genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78097229--78097544	96	3.3	96	81	3	340	24	29	18	27	1.98
78103438--78103469	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
78105070--78105143	29	2.5	30	80	6	89	29	14	32	22	1.94
78106746--78106818	36	2.0	36	100	0	146	20	24	38	16	1.93
78108761--78108797	19	2.0	18	89	5	56	24	10	40	24	1.87
78108888--78108984	29	3.4	27	74	14	88	26	14	32	25	1.94
78115041--78115327	48	6.0	48	81	4	319	24	29	19	26	1.98
78117724--78117807	42	2.0	42	83	0	105	27	21	17	33	1.96
78126397--78126465	26	2.7	26	72	4	68	34	20	21	23	1.96
78126622--78126763	27	5.3	27	83	3	151	28	18	18	35	1.94
78126622--78126763	54	2.6	54	80	0	167	28	18	18	35	1.94
78126776--78126877	27	3.8	27	89	0	150	32	7	17	42	1.78
78129516--78129651	42	3.2	42	76	9	123	29	25	19	26	1.98
78130046--78130091	17	2.8	17	87	12	69	52	23	4	19	1.64
78137728--78137849	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
78140835--78140890	25	2.2	25	100	0	112	41	14	28	16	1.87
78144538--78144659	46	2.6	47	81	5	138	26	22	14	36	1.93
78146401--78146498	48	2.0	48	98	0	187	35	21	18	24	1.95
78147708--78147812	44	2.4	43	83	9	117	31	26	18	23	1.97
78157355--78157466	46	2.5	44	83	4	125	27	20	27	24	1.99
78174015--78174057	21	2.0	21	100	0	86	37	4	23	34	1.76
78180981--78181102	47	2.6	47	92	0	208	37	13	22	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78181075--78181288	54	4.0	54	77	6	182	36	15	23	23	1.93
78187557--78187618	24	2.6	25	85	12	85	20	25	19	33	1.96
78199397--78199621	40	5.7	40	83	6	242	25	27	21	25	1.99
78199553--78199630	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
78210233--78210270	15	2.5	15	91	0	58	23	2	2	71	1.12
78211689--78211735	17	2.9	17	78	6	53	57	6	0	36	1.24
78213045--78213083	20	2.0	20	85	10	53	25	17	10	46	1.80
78213939--78213972	16	2.2	15	89	5	50	35	0	2	61	1.11
78214062--78214097	18	2.1	18	89	5	56	47	0	0	52	1.00
78215287--78215332	21	2.2	21	88	3	67	21	2	0	76	0.90
78215812--78215856	21	2.1	21	84	12	56	40	0	0	60	0.97
78217490--78217542	22	2.4	22	90	0	79	32	26	33	7	1.84
78217506--78217552	22	2.1	22	96	0	85	29	21	38	10	1.87
78218206--78218256	18	2.8	18	82	5	50	74	7	15	1	1.13
78221272--78221313	21	2.0	21	86	9	59	38	7	0	54	1.28
78221449--78221511	30	2.0	32	87	12	94	26	20	12	39	1.89
78234104--78234451	174	2.0	173	89	3	533	26	21	6	45	1.76
78247522--78247804	18	15.3	18	70	11	124	37	15	12	35	1.85
78247522--78247804	36	7.6	36	69	11	178	37	15	12	35	1.85
78247621--78247668	19	2.6	19	87	6	64	45	12	10	31	1.76
78247602--78247792	54	3.5	53	74	7	161	38	15	11	34	1.83
78247667--78247710	22	2.0	22	82	8	54	34	15	13	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78247603--78247804	72	2.8	70	79	5	217	38	14	11	35	1.83
78248390--78248452	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
78251635--78251667	11	3.0	11	90	0	57	30	27	24	18	1.98
78262471--78262592	64	1.9	63	90	5	192	20	27	17	34	1.95
78266445--78266524	42	1.9	42	82	5	99	21	33	25	20	1.97
78274384--78274606	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
78274384--78274606	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
78282361--78282622	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
78291314--78291374	30	2.0	30	96	0	113	32	3	8	55	1.45
78301397--78301447	21	2.4	21	90	0	75	29	25	17	27	1.98
78310961--78310985	13	1.9	13	100	0	50	28	32	24	16	1.96
78324912--78324981	20	3.4	20	65	27	56	48	24	0	27	1.51
78326296--78326324	15	1.9	15	100	0	58	55	13	0	31	1.39
78333735--78333927	48	4.0	48	85	0	260	36	7	24	31	1.83
78334089--78334577	47	10.4	47	97	0	906	31	8	30	29	1.87
78336611--78336674	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
