genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19278366--19278413	18	2.6	19	87	12	73	33	0	2	64	1.05
19278380--19278432	27	2.0	27	85	7	72	30	0	5	64	1.17
19282493--19282649	42	3.6	41	77	8	118	28	17	26	28	1.98
19283042--19283113	36	2.0	36	97	0	135	29	16	31	22	1.96
19290067--19290231	43	3.9	44	77	9	137	27	17	26	28	1.98
19290082--19290238	41	3.7	43	76	9	151	27	17	26	28	1.98
19291731--19291775	23	2.0	22	82	4	54	42	15	13	28	1.85
19296065--19296274	55	3.9	52	76	9	206	34	17	25	22	1.96
19296072--19296272	108	1.8	110	86	6	293	33	17	25	22	1.96
19296488--19296518	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
19298283--19298432	51	2.9	51	87	0	228	35	29	8	26	1.86
19300772--19301037	28	9.5	28	95	0	453	27	11	26	34	1.91
19312916--19313126	117	1.8	117	84	4	291	45	23	9	21	1.81
19319937--19319994	28	2.0	29	83	3	73	46	1	22	29	1.62
19324101--19324191	46	2.0	46	91	4	148	7	29	10	51	1.65
19327208--19327291	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
19331248--19331274	12	2.2	12	100	0	54	25	0	18	55	1.43
19331891--19331943	28	1.9	28	88	3	81	22	26	22	28	1.99
19333142--19333176	18	1.9	18	94	0	61	28	8	22	40	1.84
19333226--19333266	9	4.6	9	90	0	64	43	12	9	34	1.75
19333483--19333541	30	2.0	30	86	6	84	20	38	0	40	1.53
19337364--19337651	50	5.8	50	77	6	244	36	14	14	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19337668--19337710	19	2.2	19	87	4	59	23	27	16	32	1.96
19349601--19349778	40	4.5	40	91	3	254	24	24	27	24	2.00
19352184--19352289	53	2.0	53	92	0	176	42	11	16	29	1.83
19356887--19357004	47	2.5	47	84	6	141	26	28	20	24	1.99
19356881--19357198	48	6.8	47	73	10	208	25	28	18	27	1.98
19357928--19358007	39	2.1	39	100	0	160	36	23	15	25	1.93
19358641--19358814	40	4.3	40	94	0	303	27	27	20	24	1.99
19369179--19369229	25	2.0	25	96	0	93	23	5	27	43	1.77
19372575--19372633	23	2.6	23	78	5	66	37	28	23	10	1.88
19372574--19372639	23	2.9	22	72	14	62	37	25	25	10	1.88
19390449--19390481	14	2.4	14	94	0	57	39	9	15	36	1.79
19395975--19396134	56	2.9	57	81	5	193	30	34	16	18	1.94
19400042--19400084	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
19400072--19400108	18	2.1	17	90	5	56	51	0	0	48	1.00
19400164--19400195	12	2.6	13	85	14	50	68	0	31	0	0.90
19400152--19400189	20	2.0	20	94	5	69	65	0	31	2	1.06
19400940--19401027	20	4.4	20	98	0	167	25	14	29	30	1.95
19401263--19401296	10	3.3	10	91	4	50	38	0	20	41	1.53
19407093--19407134	5	8.8	5	84	10	61	45	0	0	54	0.99
19407062--19407104	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
19407194--19407225	12	2.6	13	85	14	50	68	0	31	0	0.90
19407182--19407219	20	2.0	20	94	5	69	65	0	31	2	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19413838--19413875	20	1.9	20	100	0	76	42	2	10	44	1.52
19416919--19416984	32	2.1	32	97	0	123	31	13	25	28	1.94
19420318--19420342	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
19423831--19424140	47	6.6	48	71	15	175	23	31	20	24	1.98
19423831--19424189	94	3.8	93	78	6	341	22	32	20	24	1.98
19425625--19425676	24	2.2	24	100	0	104	40	21	11	26	1.87
19427355--19427379	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
19446940--19447018	37	2.1	37	100	0	158	29	5	26	39	1.77
19451064--19451528	48	9.7	47	73	16	174	24	27	18	29	1.98
19451113--19451541	96	4.5	96	85	3	551	24	28	18	28	1.98
19458533--19458900	96	3.8	96	85	3	490	25	27	17	28	1.98
19458547--19458903	192	1.9	192	88	1	545	26	27	18	28	1.98
19458486--19458913	48	8.9	48	76	9	381	26	27	18	28	1.98
19461653--19461757	50	2.1	51	90	1	167	46	5	17	30	1.71
19463665--19463772	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
19468064--19468223	80	2.0	80	86	2	223	38	6	23	30	1.81
19467523--19468765	621	2.0	622	92	0	2078	34	11	19	35	1.87
19468144--19471343	537	5.9	539	93	2	5261	33	11	18	36	1.86
