Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  81  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27162874--27163171
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20
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1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
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0
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16
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28
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27261981--27262038
25
2.3
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6
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14
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207
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0
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0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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Entropy
(0-2)
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200
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1.99
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23
1.99
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12.2
94
94
2
1876
28
24
22
24
1.99
27292273--27292414
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117
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22
26
25
2.00
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464
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20
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299
30
20
20
28
1.98
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2.0
286
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1.39
27310482--27310520
12
3.2
12
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3
60
58
10
0
30
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27310530--27310580
18
2.9
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5
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1.35
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30
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4.1
18
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42
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20
20
1.89
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0
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0
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14
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50
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22
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356
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0
1351
35
19
13
31
1.90
27346857--27347195
182
1.9
180
85
3
466
29
18
22
28
1.98
27346856--27347514
44
14.8
44
70
11
335
30
18
20
30
1.96
27348691--27348725
5
7.0
5
100
0
70
20
0
0
80
0.72
27348906--27348984
26
3.1
26
81
1
97
24
6
10
59
1.53
27354185--27354879
40
16.9
40
77
11
654
22
19
25
32
1.97
27354184--27354879
82
8.4
79
93
1
707
22
19
25
32
1.97
27354553--27354884
84
4.0
84
100
0
664
20
20
25
34
1.97
27354892--27355120
100
2.3
99
80
6
266
26
21
23
28
1.99
27355043--27355200
80
2.0
81
81
6
187
23
23
26
26
2.00
27355129--27355669
50
10.9
49
65
10
229
26
22
20
30
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27354940--27355662
198
3.8
181
88
6
855
26
22
21
29
1.99
27355121--27355662
198
2.7
197
94
1
940
26
21
21
30
1.98
27358703--27358889
62
3.0
62
88
1
259
31
8
19
41
1.81
27367061--27367507
171
2.6
171
92
1
727
31
12
14
41
1.83
27369861--27369900
14
3.1
14
80
20
52
50
5
22
22
1.68
27373675--27373715
21
2.0
20
85
4
55
56
14
0
29
1.39
27378994--27379253
45
5.7
45
72
13
129
30
18
24
26
1.98
27378904--27379396
181
2.7
180
83
7
572
31
17
22
28
1.97
27378954--27379512
44
12.4
44
71
12
298
30
17
22
29
1.97
27378928--27379402
182
2.6
180
84
6
563
31
17
22
29
1.96
27381488--27381566
26
3.1
26
81
1
97
24
6
10
59
1.53
27391988--27392032
16
2.6
17
86
6
56
73
2
0
24
0.95
27392004--27392041
16
2.4
16
82
4
51
68
2
2
26
1.16
27402527--27403145
171
3.6
171
94
0
1033
31
12
14
41
1.83
27405237--27405276
11
3.2
13
82
17
57
50
2
22
25
1.62
27413311--27414001
44
15.3
45
71
12
382
31
18
21
28
1.97
27413218--27413879
44
14.8
43
71
12
397
30
18
21
29
1.97
27413221--27413873
181
3.6
180
80
8
557
30
18
21
29
1.97
27413291--27413718
182
2.4
181
83
6
503
31
16
21
29
1.96
27414320--27414349
15
2.0
15
93
0
51
56
13
6
23
1.60
27415288--27415316
10
2.7
11
89
10
51
17
6
0
75
1.01
27415383--27415411
8
3.6
8
100
0
58
44
0
0
55
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27415815--27415893
26
3.1
26
79
1
88
24
7
10
58
1.57
27426283--27426327
16
2.6
17
86
6
56
73
2
0
24
0.95
27426299--27426336
16
2.4
16
82
4
51
68
2
2
26
1.16
27429834--27429917
17
4.8
17
74
18
75
70
1
1
27
1.02
27429868--27429914
10
5.0
10
77
15
55
68
0
0
31
0.90
27433504--27433948
169
2.6
170
88
3
664
32
12
13
41
1.82
27442807--27442831
13
1.9
13
100
0
50
28
8
16
48
1.74
27454112--27454173
30
2.0
31
81
9
74
22
40
0
37
1.54
27454451--27454489
19
2.2
18
90
9
62
20
35
0
43
1.52
27460694--27460903
42
5.4
41
71
21
175
22
16
27
33
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284