genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17693261--17693432	93	1.8	93	92	0	290	21	21	29	27	1.99
17695121--17695296	43	4.1	43	88	1	239	31	32	22	13	1.93
17695267--17695351	38	2.2	38	87	0	134	31	27	21	20	1.97
17706334--17706445	56	2.0	56	92	0	188	37	22	22	17	1.94
17709838--17710041	42	4.9	42	83	7	238	30	25	15	28	1.96
17715944--17716008	33	2.0	33	96	0	121	40	38	0	21	1.54
17716871--17717077	84	2.5	83	80	9	210	28	24	17	29	1.98
17716940--17717077	42	3.3	42	86	5	199	27	23	18	29	1.98
17723629--17723716	40	2.2	39	83	2	113	36	31	17	14	1.90
17723663--17723976	39	8.1	39	89	0	441	29	28	22	20	1.98
17729332--17729575	39	6.2	39	87	3	147	31	29	21	17	1.96
17729366--17729722	39	9.2	39	91	0	518	29	28	21	20	1.98
17737895--17738064	93	1.8	93	88	0	259	29	29	18	22	1.98
17742918--17742967	25	2.0	25	100	0	100	12	36	20	32	1.89
17745493--17745616	46	2.7	47	91	2	189	29	27	20	21	1.98
17748163--17748258	29	3.3	29	86	1	131	32	29	11	27	1.91
17752728--17752853	29	4.4	29	83	4	157	30	28	14	26	1.95
17772846--17772927	41	2.0	41	97	0	155	40	12	15	31	1.85
17774662--17774717	27	2.1	27	83	3	69	14	14	23	48	1.80
17774976--17775065	29	3.1	29	87	1	110	27	27	13	31	1.94
17777746--17777828	27	3.1	26	80	1	85	39	20	16	22	1.92
17780319--17780446	40	3.2	40	97	0	247	28	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17793565--17793666	50	2.1	49	94	3	186	33	9	32	23	1.87
17795431--17795460	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
17801564--17801662	50	2.0	49	97	0	180	28	20	27	23	1.98
17807914--17807938	11	2.3	11	100	0	50	24	8	0	68	1.16
17810481--17810552	35	2.1	35	100	0	144	31	15	25	27	1.95
17811461--17811541	40	2.0	40	100	0	162	44	12	4	38	1.64
17816894--17816960	29	2.3	29	82	7	73	46	5	19	28	1.73
17817169--17817226	25	2.3	24	77	8	62	36	0	5	58	1.20
17823106--17823138	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
17824994--17825056	27	2.3	26	91	2	81	34	30	9	25	1.88
17824994--17825088	28	3.4	28	88	2	120	33	28	11	26	1.91
17840031--17840214	40	4.6	41	82	12	208	26	22	27	24	2.00
17840083--17840247	79	2.1	79	82	8	194	27	21	27	24	1.99
17847163--17847560	193	2.1	193	96	0	733	26	28	22	22	1.99
17857570--17857609	21	1.9	21	84	0	53	50	12	10	27	1.72
17858529--17858578	20	2.4	21	87	12	68	40	0	36	24	1.55
17868245--17868283	20	2.0	20	94	0	69	12	20	5	61	1.50
17868267--17868393	63	2.0	65	87	3	186	29	16	8	45	1.77
17872565--17872608	22	2.0	22	100	0	88	31	18	27	22	1.97
17874722--17874773	26	2.0	26	88	0	77	53	7	3	34	1.48
17884460--17884609	73	2.1	73	94	0	264	27	31	3	38	1.73
17887199--17887234	18	2.0	18	94	0	63	52	0	16	30	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17888609--17888646	20	2.0	20	94	5	69	23	7	10	57	1.58
17888813--17888854	16	2.6	16	84	0	57	40	4	23	30	1.75
17888810--17888864	16	3.4	16	82	0	56	38	5	23	32	1.78
17888846--17888939	44	2.1	44	82	11	111	32	4	25	37	1.76
17889030--17889164	58	2.3	58	83	7	168	51	3	0	43	1.24
17889381--17889534	41	3.7	42	86	1	206	21	20	27	29	1.98
17889889--17889929	21	2.0	21	85	0	55	21	2	24	51	1.60
17889938--17889972	7	5.0	7	85	0	52	14	0	40	45	1.45
17890700--17890771	31	2.3	31	90	0	108	19	13	20	45	1.84
17890713--17890779	31	2.2	31	88	0	98	22	16	19	41	1.90
17892888--17893036	43	3.5	42	85	3	172	26	18	24	30	1.98
17896758--17896804	24	1.9	24	86	4	67	36	0	36	27	1.57
17897262--17897491	27	8.5	27	85	1	246	44	20	15	19	1.87
17897266--17897491	54	4.2	54	82	3	285	44	21	15	19	1.87
17897865--17897968	28	3.7	28	93	0	172	25	25	25	25	2.00
17899752--17899791	13	3.1	13	77	0	53	30	10	17	42	1.82
17900414--17900461	3	16.0	3	82	0	60	29	37	4	29	1.76
17900408--17900445	12	3.2	12	96	0	67	28	42	2	26	1.69
