genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  230  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76662065--76662110	12	3.8	12	76	23	51	50	0	0	50	1.00
76662053--76662110	26	2.3	25	85	8	73	48	0	1	50	1.11
76662051--76662109	21	2.9	21	82	5	59	49	0	1	49	1.11
76670643--76670688	23	2.0	22	83	4	56	32	4	6	56	1.45
76671452--76671495	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
76672256--76672318	29	2.1	29	82	8	74	46	9	7	36	1.66
76673936--76673979	23	1.9	23	85	0	61	34	2	4	59	1.30
76686575--76686626	24	2.0	26	85	10	72	57	0	1	40	1.10
76692218--76692271	29	1.9	27	85	7	72	5	9	11	74	1.22
76693087--76693212	49	2.6	48	84	5	146	20	19	30	29	1.97
76695829--76695866	20	1.9	20	88	0	58	39	10	7	42	1.69
76700857--76700946	45	2.0	45	86	4	128	36	2	1	60	1.17
76700857--76700947	46	2.0	45	85	6	121	36	2	1	60	1.16
76701127--76701159	11	3.1	11	82	8	50	21	9	0	69	1.15
76701521--76701599	41	1.9	41	89	0	122	30	17	24	27	1.97
76711762--76711823	28	2.2	28	82	5	72	25	12	12	48	1.77
76712002--76712047	22	2.1	22	87	0	65	30	23	0	45	1.53
76712114--76712177	31	2.1	29	88	5	92	35	1	0	62	1.05
76714445--76714503	29	2.0	29	83	3	73	42	18	15	23	1.88
76714723--76714786	29	2.3	27	81	5	65	60	3	1	34	1.22
76714725--76714879	9	16.6	9	66	15	64	58	5	2	34	1.34
76714747--76714801	27	2.0	27	86	6	76	60	5	0	34	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76715415--76715470	9	5.9	9	78	15	51	32	1	1	64	1.14
76715373--76715470	20	5.0	19	71	14	65	33	1	5	60	1.26
76716167--76716232	12	5.5	12	83	0	69	46	0	40	12	1.41
76716169--76716226	18	3.2	18	90	0	89	44	0	41	13	1.44
76716169--76716233	18	3.6	18	89	0	85	47	0	40	12	1.41
76733696--76733725	9	3.3	9	95	0	51	66	0	0	33	0.92
76743483--76743708	43	5.3	43	88	0	290	24	28	19	27	1.99
76744061--76744110	21	2.4	21	96	0	91	0	48	18	34	1.48
76745778--76745807	15	1.9	16	93	6	53	26	3	16	53	1.59
76745819--76745885	25	2.7	25	81	4	73	31	2	19	46	1.65
76745851--76746198	16	20.4	17	69	18	149	30	1	18	48	1.59
76745819--76746245	9	49.2	9	66	18	176	30	1	18	48	1.59
76745870--76746245	25	14.8	25	71	16	165	30	1	18	48	1.57
76746134--76746199	34	1.9	34	87	0	96	31	3	18	46	1.64
76746467--76746549	21	4.0	22	76	18	72	48	1	7	43	1.38
76746518--76746571	18	2.7	21	75	19	69	46	1	12	38	1.53
76746513--76746561	18	2.8	17	87	6	71	44	2	12	40	1.53
76746554--76746718	47	3.6	47	77	12	209	43	3	15	37	1.64
76748175--76748396	84	2.7	84	82	3	243	35	20	16	27	1.94
76748220--76748396	84	2.1	84	88	2	266	33	21	16	28	1.95
76748220--76748480	84	3.1	84	81	4	249	32	22	15	29	1.95
76749068--76749355	97	2.9	96	81	6	321	41	27	1	29	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76749449--76749492	14	3.1	14	83	3	52	38	31	0	29	1.58
76751168--76751327	52	3.2	48	78	11	164	25	15	28	30	1.95
76751167--76751327	46	3.3	47	79	9	162	26	14	28	30	1.95
76751159--76751344	98	1.9	98	83	8	247	26	16	27	29	1.97
76752377--76752542	74	2.3	73	82	1	188	27	26	22	24	2.00
76752433--76752704	109	2.4	109	84	6	323	25	27	22	24	2.00
76752662--76752834	73	2.4	73	77	9	181	27	23	20	28	1.99
76755031--76755101	27	2.8	25	78	15	74	26	1	4	67	1.17
76755087--76755134	17	2.9	16	81	9	60	22	0	6	70	1.09
76755424--76755483	28	2.1	30	84	12	81	51	0	6	41	1.28
76756609--76756681	30	2.4	30	80	11	76	53	4	0	42	1.20
76758128--76758176	20	2.4	20	82	3	53	59	10	4	26	1.48
76758242--76758293	16	3.2	16	88	0	86	28	0	32	38	1.57
76758500--76758541	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
76758509--76758550	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
76758596--76758677	41	2.0	40	83	6	103	56	2	1	40	1.20
76758628--76758684	20	2.8	21	75	25	59	54	0	0	45	0.99
