genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79975751--79975977	46	5.0	46	89	1	330	39	14	25	21	1.91
79975751--79975977	91	2.5	92	89	0	339	39	14	25	21	1.91
79976054--79976133	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
79976126--79976237	43	2.6	43	89	0	179	11	25	31	32	1.91
79988943--79989063	43	2.9	42	76	7	145	30	14	25	29	1.94
79994705--79994911	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
79994705--79994911	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
79999903--79999984	24	3.4	24	75	6	85	14	24	4	56	1.58
80006306--80006441	43	3.2	42	82	2	146	28	14	25	30	1.95
80006307--80006466	43	3.8	42	80	3	133	28	14	25	32	1.94
80006306--80006466	85	1.9	84	80	1	187	27	14	25	32	1.94
80008003--80008028	9	2.9	9	100	0	52	19	34	0	46	1.50
80009127--80009164	20	1.9	20	89	10	60	39	0	5	55	1.23
80009175--80009199	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
80009408--80009441	16	2.1	17	94	5	61	50	0	0	50	1.00
80010418--80010485	21	3.3	21	68	15	61	32	8	20	38	1.84
80010378--80010485	40	2.7	39	81	7	110	35	8	18	37	1.81
80010691--80010801	45	2.5	45	80	5	127	22	16	17	44	1.87
80013281--80013328	24	2.0	24	100	0	96	29	8	20	41	1.81
80015520--80015697	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
80015541--80015696	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
80017478--80017649	44	3.7	44	79	8	157	29	20	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80025364--80026037	337	2.0	337	100	0	1348	33	13	18	34	1.90
80026979--80027100	47	2.6	46	94	2	208	36	13	24	25	1.91
80027079--80027262	54	3.4	54	79	5	210	35	15	25	23	1.94
80027279--80027310	16	2.0	16	100	0	64	37	0	25	37	1.56
80032763--80032819	29	1.9	29	89	3	87	38	5	21	35	1.76
80033431--80033665	47	5.1	45	74	8	184	34	16	25	24	1.96
80033621--80033817	54	3.6	54	82	6	229	35	17	24	22	1.96
80038068--80038129	32	1.9	32	96	0	115	50	3	11	35	1.55
80051514--80051739	46	4.8	45	76	8	186	23	27	19	29	1.98
80051514--80051773	47	5.6	45	76	8	175	23	27	19	29	1.98
80057965--80058039	38	2.0	38	97	0	141	25	30	24	20	1.98
80075227--80075281	9	6.1	9	86	0	83	45	10	10	32	1.74
80076041--80076066	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
80088983--80089023	21	2.0	21	85	0	55	29	12	39	19	1.88
80092054--80092161	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
80093384--80093455	36	2.0	36	100	0	144	38	22	19	19	1.93
80097407--80097524	59	2.0	59	98	0	227	25	11	11	51	1.71
80098310--80098470	26	6.2	26	88	0	241	37	23	6	32	1.81
80101691--80101723	16	2.0	17	88	5	50	39	24	3	33	1.71
80109113--80109180	22	3.0	23	69	16	61	35	19	2	42	1.66
80113032--80113086	18	3.3	18	66	23	57	40	7	0	52	1.29
80113022--80113102	31	2.6	31	100	0	162	43	4	0	51	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80137782--80137937	52	3.0	53	79	8	194	25	14	27	32	1.94
80144653--80144853	27	7.6	27	87	7	277	27	14	27	30	1.95
80144653--80144853	55	3.8	55	90	3	288	27	14	27	30	1.95
80149454--80149507	23	2.3	23	100	0	108	48	11	7	33	1.67
80177644--80177701	30	1.9	30	86	6	82	51	5	1	41	1.34
80178440--80178485	21	2.2	21	85	11	60	28	2	4	65	1.23
80178460--80178504	19	2.4	19	81	7	56	33	0	2	64	1.06
80178440--80178512	20	3.6	20	77	5	67	31	1	2	64	1.16
80180751--80180829	39	2.0	39	100	0	158	41	17	5	35	1.72
80184063--80184299	39	6.1	39	97	0	447	20	25	30	23	1.98
80192241--80192273	17	1.9	17	93	0	57	27	21	24	27	1.99
80192551--80192688	44	3.0	46	84	7	181	40	18	3	37	1.68
80192941--80193065	49	2.6	49	84	0	142	28	31	15	24	1.95
80210699--80211179	48	10.0	48	82	0	584	28	16	28	26	1.97
80210699--80211170	96	4.9	96	88	0	692	28	16	29	26	1.97
80215788--80215823	18	1.9	19	88	5	56	38	0	0	61	0.96
