genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23937--23983	24	2.0	24	86	0	67	29	19	6	44	1.75
24105--24151	23	2.1	22	92	4	76	48	10	12	27	1.74
24147--24378	39	5.9	39	96	0	419	40	0	6	53	1.28
24151--24366	14	16.4	14	65	22	58	40	0	7	52	1.30
24185--24240	24	2.3	24	78	6	60	42	0	3	53	1.18
24479--24624	9	16.2	9	88	0	202	45	26	0	28	1.54
29719--29747	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
30166--30227	21	3.0	21	81	9	81	33	20	45	0	1.52
30479--30548	31	2.3	31	84	0	86	17	8	18	55	1.66
39826--39873	19	2.8	16	77	17	60	18	8	41	31	1.80
39832--39869	19	2.0	19	94	0	67	15	7	44	31	1.75
40118--40189	36	2.0	36	100	0	144	36	16	16	30	1.91
49592--49645	27	2.0	27	100	0	108	37	3	37	22	1.72
50854--50896	19	2.3	19	100	0	86	32	6	4	55	1.47
65757--65840	40	2.1	40	91	2	134	45	25	14	15	1.84
65819--65921	41	2.5	41	85	3	127	33	20	20	26	1.97
65970--66067	41	2.5	39	80	12	96	26	22	22	28	1.99
68015--68045	12	2.5	13	94	5	55	29	38	0	32	1.57
82800--82976	71	2.5	71	84	3	207	29	14	22	33	1.93
82980--83289	72	4.2	72	88	4	415	31	14	18	35	1.91
83605--83930	73	4.5	73	94	2	523	31	18	18	31	1.95
85030--85077	9	5.1	9	87	9	69	83	4	2	10	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88592--88735	45	3.2	45	71	11	134	37	22	20	20	1.94
88606--88798	88	2.2	88	79	5	212	35	25	19	19	1.96
88871--89078	88	2.4	89	86	3	296	37	23	20	18	1.95
88871--89078	44	4.8	44	75	6	163	37	23	20	18	1.95
90430--90470	20	2.0	20	100	0	82	19	21	0	58	1.39
91256--91314	24	2.4	25	78	13	61	18	16	0	64	1.29
93180--93236	26	2.3	26	79	8	66	63	0	3	33	1.12
93228--93256	7	4.1	7	100	0	58	55	0	0	44	0.99
93330--93365	18	2.0	18	88	0	54	25	8	25	41	1.83
93942--94002	17	3.5	17	70	16	52	37	1	3	57	1.25
96563--96594	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
103917--104307	40	9.8	40	90	1	579	24	21	28	26	1.99
103917--104300	80	4.8	80	95	0	637	24	21	27	26	1.99
106120--106144	13	1.9	13	100	0	50	60	8	0	32	1.26
106560--106634	3	25.3	3	86	2	80	32	6	1	60	1.31
106636--106685	24	2.0	25	88	3	75	38	2	8	52	1.43
106960--107031	21	3.4	21	78	3	65	33	4	6	55	1.46
107020--107119	21	4.8	21	73	21	61	38	2	7	53	1.40
107013--107135	19	6.1	19	70	21	63	37	2	6	53	1.40
107153--107209	24	2.5	22	80	8	69	36	1	7	54	1.38
112166--112941	41	18.9	41	97	0	1453	27	17	28	26	1.97
112961--113081	41	3.0	41	79	3	120	33	19	24	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113186--113212	7	3.9	7	100	0	54	14	0	55	29	1.40
113434--113477	21	2.1	21	91	0	70	29	2	34	34	1.70
113789--113846	26	2.2	27	90	3	91	20	41	0	37	1.53
113792--113840	15	3.5	15	68	21	52	18	48	0	32	1.48
116753--117304	183	3.0	183	96	0	1023	26	15	14	42	1.86
117505--117533	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
118000--118235	72	3.3	72	98	0	447	29	5	4	60	1.39
118363--118392	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
118497--118686	9	20.6	9	74	10	107	47	13	1	37	1.52
118531--118686	17	8.9	17	71	11	93	47	12	1	39	1.49
118470--118677	96	2.1	96	80	5	231	47	12	1	38	1.52
118507--118677	44	3.9	45	74	11	122	47	12	1	37	1.52
124604--124670	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
124722--124950	43	5.3	42	88	5	307	24	29	20	25	1.99
124744--124950	86	2.4	86	95	0	369	23	31	19	25	1.98
134183--134225	11	3.4	12	84	15	52	79	2	16	2	0.95
135299--135466	91	1.8	91	89	0	264	38	13	14	33	1.85
136895--136929	17	2.1	17	89	10	54	45	17	5	31	1.71
