genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70689296--70689358	27	2.3	27	78	5	65	14	17	33	34	1.90
70693329--70693360	16	2.0	16	93	0	55	46	0	15	37	1.46
70693897--70693921	13	1.9	13	100	0	50	52	8	8	32	1.60
70695294--70695347	19	2.8	19	85	0	81	31	29	16	22	1.96
70695337--70695408	19	3.8	20	75	14	62	25	20	22	31	1.98
70707340--70707388	24	2.0	24	96	0	89	26	4	14	55	1.57
70715985--70716032	20	2.4	20	86	6	62	39	14	2	43	1.57
70716005--70716072	31	2.2	31	80	14	79	47	8	1	42	1.43
70716240--70716308	30	2.3	31	82	2	86	56	2	2	37	1.29
70720568--70720597	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
70732789--70732814	5	5.2	5	100	0	52	42	19	0	38	1.51
70739621--70739733	43	2.6	43	80	8	131	29	15	21	34	1.93
70739622--70739760	43	3.2	43	73	13	115	29	14	20	35	1.92
70746409--70746458	9	5.6	9	82	0	64	46	18	8	28	1.77
70746478--70746518	6	6.5	6	83	10	55	14	0	4	80	0.87
70747360--70747384	12	2.1	12	100	0	50	28	32	16	24	1.96
70752657--70752696	13	3.0	13	82	7	53	0	40	0	60	0.97
70752664--70752709	23	2.0	22	84	12	58	0	36	0	63	0.95
70759463--70759624	43	3.8	41	77	5	128	30	12	22	33	1.91
70764743--70764778	6	5.8	6	93	3	54	16	27	0	55	1.42
70768035--70768142	26	4.2	26	92	0	180	36	23	8	32	1.84
70769433--70769618	90	2.1	90	96	0	345	30	9	24	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70776329--70776362	10	3.2	10	84	15	50	85	0	8	5	0.75
70776950--70777003	8	6.5	8	82	16	65	85	1	0	12	0.69
70776932--70777005	12	6.1	12	70	19	55	82	4	0	13	0.81
70776936--70777005	17	3.9	17	77	5	68	82	4	0	12	0.80
70778106--70778229	64	1.9	64	93	0	212	29	18	15	36	1.92
70778302--70778674	45	8.3	44	69	15	160	29	20	22	27	1.98
70778341--70778520	93	1.9	93	82	6	227	30	17	24	27	1.97
70778548--70778966	177	2.4	176	81	4	468	30	17	24	26	1.97
70780488--70780733	121	2.0	121	82	4	300	34	8	4	51	1.54
70789765--70789924	42	3.8	43	75	9	159	26	13	28	31	1.94
70791210--70791267	28	2.0	29	96	3	109	48	10	10	31	1.71
70791875--70791931	21	2.6	23	78	10	66	36	17	1	43	1.60
70791868--70791931	11	5.9	11	72	3	58	40	17	1	40	1.59
70792066--70792197	47	2.8	45	81	11	149	32	9	5	53	1.55
70797279--70797519	126	1.9	127	92	2	405	28	20	16	34	1.95
70798235--70798286	22	2.4	22	90	3	79	48	32	0	19	1.49
70798579--70798655	27	2.8	26	77	11	75	45	16	9	28	1.78
70798606--70798655	18	2.8	18	84	6	66	46	20	6	28	1.74
70798675--70798721	6	7.5	6	86	9	67	17	0	4	78	0.90
70798746--70798770	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
70798747--70798784	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
70799255--70799311	25	2.3	25	100	0	114	43	0	15	40	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70799267--70799308	13	3.3	13	75	18	52	47	0	14	38	1.44
70802058--70802152	27	3.4	27	70	16	70	23	18	11	46	1.82
70802101--70802158	27	2.2	26	79	11	64	22	15	12	50	1.77
70802293--70802372	31	2.4	33	91	8	128	5	30	2	62	1.29
70802972--70803021	25	2.0	25	96	0	91	58	8	4	30	1.45
70807978--70808019	21	2.0	21	95	0	75	30	9	21	38	1.85
70810576--70810610	17	2.1	17	89	5	54	42	0	14	42	1.45
70818743--70818772	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
70822762--70822942	91	2.0	91	97	0	344	33	15	23	27	1.95
70823557--70823765	104	2.0	104	99	0	409	33	18	24	23	1.97
70826929--70826958	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
70839497--70839527	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
70839494--70839533	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
70839719--70839973	55	4.8	53	80	9	245	21	25	17	36	1.95
70839766--70839966	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	34	1.96
70842111--70842166	14	3.9	14	79	9	67	78	3	17	0	0.89
70842111--70842166	22	2.5	22	91	0	85	78	3	17	0	0.89
