genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  227  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75471761--75471799	20	2.0	19	85	5	51	17	10	12	58	1.61
75477967--75478033	20	3.4	19	77	8	62	11	25	17	44	1.83
75478564--75480271	576	3.0	579	90	1	2690	29	13	22	35	1.91
75482274--75482334	21	2.9	21	75	9	61	55	0	3	40	1.16
75482536--75482566	14	2.2	14	100	0	62	38	6	19	35	1.77
75487138--75487212	38	2.0	38	91	0	123	38	17	16	28	1.91
75488022--75488059	16	2.2	17	86	9	51	26	0	7	65	1.19
75488475--75488500	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
75508318--75508467	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
75508342--75508525	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
75513812--75514034	32	6.9	32	88	2	250	34	22	10	31	1.88
75513812--75514034	64	3.5	64	87	3	279	34	22	10	31	1.88
75514027--75514183	29	5.4	29	93	1	269	24	30	11	33	1.91
75514027--75514183	59	2.7	58	92	1	269	24	30	11	33	1.91
75518952--75519214	46	5.6	46	76	13	191	28	17	29	24	1.98
75526186--75526361	46	3.8	46	80	7	178	27	19	28	23	1.99
75527578--75527618	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
75541870--75541903	18	1.9	18	88	5	52	73	20	5	0	1.04
75542317--75542376	25	2.5	25	79	12	63	16	8	11	63	1.51
75546104--75546183	41	2.0	41	87	0	115	51	22	7	18	1.71
75546125--75546183	21	2.9	20	75	12	66	54	23	5	16	1.62
75553438--75553478	21	2.0	21	85	0	55	39	9	26	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75553486--75553519	6	5.5	6	93	6	59	82	0	17	0	0.67
75553486--75553519	13	2.7	13	95	4	61	82	0	17	0	0.67
75556557--75556591	18	1.9	18	100	0	70	57	2	22	17	1.53
75558645--75558721	30	2.5	30	82	2	91	28	22	9	40	1.84
75558709--75558869	30	5.4	29	80	5	137	21	26	14	38	1.91
75558676--75558893	59	3.7	59	75	12	178	22	26	13	37	1.92
75558676--75558873	30	6.6	31	72	12	130	22	25	14	37	1.92
75558790--75558924	30	4.6	30	80	8	143	23	28	13	34	1.93
75558676--75558893	119	1.8	119	83	3	287	22	26	13	37	1.92
75560985--75561034	20	2.5	20	87	6	75	22	36	24	18	1.95
75562863--75562900	19	2.0	20	85	15	53	34	5	5	55	1.45
75562884--75562946	30	2.1	30	84	0	81	28	6	12	52	1.64
75574354--75574385	17	1.9	16	93	6	55	78	0	6	15	0.95
75582418--75582463	23	2.0	23	82	0	56	43	21	2	32	1.65
75584985--75585042	19	3.1	19	75	9	55	55	15	6	22	1.64
75600939--75601026	44	2.0	44	100	0	176	31	18	18	31	1.95
75609461--75609502	22	1.9	22	90	9	68	4	11	4	78	1.06
75624638--75624681	22	2.0	22	86	4	63	20	2	2	75	1.03
75624982--75625127	42	3.5	43	79	10	176	30	15	23	30	1.95
75624982--75625133	43	3.6	41	79	8	173	28	15	23	31	1.96
75632992--75633077	28	3.1	27	77	12	77	61	0	4	33	1.17
75641393--75641454	26	2.4	25	75	2	61	45	3	3	48	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75643585--75643631	18	2.6	18	77	9	51	59	0	0	40	0.97
75644554--75644584	16	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
75655523--75655581	26	2.3	26	85	5	75	33	11	10	44	1.75
75657992--75658037	18	2.6	18	86	10	67	45	15	2	36	1.58
75658059--75658110	18	2.8	19	72	16	54	50	9	7	32	1.64
75658249--75658351	53	1.9	53	88	3	154	45	21	14	18	1.85
75658391--75658415	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
75664444--75664577	53	2.4	55	79	13	148	44	17	17	20	1.87
75664469--75664571	53	1.9	53	88	3	154	45	19	14	20	1.85
75664606--75664630	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
75666822--75666866	22	2.0	24	86	8	67	31	8	6	53	1.58
75668309--75668338	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
75669471--75669540	25	2.8	25	95	0	131	31	18	24	25	1.98
75669961--75669990	13	2.3	13	94	0	51	50	0	0	50	1.00
75671079--75671140	31	2.0	31	100	0	124	32	25	19	22	1.97
75685199--75685239	13	3.2	13	82	0	55	39	19	7	34	1.80
75692972--75693012	18	2.2	19	86	4	57	58	2	0	39	1.11