17901846--17902011	72	2.3	72	89	1	253	56	13	5	25	1.58
17905659--17905702	21	2.1	21	86	0	61	47	20	4	27	1.69
17905694--17905742	20	2.5	19	80	6	62	65	6	14	14	1.45
17906311--17906507	27	7.3	27	88	5	258	43	19	19	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17906311--17906507	81	2.4	81	88	5	292	43	19	19	17	1.89
17906844--17906961	28	4.2	28	90	1	157	26	24	20	28	1.99
17910337--17910970	339	1.9	333	87	5	936	36	11	10	41	1.76
17912799--17912888	40	2.3	40	90	1	146	25	24	25	24	2.00
17915147--17915275	66	2.0	66	96	0	240	25	17	29	27	1.98
17915262--17915437	27	6.5	28	83	5	193	27	14	27	30	1.95
17915263--17915418	82	1.9	81	86	3	224	27	14	27	30	1.95
17915262--17915437	82	2.2	81	83	3	219	27	14	27	30	1.95
17923245--17923281	18	2.1	18	100	0	74	21	10	16	51	1.74
17929118--17929316	100	2.0	100	98	0	389	30	6	23	40	1.80
17930254--17930534	39	7.2	39	90	0	427	24	23	28	23	1.99
17932381--17932411	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
17942730--17942834	27	3.9	27	80	0	129	20	18	26	34	1.96
17942738--17942865	54	2.4	54	86	2	168	23	17	25	32	1.97
17942949--17943038	27	3.3	27	74	0	63	23	15	28	32	1.95
17942779--17943121	171	2.0	171	94	0	596	22	17	24	35	1.95
17944592--17944621	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
17944956--17945046	16	5.8	16	77	2	76	21	25	14	38	1.91
17948933--17949038	37	2.9	35	76	17	99	50	1	2	44	1.27
17948946--17949018	39	1.9	37	86	10	103	50	1	4	43	1.29
17948941--17949011	19	3.7	19	73	15	67	50	1	4	43	1.30
17951041--17951075	16	2.2	16	94	0	61	68	0	22	8	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17951579--17951608	11	2.8	11	95	5	53	40	0	10	50	1.36
17972706--17972770	22	3.1	20	74	10	67	49	3	0	47	1.17
17972707--17972770	20	3.0	23	76	19	66	50	3	0	46	1.17
17973004--17973043	18	2.2	18	95	0	71	70	0	15	15	1.18
17976071--17976292	40	5.6	40	90	1	304	27	28	18	25	1.98
17976071--17976294	120	1.9	119	87	4	335	27	28	19	25	1.99
17985170--17985319	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
17985194--17985377	67	2.8	64	77	10	196	28	17	30	22	1.97
17990401--17990441	20	2.0	20	85	0	55	56	4	7	31	1.48
17993750--17993820	28	2.5	28	88	0	115	18	39	21	21	1.93
17996090--17996272	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
17996069--17996272	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
18012690--18012716	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
18015234--18015278	23	2.0	22	87	12	65	28	8	40	22	1.84
18029759--18029839	37	2.2	37	97	0	153	48	16	6	29	1.70
18031000--18031113	45	2.6	45	91	1	185	27	29	21	21	1.98
18031154--18031220	33	2.0	33	97	0	125	38	23	10	26	1.87
18039342--18039380	20	1.9	21	89	5	62	58	2	7	30	1.39
18039918--18040055	26	5.4	26	84	3	183	26	23	20	28	1.99
18039923--18040055	52	2.6	52	92	3	218	27	23	20	29	1.99
18040104--18040178	20	3.8	20	87	6	102	33	17	10	38	1.84
18040104--18040159	11	5.5	11	71	16	57	32	17	12	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18040121--18040177	9	5.8	10	73	22	50	33	17	10	38	1.84
18056655--18056717	31	2.0	31	100	0	126	30	25	19	25	1.98
18066795--18066956	6	26.8	6	75	15	138	50	13	15	20	1.78
18066774--18066956	30	6.1	29	77	11	163	49	13	15	20	1.79
18067074--18067139	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
18067074--18067147	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
18067098--18067155	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
18067453--18067693	27	9.0	27	88	2	353	24	21	20	33	1.97
18067454--18067693	53	4.5	54	87	4	335	24	22	20	33	1.97
18067453--18067693	80	3.0	79	89	3	349	24	21	20	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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