genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  63  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22018274--22018324	25	2.1	24	86	13	70	47	0	9	43	1.36
22022625--22022863	43	5.6	43	82	3	230	31	26	17	24	1.97
22022628--22022863	86	2.8	86	82	0	285	31	26	17	24	1.97
22023136--22023174	19	2.1	18	85	4	51	71	2	0	25	0.98
22024634--22025044	46	8.7	48	76	10	318	26	18	30	24	1.98
22024634--22024947	48	6.7	48	75	12	174	27	17	30	24	1.97
22024639--22025046	94	4.3	96	75	14	271	26	18	30	24	1.98
22024678--22025043	48	7.7	48	74	12	212	26	18	30	24	1.98
22028819--22029083	47	5.7	47	79	15	334	22	20	29	28	1.98
22028869--22029137	46	5.8	46	78	14	293	20	20	29	28	1.98
22028822--22029130	93	3.3	93	98	0	582	21	20	29	28	1.98
22031214--22031284	15	4.7	15	76	11	74	11	18	12	57	1.64
22033228--22033403	46	3.8	46	79	12	207	19	21	30	28	1.98
22033225--22033396	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
22037420--22037459	19	2.1	19	100	0	80	25	0	25	50	1.50
22051414--22051511	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
22051414--22051511	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
22052918--22052972	26	2.1	26	100	0	110	38	23	7	30	1.82
22053702--22053740	19	2.2	19	86	9	55	35	12	5	46	1.65
22053783--22053859	24	3.2	24	73	12	77	33	18	27	20	1.96
22053919--22054058	25	5.6	26	70	14	64	38	17	23	20	1.93
22053919--22054058	50	2.8	49	75	10	131	38	17	23	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22055100--22055129	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
22055096--22055158	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
22055154--22055185	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
22056448--22056550	44	2.3	44	81	8	118	31	22	11	34	1.90
22056467--22056555	46	2.0	44	86	4	124	29	25	11	33	1.91
22063835--22063942	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
22101575--22101616	19	2.4	17	81	14	50	57	9	4	28	1.51
22106131--22106315	42	4.5	42	86	6	191	35	23	18	22	1.96
22106151--22106315	83	2.0	83	85	4	226	34	24	18	21	1.96
22106151--22106315	42	4.0	42	87	3	210	34	24	18	21	1.96
22113169--22113215	24	2.0	24	91	0	67	38	14	21	25	1.92
22120795--22120852	24	2.5	24	86	5	84	34	13	22	29	1.93
22120796--22120875	22	3.5	22	82	5	79	30	13	22	33	1.93
22120869--22120932	23	2.8	23	78	4	67	32	15	25	26	1.95
22120845--22120932	46	1.9	46	84	9	117	30	14	23	30	1.95
22124498--22124724	35	6.3	36	88	7	336	36	14	11	37	1.83
22124498--22124728	54	4.3	54	98	0	444	36	14	11	37	1.82
22124530--22124728	17	11.4	15	86	7	121	36	14	11	37	1.83
22125053--22125444	213	1.8	213	80	2	473	28	23	16	31	1.96
22125440--22125477	18	2.1	18	100	0	76	31	26	18	23	1.97
22125353--22125564	105	2.0	105	92	1	354	33	26	15	25	1.95
22125458--22125620	87	1.9	87	94	2	292	31	27	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22125627--22125945	175	1.8	175	91	1	532	26	25	15	31	1.96
22125686--22125945	87	3.0	88	73	13	241	28	25	16	30	1.96
22125499--22125927	219	2.0	219	90	0	680	27	26	16	29	1.97
22125588--22125928	44	7.8	44	79	7	336	27	26	16	30	1.96
22126886--22126939	18	3.1	18	87	12	69	1	12	0	85	0.69
22126886--22126936	7	6.9	7	79	18	50	1	13	0	84	0.71
22126886--22126939	12	4.4	12	80	15	58	1	12	0	85	0.69
22133648--22133723	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
22133684--22133752	17	3.8	19	88	11	117	36	14	11	37	1.83
22134994--22135058	28	2.3	28	94	0	112	20	46	18	15	1.84
22136001--22136162	46	3.5	46	79	10	168	25	19	32	22	1.97
22139936--22140044	40	2.7	40	84	8	159	25	22	26	24	2.00
22139979--22140180	103	2.0	103	100	0	404	27	20	26	25	1.99
22142181--22142702	127	4.1	128	88	4	738	28	17	16	37	1.92
