genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80391922--80392071	28	5.4	28	86	0	201	22	18	22	36	1.95
80398270--80398313	20	2.3	20	81	11	58	43	0	6	50	1.29
80407544--80407574	15	2.1	15	100	0	62	54	25	0	19	1.44
80408106--80408216	56	1.9	58	87	3	163	33	23	14	28	1.94
80414740--80414787	15	3.2	15	84	0	60	52	27	2	18	1.57
80421938--80422284	38	9.1	38	89	0	496	31	25	21	21	1.98
80422563--80422648	43	2.0	44	90	2	138	23	30	20	25	1.99
80427029--80427067	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
80427048--80427093	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
80427252--80427288	16	2.3	16	90	0	56	16	56	27	0	1.40
80430764--80430807	22	1.9	22	86	9	61	40	20	9	29	1.83
80439608--80439658	22	2.3	22	96	0	93	43	11	9	35	1.75
80443082--80443319	48	4.9	48	81	3	262	26	28	18	27	1.98
80443086--80443316	96	2.4	97	84	1	293	25	28	18	27	1.98
80445002--80445208	54	3.9	54	82	5	222	23	23	17	36	1.95
80445187--80445308	47	2.6	47	88	2	183	27	22	13	36	1.92
80455425--80455503	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
80455622--80455812	47	4.1	47	87	1	258	27	30	9	31	1.89
80461239--80461278	11	3.6	11	82	0	53	22	15	5	57	1.57
80461824--80461851	6	4.7	6	100	0	56	35	0	0	64	0.94
80466074--80466112	16	2.4	17	86	4	53	51	2	0	46	1.14
80469685--80469779	18	5.2	18	73	14	79	23	9	3	64	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80469679--80469789	55	2.0	55	98	0	213	22	10	5	61	1.49
80484581--80484677	48	2.0	48	95	0	176	31	5	25	37	1.78
80493689--80493748	23	2.6	23	83	0	84	21	31	33	13	1.92
80496650--80496695	19	2.4	18	92	7	74	6	41	21	30	1.78
80503092--80503191	51	2.0	51	84	4	130	33	27	16	24	1.95
80503150--80503235	43	2.0	43	88	0	127	27	30	18	23	1.98
80515047--80515120	37	2.0	37	94	0	130	41	8	18	31	1.80
80519325--80519368	23	1.9	23	100	0	88	50	9	18	22	1.75
80521741--80521874	67	2.0	67	92	2	225	41	18	21	17	1.90
80526499--80526587	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
80526499--80526578	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
80526510--80526587	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
80529690--80529834	72	2.0	72	97	0	272	36	24	12	26	1.91
80532925--80533038	58	2.0	58	100	0	228	30	23	12	33	1.92
80538536--80538773	49	4.8	50	78	6	259	28	18	25	28	1.98
80541839--80541876	15	2.5	15	91	0	58	15	10	15	57	1.64
80544647--80544821	49	3.5	49	84	3	242	25	20	25	28	1.99
80544642--80544825	100	1.8	100	95	0	332	25	20	26	28	1.99
80568920--80568970	18	2.8	18	78	18	61	7	29	0	62	1.23
80570033--80570090	26	2.2	26	84	6	73	36	24	10	29	1.88
80570197--80570284	28	3.2	28	75	3	81	19	23	19	37	1.94
80571240--80571279	13	3.1	13	85	0	53	17	32	30	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80573372--80573550	28	6.4	28	94	1	288	34	27	11	26	1.91
80590516--80590585	30	2.3	30	82	0	95	28	27	20	24	1.99
80590855--80590886	12	2.7	12	95	0	55	43	9	0	46	1.35
80593794--80594015	40	5.6	40	84	8	258	25	28	21	24	1.99
80593796--80594011	119	1.8	120	84	7	296	25	27	21	25	2.00
80605544--80605668	39	3.2	39	94	0	214	24	20	28	25	1.99
80617789--80617867	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
80624519--80624780	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
80630794--80630963	43	4.0	43	70	14	152	32	25	17	23	1.97
80636204--80636381	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
80636205--80636360	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
80636201--80636381	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
80643507--80643684	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
80643508--80643663	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
80643504--80643684	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
