.99
1968728--1968950	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
1968803--1968985	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
1975122--1975508	50	7.7	50	90	1	560	27	17	25	30	1.97
1975722--1975753	16	2.0	16	93	0	55	53	0	12	34	1.39
1976078--1976413	180	1.9	179	86	3	478	38	6	19	34	1.79
1983026--1983415	50	7.7	50	77	5	358	26	16	25	31	1.96
1983069--1983423	151	2.4	151	82	1	444	26	17	25	30	1.97
1983974--1984322	180	1.9	180	85	1	484	40	8	16	33	1.79
1987412--1987460	23	2.1	23	88	0	71	40	18	14	26	1.89
2007533--2007601	31	2.2	31	92	0	111	49	15	15	18	1.80
2007749--2007850	27	3.8	27	79	5	107	38	18	22	20	1.94
2008009--2008073	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
2008518--2009207	27	25.6	27	87	0	788	26	19	19	34	1.96
2008518--2009207	54	12.8	54	86	2	906	26	19	19	34	1.96
2008528--2009207	81	8.4	81	89	1	891	26	20	18	34	1.96
2009195--2009325	54	2.5	53	79	1	154	30	7	21	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2009192--2009315	27	4.6	27	80	8	101	28	7	23	41	1.81
2013128--2013165	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
2013389--2013512	47	2.7	46	81	9	146	29	27	19	23	1.98
2013392--2013535	46	3.1	45	72	16	125	29	27	20	23	1.99
2013939--2013998	30	2.0	30	90	0	93	31	25	5	38	1.77
2018489--2018536	24	2.0	24	87	0	69	33	25	6	35	1.81
2020829--2021001	47	3.7	47	100	0	346	27	27	20	24	1.99
2025290--2025373	25	3.4	25	83	6	109	25	23	21	29	1.99
2026280--2026683	27	14.9	27	75	4	186	31	9	21	37	1.85
2026563--2026652	28	3.2	29	85	6	98	31	7	18	42	1.79
2026536--2026683	55	2.7	54	78	5	136	31	8	19	41	1.81
2029022--2029111	42	2.1	42	91	0	144	35	21	13	30	1.91
2029217--2029292	37	2.1	37	94	0	134	22	22	18	36	1.95
2029295--2029392	26	3.8	26	93	1	162	25	22	24	27	2.00
2030195--2030258	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
2030384--2030440	27	2.1	27	90	0	87	31	3	21	43	1.69
2030392--2030514	27	4.6	27	85	0	129	40	7	17	34	1.77
2030417--2030518	27	3.8	27	88	0	141	42	6	18	32	1.77
2030501--2030648	55	2.7	55	77	5	140	32	9	18	39	1.83
2030545--2030601	28	2.0	28	89	0	87	33	10	21	35	1.87
2030544--2030648	27	3.9	26	79	8	102	33	8	18	40	1.81
2043989--2044065	29	2.7	29	91	2	129	31	11	25	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2051135--2051233	28	3.7	28	76	13	100	35	14	23	27	1.93
2051257--2051451	51	3.8	51	81	8	252	32	10	26	31	1.89
2058466--2058521	25	2.2	25	100	0	112	17	19	8	53	1.70
2058551--2058583	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
2063108--2063168	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
2076368--2076515	51	2.9	51	91	2	235	32	14	25	27	1.95
2083963--2084087	45	2.8	45	84	8	143	23	28	24	24	1.99
2084437--2084638	38	5.3	38	86	2	287	32	25	20	21	1.98
2084437--2084638	78	2.6	76	85	3	296	32	25	20	21	1.98
2093031--2093292	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
2112536--2112698	43	3.8	43	78	9	136	23	15	27	33	1.95
2112539--2112656	44	2.7	43	82	6	141	21	16	29	32	1.95
2112586--2112689	42	2.5	42	79	7	111	25	16	27	30	1.96
2124754--2124842	44	2.0	44	100	0	178	29	6	20	43	1.77
2128339--2128382	8	5.8	8	82	17	58	31	0	13	54	1.39
2128356--2128384	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
2132187--2132232	21	2.2	20	85	11	58	21	54	17	6	1.65
2134700--2134728	8	3.6	8	100	0	58	37	34	0	27	1.57
2136629--2136654	12	2.2	12	100	0	52	30	0	15	53	1.42
2153698--2153808	43	2.6	43	80	7	120	30	25	18	25	1.98
2157402--2157525	40	3.0	40	82	10	135	25	20	23	31	1.98
2160287--2160334	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160378--2160431	20	2.7	20	97	0	99	35	11	20	33	1.88
2160517--2160564	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
2160202--2160661	230	2.0	230	98	0	893	34	14	17	33	1.91
2160612--2160667	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
2160601--2160667	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
2160718--2160836	23	5.1	23	91	2	193	28	21	19	31	1.97
2161050--2161113	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
2164794--2164853	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
2171260--2171409	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
2171284--2171467	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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