genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26018974--26019129	84	1.8	85	83	6	210	28	21	22	27	1.99
26018974--26019346	44	8.6	44	73	10	252	28	21	23	26	1.99
26019053--26019383	85	3.8	85	76	9	294	28	21	23	26	1.99
26018974--26019294	129	2.5	128	81	4	396	28	22	23	26	1.99
26019056--26019390	173	1.9	173	83	6	428	28	21	23	26	1.99
26021134--26021170	20	1.9	18	89	10	56	16	8	5	70	1.30
26026505--26026636	54	2.4	53	88	7	194	14	18	43	24	1.87
26027266--26027309	18	2.3	19	84	11	54	36	0	4	59	1.18
26034103--26034127	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
26038259--26038388	65	2.0	65	92	3	217	19	12	13	54	1.70
26038417--26038442	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
26040652--26040691	12	3.3	12	89	0	62	25	7	0	67	1.16
26040652--26040691	3	13.3	3	83	0	53	25	7	0	67	1.16
26042611--26042650	17	2.5	16	84	11	55	57	0	7	35	1.27
26047257--26047308	24	2.2	24	85	0	68	55	7	3	32	1.46
26052178--26052204	6	4.5	6	100	0	54	14	29	18	37	1.91
26059965--26060044	25	3.2	25	87	0	106	21	27	17	33	1.96
26065815--26065873	26	2.3	26	90	0	91	37	11	13	37	1.82
26073992--26074027	18	1.9	19	94	5	65	61	5	8	25	1.46
26074074--26074117	13	3.5	13	87	6	72	77	6	2	13	1.07
26075106--26075209	12	8.4	12	73	12	68	73	1	18	6	1.15
26075126--26075167	18	2.3	18	83	0	57	73	4	14	7	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26082027--26082073	18	2.6	18	100	0	94	40	4	17	38	1.69
26082770--26082885	25	4.6	25	82	4	135	24	26	19	29	1.99
26092517--26092554	14	2.8	13	88	7	58	39	0	0	60	0.97
26113968--26114055	26	3.4	26	69	25	78	31	9	0	59	1.29
26113940--26114057	51	2.3	52	95	1	211	33	9	0	56	1.31
26114920--26114959	16	2.5	16	83	0	53	62	0	0	37	0.95
26118373--26118446	30	2.5	31	71	10	73	48	0	1	50	1.09
26122614--26122662	8	6.4	8	88	6	75	24	0	2	73	0.94
26122608--26122662	23	2.5	22	85	11	76	23	0	1	74	0.91
26122608--26122662	15	3.7	15	90	7	85	23	0	1	74	0.91
26122612--26122674	23	2.8	23	83	9	69	22	1	1	74	0.99
26123768--26124084	107	2.9	108	80	7	365	33	12	22	31	1.92
26123984--26124440	225	2.0	225	96	0	835	33	11	22	33	1.89
26126768--26126802	11	2.9	12	91	8	54	48	0	51	0	1.00
26127601--26127626	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
26132989--26133165	72	2.4	72	89	3	275	30	21	15	32	1.95
26133949--26134048	42	2.3	41	80	11	112	13	24	17	46	1.83
26146110--26146145	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
26146332--26146379	10	4.8	10	79	7	53	12	4	2	81	0.93
26147041--26147066	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
26148056--26148084	15	1.9	15	100	0	58	44	6	6	41	1.58
26148353--26148688	168	2.0	168	100	0	672	32	13	8	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26151936--26151968	17	1.9	17	93	0	57	33	12	15	39	1.84
26152409--26152444	6	6.0	6	93	0	63	33	0	2	63	1.08
26155887--26156003	58	2.0	58	96	0	216	23	17	1	57	1.49
26158610--26158668	21	2.8	20	80	14	57	54	3	1	40	1.27
26158650--26158716	12	5.3	12	75	16	64	58	0	4	37	1.19
26158659--26158746	17	4.8	18	71	19	65	57	0	2	39	1.11
26158641--26158734	40	2.3	41	90	5	156	61	0	3	35	1.12
26158659--26158735	9	8.1	9	76	15	59	58	0	2	38	1.12
26171286--26171333	3	16.0	3	100	0	96	66	0	33	0	0.92
26171561--26171843	41	6.8	40	74	8	194	19	23	23	33	1.97
26174698--26175201	264	1.9	264	97	0	963	36	12	21	29	1.90
26176418--26176645	43	5.4	42	83	7	257	25	24	20	29	1.99
26176418--26176628	85	2.5	86	87	6	288	25	24	19	30	1.98
26180987--26181053	23	3.0	22	85	14	86	41	0	1	56	1.08
26180993--26181067	21	3.5	20	84	14	80	44	0	0	56	0.99
26180998--26181068	19	3.4	19	77	15	61	45	0	0	54	0.99
26181129--26181165	18	2.0	19	89	5	58	32	8	0	59	1.27