80647509--80647670	43	3.8	42	77	8	148	34	25	14	25	1.94
80649024--80649117	29	3.2	28	70	21	75	28	26	20	24	1.99
80649395--80649464	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
80650273--80650350	27	2.9	26	74	14	77	21	19	20	38	1.94
80650376--80650577	27	7.4	27	76	6	138	31	8	17	42	1.79
80651939--80652068	62	2.1	62	98	0	251	23	33	13	30	1.92
80661278--80661453	46	3.8	47	75	15	186	30	28	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80661878--80661937	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
80665259--80665411	76	2.0	77	97	1	290	29	22	12	35	1.91
80665453--80665921	234	2.0	233	94	0	839	29	25	15	28	1.96
80673243--80673276	16	2.2	15	89	5	50	44	8	0	47	1.34
80685708--80685811	24	4.4	23	78	16	99	28	21	18	31	1.96
80689144--80689273	48	2.7	48	80	0	134	25	26	20	27	1.99
80692582--80692806	40	5.6	40	91	0	351	32	28	21	18	1.96
80697776--80697845	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
80702267--80702323	28	2.0	28	96	0	105	29	14	5	50	1.64
80708141--80708226	43	2.0	43	90	0	136	17	10	19	52	1.73
80710560--80710617	3	19.7	3	75	22	52	24	0	0	75	0.80
80710558--80710618	7	8.6	7	80	20	65	24	0	0	75	0.80
80710559--80710628	18	4.2	17	77	17	76	24	0	0	75	0.80
80710558--80710618	32	1.9	32	90	6	97	24	0	0	75	0.80
80710560--80710621	10	5.9	10	80	12	63	22	0	0	77	0.77
80720192--80720517	27	12.1	27	89	0	438	29	21	8	40	1.83
80720196--80720517	108	3.0	108	94	0	545	29	21	8	40	1.83
80721022--80721115	6	15.3	6	71	16	68	19	18	13	48	1.80
80721022--80721094	31	2.4	31	90	0	110	19	19	13	47	1.82
80722104--80722161	30	1.9	30	100	0	116	32	3	36	27	1.74
80722660--80722877	27	8.1	27	88	2	269	30	22	6	40	1.80
80723114--80723165	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80723284--80723371	6	14.3	6	75	17	83	18	18	15	47	1.83
80723284--80723362	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
80726585--80726633	25	2.0	25	84	8	64	34	14	18	32	1.91
80734861--80735008	43	3.4	43	74	8	131	25	17	26	31	1.97
80735977--80736016	20	2.0	20	100	0	80	35	0	25	40	1.56
80736756--80736794	20	2.0	20	84	0	51	56	10	2	30	1.46
80746434--80746613	67	2.7	67	97	0	333	30	21	28	19	1.98
80746543--80746594	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
80747050--80747080	10	3.1	10	100	0	62	29	9	29	32	1.89
80753051--80753315	47	5.7	47	75	10	206	28	17	29	24	1.97
80753051--80753315	140	1.9	141	84	5	358	28	17	29	24	1.97
80755537--80755599	31	2.0	31	87	0	90	23	3	22	50	1.63
80764231--80764389	44	3.7	43	76	13	166	22	20	28	28	1.98
80770436--80770494	28	2.2	25	80	11	64	62	5	10	22	1.46
80772906--80772965	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
80773703--80773821	27	4.4	27	91	0	184	25	21	19	34	1.96
80793868--80794013	27	5.4	27	84	0	184	25	21	18	34	1.96
80795919--80796026	55	2.0	55	83	3	137	23	22	33	21	1.97
80808478--80808573	16	6.0	16	68	18	56	39	0	27	33	1.57
80808472--80808572	48	2.1	48	85	7	134	38	0	27	33	1.57
80808472--80808571	32	3.1	32	88	0	137	39	0	28	33	1.57
80808553--80808645	44	2.1	44	88	8	134	30	3	24	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80808735--80808876	61	2.4	56	81	9	158	51	3	0	44	1.23
80811520--80811678	43	3.7	43	79	7	171	23	18	25	31	1.98
80816193--80816248	28	2.0	28	100	0	112	21	14	3	60	1.49
80817949--80818045	28	3.5	28	91	0	158	14	19	47	18	1.83
80823404--80823574	48	3.6	49	83	10	189	25	15	32	26	1.95
80823448--80823627	47	3.7	48	81	8	188	26	16	31	26	1.96
80823448--80823627	97	1.8	98	84	3	247	26	16	31	26	1.96
80824452--80824519	30	2.3	30	92	2	111	16	25	39	19	1.91
80828462--80828571	42	2.6	42	78	7	123	25	19	24	30	1.98
80828462--80828584	43	2.9	42	75	11	124	24	17	24	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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