genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.155.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  155  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51942610--51942659	25	2.0	25	100	0	100	8	4	24	64	1.38
51946196--51946576	185	2.1	184	86	2	541	44	8	23	23	1.80
51948691--51948791	51	2.0	51	98	0	193	42	9	24	22	1.84
51950455--51951057	47	12.7	47	94	1	1010	32	8	30	29	1.87
51950455--51951057	190	3.2	190	93	1	998	32	8	30	29	1.87
51952089--51952171	42	2.0	42	95	0	148	49	9	13	27	1.73
51959122--51959299	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
51959123--51959278	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
51959119--51959299	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
51962952--51963263	40	7.8	40	89	0	480	25	26	21	25	1.99
51964479--51964557	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
51964676--51964980	49	6.3	49	91	2	492	29	29	8	32	1.87
51973990--51974079	45	2.0	45	100	0	180	20	17	13	48	1.80
51974365--51974443	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
51974566--51974726	47	3.4	47	93	1	252	27	32	8	31	1.87
51975745--51975942	99	2.0	99	97	0	378	39	24	9	27	1.85
51976251--51976347	47	2.1	47	100	0	194	37	14	15	32	1.88
51980702--51980740	20	2.0	20	100	0	78	53	5	10	30	1.56
51983093--51983232	27	5.2	27	77	13	121	24	18	14	42	1.87
51983238--51983486	27	9.3	27	84	1	313	39	15	12	32	1.85
51983247--51983478	79	2.9	79	85	3	297	40	15	11	33	1.82
51986636--51987507	40	21.8	40	95	0	1521	27	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51988804--51988879	37	2.1	37	94	0	134	27	30	21	21	1.98
51989029--51989208	98	1.8	98	90	2	290	31	26	7	35	1.85
51989026--51989210	48	3.8	48	85	5	264	31	25	7	35	1.84
51989043--51989304	98	2.7	94	83	9	257	28	26	9	35	1.88
51989180--51989304	47	2.7	47	91	0	205	25	26	12	36	1.91
51991881--51992115	81	2.9	81	85	3	294	36	16	13	34	1.88
51991879--51992084	27	7.6	27	90	0	304	36	16	13	33	1.88
51994610--51995594	495	2.0	493	91	1	1607	36	19	14	28	1.92
51996033--51996103	27	2.6	27	86	0	97	18	12	22	46	1.82
51996100--51996305	27	7.7	27	83	1	234	37	13	13	35	1.84
51996100--51996304	80	2.5	80	84	0	248	37	13	13	35	1.84
51998046--51998106	30	2.0	30	87	6	88	36	8	26	29	1.85
52015435--52016466	40	25.8	40	98	0	1947	22	20	29	27	1.98
52031778--52031957	39	4.6	40	86	4	242	30	26	20	22	1.98
52031778--52031957	79	2.3	78	88	3	254	30	26	20	22	1.98
52037709--52037841	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
52038452--52038681	115	2.0	115	98	0	442	38	10	18	33	1.84
52038929--52039336	200	2.0	200	97	0	762	35	12	21	30	1.90
52039544--52039710	47	3.6	47	90	1	255	34	7	29	28	1.85
52041122--52041313	40	4.8	40	89	0	285	23	21	28	25	1.99
52046990--52047068	27	3.2	27	60	29	66	24	29	22	24	1.99
52046966--52047137	47	3.7	47	89	6	253	27	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52046966--52047137	93	1.8	93	86	8	251	27	28	21	22	1.99
52049531--52049610	15	5.4	15	73	18	69	58	12	17	11	1.62
52049542--52049619	15	5.2	15	73	14	63	56	14	16	12	1.68
52055819--52055844	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
52058326--52058418	42	2.2	43	82	5	118	27	17	24	30	1.97
52059526--52059654	65	2.0	65	90	0	204	22	14	25	37	1.92
52065469--52065509	21	2.0	20	85	4	55	39	17	2	41	1.62
52066517--52066554	19	2.0	20	89	5	60	71	0	7	21	1.11
52067609--52067721	24	4.6	25	75	16	103	30	15	29	25	1.95
52067586--52067697	49	2.3	48	83	7	129	27	16	29	26	1.97
52068930--52069186	50	5.1	50	80	3	266	38	19	12	29	1.88
52075551--52075676	43	2.9	43	79	0	135	33	26	15	24	1.95
52075862--52075909	21	2.3	21	100	0	96	43	6	25	25	1.77
52076727--52076751	8	3.1	8	100	0	50	64	0	24	12	1.27
52077627--52077705	28	2.8	28	80	0	104	34	10	25	30	1.89
