genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24841169--24841356	101	1.9	101	84	4	254	30	17	26	25	1.97
24841267--24841393	33	3.9	32	75	7	96	29	18	27	24	1.98
24845324--24845363	18	2.3	17	86	4	53	35	0	0	65	0.93
24845853--24845930	27	2.9	27	94	0	138	23	23	28	25	1.99
24850634--24852328	509	3.3	509	99	0	3338	38	19	6	35	1.78
24854244--24854304	25	2.5	25	81	5	81	42	9	19	27	1.83
24854420--24854451	16	1.9	17	93	6	57	6	21	6	65	1.38
24858557--24858599	22	1.9	23	85	4	61	69	0	4	25	1.07
24862132--24862186	21	2.6	21	88	0	83	23	9	38	29	1.85
24862449--24862500	22	2.3	22	77	9	52	50	5	1	42	1.37
24866470--24866501	15	2.1	15	94	0	55	53	0	15	31	1.43
24866880--24866910	15	2.1	15	100	0	62	19	0	45	35	1.51
24867261--24867292	15	2.1	15	94	0	55	53	0	15	31	1.43
24866448--24867643	396	3.0	396	97	1	2299	25	15	17	41	1.89
24869942--24869985	21	2.1	21	100	0	88	9	15	31	43	1.79
24878394--24878436	22	1.9	23	90	4	70	53	23	6	16	1.67
24880328--24880375	21	2.4	19	75	6	51	50	2	4	43	1.33
24885859--24885897	6	6.5	6	85	11	53	17	5	12	64	1.46
24885859--24886004	12	11.8	12	69	13	55	25	8	13	52	1.70
24885859--24885907	18	2.7	18	90	0	71	22	6	12	59	1.55
24885923--24886004	18	4.9	18	67	17	59	26	7	14	51	1.69
24885925--24886026	42	2.5	42	79	6	120	25	6	15	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24885922--24886006	6	14.2	6	72	18	52	27	7	16	49	1.71
24886172--24886276	34	3.2	34	66	24	98	25	16	12	45	1.82
24886162--24886264	30	3.2	32	67	24	99	27	13	13	45	1.81
24886226--24886326	48	2.1	48	94	0	157	27	13	13	44	1.82
24886154--24886390	112	2.1	112	92	0	384	25	14	14	45	1.82
24886287--24886521	62	3.8	62	90	1	335	25	11	13	48	1.77
24886287--24886521	126	1.9	124	86	1	335	25	11	13	48	1.77
24886806--24886839	15	2.2	16	94	5	61	17	5	41	35	1.74
24888484--24888661	43	4.2	43	87	2	238	28	8	19	43	1.80
24888484--24888661	83	2.1	84	84	4	234	28	8	19	43	1.80
24889371--24889422	21	2.5	21	90	6	79	30	46	3	19	1.68
24889685--24889764	40	2.0	40	92	0	133	28	20	10	41	1.84
24889859--24889997	59	2.4	59	92	0	224	31	19	12	36	1.89
24897439--24897517	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
24897636--24898562	47	19.7	47	97	1	1725	29	29	8	31	1.87
24904353--24904425	24	3.0	23	75	9	74	35	19	28	16	1.93
24911443--24911520	31	2.5	32	85	2	113	41	6	23	29	1.79
24911443--24911528	16	5.4	16	80	8	86	40	6	22	30	1.80
24915207--24915392	80	2.3	80	83	8	227	27	27	21	23	1.99
24915209--24915392	40	4.6	40	81	7	196	27	27	21	23	1.99
24923654--24923690	11	3.3	11	88	3	56	86	0	13	0	0.57
24923656--24923695	15	2.6	16	88	8	64	85	0	15	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24928494--24928558	23	3.0	22	70	6	60	38	18	21	21	1.93
24930809--24930919	29	3.9	29	82	5	127	28	14	27	29	1.95
24930796--24930910	29	4.0	29	80	10	121	30	13	26	29	1.94
24935213--24935316	29	3.7	28	76	5	77	28	16	27	26	1.97
24935610--24935663	27	2.0	26	89	3	81	48	24	14	12	1.79
24937239--24937290	16	3.2	16	81	5	52	67	1	0	30	1.02
24937259--24937320	28	2.2	26	73	15	61	58	3	3	35	1.31
24938513--24938572	17	3.6	17	76	17	72	56	10	1	31	1.42
24938512--24938575	32	2.0	32	100	0	128	56	9	3	31	1.47
24942980--24943016	18	2.1	18	100	0	74	27	10	16	45	1.80
24943276--24943366	19	4.9	19	89	8	143	39	8	15	36	1.78
24943284--24943354	35	2.0	36	97	2	135	38	11	14	36	1.81
24951115--24951276	89	1.8	87	81	7	202	28	19	25	27	1.98
24951309--24951758	78	5.8	78	91	1	661	33	19	23	23	1.97
24951698--24951971	45	6.1	45	72	12	213	33	14	26	26	1.94
24951772--24951971	89	2.2	90	81	7	246	35	12	27	25	1.92
24952321--24952357	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