80215812--80215853	20	2.2	20	86	4	59	42	0	9	47	1.36
80219157--80219232	24	3.3	23	83	9	102	36	19	23	19	1.95
80219157--80219254	24	4.1	23	81	9	101	35	19	23	21	1.96
80221252--80221319	34	2.0	34	97	0	127	41	4	4	50	1.42
80225689--80225720	16	2.0	17	88	11	50	6	6	37	50	1.53
80225937--80225984	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80227912--80227959	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
80244262--80244320	23	2.6	22	78	5	73	37	16	22	23	1.94
80244311--80244378	24	2.7	26	81	6	86	39	20	17	22	1.92
80244727--80244792	28	2.2	29	92	7	107	28	19	4	46	1.69
80260587--80260730	43	3.4	42	79	8	132	31	22	19	27	1.98
80261231--80261287	29	2.0	28	86	10	80	36	19	5	38	1.74
80262380--80262474	46	2.1	46	100	0	190	37	6	24	31	1.80
80265232--80265264	15	2.1	16	88	5	50	30	0	15	54	1.41
80266126--80266257	44	3.0	42	75	15	119	22	15	26	34	1.95
80266130--80266277	43	3.4	43	75	13	144	24	17	27	31	1.97
80267926--80268147	40	5.6	40	88	1	304	24	20	25	29	1.99
80276060--80276281	40	5.6	40	91	1	331	23	21	26	28	1.99
80281179--80281244	29	2.3	29	86	0	87	28	16	24	30	1.97
80292076--80292135	22	2.7	22	84	0	75	28	10	28	33	1.89
80292100--80292145	22	2.1	22	83	0	56	32	10	23	32	1.90
80292177--80292224	22	2.2	22	88	0	69	31	6	22	39	1.79
80292015--80292248	103	2.3	103	83	1	272	34	13	20	31	1.91
80292187--80292268	22	3.7	22	81	0	83	34	8	25	31	1.86
80292094--80292370	125	2.2	124	83	1	331	35	12	20	31	1.90
80292329--80292370	22	1.9	22	90	0	66	35	7	26	30	1.83
80295789--80295930	29	5.0	28	68	13	83	50	0	4	44	1.26
80295764--80295948	86	2.2	84	82	8	232	50	0	3	45	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80297561--80297590	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
80300591--80300634	19	2.3	19	84	7	54	63	18	4	13	1.46
80311097--80311192	50	1.9	50	95	0	174	34	16	21	27	1.95
80311163--80311222	30	2.0	30	93	0	102	28	26	15	30	1.96
80311229--80311338	31	3.5	31	93	0	184	29	19	26	25	1.98
80311368--80311592	91	2.4	90	81	9	224	28	12	25	32	1.93
80311415--80311621	42	4.6	47	82	8	204	29	13	26	30	1.94
80315853--80315958	20	4.2	24	70	22	67	28	0	8	63	1.24
80315869--80315959	20	4.8	20	73	20	95	27	0	6	65	1.17
80315842--80315957	56	2.1	56	98	0	223	25	0	9	64	1.23
80315872--80315959	25	3.3	25	69	22	79	27	0	6	65	1.17
80324390--80324450	19	3.3	19	69	17	65	39	4	11	44	1.62
80324390--80324465	36	2.1	36	97	2	145	38	5	13	43	1.66
80326852--80326900	22	2.3	22	86	13	68	51	0	2	46	1.12
80326857--80326898	16	2.6	16	85	7	59	52	0	2	45	1.13
80338085--80338155	35	2.0	35	91	5	117	38	11	23	26	1.89
80353758--80353983	42	5.3	42	83	3	276	24	15	28	31	1.95
80353758--80353983	85	2.7	85	86	4	303	24	15	28	31	1.95
80356351--80356705	177	2.0	177	98	0	692	33	19	19	27	1.96
80367107--80367579	47	10.1	47	96	0	777	33	11	29	25	1.91
80367553--80367735	46	4.0	46	94	0	294	34	9	31	24	1.87
80371174--80371246	37	1.9	38	83	2	94	35	32	13	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80373862--80374044	94	1.9	95	86	4	262	40	15	12	31	1.85
80375328--80375373	23	2.0	23	100	0	92	34	21	13	30	1.91
80378217--80378573	196	1.8	195	83	5	472	31	10	14	43	1.78
80381044--80381285	39	6.0	39	87	8	351	22	23	30	23	1.99
80381118--80381285	86	2.0	86	95	2	302	20	23	31	23	1.98
80383987--80384011	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
80384790--80384839	26	1.9	26	95	0	91	42	16	10	32	1.81
80388084--80388307	40	5.6	40	82	6	265	26	25	22	25	2.00
80388084--80388307	83	2.8	80	85	5	283	26	25	22	25	2.00
80390560--80390713	77	2.0	77	93	0	263	40	12	22	24	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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