genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  176  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59239151--59239254	9	11.6	9	81	4	120	25	8	21	44	1.81
59241446--59241616	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
59241438--59241613	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
59244004--59244092	30	3.0	30	82	8	110	58	15	15	10	1.63
59244004--59244083	15	5.4	15	82	7	101	60	13	16	10	1.59
59247001--59247171	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
59246993--59247168	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
59249559--59249647	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
59249559--59249638	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
59249570--59249647	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
59252570--59252740	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
59252562--59252737	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
59257440--59257482	5	8.6	5	85	14	54	83	2	13	0	0.74
59261641--59261710	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
59261641--59261738	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
59262189--59262218	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
59267088--59267128	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
59271801--59271841	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
59275880--59275965	27	3.1	27	83	11	104	37	6	25	30	1.82
59275880--59275975	28	3.5	27	87	4	113	37	9	25	28	1.87
59284290--59284315	8	3.2	8	100	0	52	46	0	0	53	1.00
59284737--59284766	15	1.9	16	93	6	53	60	0	10	30	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59289631--59289774	43	3.4	42	78	9	141	25	18	27	27	1.98
59289626--59289751	41	3.0	42	78	9	132	24	19	26	29	1.98
59296302--59296337	18	2.0	18	88	0	54	27	0	19	52	1.46
59296468--59296634	84	2.0	84	93	0	289	23	16	26	32	1.96
59302172--59302203	12	2.7	12	90	0	55	6	31	37	25	1.81
59308692--59309234	27	20.2	27	86	4	713	27	23	9	39	1.86
59309239--59309434	27	7.3	27	84	0	221	36	18	19	25	1.95
59309633--59309715	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
59310011--59310067	27	2.2	26	78	9	62	17	19	24	38	1.93
59310215--59310291	6	12.8	6	81	15	97	19	15	14	50	1.78
59310215--59310291	30	2.6	30	89	8	129	19	15	14	50	1.78
59315982--59316158	48	3.8	48	75	10	136	24	20	28	26	1.99
59321836--59321862	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
59332754--59332814	19	3.2	19	86	9	97	19	32	27	19	1.96
59333233--59333258	13	2.0	13	100	0	52	15	7	30	46	1.74
59340750--59340802	16	3.3	16	78	7	63	56	0	0	43	0.99
59366261--59366301	16	2.6	16	88	0	64	46	0	0	53	1.00
59367466--59367497	16	2.0	16	100	0	64	56	0	18	25	1.42
59367468--59367503	16	2.2	16	90	0	54	63	0	11	25	1.27
59368374--59368403	8	3.8	8	90	0	51	36	20	3	40	1.69
59379790--59379827	18	2.1	18	95	0	67	31	15	18	34	1.92
59388271--59388342	35	2.1	35	97	0	135	40	4	5	50	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59389774--59389867	35	2.6	36	80	6	111	30	10	17	41	1.83
59392173--59392308	67	2.0	66	80	8	150	24	15	17	42	1.88
59393328--59393400	23	3.1	23	70	16	60	63	1	15	20	1.39
59395506--59395551	19	2.5	20	86	10	62	58	0	32	8	1.28
59395507--59395551	9	4.9	9	82	12	56	57	0	33	8	1.30
59398840--59398971	67	2.0	67	86	0	183	25	18	18	37	1.94
59400810--59400929	56	2.1	56	100	0	240	44	9	24	22	1.82
59402057--59402240	40	4.6	39	79	9	185	25	22	27	24	2.00
59402109--59402273	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
59403823--59403853	14	2.2	14	100	0	62	32	0	12	54	1.38
59405919--59405966	10	5.3	9	85	14	64	31	0	0	68	0.90
59405919--59405957	10	4.0	10	96	3	71	30	0	0	69	0.89
59413319--59413592	137	2.0	137	97	1	523	27	21	13	38	1.90
59418804--59418843	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