76760362--76760734	185	2.0	185	100	0	746	40	17	16	26	1.90
76761639--76761723	36	2.3	36	86	6	118	57	10	23	8	1.59
76764815--76764883	26	2.7	26	86	2	95	15	26	23	34	1.95
76764808--76764992	25	7.4	25	68	13	71	19	25	20	34	1.96
76764852--76764991	73	1.9	73	79	5	158	20	27	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76764925--76765004	24	3.3	24	70	18	67	18	30	20	31	1.96
76773635--76773830	98	2.0	98	96	0	365	30	21	15	32	1.95
76784853--76784892	17	2.4	17	87	4	55	50	0	2	47	1.14
76791409--76791475	17	4.5	15	75	18	59	38	4	4	52	1.42
76791446--76791509	16	4.1	15	74	20	53	42	3	4	50	1.39
76800603--76800636	16	2.1	16	88	5	50	35	0	0	64	0.94
76802857--76802916	30	2.0	30	87	3	86	43	3	23	30	1.70
76803126--76803157	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
76803260--76803388	26	5.0	26	61	17	72	28	26	26	18	1.98
76803268--76803348	25	3.2	25	63	16	67	27	27	27	18	1.98
76803256--76803388	51	2.6	51	100	0	266	28	27	25	18	1.98
76803286--76803365	25	3.2	25	63	16	65	30	30	23	16	1.96
76809153--76809200	19	2.5	20	80	13	55	18	2	2	77	0.97
76809824--76809877	18	2.9	19	76	12	60	35	1	1	61	1.18
76814029--76814181	71	2.1	72	92	1	254	30	29	17	22	1.97
76814100--76814323	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
76814652--76814715	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
76814659--76814715	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
76821588--76821810	71	3.1	71	95	0	383	30	29	16	23	1.96
76821729--76821952	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
76822281--76822344	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
76822288--76822344	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76826434--76826581	73	2.0	73	94	2	262	35	8	8	47	1.63
76826820--76826905	31	2.9	30	77	10	95	40	12	10	36	1.78
76838364--76838401	18	2.1	19	85	5	51	26	5	15	52	1.64
76838323--76838840	259	2.0	259	98	0	1009	19	23	26	30	1.98
76843039--76843079	21	2.0	21	85	0	55	29	21	19	29	1.98
76845451--76845491	19	2.2	19	100	0	82	63	0	26	9	1.25
76846461--76846496	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
76846817--76846860	20	2.2	20	88	4	63	4	22	6	65	1.35
76848691--76848744	26	2.1	26	85	0	72	31	12	9	46	1.74
76849388--76849684	107	2.8	106	87	2	436	29	16	20	33	1.94
76854079--76854137	29	2.2	26	84	9	73	69	10	10	10	1.37
76854538--76854570	7	4.9	7	85	7	50	72	3	12	12	1.23
76855771--76856525	87	8.8	87	89	3	1120	30	22	22	24	1.99
76855769--76856502	341	2.1	341	89	4	1118	30	22	22	24	1.99
76856510--76857046	44	12.2	45	73	6	409	27	14	26	31	1.95
76856505--76856787	132	2.1	132	94	1	496	26	13	27	32	1.94
76856505--76856875	87	4.2	87	79	6	329	26	13	27	32	1.94
76856518--76857050	219	2.4	219	89	3	795	27	14	26	31	1.95
76856775--76857046	132	2.1	132	94	1	474	27	15	25	30	1.96
76857272--76857564	43	6.7	43	68	14	141	30	19	22	27	1.98
76857272--76857704	132	3.3	132	89	2	613	30	19	22	26	1.98
76857626--76857868	44	5.8	40	72	13	168	32	23	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76857669--76857899	127	1.8	127	92	3	394	32	24	19	22	1.97
76859453--76859506	26	2.1	26	85	0	72	31	12	9	46	1.74
76859584--76859628	14	3.3	14	81	6	56	40	11	6	42	1.67
76860150--76860446	107	2.8	106	87	2	436	29	16	20	33	1.94
76863899--76863946	19	2.6	19	83	6	55	41	0	2	56	1.11
76864092--76864190	39	2.5	40	85	6	132	37	27	4	31	1.75
76867842--76868474	312	2.0	313	99	0	1241	37	19	16	26	1.93
76868345--76868991	323	2.0	323	99	0	1276	40	17	11	30	1.85
76868889--76869978	367	3.0	366	89	5	1499	37	17	13	31	1.89
76869006--76870079	355	3.0	355	89	4	1491	38	18	14	29	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284