22142181--22142702	256	2.1	253	88	4	773	28	17	16	37	1.92
22142882--22142932	23	2.3	22	83	10	59	52	29	0	17	1.45
22150503--22150544	10	4.4	9	82	17	50	45	0	9	45	1.36
22150503--22150544	18	2.3	18	91	0	66	45	0	9	45	1.36
22155307--22155462	61	2.5	63	89	6	228	37	3	14	45	1.61
22155986--22156650	333	2.0	332	96	0	1231	35	16	11	37	1.84
22156415--22157023	305	2.0	305	98	0	1182	36	12	10	40	1.77
22157044--22157171	9	13.6	9	73	9	103	46	21	1	30	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22160912--22161086	46	3.8	46	78	15	180	28	28	20	22	1.98
22160920--22161090	93	1.8	93	89	0	270	28	28	21	22	1.99
22165478--22165522	21	2.1	21	91	0	72	20	20	57	2	1.51
22165819--22166010	44	4.4	44	83	5	194	25	19	23	32	1.97
22165819--22166010	87	2.2	87	81	3	217	25	19	23	32	1.97
22173256--22173296	6	6.8	6	94	0	64	51	9	0	39	1.35
22178512--22178541	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
22179318--22179403	40	2.2	39	87	2	118	31	29	15	24	1.95
22184604--22184820	45	4.9	44	78	7	194	24	29	21	24	1.99
22184604--22184820	90	2.5	87	80	9	228	24	29	21	24	1.99
22184647--22184823	45	4.0	45	81	5	200	23	29	23	23	1.99
22188733--22188866	42	3.1	41	75	14	128	23	15	25	35	1.94
22188787--22188888	43	2.4	42	81	4	125	27	17	23	31	1.97
22197337--22197415	18	4.3	18	91	1	113	16	29	39	15	1.89
22198376--22198423	24	2.0	24	100	0	96	25	16	25	33	1.96
22200584--22200680	42	2.3	42	96	0	176	18	26	30	23	1.98
22200745--22200795	24	2.1	24	96	0	93	27	5	17	49	1.70
22205491--22205515	9	2.8	9	100	0	50	68	12	0	20	1.21
22210867--22210906	19	2.1	19	100	0	80	35	5	10	50	1.58
22212729--22212805	38	2.0	38	97	0	145	35	5	27	32	1.79
22222037--22222063	12	2.2	12	100	0	54	29	0	7	62	1.22
22223582--22223626	20	2.3	19	82	14	56	24	2	2	71	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22227375--22227461	38	2.3	38	95	0	156	24	25	28	21	1.99
22227496--22227575	37	2.2	37	90	0	124	25	21	26	27	1.99
22235681--22235852	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
22235673--22235848	46	3.8	46	79	10	205	28	29	20	21	1.98
22236681--22236806	65	1.9	65	80	6	148	23	22	24	29	1.99
22238308--22238396	30	3.0	30	80	8	101	59	15	14	10	1.60
22238308--22238383	15	5.1	15	82	7	93	59	14	15	10	1.61
22238319--22238396	15	5.2	15	80	9	79	58	15	14	11	1.62
22239986--22240116	65	2.0	65	96	0	244	32	35	14	16	1.89
22245488--22245600	57	2.0	57	98	0	217	45	15	16	23	1.85
22245725--22245835	59	1.9	56	89	5	168	32	21	6	39	1.79
22252207--22252375	46	3.7	45	74	14	164	30	30	18	20	1.96
22254526--22254580	17	3.1	17	78	21	51	27	0	5	67	1.12
22254515--22254585	26	2.8	26	77	14	85	28	0	5	66	1.14
22254518--22254584	3	23.0	3	74	17	61	28	0	4	67	1.10
22256115--22256153	20	2.0	19	90	5	60	23	2	2	71	1.10
22270552--22270686	40	3.4	40	89	0	189	23	18	25	32	1.97
22273053--22273089	18	2.1	18	100	0	74	16	10	21	51	1.74
22281609--22281654	20	2.3	20	92	0	74	19	32	32	15	1.93
22284463--22284511	21	2.3	21	86	6	64	18	34	28	18	1.94
22290141--22290270	50	2.6	49	85	3	172	29	26	17	26	1.98
22295522--22295658	49	2.8	48	82	10	161	29	27	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22295534--22295656	50	2.5	49	85	9	153	30	27	16	26	1.97
22298732--22298835	53	2.0	53	94	0	181	33	4	26	34	1.78
22300224--22300261	20	2.0	20	84	5	51	63	2	5	28	1.30
22303437--22303498	31	2.0	31	90	0	97	54	3	17	24	1.57
22303438--22303512	31	2.4	31	84	0	96	54	2	18	24	1.56
22311159--22311188	12	2.4	13	94	5	53	56	0	0	43	0.99
22311580--22311641	7	8.4	7	73	7	52	61	0	3	35	1.12
22316508--22316721	43	5.0	44	76	9	199	28	15	23	32	1.95
22316508--22316717	86	2.5	86	79	6	230	28	15	23	32	1.95
22324265--22324307	20	2.2	20	91	0	68	16	25	32	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284