genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24587488--24587527	20	2.0	20	90	0	62	22	5	2	70	1.19
24589481--24589548	25	2.9	24	82	6	86	25	1	4	69	1.16
24589631--24589685	20	2.7	20	76	18	60	32	10	0	56	1.34
24589730--24589823	9	11.4	8	70	16	59	28	2	3	65	1.19
24589742--24589804	23	2.7	23	80	9	65	30	1	3	65	1.18
24591154--24591224	35	2.0	35	86	0	97	39	9	23	26	1.86
24596336--24596406	35	2.0	35	83	0	88	40	9	23	25	1.85
24598095--24598132	20	1.9	20	89	10	60	42	2	5	50	1.39
24600908--24601056	38	3.9	38	96	0	280	40	10	20	28	1.86
24617126--24617153	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
24619826--24619854	14	2.1	14	100	0	58	41	6	20	31	1.79
24626699--24626752	28	2.0	28	88	3	83	68	7	11	12	1.39
24626887--24626917	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
24626884--24626923	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
24627156--24627363	55	3.8	53	81	7	240	22	25	17	35	1.95
24627156--24627356	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	34	1.96
24628326--24628450	47	2.7	46	78	14	130	32	19	25	23	1.98
24631226--24631392	43	3.9	42	82	9	203	34	26	16	22	1.95
24635547--24635625	40	2.1	36	88	9	113	43	7	6	43	1.58
24637075--24637168	30	3.1	31	86	3	102	42	4	1	52	1.28
24642063--24642193	59	2.2	60	83	8	169	22	22	7	46	1.77
24643523--24643601	35	2.2	36	82	10	92	13	15	6	64	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24644712--24644741	13	2.3	13	100	0	60	46	6	23	23	1.75
24649762--24649787	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
24653268--24653396	50	2.5	51	88	5	190	34	16	23	25	1.95
24653372--24653551	31	5.8	31	92	2	290	26	20	27	25	1.99
24653569--24653692	47	2.7	46	86	2	167	27	16	27	29	1.97
24653651--24653777	42	3.0	42	88	6	179	29	14	27	29	1.95
24655266--24655506	47	4.9	49	78	10	217	31	27	14	26	1.95
24655360--24655506	53	2.9	53	80	11	148	31	26	14	27	1.95
24659129--24659176	24	2.0	24	95	0	87	37	18	16	27	1.92
24660605--24660631	12	2.2	12	100	0	54	74	0	0	25	0.83
24661369--24661464	46	2.0	48	94	4	169	25	7	20	46	1.76
24671988--24672092	52	2.0	52	90	0	165	29	28	19	22	1.98
24675770--24675936	44	3.8	44	91	0	262	47	11	9	30	1.72
24675781--24675957	88	2.0	88	85	0	237	48	12	10	28	1.74
24676987--24677021	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24677065--24677114	26	2.0	26	84	4	66	48	4	4	44	1.40
24677102--24677138	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
24677015--24677199	60	3.1	60	69	16	161	47	6	3	43	1.45
24677222--24677258	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
24676967--24677259	117	2.5	117	93	2	498	47	4	2	45	1.37
24677241--24677408	47	3.7	46	72	18	161	46	2	2	47	1.33
24677300--24677442	44	3.2	43	71	20	139	48	2	2	46	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24677266--24677481	91	2.4	91	91	0	342	45	3	2	48	1.33
24677322--24677466	47	3.2	45	71	16	136	48	2	2	46	1.28
24691307--24691341	17	2.1	17	100	0	70	34	5	17	42	1.73
24691867--24692682	275	3.0	275	95	0	1474	20	15	17	47	1.83
24692850--24692940	44	2.1	44	87	0	128	41	3	5	49	1.42
24696724--24696755	13	2.4	14	94	5	57	21	15	6	56	1.62
24698824--24698981	43	3.7	43	76	12	146	24	17	27	31	1.97
24704861--24704907	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
24704878--24704937	17	3.2	19	86	13	88	35	16	10	38	1.82
24705369--24705848	87	5.5	88	67	16	316	27	20	19	32	1.96
24705409--24705855	175	2.6	175	94	0	761	27	19	19	32	1.96
24706009--24706323	44	7.1	44	71	10	230	26	23	17	32	1.97
24706004--24706323	132	2.4	132	89	1	478	27	23	17	31	1.97
24707239--24707290	12	4.4	12	79	15	56	1	13	0	84	0.70
24707230--24707289	29	2.0	30	84	9	79	3	15	0	81	0.81
24707230--24707287	28	2.0	29	83	9	75	3	15	0	81	0.83