52081326--52081395	25	2.5	29	77	22	94	21	32	17	28	1.96
52081328--52081386	25	2.4	25	97	0	109	20	35	15	28	1.93
52083096--52083125	11	2.7	11	100	0	60	70	6	6	16	1.31
52086880--52086993	57	2.0	57	96	0	210	28	15	29	26	1.96
52087737--52087837	50	2.0	50	96	0	184	27	9	20	41	1.84
52088464--52088724	46	5.7	46	89	0	414	21	18	28	31	1.97
52088463--52088728	92	2.9	92	100	0	532	21	18	28	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52088953--52088990	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
52091150--52091197	24	2.0	24	100	0	96	33	8	29	29	1.86
52096124--52096433	46	6.7	46	90	0	485	21	19	27	31	1.97
52096124--52096433	92	3.4	92	99	0	602	21	19	27	31	1.97
52096657--52096694	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
52097623--52097704	39	2.1	39	100	0	164	41	12	28	18	1.86
52099530--52099577	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
52099524--52099567	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
52099524--52099583	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
52101355--52101434	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
52101573--52101703	47	2.8	47	87	1	183	25	32	11	30	1.91
52105477--52105520	13	3.3	13	80	3	52	50	15	0	34	1.45
52110280--52110339	31	1.9	31	93	0	102	41	6	23	28	1.79
52115919--52115958	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
52120324--52120407	41	2.0	41	100	0	168	27	26	23	22	2.00
52120497--52120541	14	3.2	14	87	0	54	42	6	33	17	1.76
52122541--52122715	46	3.8	46	76	14	189	21	20	29	29	1.98
52122538--52122705	92	1.8	92	93	0	291	22	20	29	27	1.98
52129041--52129160	6	19.3	6	70	21	79	48	14	18	19	1.81
52129025--52129160	31	4.4	31	83	7	161	49	13	17	19	1.80
52129092--52129149	19	3.4	19	65	30	58	46	15	18	18	1.84
52129330--52129383	27	2.0	28	92	3	92	35	22	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52129339--52129398	27	2.2	27	85	5	77	40	25	20	15	1.90
52129557--52129621	22	3.0	21	78	13	60	32	23	24	20	1.98
52130047--52130287	27	9.0	27	87	2	344	24	22	20	32	1.98
52130048--52130287	53	4.5	54	87	4	326	24	22	20	32	1.98
52130047--52130287	80	3.0	79	88	3	340	24	22	20	32	1.98
52130296--52130455	27	5.9	26	82	5	131	29	8	22	40	1.83
52130306--52130473	81	2.1	81	84	6	216	28	7	22	41	1.80
52130275--52130473	54	3.7	54	81	3	179	28	8	22	40	1.82
52130331--52130473	27	5.3	27	79	5	128	27	6	24	41	1.79
52130477--52130701	27	8.3	27	87	0	306	41	8	20	29	1.82
52130449--52130699	81	3.1	80	82	6	299	41	8	19	30	1.82
52130714--52130798	27	3.1	27	83	6	100	28	8	23	40	1.83
52133311--52133406	40	2.5	38	81	6	120	39	37	9	13	1.77
52136479--52136656	27	6.6	26	79	6	160	27	15	27	29	1.96
52136480--52136635	82	1.9	81	84	6	208	27	16	27	28	1.97
52136476--52136656	82	2.2	81	80	4	204	27	16	27	29	1.97
52136561--52136667	27	3.9	27	81	1	70	27	15	27	29	1.96
52140306--52140615	156	2.0	157	98	0	595	52	13	8	25	1.67
52148310--52148371	31	2.0	31	96	0	115	41	8	19	30	1.80
52152634--52152668	15	2.5	15	90	9	56	5	22	0	71	1.07
52152642--52152691	20	2.4	20	93	6	82	4	24	0	72	1.02
52152664--52152779	45	2.7	41	78	13	119	9	19	2	68	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52154421--52154654	27	8.7	27	88	1	319	30	22	8	38	1.84
52154981--52155042	27	2.3	26	81	8	70	37	16	8	38	1.78
52155035--52155243	27	7.8	26	77	7	172	41	20	8	29	1.82
52154086--52155159	570	1.9	570	91	2	1746	28	19	19	32	1.96
52155035--52155211	80	2.2	81	83	5	225	43	19	7	28	1.79
52155030--52155243	107	2.0	106	81	6	254	41	20	8	30	1.81
52155230--52156130	27	33.0	27	78	10	911	35	19	21	23	1.96
52155231--52155957	54	13.5	54	99	0	1418	35	20	22	22	1.96
52156351--52156418	22	3.0	22	73	12	73	26	19	22	32	1.97
52156335--52156425	25	3.8	25	79	7	82	26	21	23	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284