genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37605529--37605712	50	3.6	50	83	4	235	32	27	14	26	1.94
37616708--37616798	29	3.2	30	80	9	102	25	16	31	26	1.96
37617092--37617186	27	3.5	27	79	2	102	41	23	8	27	1.83
37631242--37631465	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
37631203--37631465	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
37631203--37631465	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
37640144--37640326	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
37640180--37640361	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
37644861--37645038	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
37644882--37645037	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
37652922--37653016	49	1.9	49	86	0	136	28	16	25	29	1.97
37652921--37653309	199	2.0	199	96	0	724	32	15	23	28	1.95
37654875--37654964	29	3.1	29	95	1	155	30	31	13	25	1.94
37665204--37665351	51	2.9	51	82	2	201	27	20	24	27	1.99
37666910--37666935	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
37668367--37668431	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
37668363--37668431	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
37670869--37671006	49	2.8	49	84	2	177	26	20	26	26	1.99
37672614--37672703	27	3.4	26	84	6	126	26	14	17	41	1.88
37673070--37673104	18	1.9	18	100	0	70	17	20	17	45	1.85
37674467--37674499	12	2.8	12	95	0	57	39	0	3	57	1.14
37678682--37678728	17	2.8	17	80	0	58	38	4	6	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37678925--37679051	64	2.0	63	93	0	209	35	21	11	30	1.89
37685478--37685603	45	2.8	45	85	0	135	34	27	16	21	1.95
37692023--37692222	39	5.1	40	84	8	243	23	22	29	25	1.99
37692019--37692222	79	2.6	79	85	6	265	24	22	28	25	1.99
37703412--37703589	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
37703413--37703568	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
37703409--37703589	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
37711355--37711577	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
37711355--37711577	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
37711355--37711610	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
37716607--37716665	27	2.2	27	81	6	66	23	16	25	33	1.96
37717713--37717742	16	1.9	15	93	6	51	60	0	30	10	1.30
37718293--37718325	16	2.1	16	100	0	66	33	18	24	24	1.97
37730322--37730518	53	3.6	54	75	7	150	23	25	16	34	1.95
37733067--37733112	24	1.9	24	81	0	56	47	21	10	19	1.80
37745976--37746075	27	3.7	27	75	2	76	39	16	7	38	1.75
37747371--37747542	46	3.7	45	79	15	199	22	19	29	29	1.98
37747365--37747536	93	1.8	93	91	2	283	22	20	28	29	1.98
37753846--37753937	28	3.2	28	85	1	121	23	35	15	25	1.94
37767049--37767253	27	7.6	27	82	2	223	40	18	7	32	1.79
37767049--37767387	54	6.1	54	78	6	322	40	19	7	32	1.81
37767049--37767387	81	4.1	80	76	9	277	40	19	7	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37767221--37767288	34	2.0	34	91	0	109	38	22	8	30	1.84
37767255--37767315	27	2.3	27	91	0	95	39	21	8	31	1.82
37767157--37767369	115	1.9	115	84	4	286	40	21	7	30	1.81
37767272--37767424	27	5.7	27	77	1	110	39	22	7	30	1.81
37767408--37767737	27	12.3	27	84	0	365	36	19	19	24	1.95
37768167--37768228	22	2.8	22	85	7	81	22	20	20	35	1.96
37768387--37768488	27	3.8	26	85	5	114	20	23	19	36	1.95
37771179--37771372	97	2.0	97	97	0	370	31	11	23	32	1.90
37772371--37773220	40	21.2	40	99	0	1691	24	20	30	25	1.99
37779477--37779517	13	3.0	13	89	7	55	26	0	7	65	1.18
37780869--37780928	29	2.1	29	100	0	120	23	10	21	45	1.82
37781608--37781710	43	2.4	42	78	10	120	21	17	26	34	1.95
37789011--37789122	43	2.6	43	81	6	147	29	19	22	28	1.98
37794952--37795099	73	2.0	74	93	2	253	29	18	16	35	1.93
37798842--37799169	174	1.9	174	96	0	611	30	24	14	29	1.95