141724--142011	3	93.7	3	68	13	140	29	7	4	58	1.45
148133--148225	46	2.0	46	97	0	177	39	13	15	31	1.86
150150--150272	59	2.1	59	95	1	221	33	17	17	31	1.93
154302--154387	43	2.0	43	97	0	163	11	17	16	54	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167522--167546	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
169188--169261	35	2.1	35	85	5	96	33	22	21	21	1.97
174840--174970	3	44.3	3	68	17	62	62	3	4	29	1.30
175108--175153	15	2.9	15	93	6	74	65	0	8	26	1.21
175102--175188	44	2.0	44	82	13	108	65	0	9	25	1.22
175100--175216	15	8.1	14	71	20	64	64	0	8	25	1.27
176316--177478	44	26.7	44	68	11	356	25	25	20	28	1.99
176291--176830	132	4.1	132	92	1	852	24	26	21	27	1.99
176806--177479	86	7.8	85	74	9	441	26	23	20	29	1.99
176757--177485	130	5.6	130	88	2	973	26	23	20	29	1.99
176628--177002	174	2.1	175	82	3	461	26	25	19	29	1.98
176751--177485	44	17.0	43	74	7	520	25	23	20	29	1.99
183320--183459	3	48.3	3	70	19	70	64	1	5	28	1.25
183320--183461	29	5.4	24	70	21	90	64	1	5	28	1.24
183336--183461	27	4.5	27	74	12	112	64	1	5	28	1.25
183328--183440	33	3.3	34	75	17	92	63	1	6	28	1.28
183590--183688	43	2.3	43	81	6	103	63	2	7	27	1.31
183573--183656	29	2.8	29	82	12	107	59	0	9	30	1.29
189570--189744	88	2.0	87	95	1	314	20	28	14	37	1.91
190032--190072	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
192012--192052	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
194048--194747	350	2.0	350	99	0	1373	29	22	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200190--200323	66	2.0	67	98	1	261	33	13	17	35	1.89
207913--208179	27	9.7	26	83	7	237	20	17	22	38	1.93
207913--208179	54	4.8	54	75	11	263	20	17	22	38	1.93
207928--208145	114	1.9	114	88	0	328	19	18	22	39	1.92
211424--211665	27	9.0	27	81	6	143	21	17	19	40	1.91
211424--211655	54	4.3	54	81	4	245	21	18	19	40	1.91
211453--211668	81	2.7	80	84	4	308	20	18	20	41	1.91
211453--211666	54	4.0	54	84	3	279	20	17	20	41	1.90
214985--215314	27	12.3	27	82	5	382	20	16	21	41	1.90
214966--215313	80	4.3	80	84	4	407	21	16	20	41	1.90
214966--215313	107	3.2	106	81	6	405	21	16	20	41	1.90
223304--223399	47	2.0	47	95	0	174	37	16	10	35	1.83
230780--230921	71	2.0	70	86	1	194	31	16	23	28	1.96
232429--232489	27	2.3	27	80	5	72	54	8	8	29	1.59
232531--232589	27	2.2	26	82	8	66	55	5	8	30	1.51
232781--232816	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
233540--233598	27	2.2	27	82	8	77	30	16	1	50	1.55
233714--233738	10	2.5	10	100	0	50	40	8	0	52	1.31
234538--234585	21	2.3	21	88	0	69	18	31	33	16	1.94
239156--239376	27	8.2	27	83	0	181	38	22	7	30	1.82
239180--239379	81	2.5	81	84	1	258	40	23	7	30	1.81
239180--239394	27	8.0	27	81	4	209	40	22	6	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239380--239571	27	7.1	27	84	0	222	27	19	8	44	1.80
239380--239571	81	2.4	81	84	1	260	27	19	8	44	1.80
239576--239714	27	5.1	27	89	0	197	34	18	20	25	1.96
239941--240023	27	3.1	26	87	5	112	20	21	21	36	1.96
240074--240114	20	2.0	20	86	9	57	17	12	29	41	1.85
250487--250592	34	3.2	33	74	14	103	37	0	5	56	1.23
257014--257055	9	4.7	9	80	11	50	76	0	2	21	0.90
257203--257257	21	2.7	20	77	5	56	65	1	3	29	1.20
257333--257385	19	2.7	20	79	5	63	30	5	5	58	1.44
257543--257722	85	2.1	86	81	7	204	32	10	20	37	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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