19471411--19471560	72	2.1	73	97	1	284	22	21	15	40	1.90
19477742--19478005	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
19477742--19478038	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
19502573--19502649	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19502582--19502653	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
19502571--19502653	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
19502707--19502849	23	6.0	24	88	10	204	29	20	21	28	1.98
19502707--19502828	47	2.6	48	94	3	212	30	19	20	29	1.97
19503036--19503099	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
19513868--19513915	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
19513952--19514194	20	12.1	20	95	0	441	35	12	19	32	1.89
19514248--19514390	23	6.0	24	84	10	177	30	18	20	30	1.97
19514248--19514369	47	2.6	48	90	3	185	31	18	19	31	1.96
19520976--19521273	48	6.2	48	76	6	271	29	18	26	25	1.98
19523652--19523739	42	2.1	42	100	0	176	37	9	12	40	1.75
19530218--19530367	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
19530242--19530421	67	2.8	64	77	9	186	30	17	29	23	1.97
19543782--19543959	39	4.6	39	91	0	293	29	26	20	23	1.99
19550313--19550456	46	3.1	44	74	15	123	29	29	19	22	1.98
19550857--19550916	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
19555206--19555362	39	4.0	39	97	0	296	28	28	22	20	1.99
19561772--19562089	159	2.0	158	94	1	557	21	29	19	29	1.97
19564190--19564563	39	9.6	39	96	0	676	29	27	22	20	1.98
19579569--19579678	27	4.0	28	80	10	129	20	20	20	37	1.95
19585829--19585953	62	2.0	62	90	0	196	32	10	31	26	1.90
19588547--19588679	48	2.8	48	85	4	162	34	31	12	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19588547--19588679	24	5.5	24	82	5	135	34	31	12	21	1.90
19593384--19593567	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
19593384--19593567	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
19600881--19601041	57	2.8	57	90	0	232	31	29	17	21	1.96
19600912--19601009	29	3.4	29	79	8	110	30	30	16	22	1.96
19600881--19601037	28	5.6	27	75	8	134	31	29	17	21	1.96
19601069--19601320	40	6.3	40	94	0	423	26	26	20	25	1.99
19604250--19604424	27	6.4	27	84	3	199	26	14	28	30	1.95
19604250--19604403	82	1.9	81	87	4	229	27	14	27	29	1.96
19604244--19604424	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
19605824--19605926	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
19606073--19606400	48	6.9	48	94	2	583	32	28	5	34	1.80
19606073--19606400	94	3.5	95	94	2	572	32	28	5	34	1.80
19606073--19606400	142	2.3	142	98	0	629	32	28	5	34	1.80
19606409--19607023	307	2.0	307	98	0	1185	32	21	9	36	1.86
19607089--19607647	280	2.0	280	98	0	1091	33	17	10	38	1.84
19610143--19610192	24	2.0	25	81	11	59	28	34	8	30	1.86
19610369--19610550	40	4.6	40	86	0	256	25	26	21	25	2.00
19610369--19610550	80	2.3	80	91	0	283	25	26	21	25	2.00
19610535--19610566	16	2.0	16	100	0	64	18	25	31	25	1.98
19610455--19610646	96	2.0	96	97	0	366	25	25	22	26	2.00
19610551--19610772	40	5.6	40	90	0	347	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19610387--19610726	176	1.9	176	92	0	563	26	26	22	25	2.00
19610369--19610766	216	1.8	216	90	2	638	25	26	22	25	2.00
19619576--19619666	29	3.2	29	88	1	121	24	14	30	30	1.94
19620585--19620648	18	3.6	18	72	8	67	21	4	7	65	1.37
19620578--19620649	36	2.0	36	100	0	144	19	8	8	63	1.47
19620866--19621071	111	1.9	111	84	6	283	47	16	12	23	1.80
19621682--19621906	43	5.4	43	80	9	241	42	20	15	21	1.89
19626822--19626864	12	3.5	12	77	3	50	11	30	37	20	1.89
19632464--19632572	37	2.9	37	88	0	155	30	31	15	22	1.95
19632718--19632957	50	4.8	49	72	15	197	30	27	8	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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