genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28570158--28570204	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
28570161--28570209	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
28570423--28570508	3	29.3	3	73	19	60	66	1	3	29	1.16
28570428--28570508	18	4.4	18	77	13	76	66	1	3	28	1.16
28570839--28570911	23	3.2	23	76	16	71	60	28	1	9	1.37
28570837--28570902	21	3.0	21	82	8	62	57	30	1	10	1.42
28571397--28571548	40	3.8	40	80	10	191	26	19	21	31	1.98
28571381--28571550	82	2.1	83	90	1	270	25	17	21	34	1.95
28571711--28572015	46	6.8	46	63	14	116	28	22	21	26	1.99
28571951--28572396	44	10.1	44	73	6	341	29	25	17	26	1.98
28571953--28572401	132	3.4	132	90	1	693	29	25	17	27	1.98
28574799--28574947	74	2.0	74	96	0	271	30	23	9	36	1.86
28584869--28584919	21	2.4	21	93	0	84	35	13	21	29	1.92
28585871--28585949	39	2.0	39	90	0	122	27	12	32	26	1.93
28588347--28588376	15	2.0	15	100	0	60	46	26	6	20	1.75
28589481--28589621	46	3.1	46	93	0	237	18	21	13	46	1.83
28592529--28592643	45	2.6	45	84	0	149	24	24	15	35	1.94
28592703--28592780	33	2.4	32	78	6	84	23	25	20	30	1.98
28594954--28595117	60	2.7	58	81	6	166	23	20	10	46	1.81
28595524--28595598	31	2.5	31	82	2	98	49	9	10	30	1.69
28595910--28595948	19	2.1	19	95	0	69	41	12	5	41	1.65
28605433--28605538	26	4.1	25	90	7	167	33	7	22	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28605433--28605538	52	2.0	52	94	0	185	33	7	22	35	1.83
28606983--28607057	26	2.8	26	83	4	78	34	21	12	32	1.90
28607162--28607302	27	5.2	26	85	6	183	17	23	24	35	1.95
28607162--28607302	54	2.6	53	93	2	228	17	23	24	35	1.95
28607162--28607320	27	5.9	27	76	19	145	18	23	22	35	1.95
28609242--28609275	12	2.8	12	90	0	50	14	5	0	79	0.91
28610191--28610231	16	2.4	18	80	11	52	17	12	2	68	1.31
28616685--28616738	26	2.0	27	82	7	65	53	3	5	37	1.42
28617210--28617363	74	2.1	74	97	1	290	37	5	12	44	1.65
28617823--28617904	26	3.3	25	84	3	103	15	21	23	39	1.92
28622849--28623834	40	24.6	40	97	0	1810	22	20	29	27	1.98
28637480--28637546	34	2.0	33	85	8	91	32	20	22	23	1.98
28645143--28645175	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
28648182--28648233	21	2.5	21	83	0	59	50	7	7	34	1.60
28650777--28651024	134	1.9	133	83	2	327	33	17	12	36	1.87
28650724--28651268	133	4.1	133	76	3	477	33	17	11	37	1.87
28651180--28651366	98	1.9	98	90	2	295	29	20	10	38	1.87
28651297--28651547	134	1.9	134	89	0	394	31	19	12	36	1.89
28653017--28653069	25	2.1	26	83	16	67	43	5	1	49	1.37
28653302--28653356	10	5.7	10	87	12	80	7	10	0	81	0.86
28653302--28653356	18	2.8	20	89	10	80	7	10	0	81	0.86
28653313--28653366	18	2.9	19	76	20	60	11	9	0	79	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28653399--28653444	18	2.6	17	80	10	56	28	4	0	67	1.10
28653372--28653444	36	2.0	36	84	12	96	23	5	2	68	1.24
28653462--28653520	21	2.7	21	84	10	66	42	0	1	55	1.09
28653447--28653527	22	3.7	21	75	21	62	40	0	3	55	1.17
28653651--28653696	18	2.6	16	81	18	56	15	6	2	76	1.09
28653739--28653780	19	2.2	20	83	8	52	9	9	4	76	1.15
28654047--28654089	22	2.0	23	81	9	54	46	0	2	51	1.13
28654293--28654381	10	9.4	9	72	11	63	52	2	1	43	1.20
28654293--28654381	19	4.7	18	73	12	63	52	2	1	43	1.20
28654283--28654395	29	3.9	28	76	5	109	53	1	1	42	1.21
28654351--28654439	34	2.7	34	78	16	98	53	1	1	43	1.15
28654404--28654445	14	3.3	13	78	15	52	59	2	0	38	1.10
28657881--28657990	30	3.7	30	90	0	166	28	30	20	20	1.97
28657881--28658003	30	4.1	30	86	4	149	29	28	18	23	1.98
28657881--28658003	60	2.0	60	85	0	165	29	28	18	23	1.98
28670297--28670356	29	2.1	29	100	0	120	46	10	15	28	1.77
28671651--28671818	91	1.8	93	87	5	252	22	18	27	31	1.97
28675772--28675815	23	1.9	23	85	0	61	15	29	11	43	1.82
