genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28780809--28780953	48	2.9	50	78	6	161	26	26	17	28	1.98
28780786--28781127	175	2.0	175	90	1	542	28	26	18	26	1.98
28787649--28787682	17	2.0	17	88	11	52	52	5	8	32	1.56
28794049--28794087	18	2.2	18	100	0	78	23	10	51	15	1.73
28796066--28796270	43	4.8	43	77	11	188	29	28	19	22	1.98
28800989--28801032	21	2.1	21	91	0	70	50	29	9	11	1.69
28801927--28801973	24	2.0	24	91	0	76	36	2	6	55	1.37
28802450--28802476	13	2.1	13	100	0	54	14	22	7	55	1.64
28802970--28803075	53	2.0	53	98	0	203	35	19	5	38	1.76
28809030--28809066	19	2.0	20	89	10	60	54	2	2	40	1.29
28815012--28815041	12	2.5	12	94	0	51	70	3	0	26	1.03
28818151--28818202	26	2.0	26	82	10	63	46	11	13	28	1.78
28820517--28820851	24	14.1	24	76	6	245	20	9	35	34	1.85
28820517--28820851	48	7.0	48	77	7	272	20	9	35	34	1.85
28820530--28820589	22	2.7	22	80	14	61	23	6	30	40	1.80
28820517--28820851	72	4.7	70	80	5	323	20	9	35	34	1.85
28821153--28821182	15	2.0	15	93	0	51	30	6	6	56	1.51
28821601--28821645	23	2.0	23	82	8	56	33	15	8	42	1.78
28821543--28821642	46	2.2	46	81	0	110	30	19	12	39	1.87
28832676--28832776	41	2.5	41	90	1	168	23	25	13	36	1.92
28834329--28834371	17	2.5	17	92	0	68	13	4	2	79	1.00
28836236--28836305	9	7.5	10	75	16	62	31	1	1	65	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28836244--28836306	19	3.5	17	75	16	56	31	1	1	65	1.12
28840662--28840686	12	2.1	12	100	0	50	0	8	40	52	1.31
28844450--28844535	44	2.0	44	100	0	172	16	10	25	47	1.78
28848086--28848155	30	2.5	30	81	11	85	34	8	4	52	1.51
28853578--28853622	21	2.1	21	84	8	56	40	20	22	17	1.92
28861381--28861679	90	3.3	90	72	10	272	27	21	23	27	1.99
28861425--28861544	44	2.7	44	96	0	222	25	22	26	25	2.00
28861333--28861679	179	1.9	179	86	3	493	27	22	23	26	1.99
28861493--28861859	135	2.7	135	83	3	425	28	20	23	26	1.99
28870161--28870199	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
28873289--28873344	28	2.0	28	96	0	103	23	21	12	42	1.86
28887927--28887973	17	2.6	19	80	9	55	23	6	6	63	1.41
28889521--28889579	31	1.9	31	92	0	100	22	22	18	37	1.94
28889785--28889936	24	6.4	24	90	3	218	27	20	21	30	1.98
28889986--28890052	20	3.3	20	85	8	100	32	19	13	34	1.91
28893652--28893700	25	1.9	26	83	4	64	38	14	2	44	1.56
28899664--28899700	17	2.1	18	95	5	67	37	27	0	35	1.57
28901947--28901971	13	1.9	13	100	0	50	32	28	0	40	1.57
28904844--28904879	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
28904831--28904871	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
28904976--28905041	23	2.8	23	97	2	123	46	39	4	9	1.56
28905515--28905561	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28906407--28906445	19	2.1	19	95	0	69	33	5	10	51	1.58
28906410--28906453	19	2.4	19	78	17	56	34	6	9	50	1.61
28922569--28922628	29	2.1	29	100	0	120	45	13	13	28	1.81
28933196--28933333	40	3.6	40	68	15	110	33	19	21	26	1.97
28933203--28933374	75	2.3	75	85	2	238	34	18	20	26	1.95
28933311--28933407	35	2.8	33	77	10	97	31	21	21	24	1.98
28933313--28933426	34	3.3	33	76	11	113	30	21	21	25	1.99
28934389--28934428	3	13.7	3	94	5	73	32	0	0	67	0.91
28935900--28935972	25	2.9	25	85	0	92	23	34	15	27	1.94
28940784--28940853	37	1.9	36	82	8	88	44	2	1	51	1.25
28942729--28942756	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
28952715--28952773	29	2.0	29	100	0	118	18	27	16	37	1.93
28958678--28958777	39	2.6	38	85	1	128	50	8	4	38	1.51
28960259--28960318	30	2.0	30	96	0	111	38	11	26	23	1.89
28965366--28965433	33	2.1	33	94	0	118	32	17	11	38	1.86
28968629--28968676	25	2.0	22	84	11	60	62	2	2	33	1.18
28971680--28971733	27	2.0	27	88	0	81	37	14	5	42	1.69
28976593--28976670	40	2.0	40	92	0	129	46	32	12	8	1.73
