genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86998759--86998976	73	3.0	73	98	0	418	32	10	20	36	1.87
87005502--87005592	42	2.1	44	88	8	134	21	17	25	35	1.95
87005465--87005592	44	3.0	43	84	7	145	23	18	25	32	1.97
87005635--87005799	40	4.1	39	81	6	170	31	23	20	24	1.98
87005635--87005799	80	2.1	80	81	2	188	31	23	20	24	1.98
87005886--87005965	40	2.0	40	87	2	117	32	23	23	20	1.98
87006287--87006350	22	2.9	23	76	9	60	23	0	25	51	1.48
87006379--87006404	7	3.7	7	100	0	52	11	0	46	42	1.40
87006531--87007126	298	2.0	298	100	0	1192	45	5	10	39	1.60
87007776--87008439	330	2.0	333	93	1	1136	25	15	15	43	1.86
87012158--87012204	19	2.5	19	78	0	58	19	2	4	74	1.09
87012130--87012206	6	12.5	6	71	5	55	22	3	2	71	1.15
87012465--87012578	43	2.7	43	84	2	149	22	11	27	38	1.88
87016528--87016574	21	2.2	21	85	7	60	44	0	4	51	1.21
87021227--87021402	46	3.8	46	79	4	201	21	20	29	28	1.98
87021223--87021394	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
87027018--87027200	64	2.9	63	80	8	208	23	29	16	30	1.97
87031528--87031731	38	5.3	38	87	1	264	34	26	18	20	1.95
87031533--87031760	114	2.0	118	84	5	304	32	26	20	21	1.97
87031534--87031760	38	5.9	38	85	5	235	32	26	20	21	1.97
87031528--87031760	76	3.0	76	84	6	281	33	26	19	21	1.97
87035542--87035697	43	3.7	43	71	9	113	25	15	27	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87043265--87043379	60	1.9	60	92	0	194	30	16	26	26	1.97
87044507--87044536	14	2.1	15	93	6	53	26	3	20	50	1.64
87052863--87053016	43	3.7	41	80	8	150	25	18	25	29	1.98
87055636--87055715	40	2.0	40	97	0	151	48	17	15	18	1.81
87057397--87057518	47	2.6	47	97	0	226	36	13	24	25	1.93
87057497--87057693	55	3.6	54	85	4	263	35	18	24	21	1.95
87068318--87068429	41	2.7	41	83	2	143	23	14	26	35	1.93
87068318--87068471	43	3.6	43	78	5	152	23	15	27	33	1.95
87070086--87070262	48	3.7	48	82	6	223	21	28	19	29	1.98
87070085--87070265	96	1.9	96	91	2	301	21	28	19	29	1.98
87070445--87070510	25	2.7	24	81	4	87	42	25	10	21	1.85
87071318--87071362	22	2.0	22	95	0	81	24	24	13	37	1.91
87075768--87075797	15	1.9	16	93	6	53	53	6	23	16	1.66
87082423--87082566	55	2.6	55	82	0	171	27	32	25	13	1.94
87088015--87088066	21	2.5	20	71	3	50	57	0	40	1	1.10
87091324--87091455	65	2.0	65	97	0	246	33	12	19	34	1.89
87091790--87091864	30	2.5	30	82	0	96	10	28	37	24	1.88
87099343--87099377	18	1.9	18	88	0	52	51	25	14	8	1.70
87104769--87104799	16	1.9	16	93	0	53	38	22	22	16	1.92
87105370--87105420	15	3.4	15	78	8	50	27	1	1	68	1.11
87105370--87105432	22	2.9	22	80	7	74	26	1	1	69	1.06
87105392--87105423	15	2.1	15	94	0	55	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87105395--87105453	22	2.7	22	72	20	61	32	0	1	66	1.02
87106133--87106159	13	2.1	13	100	0	54	33	51	0	14	1.43
87106198--87106245	21	2.3	21	88	0	69	35	37	4	22	1.74
87106300--87106344	14	3.2	14	87	0	63	48	28	0	22	1.50
87106438--87106537	7	14.0	7	76	7	76	43	38	0	19	1.51
87106509--87106577	14	5.1	14	75	18	56	40	39	0	20	1.52
87106515--87106562	25	1.9	25	87	8	71	37	41	0	20	1.53
87106543--87106577	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
87106538--87106582	22	2.0	22	82	0	54	44	33	0	22	1.53
87106906--87107014	41	2.7	39	78	14	116	29	22	22	25	1.99
87106908--87107242	156	2.2	155	86	1	474	32	20	18	27	1.96
87111364--87111788	27	15.6	27	96	1	724	26	14	28	30	1.95
87121978--87122034	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
87129842--87130119	138	2.0	138	97	0	529	30	20	15	33	1.94
87130678--87130755	34	2.3	35	88	2	113	28	19	21	30	1.97
87133934--87134028	27	3.5	26	84	5	109	42	16	18	22	1.89
87137952--87138000	26	1.9	26	87	4	73	30	16	12	40	1.85
87137952--87138007	25	2.2	26	83	3	69	30	16	10	42	1.82
