genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32581306--32581368	30	2.1	30	96	0	117	58	11	3	26	1.47
32583777--32583816	20	2.0	21	85	5	55	50	0	0	50	1.00
32587186--32587232	24	2.0	23	84	12	60	44	19	0	36	1.51
32587859--32587885	11	2.5	11	100	0	54	14	33	0	51	1.43
32598904--32598934	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
32599879--32600044	84	2.0	83	86	5	232	40	9	7	42	1.64
32600373--32600397	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
32602064--32602127	22	2.9	22	81	9	60	68	3	3	25	1.18
32604951--32605049	52	1.9	52	93	0	171	34	19	14	32	1.91
32610890--32611024	3	45.0	3	68	8	60	29	7	4	58	1.45
32610963--32611010	21	2.3	21	96	0	87	29	10	0	60	1.30
32616250--32616345	24	4.0	23	75	16	79	38	22	25	13	1.91
32616301--32616382	26	3.3	26	83	6	107	39	23	21	15	1.92
32617393--32617446	27	2.0	27	82	7	65	37	5	3	53	1.42
32623897--32623936	16	2.3	19	79	16	50	67	2	12	17	1.33
32624856--32624890	12	2.9	12	91	0	52	80	0	5	14	0.89
32626397--32626537	27	5.2	27	83	11	182	35	24	23	17	1.95
32626397--32626537	54	2.6	54	93	2	239	35	24	23	17	1.95
32627571--32627676	26	4.1	26	90	4	169	35	22	7	33	1.83
32628748--32628873	64	2.0	64	83	0	162	30	27	16	24	1.97
32628832--32628989	55	2.8	56	71	14	139	34	22	16	25	1.95
32637161--32637199	19	2.1	19	95	0	69	41	5	12	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32637431--32637472	21	2.0	20	86	9	57	35	7	2	54	1.41
32637511--32637585	30	2.5	30	82	2	96	30	10	9	49	1.69
32637511--32637572	31	2.0	31	87	3	90	30	11	6	51	1.63
32637714--32637759	24	2.0	23	82	4	56	26	4	4	65	1.30
32637990--32638164	60	2.9	59	79	2	179	46	10	19	22	1.81
32640329--32640406	33	2.4	32	78	6	84	30	20	25	23	1.98
32640464--32640580	45	2.6	45	83	0	153	36	15	23	23	1.93
32640733--32640778	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
32640740--32640789	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
32643488--32643593	46	2.3	46	95	0	185	45	14	22	17	1.85
32643528--32643662	69	2.0	69	95	0	243	44	14	22	18	1.86
32643597--32643743	46	3.2	46	94	0	249	46	13	21	18	1.83
32643488--32643708	115	1.9	115	96	0	406	45	14	22	18	1.85
32644848--32644877	15	2.0	15	100	0	60	20	6	26	46	1.75
32647275--32647353	39	2.0	39	90	0	122	26	32	12	27	1.93
32648305--32648355	21	2.4	21	93	0	84	29	21	13	35	1.92
32648374--32648447	36	2.0	38	84	10	100	39	39	5	16	1.71
32648628--32648693	21	3.0	21	82	8	62	10	1	30	57	1.42
32648619--32648691	23	3.2	23	77	13	71	9	1	28	60	1.37
32649022--32649107	3	29.3	3	73	19	60	29	3	1	66	1.16
32649022--32649111	18	4.7	18	77	13	83	30	3	1	65	1.16
32649313--32649369	17	3.1	19	78	14	66	31	0	7	61	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32649454--32649483	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
32660343--32660460	59	2.0	59	98	0	227	51	17	25	5	1.66
32661699--32662144	44	10.1	45	74	4	361	27	17	25	30	1.97
32661694--32662142	132	3.4	132	93	0	718	27	17	25	29	1.97
32662080--32662384	136	2.3	135	93	1	522	27	21	22	29	1.99
32662523--32662693	40	4.2	40	76	7	137	32	19	20	26	1.97
32662547--32662698	40	3.8	40	81	3	196	30	21	20	26	1.98
32662545--32662714	82	2.1	83	88	1	261	34	21	18	25	1.96
32662546--32662714	40	4.1	42	77	6	157	33	21	18	26	1.96
32663167--32663232	21	3.0	21	82	8	62	10	1	30	57	1.42
32663158--32663230	23	3.2	23	77	13	71	9	1	28	60	1.37
32663430--32663515	3	29.3	3	73	19	60	29	3	1	66	1.16
32663430--32663519	18	4.7	18	77	13	83	30	3	1	65	1.16
32663733--32663775	15	2.6	17	78	17	54	30	0	6	62	1.21
32663857--32663888	14	2.3	14	94	0	55	46	6	0	46	1.27
32678709--32678753	24	2.0	23	86	8	65	28	22	0	48	1.50
32679005--32679047	15	2.9	15	79	6	52	62	4	0	32	1.15
