genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77239718--77239815	48	2.0	48	96	0	178	24	20	26	28	1.99
77239721--77239850	48	2.7	47	84	9	165	26	20	26	27	1.99
77240570--77240613	21	2.1	21	91	0	70	29	9	22	38	1.85
77243398--77243512	42	2.7	42	78	7	126	33	14	21	30	1.94
77244207--77244307	37	2.7	38	83	10	120	25	20	27	25	1.99
77244271--77244368	48	2.0	48	96	0	178	24	20	26	28	1.99
77244274--77244403	48	2.7	47	84	9	165	26	20	26	27	1.99
77245123--77245166	21	2.1	21	91	0	70	29	9	22	38	1.85
77247951--77248065	42	2.7	42	78	7	126	33	14	21	30	1.94
77254129--77254203	37	2.0	37	100	0	150	29	26	10	33	1.90
77257197--77257281	29	3.0	29	91	1	127	27	34	14	24	1.94
77263878--77263920	20	2.1	21	83	12	54	41	4	0	53	1.21
77264010--77264066	22	2.6	21	76	13	62	52	3	0	43	1.18
77264174--77264242	33	2.2	31	85	15	88	53	5	0	40	1.25
77264301--77264357	29	2.0	29	92	0	96	52	1	0	45	1.11
77264311--77264381	37	1.9	37	82	5	90	56	2	0	40	1.14
77266619--77266740	28	4.3	28	84	2	136	28	32	13	24	1.94
77270381--77270432	20	2.7	20	81	3	61	65	1	5	26	1.26
77270369--77270523	28	5.7	28	72	18	80	65	1	2	30	1.14
77270367--77270536	32	5.5	30	73	18	120	64	1	2	31	1.13
77270427--77270533	20	5.2	20	73	17	78	65	0	0	32	1.05
77270451--77270535	23	3.6	23	80	12	93	68	1	0	30	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77270450--77270530	35	2.2	37	85	8	105	67	1	0	30	0.98
77270472--77270530	27	2.1	26	84	12	73	69	1	0	28	0.98
77270548--77270621	29	2.4	30	82	8	87	58	1	2	37	1.21
77270573--77270620	14	3.4	14	74	5	51	60	2	2	35	1.20
77272059--77273102	90	11.6	90	86	0	1428	27	26	14	31	1.95
77272330--77273135	45	18.0	45	66	10	143	27	26	15	31	1.95
77273678--77273851	87	2.0	87	98	0	339	53	10	15	20	1.71
77282196--77282283	41	2.2	41	95	2	160	23	25	23	27	2.00
77291979--77293097	562	2.0	562	97	0	2112	26	27	16	29	1.97
77295823--77295882	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
77295850--77295991	67	2.1	67	85	7	187	30	21	28	19	1.97
77297529--77297567	14	2.7	15	88	4	53	71	10	0	17	1.12
77297882--77297933	20	2.7	20	81	3	61	65	1	5	26	1.26
77297870--77298010	28	5.1	28	70	17	80	65	1	2	30	1.16
77297904--77298036	12	11.0	12	67	22	73	66	1	2	29	1.12
77297884--77298000	24	5.2	23	68	22	61	65	0	3	29	1.14
77297978--77298037	19	3.2	18	75	15	59	68	3	0	28	1.05
77297963--77298033	16	4.7	14	74	17	54	71	2	0	25	0.99
77297973--77298035	23	2.7	23	72	2	63	71	3	0	25	1.01
77298048--77298121	29	2.4	30	82	8	87	58	1	2	37	1.21
77298073--77298120	14	3.4	14	74	5	51	60	2	2	35	1.20
77298284--77298340	30	1.9	30	85	0	78	57	7	14	21	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77300890--77301414	27	19.6	27	80	5	460	29	10	20	39	1.86
77300916--77301405	134	3.7	133	82	4	531	29	10	20	39	1.86
77301744--77301823	28	2.9	28	92	0	133	28	37	15	18	1.91
77309606--77309669	31	2.1	31	87	0	92	25	21	17	35	1.95
77309863--77310007	24	6.0	24	88	4	211	27	20	21	31	1.98
77309863--77310007	49	3.0	48	89	5	220	27	20	21	31	1.98
77309863--77310008	73	2.0	73	91	2	240	27	19	21	30	1.98
77310120--77310167	25	1.9	25	95	0	87	25	12	25	37	1.91
77317041--77317099	31	1.9	31	92	0	100	22	22	18	37	1.94
77317293--77317461	24	7.0	24	89	3	250	27	20	21	30	1.98
77317293--77317461	49	3.5	48	90	4	250	27	20	21	30	1.98
77317293--77317461	73	2.3	72	89	4	250	27	20	21	30	1.98
77317511--77317577	20	3.3	20	93	0	116	32	16	11	38	1.85
77317614--77317661	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
77324241--77324355	44	2.7	42	83	9	142	24	16	25	33	1.96
77338677--77338721	20	2.3	19	85	11	56	33	6	13	46	1.69
77366598--77366706	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