59418993--59419057	28	2.3	28	94	0	112	16	41	21	20	1.90
59425057--59425115	28	2.0	29	83	6	75	33	1	3	61	1.23
59428057--59428087	14	2.2	14	94	0	53	29	0	45	25	1.54
59433551--59433602	18	2.9	18	76	0	50	48	15	5	30	1.68
59433552--59433610	27	2.2	27	81	0	64	45	16	6	30	1.74
59449537--59449583	21	2.2	21	84	0	58	25	0	46	27	1.53
59449545--59449584	21	1.9	21	89	0	62	25	0	45	30	1.54
59468121--59468378	40	6.5	40	92	2	387	22	24	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59471135--59471218	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
59486862--59486899	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
59490158--59490241	43	2.0	42	83	2	105	22	16	26	34	1.95
59504995--59505078	43	2.0	43	88	4	125	26	15	26	32	1.96
59508459--59508488	8	3.6	8	95	4	51	13	0	26	60	1.34
59508897--59509056	44	3.7	42	81	9	182	25	18	23	32	1.97
59508897--59509056	43	3.7	43	85	5	209	25	18	23	32	1.97
59516540--59516666	42	3.0	43	80	5	132	23	18	25	32	1.97
59516515--59516674	43	3.7	43	76	7	137	24	19	24	31	1.98
59523238--59523368	49	2.6	51	81	4	160	26	16	29	28	1.97
59525852--59525933	43	1.9	43	94	0	146	28	12	25	34	1.92
59525852--59525959	43	2.5	43	85	5	130	28	12	23	36	1.90
59532839--59532896	23	2.6	23	77	2	64	48	0	0	51	1.00
59532851--59532899	21	2.3	20	76	13	53	46	0	0	53	1.00
59532854--59532901	23	2.1	23	88	3	71	41	0	0	58	0.98
59533447--59533512	29	2.2	30	82	10	82	59	4	4	31	1.38
59544125--59544185	30	2.1	29	93	3	104	22	16	22	37	1.93
59556737--59556778	19	2.3	19	84	12	52	59	14	7	19	1.57
59557107--59557167	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
59566501--59566616	59	2.0	59	96	0	214	39	18	14	27	1.89
59568741--59568911	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
59568733--59568908	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59572443--59572499	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
59579492--59579561	19	3.8	18	83	5	88	38	11	15	34	1.84
59579524--59579561	17	2.5	15	80	19	51	42	7	15	34	1.76
59579493--59579566	36	2.0	37	89	5	114	39	9	16	35	1.81
59579555--59579580	5	5.2	5	100	0	52	38	0	23	38	1.55
59589050--59589114	8	7.6	8	79	16	60	81	0	15	3	0.81
59589069--59589115	23	2.0	23	95	4	85	80	0	14	4	0.85
59590115--59590751	41	15.3	41	63	23	174	30	23	22	23	1.99
59590071--59590291	43	5.2	42	65	22	122	31	20	21	26	1.98
59590061--59590765	84	8.4	84	88	5	1027	30	22	22	24	1.99
59590405--59590544	43	3.3	43	66	11	126	29	21	22	26	1.99
59590061--59590765	250	2.8	250	90	2	1112	30	22	22	24	1.99
59590060--59590765	334	2.1	330	87	4	1017	30	22	22	24	1.99
59590884--59591031	81	1.8	79	84	2	197	35	17	20	26	1.95
59591661--59591740	19	4.3	19	88	6	128	36	11	17	35	1.86
59591699--59591736	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
59591740--59591785	22	2.1	22	88	4	67	32	4	21	41	1.73
59591749--59591792	22	2.0	22	86	0	61	29	4	18	47	1.68
59596021--59596064	22	2.0	22	81	0	52	59	0	0	40	0.98
59598491--59598587	43	2.3	41	80	3	104	34	15	22	27	1.94
59599719--59599749	13	2.4	13	94	0	53	35	25	32	6	1.82
59605768--59605792	11	2.3	11	100	0	50	32	12	8	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59608270--59608419	70	2.1	70	97	0	282	26	22	6	45	1.75
59610280--59610320	12	3.4	12	96	0	73	39	4	26	29	1.77
59611534--59611573	21	1.9	21	85	10	55	20	15	7	57	1.61
59613030--59613704	336	2.0	337	91	0	1102	36	22	15	25	1.93
59614814--59614852	20	2.0	20	89	0	60	46	0	7	46	1.31
59615290--59615323	17	2.0	17	100	0	68	47	17	5	29	1.71
59615291--59615329	17	2.4	17	91	4	62	46	20	5	28	1.72
59620247--59620276	11	2.7	11	94	0	51	40	23	6	30	1.80
59622074--59622126	5	11.2	5	74	25	53	41	0	0	58	0.98
59622073--59622130	8	7.0	8	90	5	80	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284