32681818--32681895	34	2.3	35	86	8	108	24	2	25	47	1.65
32682064--32682441	126	3.0	126	88	2	528	37	16	15	29	1.90
32685487--32685543	25	2.3	23	78	18	62	49	5	0	45	1.24
32686560--32686593	7	4.9	7	86	13	52	58	11	0	29	1.33
32687523--32687612	25	3.4	25	70	15	74	61	4	3	31	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32687525--32687645	54	2.2	54	95	2	217	61	4	2	31	1.27
32687523--32687613	26	3.5	25	69	19	69	61	4	3	30	1.31
32687542--32687623	25	3.2	25	67	20	69	62	3	3	30	1.30
32687801--32687850	21	2.4	21	86	0	64	40	2	24	34	1.66
32693323--32693374	22	2.3	22	86	6	68	34	5	1	57	1.33
32697166--32697199	16	2.1	16	89	10	52	58	0	5	35	1.22
32715942--32716149	51	4.1	51	89	1	319	29	22	14	33	1.94
32715937--32716138	101	2.0	102	92	0	334	30	21	14	33	1.93
32721766--32721828	30	2.1	30	93	0	108	57	9	1	31	1.40
32721866--32721913	22	2.2	22	84	0	60	64	4	12	18	1.43
32725137--32725242	25	4.3	24	71	16	83	26	20	18	33	1.96
32725137--32725218	25	3.3	25	82	1	103	26	20	19	32	1.97
32726850--32726997	40	3.7	40	90	3	219	30	24	22	22	1.99
32740870--32740955	30	2.9	30	92	0	118	18	5	47	27	1.71
32741657--32742140	92	5.4	90	79	10	347	36	18	16	28	1.93
32741628--32742161	87	5.9	88	78	10	394	37	18	16	27	1.92
32741965--32741997	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
32742075--32742457	73	5.2	75	81	6	453	34	19	16	30	1.94
32742090--32742457	146	2.5	146	93	0	610	33	19	16	30	1.94
32742382--32742541	86	1.8	87	82	5	207	35	17	16	30	1.92
32742547--32743272	146	4.6	150	75	15	538	34	20	16	28	1.95
32742546--32742921	75	5.0	75	81	7	415	31	20	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32742589--32743005	234	1.8	223	86	6	602	33	20	15	31	1.93
32743032--32743273	73	3.3	73	90	1	367	33	21	17	26	1.96
32743189--32743358	91	1.9	89	90	3	268	34	20	17	28	1.94
32745876--32746026	47	3.2	47	91	0	239	24	28	11	35	1.91
32745840--32746026	94	2.0	94	85	4	252	24	29	11	34	1.91
32745930--32746004	22	3.3	22	66	23	64	22	29	14	33	1.94
32754223--32754282	8	7.5	8	75	14	52	61	3	3	31	1.28
32754397--32754456	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
32754520--32754649	23	5.5	24	74	9	106	54	3	6	36	1.41
32754433--32754649	23	8.9	25	68	14	96	56	4	6	32	1.45
32754932--32754970	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
32755141--32755222	30	2.7	30	92	0	128	18	4	48	28	1.68
32755157--32755212	18	3.5	17	68	27	50	19	5	48	26	1.70
32762450--32762539	26	3.8	23	77	12	76	22	24	20	33	1.97
32770540--32770781	50	4.8	50	83	1	304	25	19	26	29	1.98
32770544--32770781	101	2.4	101	84	2	291	24	18	26	29	1.98
32770981--32771012	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
32773749--32773888	23	6.0	23	80	10	135	22	20	20	36	1.95
32773749--32773888	68	2.0	71	83	8	180	22	20	20	36	1.95
32775369--32775413	18	2.5	18	85	7	65	13	40	2	44	1.56
32777838--32778015	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
32777859--32778014	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32780042--32780213	93	1.8	93	89	0	272	28	29	20	20	1.98
32780035--32780210	46	3.8	46	75	10	169	29	29	20	20	1.98
32780201--32780426	113	2.0	113	100	0	452	27	25	14	32	1.94
32781214--32781256	21	2.0	21	100	0	86	37	4	34	23	1.76
32789941--32790126	102	1.8	102	87	4	277	30	20	9	39	1.85
32789861--32790155	102	2.9	100	79	8	274	31	19	9	39	1.83
32794758--32794796	21	1.9	21	89	5	62	58	0	0	41	0.98
32794757--32794802	20	2.3	20	81	7	58	63	0	0	36	0.95
32798804--32798864	27	2.3	27	94	0	104	27	19	27	24	1.99
32803440--32803478	21	1.9	21	89	5	62	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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