genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14421443--14421475	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
14423528--14423569	19	2.3	19	88	8	61	14	21	40	23	1.90
14424011--14424164	27	5.8	27	75	6	118	38	18	10	33	1.84
14424011--14424163	54	2.9	54	79	3	141	38	18	10	32	1.85
14424001--14424156	80	1.9	80	83	6	199	37	19	10	32	1.85
14424064--14424192	54	2.4	53	79	6	136	37	17	12	31	1.87
14427944--14428093	54	2.8	54	100	0	300	30	24	21	23	1.99
14428289--14428436	27	5.5	27	79	0	125	43	21	7	27	1.79
14428289--14428436	54	2.7	54	81	0	170	43	21	7	27	1.79
14428809--14428850	22	1.9	22	90	0	66	26	26	19	28	1.98
14439429--14439484	28	2.0	28	96	0	103	30	39	5	25	1.78
14441687--14441899	27	7.9	27	79	12	224	33	21	24	20	1.97
14441705--14441902	54	3.7	54	95	1	335	33	22	24	19	1.97
14449268--14449300	17	1.9	17	100	0	66	18	12	12	57	1.64
14452436--14452899	232	2.0	232	99	0	910	33	19	10	36	1.86
14453591--14454358	46	16.7	46	99	0	1527	26	30	23	19	1.98
14454836--14454895	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
14459337--14459385	24	2.0	24	100	0	98	40	22	8	28	1.82
14459647--14459790	47	3.1	46	80	7	157	34	9	29	27	1.87
14459764--14460682	46	20.0	46	98	0	1757	34	10	32	22	1.88
14466277--14466336	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
14473298--14473421	52	2.5	51	87	7	173	41	7	0	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14473383--14473456	38	1.9	38	91	0	121	43	8	1	47	1.41
14474558--14474583	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
14476764--14479106	125	19.0	126	81	8	2008	40	15	16	28	1.88
14476764--14479106	250	9.5	250	81	7	2509	40	15	16	28	1.88
14478123--14478440	110	2.9	110	87	4	439	41	13	14	31	1.84
14481833--14482131	126	2.4	125	80	5	386	38	18	14	28	1.90
14482198--14482245	25	1.9	25	86	0	69	54	4	22	18	1.61
14484336--14484382	22	2.1	22	88	7	69	25	2	48	23	1.62
14492075--14492119	22	2.0	22	87	8	65	22	0	51	26	1.49
14495738--14495868	61	2.2	60	83	5	156	53	8	4	33	1.52
14497803--14497857	18	2.8	20	75	13	60	69	1	0	29	0.99
14497803--14497864	18	3.2	18	73	17	54	66	1	1	30	1.11
14498026--14498089	12	5.7	12	69	12	55	46	1	21	29	1.61
14498297--14498353	29	2.0	29	85	0	78	47	7	10	35	1.65
14504984--14505122	69	2.0	69	98	0	269	28	32	12	26	1.93
14506366--14506390	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
14517378--14518313	79	11.8	79	97	1	1700	25	20	27	26	1.99
14522945--14523044	43	2.3	43	77	3	112	30	18	23	29	1.97
14524346--14524503	43	3.7	43	79	5	167	29	13	24	32	1.94
14525783--14525902	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
14527033--14527215	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
14527034--14527217	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14527086--14527250	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
14527250--14527430	92	2.0	92	97	0	344	29	13	21	35	1.92
14533857--14533976	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
14537435--14537557	47	2.6	47	83	2	140	31	9	32	26	1.89
14537680--14537758	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
14538679--14539584	40	22.6	40	97	0	1674	24	20	27	27	1.99
14547420--14547581	81	2.0	81	96	0	297	31	27	20	20	1.98
14549608--14549795	94	2.0	94	97	0	358	20	25	23	30	1.98
14550144--14550243	50	2.0	50	98	0	191	34	17	15	34	1.90
14550371--14550732	181	2.0	181	97	0	679	31	20	17	30	1.96
14551838--14551913	29	2.6	29	100	0	152	26	28	15	28	1.96
14558468--14558570	43	2.4	43	84	7	131	24	17	26	32	1.97
14558468--14558584	43	2.8	42	82	12	125	23	16	26	34	1.95
14562056--14562121	34	1.9	34	90	0	105	21	25	21	31	1.98
14566677--14566737	30	2.0	30	83	0	77	39	3	24	32	1.72
14575688--14575747	29	2.1	29	96	0	111	61	15	3	20	1.47
14579125--14579236	27	4.2	26	82	7	109	36	22	24	16	1.94