24952321--24952380	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
24952649--24952684	18	1.9	19	88	5	56	30	0	0	69	0.89
24955231--24955265	12	2.9	12	91	0	52	0	22	0	77	0.78
24954415--24955836	767	1.9	762	88	2	2174	23	14	20	41	1.89
24957179--24957228	25	2.0	25	100	0	100	36	24	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24960791--24960840	25	2.0	25	100	0	100	36	24	20	20	1.95
24961471--24961514	19	2.4	19	88	3	63	65	4	2	27	1.23
24961940--24961983	21	2.1	21	87	8	63	22	25	22	29	1.99
24962465--24962489	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
24963190--24963581	14	27.3	14	66	20	102	34	3	2	59	1.28
24963156--24963243	23	3.9	22	75	20	83	28	1	3	67	1.14
24963190--24963474	7	39.1	7	66	20	99	34	3	2	58	1.29
24963210--24963291	29	3.0	28	81	13	100	32	2	2	62	1.22
24963191--24963310	29	4.3	27	75	19	95	34	1	3	60	1.23
24963157--24963313	25	6.5	24	72	18	82	31	1	2	63	1.18
24963398--24963464	20	3.5	20	71	19	61	35	1	1	61	1.15
24963539--24963576	12	2.7	15	84	15	55	28	2	0	68	1.03
24963672--24963718	21	2.1	21	84	7	58	36	4	2	57	1.30
24963678--24963741	32	2.0	32	84	6	85	32	4	6	56	1.45
24964629--24964702	21	3.4	22	75	17	75	62	0	2	35	1.10
24964649--24964702	24	2.3	24	87	3	74	62	0	3	33	1.12
24964665--24964717	24	2.2	24	83	6	63	64	0	3	32	1.12
24969651--24969688	17	2.2	17	86	9	51	65	0	2	31	1.06
24970044--24970115	31	2.3	30	85	4	90	34	8	0	56	1.29
24971385--24971431	22	2.1	22	100	0	94	51	4	12	31	1.59
24982073--24982103	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
24982069--24982133	28	2.3	27	76	10	67	40	0	10	49	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24982129--24982160	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
24986872--24986903	10	3.4	10	91	8	50	90	0	9	0	0.45
24987473--24987503	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
24987469--24987533	28	2.3	27	76	10	67	40	0	10	49	1.38
24987529--24987560	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
24989061--24989118	27	2.1	27	93	0	98	50	8	13	27	1.71
24989067--24989123	27	2.1	27	100	0	114	47	10	14	28	1.76
24990037--24990080	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
24991685--24991728	21	2.1	21	83	8	54	63	2	6	27	1.31
24996708--24996848	40	3.5	40	91	2	214	25	23	26	24	2.00
24998883--24998926	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
25007333--25007401	32	2.2	33	86	5	106	36	5	18	39	1.75
25013960--25013988	14	2.1	14	100	0	58	48	6	31	13	1.69
25016006--25016066	31	2.0	31	93	0	104	21	31	31	16	1.95
25016568--25016601	6	5.7	6	92	0	59	32	17	17	32	1.94
25020245--25020436	103	1.9	103	86	2	278	29	25	26	18	1.98
25023505--25023535	16	1.9	16	93	0	53	16	0	9	74	1.07
25028543--25028618	37	2.1	36	83	11	93	40	1	2	55	1.22
25028543--25028618	11	6.8	11	72	21	52	40	1	2	55	1.22
25030475--25030591	60	1.9	61	94	1	209	28	16	7	47	1.73
25031659--25031686	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
25036101--25036129	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25037035--25037088	28	1.9	28	85	7	74	55	18	14	11	1.68
25040685--25040729	22	2.0	22	100	0	90	44	8	22	24	1.81
25040687--25040736	22	2.3	22	92	0	82	46	12	24	18	1.82
25042062--25042145	41	2.0	41	97	0	159	32	21	19	27	1.97
25045034--25045085	22	2.3	22	86	3	68	30	26	15	26	1.96
25045047--25045092	22	2.1	22	100	0	92	23	21	17	36	1.94
25053700--25053778	19	4.2	19	88	9	108	35	17	10	36	1.84
25053700--25053772	36	2.0	38	91	5	123	35	16	10	36	1.84
25054359--25054563	87	2.3	89	86	3	290	25	21	19	33	1.97
25054682--25055137	84	5.5	84	84	5	627	25	22	21	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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