26182316--26182623	90	3.4	90	87	0	447	51	14	7	26	1.69
26185221--26185270	18	2.7	18	84	3	64	42	0	18	40	1.50
26185998--26186216	112	2.0	111	85	4	298	31	19	20	28	1.97
26189123--26189219	30	3.2	30	78	8	108	22	24	22	29	1.99
26192120--26192200	40	2.0	40	97	0	153	27	23	9	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26192485--26192513	8	3.6	8	100	0	58	51	0	0	48	1.00
26192476--26192620	29	4.9	29	76	17	95	57	2	0	40	1.15
26192476--26192620	28	4.9	28	77	16	109	57	2	0	40	1.15
26192536--26192572	16	2.2	16	90	9	56	64	0	0	35	0.94
26192490--26192597	57	1.9	56	81	9	130	57	0	0	40	1.11
26192485--26192600	8	12.7	9	71	22	50	56	0	0	41	1.11
26192489--26192611	57	2.1	57	78	12	128	56	1	0	41	1.15
26192674--26192722	12	4.4	12	78	17	61	69	6	0	24	1.11
26192670--26192755	21	4.0	21	77	15	95	67	4	1	26	1.17
26192713--26192745	7	4.6	7	92	7	57	69	0	3	27	1.03
26192713--26192745	15	2.3	14	94	5	57	69	0	3	27	1.03
26194156--26194181	7	3.7	7	100	0	52	30	15	15	38	1.88
26197527--26197566	19	2.0	20	85	14	55	62	2	12	22	1.42
26198902--26200301	94	14.9	94	81	5	1299	29	18	18	32	1.95
26199040--26199122	43	1.9	43	80	9	98	33	20	15	30	1.94
26198947--26200285	50	28.5	44	65	20	242	30	19	18	32	1.95
26198947--26200301	188	7.2	188	85	3	1463	29	18	18	32	1.95
26202399--26202437	17	2.3	17	86	0	51	46	2	2	48	1.29
26210046--26210197	74	2.1	74	93	0	259	59	6	17	15	1.56
26210871--26210926	3	18.7	3	100	0	112	0	32	0	67	0.91
26211177--26211240	32	2.0	32	93	6	112	50	9	15	25	1.74
26217470--26217508	16	2.6	14	92	8	60	51	0	2	46	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26222617--26222717	30	3.3	29	71	16	89	51	7	8	31	1.62
26223712--26223742	5	6.2	5	92	0	53	41	16	19	22	1.89
26224084--26224124	18	2.3	19	79	12	50	53	0	2	43	1.13
26224358--26224415	17	3.2	17	79	16	55	48	0	27	24	1.51
26224499--26224548	26	1.9	26	83	0	64	48	0	30	22	1.51
26224762--26224798	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
26228336--26228362	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
26231589--26231619	9	3.4	9	100	0	62	61	0	0	38	0.96
26242344--26242411	21	3.1	21	77	8	66	54	10	23	11	1.67
26252315--26252357	21	2.0	21	90	0	68	27	6	16	48	1.71
26259489--26259727	41	5.8	41	87	6	290	27	24	20	27	1.99
26259489--26259717	123	1.9	122	85	7	320	27	24	19	27	1.99
26262326--26262386	17	3.6	17	76	10	63	65	1	0	32	1.02
26266357--26266644	105	2.7	108	83	8	367	29	15	9	45	1.77
26268172--26269685	754	2.0	754	99	0	2967	29	16	21	33	1.95
26272753--26272789	19	1.9	20	88	5	58	48	0	5	45	1.25
26273619--26273651	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
26273885--26273919	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26274003--26274039	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
26274081--26274220	44	3.1	43	71	20	133	50	2	2	45	1.25
26274056--26274262	91	2.3	91	94	0	360	46	3	3	46	1.36
26274103--26274247	47	3.2	45	72	16	145	49	3	2	44	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26278784--26279286	249	2.0	250	97	0	954	41	20	11	27	1.86
26279375--26279480	53	2.0	53	94	0	185	59	15	19	5	1.56
26280952--26281000	26	2.0	26	84	8	66	28	0	6	65	1.16
26283782--26283806	5	5.0	5	100	0	50	0	20	60	20	1.37
26283996--26284043	17	2.9	16	79	11	53	70	0	29	0	0.87
26284129--26284348	80	2.7	81	89	6	286	31	0	13	55	1.42
26284172--26284220	21	2.3	22	89	7	82	28	2	10	59	1.41
26284258--26284294	19	1.9	19	100	0	74	35	0	16	48	1.46
26284155--26284348	80	2.4	81	93	4	329	30	0	13	55	1.43
26284701--26284733	15	2.2	15	100	0	66	33	6	27	33	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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