14582237--14582266	15	2.0	15	100	0	60	26	40	6	26	1.81
14591508--14591679	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
14591510--14591732	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
14591508--14591732	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
14591664--14591741	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14594602--14594713	27	4.1	27	79	5	102	37	23	21	17	1.94
14608512--14608698	68	2.6	69	82	11	218	36	17	21	24	1.94
14608512--14608683	23	7.3	23	83	9	197	37	16	22	23	1.93
14611145--14611266	43	2.9	42	78	11	158	31	13	24	30	1.94
14620128--14620293	43	3.9	42	75	9	158	30	15	22	31	1.95
14620134--14620292	86	1.9	85	85	4	221	28	15	23	32	1.95
14624674--14624790	58	2.0	58	100	0	234	30	13	17	38	1.88
14635335--14635393	18	3.2	18	75	20	59	37	0	40	22	1.54
14637168--14637199	11	2.9	11	100	0	64	46	9	18	25	1.79
14637596--14637635	22	1.9	19	85	14	53	65	10	5	20	1.42
14639359--14639609	55	4.7	54	80	9	270	35	17	24	21	1.95
14639362--14639562	108	1.8	110	91	4	336	33	17	25	22	1.96
14649105--14649135	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
14649960--14650380	210	2.0	210	100	0	842	36	8	19	36	1.81
14655254--14655314	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
14660069--14660268	53	3.8	53	81	7	205	35	17	25	21	1.95
14660069--14660221	53	2.8	56	84	4	206	33	16	26	22	1.95
14671491--14671662	40	4.3	40	85	5	197	25	29	20	25	1.99
14671491--14671705	80	2.7	79	76	7	211	26	28	20	25	1.99
14671647--14671724	40	1.9	41	82	10	97	26	26	21	24	1.99
14682944--14683253	56	5.6	54	75	7	185	21	18	30	28	1.97
14682948--14683210	56	4.8	56	80	2	280	22	18	31	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14687567--14687693	28	4.5	28	88	3	164	33	24	12	29	1.92
14687566--14687665	28	3.5	29	90	4	168	33	23	12	32	1.91
14687567--14687693	57	2.2	57	87	2	175	33	24	12	29	1.92
14692368--14692481	27	4.2	27	75	8	99	20	20	22	36	1.95
14696691--14696752	26	2.3	27	81	10	74	35	27	9	27	1.88
14696857--14696969	27	4.2	25	83	8	109	20	24	19	35	1.96
14704739--14704829	45	2.0	45	97	0	173	24	23	24	28	1.99
14713032--14713127	48	2.0	48	95	0	174	30	9	30	30	1.89
14717857--14717925	36	1.9	35	96	0	120	10	20	23	44	1.81
14726435--14726468	17	2.1	16	88	5	50	41	0	17	41	1.50
14731847--14731907	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
14738539--14738578	20	1.9	22	90	10	66	65	7	5	22	1.38
14740317--14740369	20	2.7	20	84	0	79	33	22	22	20	1.97
14760084--14760134	25	2.0	25	84	0	66	29	21	19	29	1.98
14760176--14760214	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
14760175--14760214	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
14767921--14767971	25	2.0	25	84	0	66	29	21	19	29	1.98
14768013--14768051	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
14768012--14768051	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
14775510--14775635	46	2.7	46	93	0	207	30	29	19	20	1.97
14779110--14779320	101	2.1	101	100	0	422	28	15	18	36	1.92
14779978--14780199	46	4.7	46	76	6	169	27	17	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14786040--14786142	51	2.0	51	83	5	127	34	17	22	25	1.95
14796375--14796497	46	2.6	46	87	7	160	26	18	30	23	1.98
14796375--14796538	47	3.5	45	85	6	177	28	17	30	23	1.97
14801067--14801237	47	3.7	47	85	6	217	28	19	28	22	1.98
14805614--14805681	34	2.0	34	97	0	127	30	26	13	29	1.94
14810203--14810378	46	3.8	46	79	12	207	21	21	27	30	1.98
14810200--14810371	93	1.8	93	94	0	308	21	21	27	29	1.99
14813854--14813958	55	1.9	54	84	7	140	20	29	28	20	1.98
14813848--14813968	55	2.2	54	81	7	138	24	28	27	19	1.99
14817657--14817953	47	6.3	47	93	1	495	27	29	8	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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