37799122--37799200	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
37800343--37800550	103	2.0	105	97	1	393	21	20	12	45	1.83
37813244--37813302	23	2.5	23	83	2	64	30	23	25	20	1.98
37815258--37815288	6	5.3	6	92	7	55	29	0	0	70	0.87
37815258--37815288	11	2.7	12	95	5	55	29	0	0	70	0.87
37822835--37822950	57	2.0	57	98	0	223	14	22	34	28	1.94
37828368--37828421	27	2.0	27	96	0	99	25	29	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37828373--37828428	27	2.1	27	89	0	85	28	28	12	30	1.93
37829102--37829167	34	2.0	33	87	3	96	31	25	22	19	1.98
37831709--37831766	20	2.9	20	77	10	57	32	18	32	15	1.93
37835744--37835935	40	4.8	40	88	2	296	25	27	23	24	2.00
37835715--37835935	80	2.8	80	86	4	297	25	26	22	24	2.00
37853107--37853219	43	2.6	43	92	0	190	10	24	31	32	1.90
37859139--37859192	27	2.0	27	100	0	108	51	14	3	29	1.60
37862338--37862506	49	3.6	48	80	8	195	26	18	31	23	1.98
37863576--37863618	21	2.0	22	86	4	61	20	37	18	23	1.94
37867780--37867894	6	18.8	6	76	13	101	48	14	17	19	1.81
37867789--37867894	43	2.5	43	88	0	149	49	14	17	18	1.80
37867837--37867917	31	2.6	31	94	2	135	50	14	16	18	1.78
37868325--37868654	27	12.3	27	85	1	421	24	22	20	33	1.97
37868638--37869248	27	22.7	27	80	6	341	32	8	21	37	1.84
37871348--37871426	39	2.0	39	97	0	149	44	7	8	39	1.64
37871489--37871546	29	2.0	29	100	0	116	41	10	24	24	1.86
37871606--37871776	46	3.7	47	79	11	165	28	19	29	22	1.98
37876659--37877064	201	2.0	201	97	0	769	39	10	20	29	1.85
37878592--37878742	28	5.4	28	89	1	205	25	12	27	33	1.92
37886830--37886903	28	2.6	28	91	4	114	31	25	14	28	1.95
37887528--37887636	54	2.0	54	100	0	218	33	22	5	39	1.77
37887548--37887634	28	3.2	28	63	18	74	34	22	5	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37894955--37895006	16	3.3	15	78	7	52	53	17	19	9	1.70
37895220--37895322	28	3.7	28	78	2	91	28	16	26	29	1.97
37905352--37905450	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
37909407--37909457	26	2.0	26	84	7	68	35	5	15	43	1.71
37912505--37912600	29	3.3	29	83	1	122	30	29	14	26	1.95
37917235--37917456	46	4.8	46	81	10	283	30	27	19	22	1.98
37917881--37917940	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
37919339--37919463	29	4.3	29	81	1	144	32	29	12	26	1.92
37919346--37919458	58	2.0	58	87	1	165	30	30	12	26	1.93
37919521--37919555	18	2.0	18	88	5	54	20	42	22	14	1.88
37922888--37922997	7	14.9	7	92	5	157	46	40	0	13	1.43
37922888--37922997	15	7.4	14	91	6	157	46	40	0	13	1.43
37924334--37924559	50	4.5	49	77	10	215	24	18	26	30	1.98
37924659--37924710	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
37939056--37939136	26	3.2	26	68	25	82	29	29	14	25	1.95
37939005--37939438	51	8.7	51	81	6	449	27	26	19	26	1.99
37939005--37939445	199	2.2	200	95	1	785	27	26	19	26	1.99
37942638--37942811	86	2.0	86	98	0	339	43	13	27	16	1.85
37946160--37946429	135	2.0	136	98	0	524	26	23	22	27	2.00
37947550--37947798	125	2.0	125	98	0	480	24	20	14	40	1.89
37950751--37950969	110	2.0	110	99	0	429	31	26	16	25	1.97
37951523--37951741	110	2.0	110	98	0	420	32	26	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37955834--37956054	46	4.8	46	82	5	293	21	21	29	27	1.99
37955786--37956054	139	1.9	139	100	0	538	21	21	29	27	1.99
37965617--37965762	37	3.9	37	93	0	229	26	32	18	22	1.97
37965967--37966254	47	6.1	47	90	0	432	27	29	11	31	1.91
37965967--37966255	141	2.0	141	94	0	506	27	29	11	31	1.91
37972941--37972992	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
37973635--37973931	27	11.0	27	85	2	382	25	19	19	36	1.95
37975906--37975969	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
37976651--37976991	27	12.6	27	86	1	432	26	20	18	34	1.96
37979090--37979192	40	2.6	40	85	0	143	34	13	27	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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