77366852--77367036	48	3.8	48	89	4	282	31	25	5	36	1.80
77366852--77367035	98	1.9	97	89	4	291	31	26	5	36	1.80
77367006--77367199	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
77367099--77367170	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
77369880--77370768	40	22.2	40	97	0	1652	25	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77370753--77370783	15	2.1	15	100	0	62	19	32	22	25	1.97
77372123--77372165	14	3.1	14	90	3	70	34	2	11	51	1.51
77372961--77373095	43	3.2	43	73	16	120	28	17	20	34	1.95
77374681--77374728	18	2.6	18	90	6	69	25	22	0	52	1.48
77380283--77380459	40	4.5	40	87	4	227	25	22	28	23	1.99
77380283--77380459	79	2.2	79	85	5	225	25	22	28	23	1.99
77411129--77411183	18	2.8	19	73	26	53	49	0	0	50	1.00
77411129--77411219	34	2.5	37	81	13	102	47	0	1	51	1.07
77411147--77411210	18	3.7	17	69	23	53	42	0	1	56	1.09
77411201--77411232	13	2.3	15	89	10	50	56	0	0	43	0.99
77419675--77419723	22	2.2	22	79	17	57	34	14	4	46	1.63
77422798--77422921	57	2.2	58	82	4	144	28	15	25	30	1.96
77443331--77443380	6	8.0	6	80	6	55	24	2	0	74	0.93
77450760--77450870	57	1.9	57	81	0	132	30	14	22	32	1.94
77456649--77456712	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
77456674--77456733	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
77459529--77459884	46	7.7	46	74	16	331	23	18	27	30	1.98
77459575--77459833	47	5.6	47	75	15	286	23	18	28	29	1.98
77459523--77459879	93	3.8	93	98	0	687	22	19	28	29	1.98
77462895--77462981	45	1.9	45	92	0	147	21	14	26	36	1.93
77470580--77470678	28	3.5	28	84	2	128	26	15	31	27	1.95
77470580--77470690	28	4.0	28	84	2	125	27	14	29	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77477410--77477460	25	2.0	25	100	0	102	35	33	15	15	1.90
77477802--77477877	38	2.0	38	94	0	134	42	18	13	26	1.87
77488446--77488828	96	3.9	97	85	7	467	26	18	28	26	1.98
77488447--77488828	48	7.9	48	82	3	408	26	18	28	26	1.98
77488446--77488828	146	2.6	146	83	4	443	26	18	28	26	1.98
77494584--77494832	124	2.0	124	93	1	428	35	23	16	24	1.95
77495834--77495883	17	2.9	17	79	5	57	20	18	22	40	1.92
77514157--77514284	66	1.9	66	85	3	177	40	8	26	24	1.84
77520099--77520313	40	5.4	40	91	1	326	26	28	22	23	1.99
77521574--77521610	17	2.2	17	90	0	56	2	10	0	86	0.67
77528184--77528361	40	4.5	40	87	2	243	25	28	23	22	1.99
77537822--77537992	49	3.5	48	78	4	182	28	19	28	23	1.99
77540287--77540311	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
77542569--77542606	16	2.6	14	88	12	51	31	0	0	68	0.90
77542569--77542606	15	2.7	14	88	11	60	31	0	0	68	0.90
77542745--77542774	16	1.9	16	93	6	53	0	0	13	86	0.57
77550074--77550155	43	1.9	43	82	5	103	30	28	18	23	1.97
77551465--77552389	327	2.9	311	82	6	1043	43	9	10	36	1.72
77552177--77552212	19	1.9	19	88	5	56	33	2	8	55	1.44
77551466--77552389	316	2.9	315	81	7	983	43	9	10	36	1.72
77553558--77553596	15	2.6	15	84	8	53	30	12	7	48	1.69
77557294--77557327	13	2.6	13	95	0	59	11	14	47	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77562063--77562093	9	3.6	9	95	4	55	9	9	19	61	1.54
77562950--77562983	13	2.6	13	90	0	50	47	17	5	29	1.71
77566291--77566351	32	1.9	31	83	9	79	42	0	6	50	1.28
77567184--77567223	13	3.1	14	79	13	50	30	0	7	62	1.23
77582629--77582787	27	5.9	27	83	11	193	33	22	25	18	1.96
77582647--77582790	54	2.7	54	95	2	254	34	23	25	17	1.96
77584365--77584472	26	4.2	26	87	0	162	37	23	6	32	1.80
77618306--77618376	34	2.1	34	97	0	133	30	19	16	32	1.95
77625275--77625312	20	1.9	20	94	0	67	36	28	15	18	1.92
77625339--77625560	48	4.6	47	86	2	264	24	31	19	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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