genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85422806--85422875	31	2.3	29	83	16	81	62	4	2	30	1.28
85422991--85423272	9	28.6	10	70	16	89	63	1	7	28	1.31
85422992--85423059	3	22.3	3	79	11	68	63	0	7	29	1.21
85423100--85423172	38	1.9	37	86	8	103	64	1	10	23	1.33
85423148--85423178	15	2.1	15	93	0	53	70	0	9	19	1.14
85423207--85423263	3	19.3	3	96	3	107	68	0	0	31	0.90
85424972--85425027	23	2.4	23	96	0	103	30	17	26	25	1.97
85424927--85425058	67	2.0	68	81	1	158	29	20	21	28	1.98
85435249--85435356	56	1.9	56	98	0	207	21	33	10	35	1.87
85437066--85437170	3	35.7	3	73	11	83	65	2	3	27	1.24
85437042--85437189	12	11.3	12	68	20	50	64	2	4	29	1.22
85437243--85437290	25	1.9	25	86	0	69	64	6	6	22	1.39
85437253--85437313	25	2.5	24	81	5	68	63	4	8	22	1.41
85437342--85437405	26	2.4	27	76	21	73	60	3	4	31	1.32
85437302--85437373	38	1.9	37	83	8	92	61	2	4	31	1.29
85437415--85437445	15	2.1	15	93	0	53	70	0	9	19	1.14
85437474--85437498	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
85440508--85440570	27	2.3	28	78	15	69	60	3	3	33	1.28
85440501--85440590	18	5.1	18	75	11	71	61	2	2	34	1.21
85447251--85447325	19	3.9	19	75	13	64	66	2	0	30	1.05
85447251--85447370	9	13.0	9	69	15	75	64	2	1	31	1.17
85447283--85447375	17	5.3	18	75	11	70	61	1	2	35	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85462864--85462903	13	3.0	13	92	3	62	47	0	15	37	1.45
85462868--85462905	14	2.8	14	92	4	60	50	0	13	36	1.42
85462868--85462908	13	3.1	13	86	6	55	51	0	14	34	1.43
85465901--85465927	12	2.2	12	100	0	54	48	0	0	51	1.00
85471140--85471198	14	4.3	14	81	8	59	59	8	13	18	1.59
85471140--85471198	29	2.2	26	84	9	73	59	8	13	18	1.59
85478759--85478828	21	3.2	21	64	18	52	22	11	25	40	1.88
85478745--85478841	45	2.2	45	90	0	158	27	11	23	37	1.89
85482792--85482939	42	3.5	42	85	3	199	27	24	17	30	1.97
85511908--85511973	29	2.3	29	94	0	114	18	28	33	19	1.95
85512965--85512991	11	2.5	11	100	0	54	18	7	0	74	1.05
85514595--85514633	5	7.4	5	83	11	51	17	2	0	79	0.84
85514597--85514633	16	2.3	16	90	0	56	18	2	0	78	0.87
85514595--85514633	11	3.7	10	83	10	51	17	2	0	79	0.84
85545344--85545401	30	1.9	30	96	0	107	18	20	34	25	1.96
85546605--85546652	25	2.0	25	95	4	89	25	16	10	47	1.78
85547038--85547088	20	2.6	19	75	9	57	45	17	23	13	1.84
85548498--85548530	17	2.1	17	88	11	52	60	9	0	30	1.27
85551058--85551133	31	2.5	31	84	0	98	18	28	31	21	1.97
85551440--85551830	3	132.0	3	73	15	127	26	4	6	62	1.38
85551523--85551570	17	2.6	19	83	9	55	39	4	0	56	1.19
85552520--85552670	76	2.0	76	96	0	275	29	20	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85558080--85558198	45	2.6	46	82	5	134	32	19	21	26	1.97
85558549--85559245	44	16.1	44	71	7	379	30	18	24	26	1.98
85558545--85558706	86	1.9	86	82	0	207	30	20	22	26	1.98
85558551--85558862	124	2.5	126	83	4	378	30	20	21	27	1.98
85558637--85559092	174	2.7	174	79	4	514	30	18	23	27	1.98
85559168--85559486	132	2.4	132	84	1	361	28	18	25	26	1.98
85559301--85559526	44	5.1	44	77	6	170	27	18	26	26	1.98
85559236--85559486	132	1.9	132	88	0	376	29	19	24	26	1.99
85559503--85559758	44	5.8	45	76	5	218	31	23	23	21	1.99
85559538--85559759	89	2.5	88	88	1	320	31	24	23	20	1.98
85560973--85561034	27	2.3	27	100	0	124	29	6	16	48	1.70
85561472--85561807	3	112.3	3	69	14	124	28	5	3	63	1.32
85561544--85561587	23	1.9	23	95	0	79	34	4	0	61	1.16
85561661--85561810	7	21.4	7	68	20	50	25	4	3	67	1.24
85561762--85561810	22	2.2	22	85	7	64	32	0	2	65	1.04
85563803--85563852	24	2.1	24	96	0	91	42	14	4	40	1.64
85569700--85569732	10	3.2	11	83	16	52	78	15	0	6	0.93
85571492--85571518	14	1.9	14	100	0	54	44	0	3	51	1.19