75693046--75693110	21	3.2	21	66	16	64	55	6	7	30	1.53
75693035--75693114	40	2.0	40	100	0	160	55	7	7	30	1.56
75693457--75693510	22	2.4	23	78	12	58	62	1	1	33	1.16
75711542--75711648	35	3.0	35	77	8	92	31	1	23	42	1.65
75711713--75711759	22	2.1	23	96	4	87	38	0	19	42	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75711735--75711794	32	1.9	32	93	3	104	31	0	20	48	1.50
75711735--75711799	17	3.9	17	71	15	64	35	0	18	46	1.50
75711973--75712726	126	6.0	126	88	1	1080	37	16	16	28	1.91
75711973--75712726	253	3.0	252	88	1	1111	37	16	16	28	1.91
75711972--75712726	379	2.0	379	88	2	1131	37	16	16	28	1.91
75716178--75716220	18	2.4	18	88	0	59	46	9	23	20	1.79
75717969--75718012	21	2.1	21	82	0	52	38	2	25	34	1.68
75718757--75718788	9	3.4	10	87	12	50	65	0	0	34	0.93
75727313--75727337	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
75728509--75728542	2	17.0	2	87	0	50	0	44	0	55	0.99
75728509--75728543	10	3.5	10	92	0	61	0	42	0	57	0.99
75733058--75733141	41	2.0	41	97	0	159	35	17	13	33	1.89
75737476--75737567	46	2.0	45	91	2	148	33	9	36	19	1.85
75753063--75753106	11	4.2	11	80	8	56	0	22	18	59	1.38
75760474--75760552	39	2.0	39	95	0	140	29	18	20	31	1.97
75762056--75762115	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
75762800--75762853	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
75762854--75763026	27	6.4	27	84	0	220	26	20	17	35	1.95
75762856--75763022	54	3.1	54	90	0	253	26	20	17	35	1.94
75768958--75769096	40	3.5	41	83	4	124	27	28	20	23	1.99
75768997--75769176	80	2.2	80	84	9	226	27	27	21	23	1.99
75768997--75769176	40	4.5	40	82	7	197	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75775074--75775118	17	2.6	17	96	0	81	51	15	6	26	1.68
75781296--75781333	19	2.0	19	94	0	67	7	31	7	52	1.59
75781458--75781482	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
75790515--75790581	20	3.3	20	87	4	91	32	13	19	34	1.91
75790904--75790967	31	2.1	31	93	0	110	40	15	20	23	1.90
75801339--75801497	43	3.7	43	80	1	158	23	18	27	30	1.97
75817212--75817268	28	2.0	28	100	0	114	21	17	7	54	1.66
75823672--75823868	105	1.9	105	92	0	331	25	23	18	31	1.98
75828070--75828315	64	3.8	64	82	5	264	23	28	15	32	1.95
75828765--75828849	43	2.0	43	95	0	152	24	23	16	35	1.95
75829859--75830010	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
75829859--75830010	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
75836969--75837120	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	26	1.94
75836969--75837120	55	2.8	55	93	0	250	30	28	13	26	1.94
75838309--75838369	30	2.0	30	87	0	86	29	22	6	40	1.79
75841896--75842002	23	4.7	23	87	2	153	40	20	15	23	1.91
75841868--75842002	46	2.9	45	85	2	171	41	22	14	22	1.89
75848961--75849089	37	3.5	37	82	3	125	30	14	18	36	1.91
75848984--75849089	37	2.8	38	82	4	144	29	16	19	34	1.93
75849909--75849964	22	2.5	23	82	11	71	42	16	5	35	1.70
75851996--75852043	23	2.0	24	92	4	80	29	16	29	25	1.97
75854333--75854377	22	2.0	22	86	0	63	48	17	2	31	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75858931--75858975	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
75860913--75860991	36	2.2	36	93	0	131	7	24	13	54	1.65
75860956--75860981	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
75864617--75864651	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
75874958--75875634	174	3.9	173	88	1	913	29	16	23	30	1.97
75876459--75876510	24	2.2	24	96	0	95	38	21	13	26	1.90
75884506--75884698	101	1.9	101	87	2	280	36	17	15	31	1.91
75889131--75889219	21	4.1	23	80	10	98	37	21	20	21	1.95
75904818--75904854	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
75905147--75905186	16	2.5	16	84	8	55	67	5	17	10	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284