genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  177  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59622850--59622930	41	2.0	41	92	0	135	24	11	27	37	1.89
59625426--59625532	43	2.5	43	86	3	153	36	23	13	27	1.92
59631035--59631068	17	2.0	17	94	0	59	50	0	2	47	1.16
59631094--59631129	3	12.0	3	93	0	63	30	0	2	66	1.06
59632546--59632627	23	3.7	23	82	4	98	19	18	23	39	1.93
59634169--59634238	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
59649864--59649908	7	6.3	7	89	2	54	66	0	0	33	0.92
59649869--59649909	21	2.0	21	90	0	64	70	0	0	29	0.87
59658082--59658288	49	4.3	49	88	3	296	29	31	8	30	1.86
59661928--59662077	50	3.0	50	83	7	225	32	26	6	35	1.81
59661925--59662080	48	3.2	48	87	5	242	32	26	5	35	1.80
59666814--59666885	37	2.0	36	83	2	90	38	27	15	18	1.90
59668303--59668342	15	2.7	15	96	0	71	40	2	5	52	1.37
59670900--59670988	33	2.7	33	100	0	178	23	17	25	32	1.97
59676830--59676889	21	2.9	21	94	0	111	15	33	36	15	1.88
59678134--59678210	33	2.3	32	80	6	82	25	24	15	33	1.95
59678085--59678210	66	1.9	66	81	3	155	23	25	18	32	1.97
59685114--59685166	21	2.5	21	75	0	52	33	15	18	32	1.92
59685564--59685603	17	2.4	16	84	12	53	52	0	10	37	1.35
59686114--59686184	27	2.6	28	81	2	90	28	8	11	52	1.66
59686118--59686184	28	2.4	27	80	2	80	28	7	10	53	1.62
59691939--59691988	9	5.4	10	81	11	54	24	0	2	74	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59691939--59691988	10	5.2	10	78	7	50	24	0	2	74	0.93
59691939--59692016	27	2.9	27	82	1	75	26	2	3	66	1.22
59701403--59701477	31	2.4	31	86	2	96	50	0	5	44	1.24
59701430--59701477	22	2.1	23	85	14	64	47	0	8	43	1.33
59701403--59701502	31	3.2	31	81	5	85	51	2	4	43	1.32
59701608--59701845	118	2.0	118	88	0	350	34	20	14	30	1.92
59712761--59712833	26	3.0	24	82	13	71	17	20	20	41	1.91
59715158--59715535	48	7.9	48	79	4	307	26	29	17	25	1.98
59715158--59715525	96	3.8	96	83	2	411	25	29	18	26	1.98
59715157--59715538	144	2.6	145	84	4	470	26	29	17	25	1.98
59717721--59717910	47	4.1	47	81	6	163	27	16	25	30	1.97
59723988--59724083	49	2.0	49	100	0	192	36	23	14	25	1.93
59724255--59724471	47	4.6	49	81	8	240	23	29	19	28	1.98
59724255--59724523	94	2.9	93	81	10	300	24	28	19	27	1.99
59724255--59724520	46	5.7	45	79	13	213	23	28	19	27	1.99
59724255--59724517	140	1.9	141	82	10	342	23	28	19	28	1.98
59727303--59727357	28	1.9	29	85	10	78	29	36	27	7	1.84
59731608--59731665	30	1.9	30	82	6	73	22	32	29	15	1.95
59736273--59736322	15	3.3	15	83	11	57	0	34	2	64	1.05
59736269--59736360	19	4.7	19	75	15	73	1	36	1	60	1.11
59738928--59738985	30	1.9	30	86	6	82	20	27	31	20	1.98
59744357--59745007	325	2.0	325	99	0	1284	32	15	18	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59745641--59745877	49	4.9	49	74	11	202	26	16	27	29	1.97
59748526--59748550	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
59751171--59751414	51	4.9	49	80	4	274	25	20	24	28	1.99
59751171--59751401	100	2.3	100	99	0	453	25	20	24	29	1.99
59752848--59753035	48	3.9	48	87	0	268	28	28	17	25	1.98
59754304--59754382	31	2.5	31	100	0	158	26	26	18	27	1.98
59754406--59754497	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
59754645--59754714	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
59758048--59758088	19	2.2	19	86	0	55	26	12	36	24	1.91
59763290--59763316	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
59767166--59767301	56	2.4	56	93	4	247	30	25	16	27	1.97
59773313--59773517	53	3.8	53	77	1	203	20	22	18	38	1.94
59776947--59777030	44	1.9	44	87	0	123	34	22	14	28	1.93
59785920--59786240	49	6.7	48	72	10	226	23	29	19	27	1.98
59785920--59786190	93	2.8	95	79	7	257	23	30	19	25	1.98
59792677--59792707	12	2.6	12	100	0	62	32	48	19	0	1.49
59792890--59792930	9	4.2	9	85	14	55	82	2	4	9	0.89
59794394--59794437	22	2.0	22	86	0	61	54	2	0	43	1.12