85576667--85576704	5	7.6	5	100	0	76	60	0	0	39	0.97
85577205--85577244	13	3.2	13	82	7	55	47	2	0	50	1.14
85577781--85577818	13	3.0	13	85	14	53	42	0	0	57	0.98
85580813--85581063	129	1.9	129	90	0	403	46	19	11	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85586743--85586769	14	1.9	14	100	0	54	14	18	29	37	1.91
85595400--85595446	22	2.1	22	88	7	69	23	4	6	65	1.33
85596969--85596996	7	4.0	7	100	0	56	42	14	28	14	1.84
85598073--85598161	22	3.9	22	76	8	81	23	21	17	37	1.94
85598072--85598161	45	2.0	46	86	6	130	23	21	17	37	1.94
85602185--85602273	34	2.6	34	92	1	153	37	3	20	39	1.69
85603324--85603376	25	2.1	25	96	0	97	20	15	13	50	1.76
85603331--85603385	25	2.2	25	86	0	74	23	18	14	43	1.87
85605155--85605194	21	1.9	22	90	10	66	47	0	0	52	1.00
85606045--85606088	16	2.6	17	78	7	54	45	0	0	54	0.99
85608367--85608406	21	1.9	22	90	10	66	47	0	0	52	1.00
85609257--85609300	16	2.6	17	78	7	54	45	0	0	54	0.99
85615117--85615166	25	2.0	25	100	0	100	28	28	0	44	1.55
85617451--85617683	40	5.8	40	96	1	414	26	27	22	23	2.00
85627047--85627115	28	2.5	28	92	0	111	23	10	36	30	1.88
85636851--85636913	28	2.2	28	85	2	81	30	14	33	22	1.93
85656721--85656764	23	1.9	23	86	9	63	34	4	18	43	1.70
85659532--85659678	43	3.4	43	80	1	152	33	23	14	29	1.94
85669983--85670132	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
85670007--85670190	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
85678875--85678917	17	2.5	17	100	0	86	9	37	34	18	1.83
85683040--85683069	15	2.0	15	100	0	60	20	33	6	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85686782--85686826	3	15.0	3	85	0	63	62	2	0	35	1.08
85687055--85687083	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
85690881--85690959	34	2.3	34	84	4	97	35	32	11	20	1.88
85693322--85693483	81	2.0	81	98	0	315	38	20	13	26	1.90
85694138--85694165	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
85702357--85702618	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
85709592--85709644	22	2.4	22	93	3	88	50	3	16	28	1.62
85710335--85710388	20	2.7	20	85	0	72	11	29	35	24	1.90
85711515--85711641	42	3.0	42	80	6	148	27	24	16	31	1.96
85722461--85722518	30	2.0	30	86	3	82	37	8	10	43	1.70
85722777--85722810	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
85729942--85730301	27	13.6	27	87	5	475	32	13	15	38	1.87
85729982--85730295	156	2.0	156	89	1	486	31	13	16	38	1.87
85729955--85730301	183	1.9	183	89	2	536	32	13	15	38	1.86
85730001--85730330	80	4.2	81	81	8	234	33	14	15	36	1.88
85729952--85730330	210	1.8	210	85	1	535	33	14	15	36	1.87
85737469--85737577	43	2.5	43	78	8	123	28	27	16	27	1.97
85744370--85744483	48	2.4	48	84	5	144	29	21	14	34	1.93
85744485--85744509	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
85748637--85748814	40	4.5	40	90	2	261	25	28	22	23	1.99
85750071--85750100	10	2.9	10	95	5	51	0	20	0	80	0.72
85751903--85752016	48	2.4	48	85	2	151	30	21	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85762573--85762739	43	3.9	43	77	9	162	29	23	16	29	1.97
85762573--85762735	86	1.9	85	81	3	193	28	23	17	30	1.97
85770843--85770874	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
85773788--85773829	11	3.6	11	79	20	50	61	16	2	19	1.44
85773788--85773833	12	3.9	12	75	16	51	60	17	2	19	1.46
85786822--85786853	12	2.5	13	90	10	57	37	15	0	46	1.46
85787204--85787259	21	2.7	21	75	5	60	35	25	21	17	1.95
85788067--85788091	11	2.3	11	100	0	50	28	20	0	52	1.47
85788543--85788572	11	2.8	11	95	5	53	53	0	0	46	1.00
85792924--85792965	21	2.0	21	90	0	66	66	0	7	26	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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