genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11175080--11175107	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
11176487--11176512	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
11177217--11177274	18	3.2	18	72	0	62	41	5	37	15	1.70
11179062--11179135	20	3.7	20	74	10	62	62	0	2	35	1.10
11187120--11187196	35	2.2	35	88	0	109	32	12	20	33	1.91
11188228--11188254	12	2.2	12	100	0	54	14	11	29	44	1.80
11190777--11190820	21	2.1	21	91	0	70	20	15	6	56	1.62
11192623--11192931	136	2.3	129	85	7	392	31	12	29	25	1.93
11195395--11195439	22	2.0	22	95	0	81	33	0	15	51	1.44
11199171--11199215	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
11199950--11199991	20	2.0	22	86	9	61	47	0	11	40	1.40
11205490--11205753	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
11207829--11207990	43	3.8	41	72	13	121	33	24	16	25	1.96
11211504--11211543	21	1.9	21	94	0	71	32	20	12	35	1.90
11216972--11217083	42	2.6	43	75	10	122	27	19	25	27	1.99
11229000--11229032	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
11229161--11229206	24	2.0	22	83	8	56	65	0	6	28	1.17
11231053--11231092	7	5.4	7	82	11	53	37	2	0	60	1.11
11231038--11231093	25	2.3	24	82	11	69	35	1	1	60	1.17
11234653--11234687	5	6.6	5	87	12	52	17	0	0	82	0.66
11234657--11234682	12	2.2	12	100	0	52	15	0	0	84	0.62
11234653--11234688	17	2.1	17	100	0	72	16	0	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11241637--11241788	43	3.5	43	76	12	152	22	18	28	30	1.97
11241626--11241787	86	1.9	87	82	11	208	23	17	26	32	1.96
11241626--11241776	44	3.5	43	79	7	153	23	17	25	33	1.96
11243445--11243485	22	1.9	22	85	14	59	26	4	24	43	1.74
11258247--11258330	38	2.1	41	84	8	111	20	35	22	21	1.96
11265764--11265874	32	3.4	32	83	3	134	39	8	9	43	1.66
11266779--11266832	17	3.2	17	76	10	65	57	9	7	25	1.56
11270030--11270083	29	1.9	27	85	7	72	44	1	24	29	1.64
11270028--11270089	29	2.2	27	77	5	70	43	1	25	29	1.64
11270634--11270752	47	2.5	47	93	0	211	24	15	27	32	1.95
11287564--11287623	29	2.1	27	81	6	66	41	3	26	28	1.71
11294697--11294752	17	3.2	17	71	14	60	67	8	3	19	1.32
11294694--11294766	35	2.1	35	97	0	137	63	8	6	21	1.46
11305021--11305094	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
11310901--11311344	222	2.0	222	95	0	798	29	22	19	28	1.98
11313389--11313462	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
11316648--11316708	28	2.1	30	81	6	72	31	22	1	44	1.63
11318671--11318736	33	2.0	33	82	5	80	30	22	18	28	1.97
11331706--11332312	303	2.0	303	100	0	1214	25	23	27	24	2.00
11335356--11335390	16	2.2	16	100	0	70	22	31	20	25	1.98
11338991--11339051	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
11353599--11353649	26	2.0	26	96	0	93	41	21	23	13	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11361588--11361630	20	2.2	20	86	0	59	25	30	25	18	1.98
11363378--11363564	50	3.7	50	79	4	214	31	25	18	25	1.98
11363360--11363559	101	2.0	101	90	0	319	30	25	20	25	1.99
11386142--11386440	147	2.0	147	99	0	589	37	19	17	25	1.93
11387164--11387222	6	9.5	6	78	7	64	79	1	5	13	0.97
11387176--11387220	20	2.1	21	92	8	74	80	0	6	13	0.91
11407561--11407846	47	6.1	47	95	0	500	28	30	9	31	1.88
11417243--11417322	37	2.2	37	97	0	151	25	11	20	43	1.84
11419725--11419769	20	2.2	20	96	0	81	22	24	13	40	1.90
11419784--11419829	19	2.4	19	92	3	74	52	17	6	23	1.68
11419977--11420035	3	19.7	3	100	0	118	66	0	33	0	0.92
11421043--11421083	21	2.0	21	85	0	55	26	26	19	26	1.99
11421177--11421226	20	2.5	20	90	0	82	40	12	24	24	1.88
11425549--11425608	25	2.4	25	78	10	70	33	18	28	20	1.96
11429487--11429527	20	2.0	20	100	0	82	43	19	9	26	1.82
11442351--11442441	44	2.1	44	100	0	182	29	6	14	49	1.68