78337342--78337435	30	3.2	30	62	27	74	48	6	32	11	1.65
78337313--78337440	58	2.2	58	97	0	238	52	4	33	9	1.54
78347086--78347339	36	7.0	36	65	7	120	31	23	23	22	1.98
78347071--78347515	72	6.1	73	77	5	377	32	21	22	24	1.98
78347424--78347509	36	2.4	36	82	3	111	37	18	18	25	1.94
78347905--78348339	105	4.2	105	90	0	658	44	15	7	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78348265--78348308	18	2.5	17	75	17	54	47	15	0	36	1.46
78348326--78348432	23	4.7	23	76	2	90	36	15	14	33	1.88
78354511--78354754	122	2.0	122	97	0	461	31	18	10	40	1.84
78355854--78355923	25	2.8	25	82	0	86	38	12	17	31	1.87
78356569--78356687	55	2.2	55	80	8	136	24	26	25	23	2.00
78358746--78358813	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
78358635--78358962	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
78358915--78358993	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
78360845--78361091	94	2.7	94	82	5	263	25	31	17	25	1.97
78360891--78361091	47	4.3	47	76	13	173	23	32	18	24	1.97
78366321--78366424	40	2.6	40	95	0	190	25	29	20	24	1.99
78380857--78381154	40	7.5	40	94	1	485	22	22	28	25	1.99
78389159--78389200	18	2.3	19	79	4	50	26	4	7	61	1.42
78393486--78393536	20	2.5	21	75	15	54	70	0	25	3	1.04
78397431--78397472	21	2.1	21	82	8	52	52	2	19	26	1.58
78402456--78402501	23	2.0	23	91	0	74	41	23	10	23	1.86
78404114--78404159	23	2.0	23	100	0	92	30	17	21	30	1.96
78404115--78404166	23	2.3	23	93	0	86	32	17	19	30	1.95
78434663--78434708	7	6.7	7	85	12	60	86	10	2	0	0.64
78434672--78434708	19	1.9	19	94	0	65	86	10	2	0	0.67
78442729--78442764	17	2.1	17	89	0	54	22	0	5	72	1.05
78446872--78446905	16	2.1	16	88	0	50	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78469410--78469465	25	2.2	25	83	0	67	67	7	10	14	1.40
78470464--78470553	23	3.9	23	82	0	108	14	4	36	44	1.65
78472625--78472657	16	2.1	17	88	11	52	18	33	0	48	1.48
78476876--78476990	23	5.0	23	79	12	128	45	34	4	15	1.66
78476878--78476989	46	2.4	46	86	7	156	45	35	4	14	1.65
78478215--78478265	20	2.4	22	83	9	61	50	1	0	47	1.12
78479039--78479063	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
78479807--78479840	18	1.9	17	94	5	59	38	8	0	52	1.33
78482396--78482440	14	3.4	14	70	17	51	40	0	15	44	1.47
78482395--78482444	25	2.0	25	100	0	100	40	0	16	44	1.47
78491547--78491659	56	2.0	56	91	0	181	49	14	10	25	1.75
78494107--78494157	25	2.0	25	100	0	102	35	27	23	13	1.93
78496354--78497426	536	2.0	536	100	0	2146	32	20	17	29	1.95
78501806--78501842	18	2.1	18	89	0	56	8	10	0	81	0.89
78502108--78502165	30	1.9	30	85	0	80	27	43	8	20	1.81
78502843--78502871	8	3.6	8	100	0	58	37	34	0	27	1.57
78503754--78503778	11	2.3	11	100	0	50	60	16	24	0	1.36
78504879--78505005	47	2.8	45	86	5	191	49	30	0	19	1.49
78505107--78505177	7	10.0	7	80	3	52	23	4	28	43	1.72
78505146--78505180	15	2.3	15	90	0	52	20	0	31	48	1.50
78505481--78505548	7	9.7	7	82	6	66	19	0	38	42	1.51
78505613--78505654	18	2.6	16	81	11	50	47	0	4	47	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78506101--78506231	37	3.5	37	87	0	181	15	48	12	24	1.79
78506517--78506612	7	13.1	8	83	13	79	67	2	0	30	1.02
78506545--78506653	7	15.0	7	86	7	83	63	0	0	35	1.01
78506545--78506612	21	3.2	21	93	2	109	70	0	0	29	0.87
78506517--78506627	36	3.1	35	81	12	120	67	1	0	30	1.01
78506545--78506634	14	6.2	15	84	11	109	68	1	0	30	0.96
78506544--78506619	21	3.5	22	91	5	102	71	0	0	28	0.87
78511650--78511678	15	1.9	15	100	0	58	27	10	13	48	1.75
78512423--78512502	31	2.6	32	81	16	98	26	2	3	67	1.20
78512417--78512493	19	3.9	19	69	21	52	25	2	2	68	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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