70842112--70842176	8	8.4	8	84	6	80	75	3	21	0	0.94
70846187--70846304	36	3.3	36	84	2	139	43	7	22	27	1.80
70848949--70848987	16	2.4	17	83	12	55	58	10	0	30	1.31
70850180--70850261	36	2.3	35	87	8	112	43	9	23	23	1.83
70853222--70853428	77	2.7	76	78	3	200	35	12	14	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70858024--70858230	77	2.7	76	78	3	200	35	12	14	37	1.83
70861101--70861148	23	2.0	23	84	4	60	18	6	14	60	1.55
70861219--70861291	16	4.5	17	74	16	66	41	0	1	57	1.07
70864684--70864710	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
70865473--70865518	19	2.4	19	85	10	58	43	2	2	52	1.25
70866849--70866890	18	2.2	19	87	12	59	35	0	0	64	0.94
70887080--70887114	12	2.9	12	100	0	70	42	0	5	51	1.25
70887167--70887195	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
70888929--70888967	8	4.9	8	83	0	51	48	23	25	2	1.63
70893045--70893081	19	1.9	19	88	0	56	45	0	2	51	1.15
70894031--70894055	11	2.3	11	100	0	50	52	0	20	28	1.47
70894807--70894928	64	1.9	64	88	5	183	40	0	21	38	1.53
70894114--70894926	406	2.0	406	100	0	1626	40	5	18	35	1.75
70895261--70895316	21	2.7	21	91	0	85	14	26	26	32	1.95
70900989--70901013	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
70911465--70911553	44	2.0	44	93	0	151	38	11	5	44	1.64
70912942--70912976	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
70913248--70913276	13	2.2	13	100	0	58	58	0	0	41	0.98
70917603--70917640	20	1.9	19	89	5	58	28	23	2	44	1.67
70918280--70918304	11	2.3	11	100	0	50	56	16	0	28	1.41
70920532--70920591	26	2.3	26	88	8	88	0	15	1	83	0.73
70920535--70920568	16	2.1	16	88	0	50	0	17	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70920526--70920581	25	2.1	27	83	6	71	3	16	0	80	0.85
70920509--70920599	7	13.0	7	75	14	55	4	12	2	81	0.93
70920533--70920582	21	2.4	21	83	9	66	0	16	0	84	0.63
70920551--70920609	9	6.7	9	78	9	50	0	10	5	84	0.76
70920533--70920608	26	2.9	27	81	13	79	0	13	3	82	0.79
70921256--70921293	18	2.1	18	100	0	76	31	18	28	21	1.97
70931019--70931242	96	2.3	96	77	0	241	36	13	20	28	1.91
70931213--70931341	49	2.6	49	79	4	143	33	15	24	27	1.95
70931390--70931470	33	2.4	34	87	6	112	43	18	12	25	1.85
70936253--70936552	105	2.9	105	86	1	395	33	23	11	32	1.90
70936253--70936552	35	8.6	35	84	0	350	33	23	11	32	1.90
70942357--70942493	60	2.3	61	81	11	158	24	24	21	29	1.99
70943173--70943833	330	2.0	330	98	0	1288	31	24	14	29	1.95
70945231--70945259	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
70949461--70949541	29	2.8	29	92	0	126	27	14	25	32	1.95
70956896--70957157	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
70965821--70966084	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
70965821--70966117	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
70967437--70967500	25	2.5	25	84	2	83	54	0	3	42	1.16
70968045--70968078	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
70969502--70969578	7	9.6	8	68	20	54	36	1	0	62	1.04
70969500--70969594	23	4.3	21	76	17	86	36	2	0	61	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70969500--70969582	12	7.1	12	75	22	63	36	1	0	62	1.03
70969500--70969590	42	2.2	39	80	18	103	36	2	0	61	1.08
70969500--70969594	44	2.2	44	81	7	113	36	2	0	61	1.08
70981554--70982135	44	13.2	44	86	0	743	32	14	25	27	1.95
70983822--70983904	12	7.1	12	72	22	54	36	2	0	61	1.09
70983824--70983876	24	2.3	23	90	3	79	33	3	0	62	1.13
71015524--71015569	14	3.4	14	82	5	51	15	17	10	56	1.67
71018125--71018157	16	2.1	16	100	0	66	48	6	12	33	1.65
71020212--71020548	62	5.4	62	74	5	196	25	24	21	28	1.99
71020224--71020548	124	2.6	124	74	7	309	24	24	22	28	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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