87139278--87139436	54	3.0	53	80	8	196	27	20	11	40	1.86
87139264--87139427	81	2.0	81	89	0	247	27	20	10	42	1.84
87139264--87139427	27	6.1	27	79	2	177	27	20	10	42	1.84
87142407--87142489	27	3.1	26	84	5	103	20	21	20	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87142800--87142873	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
87143013--87143062	6	8.3	6	79	16	59	20	16	14	50	1.78
87142997--87143062	18	3.6	18	78	13	64	19	16	13	50	1.78
87144404--87144437	17	2.0	17	94	0	59	35	14	38	11	1.83
87145123--87145207	42	2.0	42	100	0	170	32	20	25	21	1.97
87148035--87148249	45	5.0	45	86	5	243	24	21	29	25	1.99
87155761--87155921	45	3.6	45	85	3	211	22	22	27	26	1.99
87164408--87164445	19	2.0	19	90	10	60	47	5	0	47	1.24
87164527--87164558	12	2.6	13	90	9	50	50	0	0	50	1.00
87164529--87164568	13	2.8	14	85	14	55	47	0	0	52	1.00
87169320--87169598	48	5.8	48	88	3	386	25	18	28	26	1.98
87169320--87169598	95	2.9	96	87	4	386	25	18	28	26	1.98
87170959--87170998	21	1.9	21	100	0	80	27	25	27	20	1.99
87181143--87181656	48	10.8	48	83	6	555	28	30	16	25	1.97
87182022--87182057	13	2.8	13	95	0	63	11	47	19	22	1.80
87194952--87195027	38	2.0	38	100	0	152	13	21	13	52	1.73
87196943--87197092	41	3.7	41	82	1	203	28	27	22	21	1.99
87203747--87203896	41	3.7	41	83	1	212	28	27	23	21	1.99
87211131--87211160	15	2.0	15	100	0	60	13	26	20	40	1.89
87218140--87218186	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
87220671--87220750	31	2.6	30	75	13	74	55	5	0	40	1.22
87222449--87222764	48	6.6	48	84	7	290	26	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87222485--87222763	96	2.9	96	86	1	380	26	31	17	24	1.97
87222496--87222763	144	1.9	144	88	1	403	26	31	17	24	1.97
87225583--87225695	57	2.0	56	96	0	199	39	13	13	32	1.83
87226784--87226921	43	3.2	43	94	0	249	10	25	34	28	1.90
87232807--87233073	48	5.6	46	90	4	315	24	17	29	28	1.97
87232853--87233073	96	2.3	97	94	1	383	24	17	28	28	1.97
87236393--87236431	19	2.1	19	95	0	69	28	15	17	38	1.91
87238991--87239051	28	2.3	27	91	5	97	21	9	26	42	1.84
87241672--87241938	48	5.6	48	88	3	403	23	18	29	27	1.98
87246746--87246862	43	2.8	42	75	2	117	29	14	24	31	1.95
87249840--87250011	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
87249864--87250047	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
87251262--87251387	64	2.0	64	96	0	234	28	17	20	33	1.95
87257162--87257194	17	1.9	17	88	11	50	36	15	0	48	1.45
87267421--87267490	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
87267421--87267515	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
87277128--87277210	40	2.0	45	83	11	113	39	12	0	48	1.40
87277009--87277284	137	2.0	139	84	7	364	43	10	3	42	1.55
87277702--87277764	3	20.7	3	78	3	54	53	3	6	36	1.42
87278075--87278156	34	2.4	34	87	4	121	30	7	19	42	1.78
87278082--87278136	16	3.3	16	68	26	51	30	5	20	43	1.74
87279499--87279541	21	2.0	21	82	8	52	13	27	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87287468--87287635	42	4.0	42	88	2	228	30	25	14	29	1.95
87292373--87292442	36	1.9	36	82	8	88	61	1	4	32	1.24
87294484--87294599	43	2.7	43	81	4	146	31	26	18	22	1.97
87302100--87302240	44	3.3	43	78	12	121	31	26	17	24	1.97
87302136--87302240	44	2.4	44	83	9	128	32	27	18	21	1.97
87308483--87308508	7	3.7	7	100	0	52	0	15	42	42	1.47
87309315--87309384	34	2.1	34	97	0	131	25	21	24	28	1.99
87319733--87319810	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
87319763--87320090	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
87330931--87331139	46	4.5	44	75	12	163	28	19	28	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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