28676873--28676936	32	2.0	32	100	0	128	31	9	15	43	1.78
28689837--28690009	46	3.7	46	76	10	190	22	19	27	30	1.98
28689834--28690004	93	1.8	93	91	0	279	22	19	28	29	1.98
28690014--28690078	33	2.0	33	96	0	121	26	10	24	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28690266--28690303	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
28697461--28697633	46	3.7	46	75	10	163	21	19	27	31	1.97
28697858--28697895	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
28699307--28699400	40	2.3	41	87	3	129	26	14	27	30	1.95
28704766--28704924	55	2.9	54	81	5	196	23	25	17	33	1.96
28704743--28704937	54	3.6	54	81	4	214	23	23	17	35	1.95
28707197--28707249	27	2.0	27	88	0	79	30	18	18	32	1.96
28709524--28709564	18	2.3	18	95	0	73	41	17	19	21	1.90
28709899--28709946	22	2.2	22	92	0	78	43	25	16	14	1.86
28709924--28710044	52	2.3	54	86	4	192	42	19	16	21	1.88
28709924--28710055	27	5.0	27	83	3	160	41	17	15	25	1.89
28718947--28719173	41	5.5	41	89	4	323	35	25	20	18	1.95
28718947--28719173	84	2.7	82	89	4	323	35	25	20	18	1.95
28725668--28725968	41	7.3	41	89	3	437	35	24	19	20	1.95
28730757--28730800	19	2.3	18	84	7	52	34	15	2	47	1.58
28730970--28731124	43	3.7	43	73	10	156	30	26	17	25	1.97
28734492--28734520	8	3.6	8	100	0	58	55	20	24	0	1.44
28735172--28735308	60	2.3	59	85	8	170	28	20	25	25	1.99
28736245--28736287	19	2.3	19	95	0	77	27	27	13	30	1.95
28741740--28741791	10	5.1	10	80	11	52	34	0	5	59	1.21
28743343--28743701	27	13.3	27	81	4	222	32	21	7	38	1.81
28743349--28743507	81	2.0	81	92	0	264	30	18	8	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28743351--28743526	81	2.2	81	88	0	253	32	18	6	42	1.77
28743350--28743526	54	3.3	54	94	0	291	32	18	7	41	1.78
28743505--28743890	54	7.1	54	69	8	176	37	20	8	33	1.83
28743519--28743591	28	2.6	28	89	2	103	41	20	6	31	1.79
28743519--28743888	27	13.7	27	71	9	155	38	20	8	32	1.83
28743513--28743638	55	2.3	55	81	2	146	38	19	8	32	1.83
28743640--28743705	26	2.5	27	90	2	98	30	22	3	43	1.68
28743733--28743888	81	1.9	81	80	7	183	40	20	9	29	1.84
28744692--28744778	20	4.3	20	89	2	131	40	9	18	32	1.82
28744828--28744963	52	2.7	51	90	5	206	27	22	22	27	1.99
28744828--28744963	26	5.3	26	84	3	172	27	22	22	27	1.99
28745096--28745183	42	2.1	42	89	0	131	34	13	15	36	1.87
28745211--28745289	31	2.5	31	95	0	140	29	20	25	25	1.99
28751656--28751689	7	4.9	7	96	0	59	41	14	2	41	1.61
28757650--28757697	25	1.9	25	86	0	69	37	25	14	22	1.92
28757745--28757800	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
28757734--28757800	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
28757850--28758040	24	8.0	23	84	6	233	30	22	20	25	1.98
28757850--28758040	47	4.0	47	85	5	235	30	22	20	25	1.98
28757850--28758039	71	2.7	71	91	4	303	30	22	21	25	1.99
28758233--28758296	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
28765916--28765973	20	2.9	20	92	0	98	36	12	18	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28766024--28766117	24	4.0	24	81	2	118	31	22	19	26	1.97
28766032--28766234	24	8.9	24	70	16	112	31	20	21	26	1.98
28766135--28766254	24	5.0	24	84	5	145	30	21	21	25	1.98
28766002--28766228	111	2.0	111	94	1	402	32	18	23	25	1.97
28766135--28766254	47	2.5	48	86	6	163	30	21	21	25	1.98
28766447--28766510	31	2.1	31	87	0	92	34	15	25	25	1.95
28768785--28768816	16	2.1	16	94	5	57	40	18	12	28	1.87
28771826--28771966	43	3.3	43	76	10	137	31	24	17	26	1.97
28772343--28772367	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
28780232--28780270	21	1.9	19	85	10	51	33	10	5	51	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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