11452471--11452547	25	3.2	24	64	17	61	36	7	28	27	1.85
11452458--11452883	47	9.1	47	90	1	586	34	11	28	26	1.91
11452503--11452630	25	5.4	24	63	23	65	35	10	26	27	1.90
11452534--11452605	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
11452672--11452790	22	5.1	22	64	25	66	31	13	29	25	1.94
11452706--11452780	25	3.1	24	68	24	68	34	14	28	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11452857--11452993	46	3.0	46	89	2	195	35	8	30	26	1.85
11471288--11471393	39	2.7	40	86	2	151	21	25	26	26	2.00
11491115--11491159	23	1.9	24	86	4	65	35	11	11	42	1.76
11498341--11498466	46	2.7	48	81	4	150	31	17	23	26	1.97
11502487--11502617	41	3.2	41	90	2	201	19	22	7	49	1.74
11513717--11513749	16	2.0	17	94	5	59	48	15	0	36	1.45
11517497--11517592	40	2.4	41	86	6	126	29	16	29	25	1.97
11520640--11520684	24	1.9	23	82	13	56	15	24	22	37	1.93
11534738--11534836	45	2.2	46	82	7	116	35	3	0	61	1.11
11534742--11534835	25	4.0	25	71	20	76	31	3	0	64	1.09
11534766--11534814	19	2.7	18	84	6	71	32	4	0	63	1.13
11535919--11535999	41	2.0	41	87	0	117	34	3	22	39	1.72
11540251--11540277	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
11540682--11540838	14	10.5	15	67	15	76	42	10	19	28	1.84
11540599--11540857	45	5.8	45	84	2	263	39	10	21	28	1.86
11548670--11548708	22	1.9	20	85	15	53	38	0	0	61	0.96
11554273--11554312	19	2.0	20	90	4	64	55	7	5	32	1.50
11554337--11554370	14	2.6	13	86	13	52	52	0	0	47	1.00
11554374--11554425	25	2.1	25	85	7	70	73	1	9	15	1.18
11559932--11560018	41	2.2	40	82	2	102	65	8	1	25	1.27
11560001--11560074	28	2.7	27	75	8	69	64	1	5	28	1.23
11560034--11560078	23	2.0	23	82	8	56	66	0	4	28	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11567612--11567653	21	2.0	21	85	0	57	23	11	28	35	1.91
11574169--11574318	43	3.5	43	75	8	144	26	12	24	36	1.91
11592544--11592754	94	2.2	94	97	1	397	27	27	17	27	1.97
11598234--11598306	37	2.0	37	97	0	137	28	16	16	38	1.90
11608668--11608888	112	2.0	112	97	0	415	42	13	11	32	1.79
11610982--11611076	35	2.7	35	86	0	127	36	16	20	26	1.93
11614002--11614048	22	2.1	22	88	0	67	68	8	2	21	1.27
11617392--11617468	21	3.4	21	73	16	82	19	18	3	58	1.54
11617390--11617463	24	3.2	23	70	22	73	17	16	4	62	1.48
11620311--11620370	30	2.0	30	96	0	111	40	6	11	41	1.68
11627052--11627109	29	2.0	29	100	0	116	37	24	3	34	1.72
11632111--11632240	67	1.9	67	86	6	183	31	29	15	23	1.95
11632312--11632448	58	2.4	58	86	2	204	25	27	19	27	1.99
11635531--11635595	30	2.2	30	88	5	96	29	4	23	43	1.74
11635529--11635650	28	4.2	28	79	12	104	36	4	19	39	1.74
11637981--11638049	24	2.9	22	74	20	59	72	2	20	4	1.15
11638715--11638772	24	2.3	26	77	19	70	31	0	20	48	1.50
11638919--11639055	40	3.5	38	78	7	141	29	18	21	29	1.97
11642731--11642780	23	2.2	23	85	7	66	34	20	0	46	1.51
11650863--11650926	10	6.9	9	73	16	51	73	3	21	1	1.06
11650863--11650925	14	4.5	13	74	16	56	73	3	22	1	1.07
11650854--11650921	33	2.1	33	83	10	86	73	4	19	2	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11651579--11651636	24	2.3	26	77	19	70	31	0	20	48	1.50
11654833--11654888	27	2.1	27	82	0	67	32	1	5	60	1.29
11664949--11665014	13	5.1	13	71	0	51	34	6	24	34	1.80
11670877--11670909	16	2.1	16	100	0	66	36	18	18	27	1.94
11671392--11671456	32	2.0	32	100	0	130	36	15	27	20	1.92
11675286--11675318	16	2.1	16	94	5	59	27	0	42	30	1.56
11677143--11677173	6	5.2	6	100	0	62	35	0	0	64	0.94
11680125--11680161	18	2.1	18	89	0	56	10	62	8	18	1.52
11681695--11681736	22	2.0	20	86	9	57	35	0	4	59	1.19
11682565--11682704	60	2.3	60	100	0	280	42	6	10	40	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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