genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29133947--29134032	28	3.0	30	83	12	103	25	11	32	30	1.91
29146783--29146818	18	1.9	18	88	5	54	13	13	13	58	1.64
29154650--29154679	14	2.2	14	94	5	53	0	30	0	70	0.88
29154749--29154773	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
29156666--29156695	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
29161452--29161499	21	2.3	21	88	0	69	33	0	4	62	1.14
29161543--29161587	20	2.2	20	80	7	56	33	2	2	62	1.20
29161703--29161775	35	2.1	35	97	0	137	49	5	6	38	1.53
29161712--29161772	20	3.3	20	64	29	53	55	3	4	36	1.38
29162203--29162265	30	2.1	30	88	5	92	55	11	4	28	1.55
29171884--29171915	13	2.5	13	100	0	64	12	40	40	6	1.68
29172196--29172251	22	2.5	22	94	0	94	3	7	30	58	1.42
29172170--29172284	22	5.2	22	76	6	81	5	5	30	59	1.42
29172636--29172683	23	2.0	25	84	8	64	58	4	0	37	1.18
29172944--29172991	24	2.0	24	87	4	69	64	31	0	4	1.12
29174874--29174900	11	2.5	11	100	0	54	44	0	0	55	0.99
29180704--29180861	80	2.0	80	93	2	273	34	12	21	31	1.91
29184365--29184422	24	2.5	22	77	20	57	39	0	6	53	1.28
29213484--29213525	21	2.0	21	86	4	59	57	7	2	33	1.39
29214091--29214130	17	2.3	18	91	4	64	32	0	0	67	0.91
29223604--29224096	52	9.1	54	67	19	197	35	2	18	43	1.63
29223641--29223684	22	2.0	22	86	0	61	40	2	13	43	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29223744--29223793	22	2.3	22	89	6	75	40	2	14	44	1.56
29223550--29224097	217	2.5	214	81	5	645	35	2	18	43	1.63
29223614--29224097	108	4.5	109	87	2	636	35	2	18	43	1.63
29223850--29223901	22	2.4	22	90	0	77	42	0	17	40	1.49
29223958--29224010	22	2.4	23	87	9	83	37	1	18	41	1.62
29224058--29224133	35	2.1	37	85	4	102	35	1	22	40	1.62
29224188--29224510	119	2.6	127	80	8	412	40	16	17	26	1.90
29230439--29230474	18	2.0	18	94	0	63	38	8	27	25	1.84
29231799--29231883	24	3.2	26	70	18	84	64	3	1	30	1.17
29240278--29240311	16	2.0	17	88	11	52	17	14	2	64	1.40
29253749--29253791	18	2.3	19	84	4	52	53	18	4	23	1.63
29263242--29263375	48	2.8	48	82	2	153	26	21	24	26	1.99
29270065--29270201	48	2.9	48	83	0	166	26	20	24	28	1.99
29271705--29271775	37	1.9	37	94	0	124	25	30	18	25	1.98
29271922--29272056	48	2.8	48	88	2	198	32	27	6	33	1.83
29288030--29288134	52	2.0	52	100	0	210	31	26	1	40	1.67
29295239--29295378	27	5.2	26	77	14	133	18	21	23	36	1.95
29295238--29295378	54	2.6	54	90	5	214	18	21	23	36	1.95
29295238--29295396	27	5.9	26	79	14	119	19	22	22	35	1.96
29296303--29296368	33	2.0	33	96	0	123	27	18	22	31	1.97
29301588--29301695	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
29302875--29302904	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29303295--29303383	27	3.3	27	72	12	92	20	19	22	38	1.94
29312987--29313020	8	4.2	8	84	0	50	38	0	2	58	1.13
29314156--29314180	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
29315292--29315330	19	2.0	20	90	5	62	35	0	17	46	1.49
29315684--29315826	2	71.5	2	100	0	286	50	0	49	0	1.00
29316141--29316180	20	2.0	20	86	13	57	30	5	0	65	1.14
29317644--29317711	14	4.9	14	92	0	109	36	10	20	32	1.86
29317617--29317717	28	3.6	28	78	12	100	31	10	23	33	1.90
29322552--29322581	13	2.3	13	94	0	51	50	16	33	0	1.46
29322713--29323424	356	2.0	356	99	0	1415	31	18	16	33	1.93
29330898--29330976	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
29330898--29330970	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
29330899--29330986	36	2.4	35	85	14	117	35	15	10	38	1.82
29332757--29333098	171	2.0	171	98	0	666	39	18	22	20	1.93
29335548--29335572	7	3.6	7	100	0	50	16	52	0	32	1.44
29335547--29335580	14	2.4	14	85	0	50	20	47	0	32	1.51
29338059--29338103	22	2.0	22	100	0	90	46	17	22	13	1.83
29338400--29338456	28	2.0	28	83	6	71	40	8	17	33	1.81