28978585--28978671	33	2.6	33	83	0	111	18	21	12	47	1.82
28978821--28978856	7	5.1	7	93	0	54	25	33	2	38	1.70
28979797--28979864	35	1.9	35	90	0	109	26	16	17	39	1.90
28983688--28983806	64	1.9	63	81	13	147	42	0	8	49	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28988323--28988450	35	3.7	34	77	10	89	21	10	28	39	1.87
28988338--28988460	35	3.5	35	84	3	140	17	8	32	41	1.79
28993562--28993741	67	2.8	64	75	9	168	30	17	29	23	1.97
28995752--28995883	49	2.7	49	86	3	176	21	29	22	26	1.99
28995990--28996112	48	2.6	48	84	5	153	22	27	20	29	1.98
28996450--28996507	30	1.9	30	96	0	107	31	25	10	32	1.89
29007370--29007417	5	9.0	5	78	13	51	75	2	4	18	1.07
29007340--29007419	27	3.0	26	78	14	65	71	2	8	17	1.23
29011227--29011271	22	2.0	23	86	8	65	68	2	6	22	1.24
29012345--29012402	30	1.9	30	85	0	80	15	29	32	22	1.95
29017800--29017832	14	2.4	14	90	5	50	27	0	0	72	0.85
29017820--29017863	19	2.3	19	100	0	88	31	9	0	59	1.29
29026543--29026720	27	6.6	27	83	3	205	27	14	27	30	1.95
29026544--29026699	82	1.9	81	88	3	233	27	14	27	30	1.95
29026540--29026720	82	2.2	81	83	2	229	27	14	27	30	1.95
29037617--29037870	42	6.0	42	88	1	355	31	20	25	22	1.98
29037943--29038008	30	2.2	30	83	2	78	57	18	7	16	1.62
29038696--29038724	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
29038872--29038906	17	2.0	18	88	5	54	42	2	11	42	1.55
29038877--29038914	17	2.3	17	86	4	51	50	0	10	39	1.37
29043903--29044022	9	13.6	9	72	13	79	36	1	14	47	1.54
29043891--29043944	26	2.1	26	100	0	108	35	3	14	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29043938--29044026	44	2.0	45	82	6	110	38	1	12	48	1.48
29043901--29044022	26	4.6	25	75	9	84	36	1	13	47	1.53
29049819--29049916	41	2.4	40	83	5	126	23	22	24	29	1.99
29049664--29050030	155	2.3	156	80	5	391	24	26	19	29	1.99
29052860--29053076	40	5.5	40	84	6	255	25	29	23	22	1.99
29052895--29053076	79	2.3	80	86	4	253	26	29	23	21	1.99
29056090--29056382	142	2.1	142	94	0	505	40	17	12	29	1.86
29059772--29059801	14	2.1	15	93	6	53	20	6	30	43	1.77
29061388--29061485	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
29061388--29061478	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
29061388--29061501	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
29071410--29071756	78	4.4	78	94	0	536	31	18	24	25	1.97
29072163--29072217	18	2.9	19	94	5	103	36	10	16	36	1.84
29072163--29072240	18	3.8	22	86	10	80	35	8	16	38	1.80
29072509--29072542	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
29073502--29073536	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
29073790--29073863	22	3.6	21	77	13	64	41	16	6	35	1.74
29073826--29073916	19	4.9	19	85	8	125	36	14	9	39	1.79
29073828--29073899	35	2.0	37	89	8	112	38	11	11	38	1.76
29074036--29074074	20	2.0	20	84	0	51	15	2	12	69	1.30
29074491--29074587	21	4.7	21	80	2	81	16	20	15	47	1.83
29074471--29074568	42	2.3	42	83	0	124	18	20	14	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29076885--29076943	31	1.9	30	89	3	91	30	18	18	32	1.95
29078084--29078142	30	2.0	30	93	0	100	54	18	11	15	1.71
29080152--29080210	30	2.0	30	93	0	100	54	18	11	15	1.71
29082568--29082609	20	2.2	19	86	4	57	2	45	0	52	1.13
29089504--29089532	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
29090849--29091220	149	2.5	148	86	3	516	40	8	6	44	1.62
29092223--29092594	149	2.5	148	86	3	516	40	8	6	44	1.62
29093372--29093595	42	5.4	42	82	2	245	36	25	18	20	1.95
29106942--29107094	44	3.5	44	96	0	270	28	10	27	33	1.90
29115095--29115211	44	2.7	44	91	0	198	29	16	23	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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