genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  5  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1442879--1442933	23	2.3	23	81	9	67	74	3	0	21	0.97
1451422--1451463	17	2.5	17	88	3	59	30	2	4	61	1.29
1451549--1451589	17	2.3	18	80	16	50	46	9	2	41	1.50
1452688--1452729	20	2.1	20	95	0	75	47	19	4	28	1.69
1459347--1459427	37	2.2	37	93	0	135	24	32	22	20	1.98
1459553--1459711	48	3.3	48	84	2	194	30	27	7	34	1.84
1463925--1464022	31	3.4	29	73	16	96	52	5	2	40	1.35
1464402--1464435	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
1465393--1465444	19	2.7	19	84	0	59	57	3	3	34	1.35
1465880--1465937	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
1468189--1468235	26	2.0	25	84	16	64	36	14	6	42	1.72
1468377--1468406	12	2.4	13	94	5	53	40	3	0	56	1.16
1468345--1468475	60	2.2	58	80	9	142	49	3	3	42	1.39
1468832--1468871	21	2.0	20	85	5	53	20	25	40	15	1.90
1470096--1470123	12	2.3	12	100	0	56	28	14	7	50	1.69
1470183--1470304	46	2.6	48	84	3	158	22	29	18	28	1.98
1472347--1472493	74	2.0	74	98	0	285	46	23	3	27	1.68
1472650--1472780	64	2.0	64	98	0	253	45	22	1	30	1.61
1473284--1473384	51	2.0	51	98	0	193	33	15	23	26	1.95
1477963--1478178	42	5.1	42	66	12	156	26	26	18	28	1.98
1477900--1478209	84	3.7	84	96	0	548	24	27	19	28	1.98
1480099--1480128	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485153--1485181	8	3.8	8	95	4	51	82	0	17	0	0.66
1485775--1485814	14	2.9	14	100	0	80	27	0	7	65	1.20
1485821--1485869	10	4.9	10	89	0	71	22	10	2	65	1.34
1486586--1486620	18	1.9	18	94	0	61	28	11	2	57	1.48
1487491--1487568	25	3.1	25	85	7	104	30	16	21	30	1.96
1487709--1487799	45	2.0	45	97	0	173	43	15	9	30	1.79
1491595--1491628	17	2.0	17	100	0	68	35	5	17	41	1.74
1498279--1498490	107	2.0	107	98	1	410	46	14	12	27	1.80
1500723--1501000	69	4.0	69	100	0	556	39	17	12	30	1.87
1504913--1504988	38	2.0	38	97	0	143	38	23	1	36	1.64
1505273--1505329	27	2.1	27	84	12	73	42	22	0	35	1.54
1511476--1511554	38	2.1	37	85	2	104	12	18	31	36	1.89
1511482--1511749	41	6.6	41	80	5	251	16	17	28	37	1.92
1511630--1511777	41	3.6	40	84	3	161	17	14	26	41	1.88
1512416--1512457	16	2.6	17	82	14	54	38	23	4	33	1.76
1518279--1518312	13	2.5	13	95	4	59	0	20	0	79	0.73
1519190--1519240	21	2.4	22	77	9	61	37	5	15	41	1.72
1523721--1523931	40	5.3	40	87	2	266	28	28	20	22	1.99
1531526--1531556	14	2.2	14	94	0	53	22	9	32	35	1.87
1535105--1535241	38	3.6	38	81	2	150	16	22	28	32	1.95
1535102--1535455	41	8.9	41	75	9	261	17	19	25	37	1.94
1535218--1535470	82	3.1	82	83	2	292	18	17	24	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1535927--1535970	19	2.2	19	84	8	52	38	4	9	47	1.56
1537911--1537966	21	2.6	22	75	8	62	44	21	23	10	1.83
1539038--1539087	24	2.1	24	100	0	100	38	8	18	36	1.80
1539043--1539094	24	2.2	24	89	0	77	40	5	19	34	1.75
1546310--1546348	21	1.9	21	89	5	62	43	0	2	53	1.14
1554780--1554904	62	2.0	62	98	0	241	31	28	13	26	1.94
1555644--1555715	17	4.4	16	73	18	60	55	2	1	40	1.23
1558908--1559047	60	2.3	59	84	9	169	27	26	19	26	1.99
1559940--1560007	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
1560269--1560299	8	3.8	8	91	8	53	12	0	0	87	0.55
1562433--1562660	46	5.0	46	91	1	341	38	14	25	22	1.92
1565974--1566169	96	2.0	96	89	2	295	46	20	9	23	1.79
1572351--1572415	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
1572521--1572608	28	3.1	29	84	7	94	21	22	21	34	1.97
1573047--1573085	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
1573669--1573702	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
