genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83624602--83624668	30	2.2	30	94	0	116	49	5	10	34	1.62
83624602--83624651	16	3.2	16	75	11	59	52	6	8	34	1.55
83624863--83624935	34	2.1	34	100	0	146	36	27	2	32	1.71
83625822--83626023	42	4.8	42	78	1	172	23	18	16	41	1.90
83625823--83626023	84	2.4	83	80	2	204	23	18	16	41	1.90
83638191--83638289	17	5.8	17	69	22	57	15	6	1	77	1.01
83638194--83638289	14	6.2	16	70	17	62	14	6	1	78	1.00
83638191--83638289	11	9.0	11	70	22	57	15	6	1	77	1.01
83638195--83638289	26	3.7	25	76	6	93	14	6	1	77	1.01
83638193--83638265	31	2.4	31	81	2	85	10	6	1	80	0.95
83638195--83638289	5	18.8	5	75	20	56	14	6	1	77	1.01
83641282--83641491	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
83641229--83641491	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
83641282--83641526	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
83646985--83647113	64	2.0	64	95	0	231	22	30	18	28	1.97
83649326--83649402	13	5.9	13	85	0	100	35	27	7	29	1.85
83649326--83649402	39	2.0	39	89	0	118	35	27	7	29	1.85
83650395--83650431	11	3.4	11	88	0	56	27	0	48	24	1.51
83653093--83653171	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
83653365--83653440	22	3.3	22	64	10	62	28	27	10	32	1.90
83653290--83653579	47	6.1	47	93	0	436	28	30	9	32	1.88
83660204--83660465	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83661543--83661569	14	1.9	14	100	0	54	0	7	3	88	0.61
83666620--83666663	2	22.0	2	100	0	88	0	0	50	50	1.00
83668759--83668801	12	3.5	12	82	14	52	39	2	4	53	1.34
83668984--83669197	91	2.4	89	82	9	245	35	21	8	34	1.84
83669213--83669300	8	10.6	8	79	9	88	70	1	0	28	0.95
83669448--83669486	20	2.1	18	85	9	51	28	2	0	69	1.02
83670926--83671485	241	2.3	241	82	8	654	31	9	13	45	1.76
83684591--83684636	23	2.0	23	95	0	83	21	2	21	54	1.56
83684586--83684646	23	2.3	27	71	26	67	27	6	19	45	1.75
83685066--83685153	31	2.9	31	75	6	83	44	10	6	38	1.65
83688375--83688473	29	3.3	31	77	5	80	44	9	17	29	1.79
83694132--83694174	20	2.1	21	95	4	79	60	0	9	30	1.28
83694142--83694185	20	2.2	20	87	4	61	65	2	4	27	1.23
83696691--83696795	44	2.4	44	84	6	126	19	18	25	37	1.94
83696744--83696847	42	2.4	43	78	7	113	23	17	25	33	1.96
83702331--83702399	28	2.5	28	97	0	129	21	21	40	15	1.91
83706112--83706231	44	2.8	43	79	13	122	20	20	25	35	1.96
83707453--83707718	103	2.6	104	91	0	426	19	20	30	29	1.97
83714945--83715210	103	2.6	104	91	0	426	19	20	30	29	1.97
83718059--83718303	89	2.8	88	81	1	265	33	17	24	24	1.96
83721532--83721708	40	4.4	40	85	4	234	23	22	27	25	2.00
83721936--83721977	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83733164--83733195	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
83737956--83738106	5	31.0	5	72	19	106	61	0	0	38	0.96
83737995--83738056	7	8.9	7	100	0	124	56	0	0	43	0.99
83738550--83738588	20	2.0	19	85	5	51	28	2	2	66	1.18
83740653--83740895	129	1.9	129	88	3	373	33	19	20	25	1.97
83742489--83742527	17	2.3	17	86	8	53	43	15	17	23	1.87
83747655--83747745	18	4.9	18	76	17	96	56	9	14	19	1.66
83747633--83747759	57	2.2	58	95	2	229	50	14	14	21	1.77
83750118--83750163	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
83750983--83751026	22	2.0	22	90	0	70	56	2	0	40	1.11
83750983--83751025	10	4.1	10	80	11	50	58	2	0	39	1.11
83760279--83760304	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
83767829--83767861	16	2.1	16	100	0	66	30	12	12	45	1.78
83771398--83771448	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
83778057--83778116	30	2.0	30	96	0	111	25	31	16	26	1.96
83780246--83780300	25	2.1	25	83	6	65	21	23	20	34	1.97
