genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26287363--26287431	27	2.6	27	79	4	77	23	36	18	21	1.95
26292465--26292644	51	3.5	51	87	2	184	23	18	28	28	1.98
26292520--26292644	51	2.5	51	100	0	250	21	18	29	30	1.97
26292566--26292749	102	1.8	101	84	1	251	23	17	27	31	1.97
26307209--26307380	83	2.1	81	84	6	226	47	11	12	29	1.75
26307171--26307381	77	2.6	77	82	5	215	47	11	12	27	1.76
26307413--26307606	86	2.2	84	78	9	194	45	7	11	35	1.69
26307554--26307679	65	1.9	66	85	1	173	46	7	7	37	1.62
26308335--26308388	20	2.7	20	82	0	63	55	7	3	33	1.45
26309521--26309558	18	2.2	18	85	4	51	50	5	2	42	1.39
26318802--26318883	25	3.3	24	72	13	67	31	18	28	21	1.97
26335027--26335053	13	2.1	13	100	0	54	70	14	0	14	1.17
26340120--26340187	19	3.1	23	63	18	54	54	5	4	35	1.45
26340900--26340931	15	2.1	16	94	5	57	43	9	6	40	1.62
26343131--26343161	14	2.1	15	94	5	55	70	0	0	29	0.87
26350187--26350284	36	2.7	35	79	6	106	29	20	10	39	1.85
26350187--26350544	73	4.9	73	78	9	322	26	21	15	37	1.92
26350219--26350514	146	2.0	145	83	7	368	25	21	15	37	1.93
26350219--26350544	36	8.9	36	78	10	306	25	21	15	37	1.93
26350226--26350551	109	3.0	105	77	13	295	24	21	16	37	1.93
26351238--26351269	13	2.5	13	100	0	64	40	9	31	18	1.83
26352034--26352086	18	2.7	21	72	22	60	24	26	3	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26352040--26352084	18	2.5	19	82	10	67	24	24	4	46	1.71
26354635--26355406	386	2.0	386	100	0	1544	38	11	14	34	1.83
26360716--26360752	17	2.1	19	85	10	51	35	2	16	45	1.61
26362487--26362534	25	1.9	25	83	8	62	35	12	16	35	1.87
26369042--26369077	18	2.0	18	94	0	63	41	0	16	41	1.48
26376451--26376547	28	3.5	28	91	1	151	26	22	26	23	2.00
26376886--26377016	27	4.9	26	76	10	113	18	16	18	46	1.84
26376886--26377024	54	2.6	53	82	11	149	18	16	17	46	1.84
26380465--26380620	75	2.1	76	96	1	287	36	24	11	27	1.90
26380988--26381053	16	4.2	16	76	3	55	77	7	3	12	1.09
26381190--26381236	16	2.7	17	80	9	51	53	6	6	34	1.52
26382807--26383528	44	16.7	43	71	13	202	29	23	18	28	1.98
26382976--26383438	43	10.7	43	69	11	216	30	22	17	28	1.97
26382729--26383140	216	1.9	217	90	0	664	30	23	18	27	1.98
26382842--26383484	172	3.7	172	87	3	888	29	23	18	28	1.98
26382729--26383254	216	2.4	217	83	4	562	30	23	18	28	1.97
26383062--26383526	89	5.4	86	71	14	355	29	23	18	28	1.98
26391727--26391764	19	2.0	20	84	5	51	39	10	5	44	1.61
26395319--26395365	16	2.7	17	80	9	51	53	6	6	34	1.52
26395830--26395963	70	1.9	69	85	3	178	47	20	3	28	1.67
26402718--26402754	18	2.1	18	90	10	58	54	10	27	8	1.63
26406618--26407036	76	5.5	75	80	2	401	34	21	19	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26406730--26406869	36	3.8	36	69	11	113	32	22	21	23	1.98
26406612--26407037	151	2.8	152	83	1	498	34	21	18	25	1.96
26410274--26410335	28	2.2	28	94	0	106	19	11	45	24	1.83
26421376--26421418	17	2.4	18	80	11	52	13	20	44	20	1.86
26421768--26422100	27	12.4	27	73	10	216	39	19	19	20	1.93
26421817--26422046	54	4.2	54	81	3	239	38	19	21	20	1.94
26421768--26422046	81	3.5	81	83	6	300	39	20	20	20	1.93
26422129--26422214	24	3.6	23	81	12	84	23	9	19	47	1.78
26422146--26422227	24	3.4	24	87	0	110	23	8	20	47	1.77
26422368--26422460	32	2.9	32	86	0	132	21	20	20	37	1.94
26422466--26422539	22	3.3	21	73	5	58	16	18	20	44	1.87
26425888--26425930	19	2.4	17	84	7	59	76	0	0	23	0.78
26425883--26425930	17	2.8	17	82	14	55	70	0	0	29	0.87
26426219--26426285	29	2.3	30	82	12	79	58	5	4	31	1.42
26426459--26426506	21	2.2	22	85	7	71	47	8	22	20	1.77
26430596--26430645	20	2.4	21	83	6	66	54	2	8	36	1.42
26431046--26431095	3	16.7	3	95	0	82	66	4	0	30	1.10
26440845--26440886	21	2.0	21	100	0	84	23	23	23	28	2.00