1579808--1579872	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
1579978--1580040	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
1579988--1580051	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
1583083--1583192	21	5.2	21	72	4	89	16	23	17	42	1.88
1583181--1583233	21	2.6	21	82	5	65	9	20	22	47	1.79
1583062--1583192	42	3.1	42	76	2	138	18	22	16	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1583085--1583213	42	3.1	42	79	2	143	16	23	17	43	1.87
1584654--1584700	23	2.0	23	100	0	94	48	8	8	34	1.64
1586341--1586376	18	2.0	18	94	0	63	44	30	16	8	1.77
1591800--1591833	17	1.9	18	88	5	52	14	5	2	76	1.09
1594074--1594110	15	2.3	17	86	9	51	37	0	0	62	0.96
1594074--1594120	16	2.8	16	87	9	58	42	0	0	57	0.98
1595723--1595765	22	2.0	22	100	0	86	41	16	23	18	1.89
1603628--1603711	26	3.2	26	93	0	132	36	25	5	32	1.80
1606519--1606620	27	3.8	27	82	2	116	43	18	16	21	1.88
1609973--1610037	31	2.1	31	94	0	112	40	13	18	27	1.89
1610591--1610720	64	2.0	65	90	1	208	26	32	16	24	1.96
1612171--1612226	27	2.1	27	100	0	112	25	10	12	51	1.71
1616266--1616290	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
1629240--1631250	502	4.0	500	98	0	3791	26	18	14	40	1.89
1632884--1632922	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
1637753--1637813	32	1.9	32	86	6	88	21	26	37	14	1.92
1643074--1643115	15	2.8	15	81	0	57	4	30	14	50	1.63
1645866--1645895	15	2.0	15	93	0	51	63	13	6	16	1.50
1655241--1655280	20	2.0	20	95	0	71	55	7	10	27	1.60
1658619--1658714	22	4.3	22	88	4	122	32	21	21	23	1.98
1658605--1658750	44	3.2	45	79	12	129	34	21	21	22	1.96
1660051--1660201	43	3.5	43	79	6	171	31	22	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1668188--1668313	46	2.7	46	75	15	116	41	1	1	55	1.19
1668253--1668306	19	2.9	18	79	17	65	38	0	0	61	0.96
1668339--1668536	89	2.2	90	82	10	239	31	7	21	39	1.81
1668339--1668561	89	2.5	87	76	10	220	32	7	20	39	1.81
1672846--1672918	30	2.4	30	81	4	85	20	23	36	19	1.95
1686069--1686886	46	17.8	46	100	0	1636	19	23	30	26	1.98
1688226--1688301	11	7.1	10	73	7	53	55	26	13	5	1.59
1688226--1688301	21	3.5	21	78	5	71	55	26	13	5	1.59
1688489--1688524	9	4.0	9	88	0	54	16	41	8	33	1.78
1699221--1699259	19	2.1	18	86	9	60	17	15	12	51	1.73
1709382--1709434	26	2.0	27	82	10	65	32	11	11	45	1.76
1712949--1713043	48	2.0	48	97	0	181	40	12	9	37	1.76
1714768--1714983	55	4.0	54	79	8	242	22	25	16	35	1.94
1718900--1719026	61	2.1	60	84	7	161	47	2	2	48	1.27
1718937--1719056	58	2.1	57	83	7	145	50	3	0	45	1.24
1719034--1719076	21	2.0	21	86	9	59	60	4	0	34	1.17
1722383--1722425	17	2.5	17	76	0	50	48	13	6	30	1.69
1731893--1732147	127	2.0	127	99	0	501	36	7	7	48	1.60
1732498--1732557	29	2.1	27	84	6	75	61	1	3	33	1.22
1745245--1745291	21	2.3	20	79	13	51	53	4	0	42	1.20
1745820--1745865	21	2.3	21	79	20	55	58	2	0	39	1.10
1746437--1746473	19	1.9	19	94	0	65	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1753677--1753736	24	2.5	26	73	15	65	51	11	11	25	1.72
1766370--1766395	10	2.6	10	100	0	52	61	0	7	30	1.24
1767204--1767248	23	1.9	24	86	4	65	22	2	46	28	1.63
1770634--1770703	25	2.8	25	84	0	86	25	25	17	31	1.97
1770762--1770828	13	5.2	13	70	13	57	44	1	19	34	1.60
1778694--1778728	15	2.2	16	90	5	54	77	0	20	2	0.90
1794828--1794866	18	2.2	18	90	4	62	15	33	30	20	1.94
1800654--1800693	13	3.1	13	85	0	62	15	27	37	20	1.92
1804405--1804507	51	2.0	51	100	0	206	27	21	23	28	1.99
1819755--1819787	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284