83780264--83780406	24	5.8	24	76	9	94	16	25	22	34	1.95
83780316--83780439	25	5.0	25	75	15	98	17	24	22	35	1.95
83780327--83780439	50	2.3	49	77	7	122	17	23	23	34	1.96
83784777--83784898	43	2.8	45	76	11	121	26	18	25	29	1.98
83785778--83785819	21	2.0	21	100	0	84	28	9	9	52	1.65
83792319--83792440	43	2.8	45	76	11	121	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83805302--83805331	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
83805405--83805448	20	2.2	18	84	15	52	45	2	0	52	1.13
83806504--83806561	21	2.7	24	77	17	65	34	0	3	62	1.12
83806833--83806899	18	3.8	17	74	5	62	52	1	4	41	1.31
83806885--83806933	14	3.6	13	83	8	62	61	2	0	36	1.08
83807369--83807453	40	2.1	41	88	2	127	36	7	3	52	1.46
83807377--83807467	40	2.3	40	80	3	103	38	6	3	51	1.44
83807515--83807667	71	2.1	72	91	2	245	50	3	4	41	1.41
83807758--83807795	17	2.2	17	90	0	58	57	0	2	39	1.12
83810918--83810946	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
83811397--83811447	23	2.2	23	82	6	59	43	5	11	39	1.66
83811932--83811979	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
83812476--83812518	23	2.0	23	86	9	63	11	4	41	41	1.62
83812615--83812655	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
83814338--83814401	22	2.9	22	77	11	69	56	0	3	40	1.15
83814349--83814437	21	4.7	20	70	24	75	57	1	3	38	1.23
83814366--83814431	34	1.9	35	90	9	100	60	1	3	34	1.21
83814478--83814507	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
83814511--83814555	21	2.2	21	84	11	58	82	6	4	6	0.95
83814704--83814749	10	4.5	10	75	24	51	63	0	0	36	0.95
83814782--83814848	21	3.1	21	82	8	73	53	0	1	44	1.09
83814782--83814843	22	2.9	22	83	11	83	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83814796--83814862	20	3.3	21	83	4	75	58	1	1	38	1.17
83823307--83823339	4	8.8	4	93	6	52	24	0	0	75	0.80
83823307--83823347	14	3.1	13	86	13	57	26	2	0	70	0.99
83823807--83823868	32	2.0	30	81	12	72	59	12	1	25	1.43
83824057--83824113	28	2.0	28	96	0	105	29	19	10	40	1.85
83828493--83828536	6	7.3	6	82	10	54	45	0	34	20	1.51
83828750--83828953	76	2.7	74	78	8	218	42	8	3	45	1.52
83831428--83831462	18	1.9	18	94	0	61	37	28	0	34	1.58
83838911--83838948	20	1.9	20	84	10	51	26	5	18	50	1.68
83847082--83847120	7	5.6	7	90	0	60	71	10	12	5	1.28
83847361--83847399	20	2.0	20	90	5	62	46	2	0	51	1.14
83847985--83848019	14	2.5	14	90	0	52	42	8	20	28	1.81
83848920--83849001	33	2.4	34	78	8	96	31	23	18	26	1.97
83849310--83849362	26	2.0	27	89	7	83	22	15	22	39	1.91
83849319--83849371	26	2.1	25	82	3	61	28	15	20	35	1.93
83850617--83850723	24	4.4	24	90	1	169	20	38	4	36	1.74
83853626--83853653	14	2.0	14	100	0	56	42	21	7	28	1.79
83854213--83854256	6	7.3	6	84	0	61	50	0	47	2	1.13
83854213--83854256	18	2.4	18	92	0	70	50	0	47	2	1.13
83858427--83858486	30	2.0	30	100	0	120	30	30	6	33	1.83
83867144--83867260	33	3.6	33	81	1	128	27	25	16	30	1.96
83867177--83867349	33	5.3	33	82	3	143	30	22	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83874663--83874739	40	1.9	40	86	5	111	16	14	32	36	1.89
83882510--83882632	29	4.3	29	72	15	105	30	13	25	30	1.94
83882542--83882656	55	2.1	55	85	3	151	31	14	23	30	1.95
83884577--83884712	62	2.2	62	85	0	173	33	22	18	26	1.97
83887923--83887973	22	2.3	22	93	0	84	19	17	19	43	1.89
83892445--83892510	27	2.4	27	82	0	69	25	21	15	37	1.92
83894316--83894702	201	1.9	200	88	4	591	25	21	19	34	1.97
83897332--83897670	130	2.6	131	83	5	415	28	17	18	35	1.94
83907014--83907052	6	6.5	6	93	0	60	23	28	0	48	1.51
83907018--83907056	12	3.2	12	85	0	60	23	23	0	53	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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