59794922--59795036	56	2.1	56	93	3	196	29	9	26	33	1.88
59802056--59802284	50	4.8	49	74	11	170	27	16	24	31	1.96
59802059--59802443	48	8.0	48	69	11	182	28	18	25	28	1.98
59805071--59805333	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59805110--59805368	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
59813024--59813286	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
59813063--59813321	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
59817201--59817375	49	3.7	49	78	9	141	26	28	18	26	1.98
59820714--59820858	40	3.7	40	81	10	172	24	27	23	24	2.00
59825682--59825904	50	4.7	50	72	14	204	24	32	16	26	1.96
59825734--59825896	45	3.6	45	75	13	179	26	31	14	26	1.95
59825684--59825904	94	2.3	94	99	0	433	24	32	16	26	1.96
59826092--59826151	29	2.1	29	96	0	111	38	21	6	33	1.80
59831015--59831187	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
59831012--59831182	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
59834291--59834407	43	2.7	44	81	7	134	27	25	20	26	1.99
59840289--59840466	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59840290--59840445	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59840286--59840466	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
59848352--59848529	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59848353--59848508	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59848349--59848529	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
59853755--59853938	48	3.9	47	84	3	233	26	20	28	25	1.99
59853755--59853938	96	1.9	96	87	2	271	26	20	28	25	1.99
59862032--59862056	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
59863831--59864151	89	3.6	89	90	0	480	20	25	14	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59863831--59864122	30	9.8	30	72	7	211	20	26	14	39	1.91
59864359--59864402	21	2.0	22	86	4	63	40	15	0	43	1.47
59868180--59868257	30	2.6	30	97	0	147	20	34	7	37	1.81
59868276--59868436	30	5.4	29	71	10	128	22	24	13	39	1.90
59868186--59868436	60	4.2	60	81	4	256	21	26	12	39	1.89
59868648--59868695	21	2.4	19	77	16	51	43	18	0	37	1.51
59872614--59872651	17	2.3	17	95	4	69	52	0	5	42	1.24
59876682--59876838	44	3.7	41	81	12	176	22	18	28	31	1.97
59876694--59876838	41	3.4	42	83	12	172	22	17	28	31	1.97
59878796--59878980	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
59878777--59878980	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
59886746--59886968	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
59886746--59886968	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
59899821--59899876	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
59899810--59899876	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
59899925--59900020	24	4.0	24	89	6	142	28	20	21	29	1.98
59899927--59899999	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
59900212--59900275	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
59903003--59903220	40	5.5	40	92	2	334	24	27	23	24	2.00
59909768--59909815	25	2.0	24	83	4	60	35	25	16	22	1.95
59909852--59909898	20	2.3	20	92	0	76	34	10	23	31	1.89
59909949--59910025	24	3.2	24	100	0	154	32	19	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59917608--59917674	33	2.0	34	85	8	93	31	16	20	31	1.95
59920128--59920158	11	2.8	11	100	0	62	70	19	0	9	1.14
59920588--59920798	46	4.6	45	80	8	214	22	30	18	28	1.98
59920538--59920797	93	2.8	90	77	11	242	23	28	18	29	1.98
59927423--59927561	39	3.6	39	92	3	226	38	24	24	12	1.89
59934015--59934106	46	2.0	46	93	0	157	22	34	18	23	1.96
59935948--59936023	38	2.0	38	100	0	152	39	15	2	42	1.61
59936577--59936630	22	2.6	21	80	8	74	18	27	24	29	1.98
59936917--59938140	410	3.0	410	80	3	1258	30	13	23	32	1.93
59938987--59939076	44	2.0	44	89	0	135	51	3	8	36	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284