26442012--26442071	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
26442285--26442321	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
26442654--26442682	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
26444569--26444609	20	2.1	20	86	4	57	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26463179--26463207	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
26471638--26471768	50	2.6	50	87	0	190	19	22	19	38	1.93
26471926--26471974	21	2.3	23	79	13	59	38	0	40	20	1.53
26472472--26472527	21	2.8	20	74	12	53	55	5	7	32	1.50
26475117--26475158	22	1.9	22	90	0	66	11	21	26	40	1.88
26475371--26475572	86	2.3	87	87	0	280	29	30	15	24	1.95
26475413--26475665	43	5.9	43	76	7	226	31	30	15	22	1.95
26475413--26475665	130	2.0	129	81	5	305	31	30	15	22	1.95
26475518--26475709	86	2.2	87	82	6	237	33	29	14	22	1.94
26476011--26476144	21	6.4	21	78	6	128	5	40	17	37	1.72
26476114--26476261	66	2.2	66	86	4	201	14	28	17	39	1.89
26476120--26476284	66	2.5	66	85	3	190	13	26	18	40	1.89
26481706--26481907	9	24.2	9	69	15	96	37	2	15	44	1.62
26481711--26481830	16	7.9	16	66	19	78	35	2	16	45	1.61
26481725--26481861	25	5.6	25	74	6	118	37	2	15	44	1.61
26481899--26481927	13	2.2	13	100	0	58	37	0	6	55	1.27
26481912--26482094	56	3.3	56	99	0	357	41	0	9	48	1.36
26481961--26482088	9	13.8	9	66	21	52	39	0	10	49	1.38
26481820--26482094	34	7.8	34	72	17	184	40	0	10	47	1.44
26481963--26482013	22	2.4	22	90	3	86	41	0	9	49	1.36
26482019--26482069	22	2.4	22	90	3	86	41	0	9	49	1.36
26482159--26482195	13	2.8	13	95	0	65	35	0	21	43	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26484513--26484549	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
26485746--26485775	15	2.0	15	93	0	51	46	10	0	43	1.37
26486283--26486350	15	4.9	14	71	16	52	41	36	0	22	1.54
26486286--26486323	15	2.5	15	86	0	58	36	44	0	18	1.50
26489092--26489125	16	2.1	17	88	5	52	52	5	0	41	1.25
26489621--26489672	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
26508961--26509073	23	5.0	23	75	5	97	42	21	19	16	1.89
26509004--26509081	23	3.5	21	73	19	68	42	20	19	17	1.90
26510346--26510388	21	2.2	19	83	8	50	20	30	2	46	1.63
26519866--26519936	25	2.9	26	83	10	87	38	18	25	18	1.93
26521244--26521287	20	2.2	20	87	0	61	31	9	9	50	1.65
26525690--26525733	20	2.2	20	91	0	70	31	9	9	50	1.65
26526142--26526191	19	2.7	18	78	6	55	32	0	0	68	0.90
26526149--26526191	21	2.1	20	86	4	59	30	0	0	69	0.88
26534246--26534293	25	1.9	25	91	0	78	37	16	10	35	1.83
26535477--26535526	20	2.4	21	93	3	84	8	22	0	70	1.13
26535488--26535533	20	2.2	20	88	3	65	10	21	2	65	1.35
26537283--26537316	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
26541922--26541955	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
26546561--26546594	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
26547360--26547386	14	1.9	14	100	0	54	29	7	0	62	1.22
26548562--26548623	25	2.5	25	86	5	81	40	16	12	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26553642--26553693	24	2.2	24	85	0	68	32	9	7	50	1.64
26554789--26554841	21	2.5	21	84	6	63	7	13	5	73	1.23
26560042--26560081	3	13.3	3	89	0	62	27	0	5	67	1.11
26570609--26570660	25	2.1	25	85	3	70	40	17	25	17	1.90
26570965--26570989	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
26576715--26576748	12	2.8	12	86	0	50	11	17	47	23	1.81
26576756--26576850	50	1.9	50	86	4	138	26	14	34	24	1.94
26591473--26591535	25	2.5	25	81	0	81	19	23	25	31	1.98
26592672--26592701	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
26593549--26593684	67	2.0	67	90	2	211	20	19	25	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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