24712913--24712978	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
24712930--24713027	19	5.2	19	91	7	155	35	15	10	38	1.81
24712930--24713027	36	2.6	37	88	9	144	35	15	10	38	1.81
24716111--24716151	20	2.0	20	100	0	82	58	0	4	36	1.20
24717130--24717170	12	3.7	11	87	9	57	82	4	0	12	0.81
24717124--24717175	11	4.8	11	78	19	56	82	3	0	13	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24718716--24718751	10	3.6	10	85	14	56	80	5	2	11	0.98
24721466--24721493	10	2.8	10	100	0	56	32	7	50	10	1.64
24721909--24722021	53	2.2	52	90	1	172	44	21	16	17	1.87
24722221--24722333	53	2.2	52	91	1	181	45	22	15	17	1.85
24722359--24722383	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
24722503--24722536	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
24729822--24729980	43	3.7	42	77	9	144	23	14	27	34	1.94
24729821--24729960	44	3.3	41	82	9	147	23	14	27	35	1.93
24731524--24731593	35	2.0	35	94	0	122	24	12	18	44	1.85
24742496--24742673	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
24749581--24749760	90	2.0	90	96	2	335	35	21	13	30	1.91
24750919--24750972	27	2.0	27	100	0	108	33	7	25	33	1.84
24752162--24752186	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
24770611--24770653	15	2.6	17	82	13	54	55	6	0	37	1.27
24771514--24771542	13	2.2	13	100	0	58	41	0	0	58	0.98
24773862--24773907	19	2.4	20	79	13	53	30	2	13	54	1.50
24776342--24776376	18	1.9	18	88	11	54	40	0	8	51	1.33
24779691--24779741	19	2.6	20	73	17	61	33	1	17	47	1.59
24780275--24780315	22	1.9	21	85	5	55	58	0	2	39	1.11
24782231--24782322	21	4.6	21	69	25	74	41	1	1	56	1.13
24782213--24782274	23	2.5	25	82	10	83	37	0	4	58	1.20
24782236--24782303	36	1.9	36	93	3	120	38	0	1	60	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24782267--24782320	22	2.4	21	84	9	63	38	1	0	59	1.08
24782269--24782331	21	3.0	20	80	13	65	44	1	0	53	1.10
24782386--24782435	21	2.3	20	83	12	64	32	0	4	64	1.12
24782543--24782583	19	2.1	20	95	4	75	41	0	9	48	1.36
24782600--24782638	7	5.7	7	85	14	55	71	0	0	28	0.86
24782674--24782710	13	2.7	14	88	12	51	59	5	0	35	1.20
24782687--24782747	23	2.6	23	81	5	77	52	4	0	42	1.23
24784377--24784414	19	2.0	19	94	0	67	44	10	13	31	1.77
24789385--24789453	32	2.2	32	84	5	86	28	20	15	34	1.94
24794507--24794536	13	2.2	14	94	5	53	23	0	13	63	1.29
24796538--24796596	24	2.5	24	85	0	82	22	28	33	15	1.94
24799310--24799390	27	3.0	27	87	3	110	33	22	18	25	1.97
24799375--24799742	27	13.7	27	77	9	216	41	19	7	31	1.78
24799375--24799444	26	2.7	27	80	6	90	41	17	5	35	1.73
24799426--24799656	53	4.3	53	75	7	173	43	19	6	29	1.76
24799463--24799739	82	3.4	80	80	8	267	42	19	6	31	1.77
24799426--24799742	82	3.9	82	78	8	240	42	19	7	30	1.78
24807088--24807171	26	3.2	26	94	0	141	36	26	4	32	1.77
24807637--24807846	41	5.2	40	82	6	183	39	18	20	21	1.93
24807668--24807857	82	2.3	80	83	5	222	38	17	21	22	1.93
24807709--24807866	41	3.9	41	85	5	180	35	18	22	23	1.96
24808029--24808133	14	7.2	14	72	8	75	28	0	24	45	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24808040--24808121	21	3.7	21	76	12	92	26	1	28	43	1.62
24808034--24808135	7	14.0	7	71	8	60	28	0	26	44	1.61
24808228--24808303	21	3.5	21	74	12	73	19	0	42	38	1.52
24808188--24808305	7	16.6	7	71	13	64	22	0	39	38	1.54
24809562--24809641	39	2.0	40	95	4	144	37	10	30	22	1.87
24813244--24813329	30	2.8	29	74	22	86	26	3	2	67	1.19
24813567--24813696	43	3.0	43	91	0	197	22	24	32	20	1.98
24826417--24826456	19	2.1	18	86	9	53	42	5	5	47	1.47
24830266--24830436	43	4.0	43	78	3	173	32	25	16	25	1.96
24831540--24831564	13	1.9	13	100	0	50	44	24	0	32	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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