29340885--29341045	41	3.9	41	86	4	182	29	24	17	28	1.97
29353843--29354102	55	4.7	55	91	2	362	31	29	13	25	1.94
29353843--29354102	28	9.4	28	88	3	357	31	29	13	25	1.94
29353843--29354077	83	2.9	82	93	2	391	31	29	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29366483--29366600	43	2.8	42	72	13	105	27	29	16	26	1.97
29366572--29366841	48	5.6	47	88	3	360	26	28	17	27	1.98
29369211--29369308	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
29369239--29369321	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
29369211--29369322	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
29384515--29384766	126	2.0	126	99	0	495	25	34	14	24	1.94
29393791--29393971	91	2.0	91	92	0	299	26	22	17	34	1.95
29397287--29397311	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
29398030--29398198	46	3.6	45	76	12	137	28	16	28	25	1.97
29398186--29398268	40	2.1	40	97	0	157	30	18	27	24	1.98
29404857--29404881	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
29405602--29405824	47	4.8	46	78	12	179	29	17	27	26	1.97
29405602--29405821	94	2.3	92	81	9	241	29	16	27	26	1.97
29410244--29411067	412	2.0	412	100	0	1648	33	20	16	29	1.94
29418912--29418957	22	2.1	22	95	0	83	21	26	23	28	1.99
29421051--29421092	20	2.1	20	95	0	75	28	19	4	47	1.69
29423455--29423507	26	2.0	26	82	13	65	26	15	22	35	1.93
29430668--29430775	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
29432977--29433635	228	2.9	228	81	0	690	30	25	24	19	1.98
29442463--29442500	18	2.1	18	100	0	76	31	0	31	36	1.58
29446190--29446255	33	2.0	33	100	0	132	48	6	27	18	1.71
29446284--29446349	31	2.1	31	83	10	82	36	0	4	59	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29446367--29446416	2	25.0	2	95	0	91	0	2	50	48	1.12
29449320--29449368	20	2.4	21	86	6	66	46	12	2	38	1.53
29454503--29454620	58	2.0	58	95	0	209	30	21	23	24	1.99
29463460--29463551	44	2.1	44	83	4	114	31	25	22	20	1.98
29470168--29470214	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
29470475--29470642	46	3.6	47	89	3	243	19	23	15	41	1.90
29470475--29470693	46	5.0	46	82	10	242	21	23	15	39	1.91
29470608--29470682	38	2.0	37	92	2	123	25	25	17	32	1.97
29471844--29471896	26	2.0	26	92	0	88	33	20	5	39	1.76
29480390--29480455	32	2.1	32	100	0	132	36	0	12	51	1.39
29481369--29481397	10	3.0	10	95	5	51	51	0	10	37	1.36
29485407--29485468	30	2.1	30	100	0	124	29	6	22	41	1.78
29486172--29486251	42	1.9	42	84	0	106	28	26	28	16	1.97
29489538--29489615	39	2.0	39	100	0	156	43	5	33	17	1.72
29492353--29492526	60	2.9	57	80	12	181	55	1	1	41	1.17
29492434--29492477	5	8.8	5	100	0	88	61	0	0	38	0.96
29493984--29494198	91	2.4	90	79	8	235	42	12	10	34	1.78
29493771--29494283	84	6.0	84	77	8	365	45	10	10	33	1.73
29494218--29494354	73	1.9	72	86	4	195	43	8	15	32	1.77
29503645--29504123	246	2.0	245	91	2	791	27	20	23	27	1.99
29504091--29504156	33	2.0	33	85	8	89	9	36	25	28	1.87
29504619--29504677	28	2.1	28	84	9	75	37	5	1	55	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29505219--29505370	76	2.0	76	90	0	241	24	32	17	26	1.97
29508275--29508328	8	6.9	8	82	2	65	59	0	38	1	1.08
29508277--29508324	14	3.3	14	85	5	60	58	0	39	2	1.10
29508275--29508324	16	3.1	16	88	0	73	58	0	40	2	1.10
29516341--29516676	44	7.6	44	87	0	456	27	15	30	27	1.96
29516341--29516918	132	4.5	132	81	7	679	28	14	28	27	1.95
29516644--29516709	33	2.0	33	88	5	98	28	13	27	30	1.94
29516682--29516918	44	5.4	44	84	5	288	30	14	26	28	1.95
29516574--29516918	121	2.8	121	82	9	360	29	14	28	27	1.95
29516512--29516841	165	2.0	165	87	3	477	28	14	29	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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